Im Dezember 2023 legte der Bundesrat die strategischen Ziele der SBB für die Jahre 2024-2027 fest. Da sich die bisherigen strategischen Zielsetzungen bewährt hätten, beschloss der Bundesrat, keine grundlegenden Veränderungen vorzunehmen. Aufgrund der Covid-19-Pandemie und der zunehmenden Unsicherheit auf den Energiemärkten veranlasste er aber in vier Bereichen der strategischen Ziele Anpassungen. Erstens setzte der Bundesrat einen Fokus auf die nachhaltige Finanzierung der SBB, insbesondere auf die Einhaltung des festgelegten maximalen Verschuldungsgrades. Zweitens setzte er der SBB im Güterverkehr das Ziel, sowohl in der Schweiz als auch international profitable Leistungen zu erbringen. Drittens solle die SBB ihre Energieversorgung durch den selbst produzierten Bahnstrom mindestens auf bisherigem Niveau garantieren und den Anteil an erneuerbaren Energien erhöhen. Im Energiebereich wurde die SBB zudem dazu angehalten, sich für die Erreichung der CO2-Reduktionsziele der Schweiz einzusetzen. Viertens forderte der Bundesrat, dass die SBB wie alle bundesnahen Organisationen ein Compliance Management System (CMS) vorlegt.

Die Vertreterinnen und Vertreter der Umwelt- und Verkehrsministerien der Alpenländer verabschiedeten Ende Oktober 2022 einen länderübergreifenden Aktionsplan für klimafreundliche Mobilität in den Alpen. Auf Initiative der Schweizer Umwelt- und Verkehrsministerin Simonetta Sommaruga hatten sich die Alpenländer Deutschland, Frankreich, Italien, Österreich, Slowenien, Liechtenstein, Monaco und die Schweiz zur Trägerschaft mit dem Namen «Simplon-Allianz» zusammengeschlossen.
Das Ziel des Aktionsplans bestand darin, den Verkehr im Alpenraum bis 2050 klimaneutral zu gestalten. Dafür sah der Plan Massnahmen in drei Bereichen vor: Im Güterverkehr soll die Verlagerung auf die Schiene mittels eines Dialogs über eine alpenweite Verkehrsabgabe für schwere Nutzfahrzeuge sowie der Förderung des Ersatzes von fossil betriebenen Lastwagen durch emissionsfreie Fahrzeuge gestärkt werden. Im Bereich des grenzüberschreitenden Personenverkehrs soll der Umstieg auf den öffentlichen Verkehr gefördert werden. Dies könne unter anderem durch die Einführung von alpenweit gültigen ÖV-Billetten oder -Abonnementen und durch die Stärkung von Nachtzugsverbindungen geschehen. Da bei der Tourismus- und Freizeitmobilität ein grosser Teil der Emissionen auf die An- und Abreise entfalle, sah der Aktionsplan drittens vor, die Bahnverbindungen in die alpinen Destinationen zu verbessern und den Langsamverkehr in den Tourismusorten zu stärken.

Im Dezember 2020 vereinbarten die Verkehrsministerien der Schweiz, Deutschlands, Frankreichs und Österreichs, den grenzüberschreitenden Bahnverkehr, und insbesondere das Nachtzugangebot, weiter zu fördern. Konkret gehe es um die gemeinsame Beschaffung von Rollmaterial, die Optimierung der Fahrpläne und die Entwicklung von Buchungsplattformen. BAV-Direktor Füglistaler zeigte sich erfreut über den politischen Support für diese verstärkte Zusammenarbeit und wies darauf hin, dass mit den Fern- und Nachtzügen auch der Klimaschutz gestärkt werde. Vincent Ducrot, CEO der SBB, liess verlauten, dass die Nachfrage nach klimafreundlichen Fern- und Nachtzügen weiter steigen werde. Er sei froh, dass nun auch die Deutsche Bahn und die SNCF für die Kooperation hätten gewonnen werden können, nachdem die SBB und die ÖBB bereits früher im Jahr eine Vereinbarung getroffen hätten. Ducrot war überzeugt, dass die Nachtzugverbindungen aus der Schweiz bis 2024 von sechs auf zehn Linien mit insgesamt 25 Destinationen ausgebaut werden können.

