Nachdem der Nationalrat in der Sommersession 2018 die vom Bundesrat vorgeschlagene Änderung des Waffengesetzes zur Umsetzung der EU-Waffenrichtlinie (2017/853) in einigen Punkten abgeschwächt und damit gemäss Bundesrätin Simonetta Sommaruga «nicht mehr richtlinienkonform» entschieden hatte, kam das Geschäft zur Vorberatung in die SiK-SR. Deren Sprecher Josef Dittli (fdp, UR) erklärte im Herbst 2018 vor dem Ständeratsplenum, sie habe erneut die KKJPD, die KKPKS sowie den Schweizer Schiesssportverband (SSV) zum laufenden Gesetzgebungsprojekt angehört und in ihrer Beratung schliesslich einen Kompromiss zwischen den Ansprüchen von Schengen/Dublin und jenen der Schützen gesucht, der die Spielräume der EU-Richtlinie ausnutze, aber nicht gegen sie verstosse.
Der Ständerat trat ohne Gegenantrag auf die Vorlage ein. Als ersten Teil der eingangs beschriebenen Kompromisslösung beantragte die SiK-SR ihrem Rat einstimmig, wie vom Nationalrat beschlossen die Ordonnanzwaffen, die von Armeeangehörigen am Ende des Dienstes direkt aus den Beständen der Militärverwaltung zu Eigentum übernommen werden, nicht als verbotene Waffen zu kategorisieren. Mit 29 zu 15 Stimmen schloss sich der Ständerat in dieser Frage dem Nationalrat an.
In anderen Punkten ortete die SiK-SR jedoch Korrekturbedarf am Beschluss des Nationalrates, um den Anforderungen der EU-Richtlinie zu entsprechen, so etwa betreffend die