Im Februar, März und April 2020 störten Wassereinbrüche im Lötschbergbasistunnel den Eisenbahnverkehr. Im Februar wurde ein fahrender Zug vom Wassereinbruch überrascht, glücklicherweise wurde der Zug durch Wasser und Schlamm jedoch nicht aus den Schienen gehoben. Nach der Räumung des Tunnels vom Schlamm konnte der Betrieb wieder aufgenommen werden, bis im März ein erneuter Wassereinbruch zur vorübergehenden Sperrung der Oströhre führte. Nachdem die Oströhre am 24. April wieder geöffnet worden war, trat schon am 30. April erneut Wasser ein. Die BLS als Betreibergesellschaft des Tunnels versuchte, die Ursache für den Wassereinbruch zu finden und eine Lösung für das Problem zu etablieren. Weil das provisorische Ableitungssystem den wiederkehrenden Wassereinbrüchen offenbar nicht gewachsen war, gab die BLS Mitte Mai 2020 bekannt, dass im Herbst 2020 mit dem Bau einer Kaverne begonnen werden soll. Das schlamm- und sandhaltige Wasser soll durch einen neuen Stollen in eine Kaverne geleitet werden, in der sich Wasser und Schlamm absetzt. Ohne Schlamm kann das Wasser dann vom Drainage-System des Tunnels abgeführt werden. Die Absetzkaverne wird voraussichtlich regelmässig geleert werden müssen. Während die BLS entsprechende Pläne ausarbeitete, wurde auch Kritik an dieser Lösung geäussert: Ingenieure bekundeten in den Medien Befremden darüber, dass die als mögliche Wassereintrittstelle vermutete Sondierbohrung nicht genauer exploriert und schliesslich aufgefüllt und abgedichtet werden soll. Die Bauarbeiten werden zu einer mehrmonatigen Sperrung der Oströhre und damit zu einem einspurigen Verkehrsbetrieb führen und Kosten in Millionenhöhe verursachen.

Am 1. April 2020 trat der neue CEO der SBB Vincent Ducrot seine Stelle an. Im September 2019 hatte SBB-CEO Andreas Meyer seinen Rücktritt angekündigt, Anfang Dezember 2019 war Vincent Ducrot als sein designierter Nachfolger vorgestellt worden war. Ducrot hatte seine Karriere 1993 als Ingenieur bei der SBB begonnen und sich unter SBB-Generaldirektor Benedikt Weibel bis zum Leiter des Fernverkehrs hochgearbeitet. Er hatte danach die Führung der Freiburgischen Verkehrsbetriebe übernommen, von wo er nun an die Spitze des grössten Schweizer Bahnunternehmens zurückkehrte.
Der neue CEO übernahm die Leitung der Bundesbahnen in ihrer grössten Krise: Aufgrund der Covid-19-Pandemie hatte die SBB den Fahrplan ausgedünnt, rund ein Viertel der Züge fielen aus. Die Passagierzahlen brachen um 80 bis 90 Prozent ein, rund 150'000 Generalabonnemente wurden vorübergehend hinterlegt – Ducrot mochte die finanziellen Einbussen der Krise für die SBB bei seinem Amtsantritt nicht quantifizieren. Angesichts der Folgen der Pandemie schienen die anderen Sorgen der SBB – Pünktlichkeit, Sauberkeit, Sicherheit – aber geradezu zu verblassen.

Als Reaktion auf den tödlichen Unfall eines SBB-Zugbegleiters Anfang August 2019 gab die SBB im September bekannt, das Einsteigeprozedere für das Zugpersonal zu ändern. So würden Zugbegleiter von Zugkompositionen mit dem Einheitswagen IV – dem Unfallwagen – neu erst einsteigen und dann mit einer SMS an den Lokführer die Abfahrbereitschaft mitteilen. Da aber bei rund einem Fünftel der Bahnhöfe die Abfahrtbereitschaft an festinstallierten Kästen auf dem Bahnsteig mitgeteilt wird, kann das neue Prozedere nicht überall eingesetzt werden. Die SBB wollen bis 2024 sämtliche Schliesssysteme der Einheitswagen IV überholen und rechnen dabei mit Kosten von CHF 20 bis 30 Mio.

Am 4. September 2019 gab Andreas Meyer seinen Rücktritt als SBB-CEO bekannt. Er wolle spätestens per Ende 2020 seinen Posten abgeben. Sein Rücktritt sei schon seit längerem geplant und stünde nicht in Zusammenhang mit dem tödlichen Unfall eines Zugbegleiters Anfang August. Der SBB-CEO habe seine Rücktrittspläne bereits im Frühling mit der Verkehrsministerin Sommaruga besprochen.

Am 21. August publizierte die Schweizerische Sicherheitsuntersuchungsstelle SUST einen Zwischenbericht zum tödlichen Unfall eines SBB-Zugbegleiters, der Anfang August in der Türe eines abfahrenden Zuges eingeklemmt und mitgeschleift worden war. Die SUST fand gleich mehrere Fehler, sowohl bei der Schliessvorrichtung, beim Einklemmschutz als auch beim Kontrollsystem. So wurde etwa der Einklemmschutz bei einigen untersuchten Türen zu früh deaktiviert, was ein Einklemmen von Körperteilen ermöglicht. Das Kontrolllämpchen für das Schliesssystem leuchtete im Führerstand in einigen Fällen auch auf, wenn noch nicht alle Türen korrekt geschlossen waren. Aufgrund dieser Befunde empfahl die SUST dem Bundesamt für Verkehr als Aufsichtsbehörde, sowie der SBB, Massnahmen zu ergreifen.
Das BAV verlangte schon am 23. August, dass die SBB mit einem Plan aufzeigten, wie die Sicherheitssysteme überholt würden.
Die SBB gab bekannt, sie hätten seit dem Unfall gut 384 Züge kontrolliert und dabei bei insgesamt 1536 Türen 512 Mängel festgestellt. Zwar seien nicht alle Mängel sicherheitsrelevant, doch in immerhin 66 Fällen war der Einklemmschutz fehlerhaft. Ende August wurde bekannt, dass es offenbar schon seit längerer Zeit häufige Reparaturen an den Türsystemen gegeben hat und das auch in internen Berichten von den Problemen mit dem Einklemmschutz die Rede war.

Ein Jahr, nachdem die SBB beim Bundesverwaltungsgericht eine Beschwerde gegen die Vergabe der Fernverkehrskonzession eingereicht hatte, konnte im August 2019 eine Einigung zwischen SBB und BLS erzielt werden. Nachdem die BLS im Mai 2019 bekannt gegeben hatte, dass sie die beiden vom BAV zugesprochenen RegioExpress-Linien nicht per Dezember 2019 übernehmen könne, weil die hängige Beschwerde der SBB die Planungssicherheit verhindere, zeigten die beiden Bahngesellschaften im Sommer Verhandlungsbereitschaft.
Mit der Vermittlung von Verkehrsministerin Sommaruga und dem Berner Regierungsrat Neuhaus (BE, svp) einigten sich SBB und BLS auf den folgenden Kompromiss: Die SBB erhält die ungeteilte Fernverkehrskonzession für weitere 10 Jahre, die BLS darf im Gegenzug ab Dezember 2019 die Linie Bern-Biel und ab Dezember 2020 die Linien Bern-Burgdorf-Olten, Bern-Neuenburg und Neuenburg-La Chaux-de-Fonds führen. Die letztgenannte Linie soll jedoch mittelfristig wieder an die SBB zurückgehen, um die geplante bessere Anbindung von La Chaux-de-Fonds an die Westschweizer Städte zu gewährleisten. Die SBB zog ihre Beschwerde beim Bundesverwaltungsgericht in der Folge zurück.

Nachdem ein Zugbegleiter der SBB Anfang August 2019 bei einem Arbeitsunfall tödlich verletzt worden war, berichteten andere Angestellte der SBB ebenfalls von erlebten Zwischenfällen mit dem Einklemmschutz bei den Türen von Passagierwagen. Der Unfall und die Berichte, sowie die öffentliche Kritik am Betrieb der letzten Wochen – sich häufende Verspätungen und Zugausfälle waren ein wiederkehrendes Thema in den Medien – hätten beim Personal zu einem Vertrauensverlust gegenüber der SBB-Führung geführt, war der Tagespresse zu entnehmen. Dass auch Berichte über frühere Zwischenfälle mit Türen an die Öffentlichkeit gelangten und diesbezüglich keine Sofortmassnahmen ergriffen worden waren, vermochte das Vertrauen auch nicht zu stärken.
Der Unfall und die daraus erwachsene Verunsicherung beim Personal wurde von den Medien zusammen mit den – von den Medien im Juli 2019 gehäuft gezeigten – Verspätungen, Stellwerkstörungen, Baustellen und Zugausfällen als «SBB-Krise» dargestellt. Verschiedene Medien stellten aufgrund der «Krise» auch Andreas Meyer als SBB-CEO in Frage. Dieser betonte zwar die Aussergewöhnlichkeit des Todesfalls und zeigte Verständnis für die Trauer des Personals, er wies aber auch darauf hin, dass es immer wieder herausfordernde Situationen gegeben habe und ein «gewisses Risiko» ständig mitfahre. Der öffentliche Druck wurde Mitte August so gross, dass die Führung der SBB von den Verkehrskommissionen beider Kammern zu Hearings eingeladen wurden. Am 19. August stand SBB-Chef Meyer der KVF-SR Rede und Antwort. Er legte dar, dass überstürzte Sofortmassnahmen den Bahnverkehr gefährlicher machen würden, dass aber der Einsteigeablauf des Zugpersonals überprüft werde.

Nach dem Postauto-Skandal und den zu hohen Abgeltungen bei der BLS führte das UVEK beim Bundesamt für Verkehr ein Audit durch, um Schwächen im Controlling zu finden. Im Mai 2019 legte das BAV dem Bundesrat in Absprache mit dem UVEK fünf Massnahmen zur Verstärkung der Aufsicht bei Transportunternehmen vor.
Dazu sollte das Aufsichtskonzept nicht einfach angepasst, sondern die Aufsicht grundsätzlich neu aufgestellt werden: Die bisherige Praxis einer punktuellen Prüfung einer Teilrechnung des Jahresabschlusses der Transportunternehmen wird aufgehoben. Das neue Prüfregime sieht ebenso jährliche Selbstdeklarationen der Transportunternehmen zur Einhaltung des Subventionsrechts vor wie die Festlegung von Prüfungshandlungen, welche die externen Revisionsstellen der abgeltungsberechtigten Unternehmen zwingend vorzunehmen haben. Das Controlling durch die Facheinheiten im BAV wird zudem ergänzt durch vertiefte, stichproben- und risikoorientierte Prüfungen der Sektion Revision des BAV, welche ihre Prüfungen gegenüber heute verdoppelt. Der Bundesrat nahm die vorgesehenen Massnahmen zur Kenntnis und wird wo nötig mit der nächsten Anpassung des Personenbeförderungsgesetzes eine rechtliche Abstützung der Massnahmen vornehmen.

Im März 2019 wurde bekannt, dass das Bahnunternehmen BLS seit der Jahrtausendwende rund CHF 45 Mio. zu viel an Abgeltungen erhalten hatte. Parallelen zum Postauto-Skandal wurden von den Medien gesucht, sind jedoch nur teilweise vorhanden: Während bei PostAuto ganz gezielt Gewinne umgebucht worden waren, um Subventionen einzustreichen, tat die BLS nichts, um höhere Abgeltungen zu erhalten. Statt betrügerischer Machenschaften wie bei PostAuto lag im Fall BLS nur ein unzureichend angepasstes Zinsglättungsmodell vor. Ein Zinsglättungsmodell dient dazu, Zinskosten, die von Jahr zu Jahr stark und sprunghaft schwanken können, über die Zeit gleichmässig zu verteilen. Die Zinskosten fallen an, wenn die Transportunternehmen zur Beschaffung von neuem Rollmaterial nicht über genügend Eigenkapital verfügen und somit auf Fremdkapital angewiesen sind.
Ganz ähnlich wie im «Fall PostAuto» zeigt sich beim jüngsten Skandal das Versäumnis des Bundesamtes für Verkehr: Dort blieben Hinweise auf die Differenzen zwischen den berechneten (und vergüteten) und den effektiven Zinsen zu lange folgenlos. Ein interner Revisionsbericht ortete im Bundesamt «gravierende Mängel». BAV-Direktor Peter Füglistaler bezeichnete die Versäumnisse beim BAV als ärgerlich. Die BLS wird CHF 29 Mio. zurückzahlen. CHF 16 Mio. aus der Zeit vor 2014 liegen jedoch im Bereich der akzeptierten Schätzungenauigkeit bei Zinsmodellen, weshalb dieser Betrag nicht zurückgezahlt werden muss.

Im Dezember 2018 legte der Bundesrat die strategischen Ziele der SBB für die Jahre 2019 bis 2022 vor. Er behielt dabei die wichtigsten Ziele und die Stossrichtung bei; im Bereich des Güterverkehrs, also bei SBB Cargo, gab er jedoch Neuerungen bekannt. Hier bestehe das Ziel darin, dass das Aktionariat von SBB Cargo für eine Minderheitsbeteiligung geöffnet werde. Zudem soll der Güterverkehrsbereich generell stärker aus dem SBB-Konzern herausgelöst werden und schliesslich soll der Verwaltungsrat der SBB Cargo um Drittpersonen erweitert werden. Des Weiteren nahm der Bundesrat punktuelle Anpassungen vor: So solle etwa in Anbetracht der Tatsache, dass die gewinnorientierten Investitionen der SBB in den kommenden Jahren einen Peak erreichen dürften, eine Reduktion der Verschuldungsobergrenze der SBB erfolgen.

Im Oktober 2017 hatte das Bundesamt für Verkehr bekannt gegeben, dass die Fernverkehrskonzession der SBB um zwei Jahre verlängert würde und das Amt 2018 über die Vergabe der Fernverkehrskonzession per Ende 2019 entscheiden werde. Aufgrund der konkurrierenden Gesuche von SBB und BLS brauche es vertiefte Abklärungen, hielt BAV-Direktor Füglistaler fest.
Im Mai 2018 legte das BAV einen Kompromissvorschlag vor, welcher der BLS statt der ersuchten fünf Linien nur die beiden Linien Bern-Biel und Bern-Olten zugestanden hätte. Die BLS lehnte dies ab und argumentierte, dass zwei RegioExpress-Linien nicht ausreichten, um einen wirklichen Mehrwert für die Passagiere zu schaffen.
Im Juni 2018 entschied das BAV jedoch nach dem vorgängig gemachten Kompromissvorschlag: Es erteilte der BLS die Fernverkehrskonzession für die RegioExpress-Linien Bern-Biel und Bern-Olten und beliess die übrigen Linien in der Konzession der SBB. Beide Bahngesellschaften waren darüber nicht glücklich: Die BLS hatte ja fünf Linien (davon zwei Intercity-Linien) beantragt und war über den Entscheid enttäuscht. Die SBB war unzufrieden mit dem Entscheid, weil sie die Fernverkehrskonzession nicht teilen wollte. Sie reichten deswegen im Juli 2018 beim Bundesverwaltungsgericht eine Beschwerde gegen den Entscheid des BAV ein. Die Vergabe sei willkürlich, zudem sei die Aufteilung der Konzession ein Systemwechsel, der ohne politischen Entscheid vorgenommen werde, aber eines solchen bedürfe.

Am 12. August 2017 hatte sich bei Rastatt DE bei Bauarbeiten an einer Untertunnelung ein Gleis abgesenkt. Der destabilisierte Untergrund führte zu einer Streckenblockierung bei der Rheintalbahn, welche Auswirkungen auf den ganzen europäischen Gütertransport hatte. Während Bahnpassagiere auf der betroffenen Strecke mit Bussen um die gesperrte Stelle befördert wurden, fiel der Gütertransport auf der Schiene komplett aus. Von den rund 200 Güterzügen, die jeweils pro Tag auf der betroffenen Strecke unterwegs waren, konnten Anfang September rund 50 über Ausweichstrecken (via Stuttgart oder durch Frankreich) verkehren. Strassentransportfirmen und die Rheinschifffahrt konnten Güter im Volumen von rund 60 Zügen pro Tag aufnehmen, fast die Hälfte des üblichen Gütertransportvolumens konnte jedoch nicht transportiert werden. Der Unterbruch im Güterbahnkorridor zwischen Rotterdam und Genua machte sich vielseitig bemerkbar, so mussten etwa viele Schweizer Firmen auf Rohstoffe warten und Produktionseinbussen verkraften. Die Rheinschifffahrt freute sich über das Wachstum im Auftragsvolumen und führte kurzzeitig gar den 24-Stunden-Betrieb ein, die Anbieter im kombinierten Güterverkehr sorgten sich jedoch um ihren Kundenstamm. Um die Dringlichkeit des Problems für die Schweizer Wirtschaft zu unterstreichen und um ausreichende Ersatzstrecken zu fordern, schrieb Bundesrätin Leuthard an den deutschen Verkehrsminister Dobrindt. Betroffene aus der Wirtschaft äusserten ebenso wie Mitglieder des Bundesparlaments Kritik an Deutschland, in ihren Augen dauerte die Behebung der Panne viel zu lange. Am 1. Oktober konnte der Verkehr auf der Strecke wieder aufgenommen werden – die Deutsche Bahn hatte die im destabilisierten Streckenteil steckende Tunnelbohrmaschine aufgegeben und einbetoniert und so den Untergrund wieder stabilisiert.
In der Antwort auf die Interpellation 17.3765 des Urner Ständerats Dittli (fdp, UR) hielt der Bundesrat im November 2017 fest, es gelte «die internationale Zusammenarbeit auf den europäischen Güterverkehrskorridoren und zwischen den einzelnen Korridoren zu verbessern». Im Nationalrat wollte Fabio Regazzi (cvp, TI) mit seiner Interpellation 17.3746 ebenfalls Auskunft darüber erhalten, wie «ein Rastatt» zukünftig vermieden werden könne und ob der Bundesrat beabsichtige, die Haftungsbestimmungen zu verändern. Der Bundesrat antwortete Mitte November 2017, die «Ausbauten auf den Korridoren müssen priorisiert und vorangetrieben [...] und das grenzüberschreitende Krisenmanagement der Infrastrukturbetreiber und Eisenbahnverkehrsunternehmen verbessert werden». Die Anpassung der Haftungsbestimmungen werde international zu überprüfen sein, der Bundesrat plane, dies auf internationaler Ebene anzusprechen. Zu den gesamtwirtschaftlichen Folgen der Panne in Rastatt für die Schweiz wollte sich der Bundesrat nicht äussern.

Im Ringen von SBB und BLS um die Fernverkehrskonzession gab es laut Medienberichten vom August 2017 einen Druckversuch seitens der SBB auf den Kanton Bern, der Mehrheitsaktionär der BLS ist. Die SBB sistierte im Sommer 2017 einen Baurechtsvertrag, den sie mit dem Kanton Bern über die baurechtliche Nutzung eines Areals in Weyermannshaus-Ost erarbeitet hatte. Der Kanton Bern wollte dort eine Fachhochschule bauen und verfolgte dieses Vorhaben mit einiger Dringlichkeit. Aus Berner Regierungskreisen wurde kolportiert, die SBB sähe im Vertrag offenbar ein Pfand und versuche, ihre Unterschrift davon abhängig zu machen, ob der Kanton Bern als Mehrheitsaktionär der BLS diese von ihren Konzessionsplänen abbringen könne.
Die Wettbewerbskommission warnte Anfang September die SBB, dass Behinderungen im Konzessionsverfahren einen Verstoss gegen das Wettbewerbsrecht bedeuteten. Die SBB unterschrieben den Baurechtsvertrag mit dem Kanton Bern und bestritten, dass sie die Absicht gehabt hätten, Druck auf den Kanton auszuüben.
Am 8. September 2017 reichte die BLS ihr Konzessionsgesuch ein. Sie beantragte die Konzession für die Intercity-Linien Interlaken-Basel (ab 2022) und Brig-Basel (ab 2023) sowie für die RegioExpress-Linien Bern-Olten und Biel-Bern (beide ab 2020) und Le Locle-Bern (ab 2022). Die BLS betonte im Gesuch, gegenüber der bestehenden Monopolsituation könne ein spürbarer Mehrwert für die Fahrgäste geschaffen werden.
Gleichentags reichten auch die SBB ihr Konzessionsgesuch ein: Sie beantragten die Verlängerung ihrer landesweiten Konzession für weitere 15 Jahre. Die SBB hatten sich zuvor mit der SOB geeinigt. Die SOB soll betrieblich selbständig, aber unter der SBB-Konzession, die Linie Bern-Olten-Zürich-Chur sowie die Gotthardbergstrecke befahren.
Mit den Einreichungen der konkurrierenden Gesuche von SBB und BLS zeigte sich, dass der Versuch einer bilateralen Einigung zwischen den Bahngesellschaften gescheitert war.
Die Vergabe der Konzession oblag dem BAV, welches im Dezember 2017 entscheiden wollte.

Ein runder Tisch zur Fernverkehrskonzession scheiterte im Februar 2017: Eine Annäherung der Bahngesellschaften in der Frage der Erneuerung der Fernverkehrskonzession kam nicht zustande. Auf Einladung des Bundesamtes für Verkehr (BAV) hatten die Bahnunternehmen SBB, BLS (Bern-Lötschberg-Simplon-Bahn) und SOB (Südostbahn) während dreier Monate über mögliche Konzessionsvergabelösungen verhandelt. Die SBB wollte jedoch weiterhin die alleinige und ungeteilte Konzession für sich in Anspruch nehmen und erachtete eine Zusammenarbeit mit anderen Bahngesellschaften nur im Rahmen einer ungeteilten Konzession als akzeptabel. Die BLS wollte sich auf eine derartige Zusammenarbeit nicht einlassen und gab bekannt, eine eigene Fernverkehrskonzession zu beantragen. Die SOB und die SBB erklärten, sie würden die Verhandlungen fortführen.

Am 1. Juni 2016 war es soweit: Die offizielle Schweiz beging einen Festakt zur Eröffnung des Gotthard-Basistunnels. Bundespräsident Johann Schneider Ammann und Verkehrsministerin Doris Leuthard empfingen neben viel Schweizer Prominenz auch die politischen Spitzen der Nachbarländer: Die deutsche Bundeskanzlerin Angela Merkel, der italienische Ministerpräsident Matteo Renzi, der französische Staatspräsident François Hollande, der österreichische Bundeskanzler Christian Kern und der Liechtensteiner Regierungschef Adrian Hasler nahmen teil und fanden grosse und lobende Worte für die Schweiz.
Sowohl am Nord- als auch am Südportal fanden Teile des Festaktes statt: Feuerwerk, eine Choreografie mit über 600 Profi- und Laiendarstellerinnen, Ansprachen und Grussworte und eine Flugshow der Patrouille Suisse. Neben dem Kleid im Löcherlook von Doris Leuthard, welches medial kommentiert wurde, führten weitere Teile des Programmes auch zu Gesprächsbedarf im Bundeshaus: So wurde etwa der Auftritt tanzender Derwische in der Choreografie beklagt (Frage von Sylvia Flückiger-Bäni (svp, AG) in der Fragestunde), bei welchen es sich jedoch laut Bundesrat um tanzende Heuhaufen handelte. Diskutiert wurde auch über die Segnung des Tunnels: Geplant war eigentlich, die Segnung durch Vertreter der drei grossen monotheistischen Weltreligionen vornehmen zu lassen. Weil sich die Reformierten nicht vom katholischen Pater Martin Werlen vertreten lassen wollten, wurde mit Pfarrerin Simona Rauch noch eine reformierte Geistliche eingeladen. Während die Einladung von Rabbi Marcel Yair Ebel nicht in Frage gestellt wurde, fragte Erich von Siebenthal (svp, BE) in der nationalrätlichen Fragestunde bezüglich der Einladung von Imam Bekim Alimi, ob der Bundesrat bereit sei, solche Eröffnungen zukünftig «sorgfältiger» zu planen, da gemäss von Siebenthal «der Glaube an die Botschaft des Korans in der Konsequenz immer mehr provoziert und Probleme macht». Der Bundesrat wies in seiner Antwort darauf hin, dass auch Arbeiter muslimischen Glaubens am Gotthardbasistunnel mitgearbeitet hätten und es bei der gemeinsamen Segnung darum gehe, zu zeigen, dass die Religionsgemeinschaften in der Schweiz friedlich zusammenleben und -arbeiten. Damit auch die wachsende Gruppe der Konfessionslosen vertreten sind, war im Vorfeld des Festaktes auch der Abteilungschef Sicherheit im Bundesamt für Verkehr, Pieter Zeilstra, für die Segnungszeremonie eingeladen worden.

Ende März 2015 wurden die Betriebszahlen 2014 von den SBB bekannt gegeben. Einerseits konnten die SBB in allen Bereichen leicht zulegen und den Konzerngewinn um 56,6% auf CHF 373 Mio. steigern, andererseits nahm die Nettoverschuldung weiter zu und betrug mit CHF 7,7 Mia. das 15-fache des Betriebsergebnisses. Für die Gewinnsteigerung waren vor allem die gestiegenen Mieterträge aus dem Immobilienbereich sowie der Verkauf des alten und des neuen Hauptsitzes verantwortlich. Auch das Ergebnis aus dem Personenverkehr war um 8,1% höher als im Vorjahr und beim Güterverkehr resultierte gar eine Zunahme um 124,3% - dies hauptsächlich durch die Übernahme von Güterzügen der Deutschen Bahn auf der Nord-Süd-Achse. Die eigenen Mittel übersteigende Investitionen (vor allem in Rollmaterial) führten zur erneuten Zunahme der Nettoverschuldung. Der Bundesrat erwartet von den SBB eine Reduktion der Nettoverschuldung auf das 12-fache des Betriebsergebnisses. Sorgen bereiten den SBB nach wie vor der steigende Unterhaltsaufwand. Der Nachholbedarf im Unterhalt wird von den SBB auf CHF 2,5 Mia. beziffert - jährlich sind aber nur CHF 1,2 Mia. für den Unterhalt vorgesehen.

Im Januar 2014 richtete die Neat-Aufsichtskommission ihren Bericht über die Oberaufsicht über den Bau der NEAT im Jahre 2013 an das Parlament, welches diesen in der Sommersession 2014 behandelte. Die Aufsichtskommission hielt fest, dass sowohl finanzielle wie auch zeitliche Risiken gesenkt werden konnten. Der Gesamtkredit konnte um CHF 185 Mio. reduziert werden, womit die Endkosten bei CHF 18.5 Mia. liegen sollen. Weiterhin wird die Inbetriebnahme des Gotthard-Basistunnels per 31.12.2016 erwartet. Die Situation beim Ceneritunnel ist weniger klar. Das Bundesverwaltungsgericht hat die Vergabe der Bahntechnik durch die Alptransit Gotthard AG aufgehoben, so dass die Inbetriebnahme des Ceneritunnels (geplant für Dez. 2019) sich möglicherweise verzögert. Unklar sei die Situation der Zubringerstrecken in Deutschland und Italien. Während in Deutschland viele Einsprachen und Forderungen nach Lärmschutzmassnahmen offen sind, stimme die Zusammenarbeit mit Italien eher zuversichtlich. Bundesrätin Leuthard bedankte sich bei der Aufsichtskommission für deren Arbeit. Beide Kammern nahmen vom Bericht Kenntnis.

Im März 2014 wiesen die SBB ihre Betriebszahlen für 2013 aus. Die Bundesbahnen beförderten im Berichtjahr erstmals durchschnittlich eine Million Passagiere pro Tag (Zunahme gegenüber dem Vorjahr um 3,7%). Die Anzahl Personenkilometer stieg auf 17,77 Mrd. und lag damit nach dem Einbruch im Vorjahr leicht über dem Ergebnis von 2011 (17,75 Mrd.). Die SBB begründen die gestiegene Anzahl Personenkilometer mit Angebotsverbesserungen in der Romandie. Trotz der Zunahme von Passagieren und Personenkilometern wies die SBB einen um 44% geschrumpften Konzerngewinn aus. Grund für den Gewinnrückgang seien die gestiegenen Trassenpreise, welche mit der Preiserhöhung vom Dezember 2012 nicht vollständig kompensiert werden konnten. Auch zusätzliche Unterhaltsarbeiten an der Infrastruktur belasteten die Rechnung. SBB Cargo schrieb erstmals seit über vierzig Jahren schwarze Zahlen: Die Kosteneinsparungen durch die Reduktion von Bedienpunkten führten in Kombination mit dem Zuwachs an Kunden zu einem Gewinn von CHF 14,7 Mio. Im April wurde bekannt, dass DB Schenker, eine Gütertransport-Tochterfirma der Deutschen Bahn, ihre Aufträge per 2014 nicht mehr mit der BLS Cargo abwickeln wird, sondern mit der SBB Cargo. Die BLS Cargo verliert damit ihren wichtigsten Kunden: Rund 5'000 Züge über die Gotthardstrecke fallen weg (von total 6'000 Zügen). Die BLS Cargo muss deshalb rund 80 Stellen streichen. Die SBB Cargo teilte mit, dass sie mit dem neuen Auftraggeber bestehende Kapazitäten besser nutzen könne und dass auch die Einstellung von zusätzlichem Personal (auch von der BLS Cargo) möglich sei.

Mit dem Fahrplanwechsel am 9. Dezember hat die SBB ihr Angebot ausgebaut: RegioExpress-Züge zwischen Genf und Lausanne fahren fortan im Halbstundentakt und alternierend nach Vevey oder nach Palézieux-Romont. Das Sitzplatzangebot hat auf dieser Strecke damit um 33 Prozent zugenommen, 13 neue Doppelstockzüge sind im Einsatz. Eine weitere bedeutende Neuerung ist der Halbstundentakt zwischen Zürich und Schaffhausen. Dieser wird mit einem neuen RegioExpress erreicht, welcher die bestehenden InterCity- und InterRegio-Verbindungen ergänzt. Im internationalen Personenverkehr baute die SBB ihr Angebot ebenfalls aus: Auf Verbindungen zwischen Zürich und Österreich ist seit Fahrplanwechsel ein sechstes Paar Railjets unterwegs. Die Reisezeit von Zürich nach Wien verkürzt sich um 20 Minuten. Die TGV Lyria, Tochtergesellschaft der französischen Staatsbahn (SNCF) und der SBB, baute ihre Verbindungen zwischen Frankreich und der Schweiz ebenfalls aus: Die TGV-Verbindung Paris-Bern wird bis Interlaken Ost weitergeführt. Auch das Angebot im Regionalverkehr wurde vergrössert, mit einzelnen zusätzlichen Zügen, neuem Rollmaterial und neuen Haltestellen. Zudem hat die SBB die Benutzerfreundlichkeit der Billettautomaten erhöht und die SBB Applikation für Mobiltelefone verbessert. 70 Prozent der verkauften Billetts werden von den Kunden am Automaten oder via App in Selbstbedienung gekauft.

Per 1. Mai 2013 soll das Personal der SBB individuelle Lohnerhöhungen im Umfang von insgesamt 0.75 Prozent der Lohnsumme erhalten. Zwei Drittel der Lohnerhöhungen fliessen in die individuelle Lohnentwicklung, ein Drittel dient als Bonus, um gute Leistungen der Mitarbeitenden zu honorieren. Die Gewerkschaften verzichteten darauf, gegen dieses Lohnangebot vorzugehen.

Nachdem bekannt worden war, dass sich die Firma Apple unrechtmässig der Bahnhofsuhr bediente, indem sie diese ohne Absprache mit der SBB auf ihren Geräten iPad und iPhone verwendet hatte, wurde im Oktober eine Lizenzvereinbarung unterzeichnet. Über die Höhe der Lizenzgebühr und die weiteren Einzelheiten der Regelung wurden keine Auskünfte erteilt, Medien schrieben aber von rund CHF 20 Mio.

Die Alptransit AG meldete im September des Berichtjahres, dass der Vortrieb im Ceneri-Basistunnel wegen Störzonen im Gestein langsamer vorankomme als geplant. Der Rückstand auf den Bauplan betrage 7 Monate. Die Inbetriebnahme soll trotzdem 2019 möglich sein. Auch das Gesamtbudget der Gotthardachse soll eingehalten werden können.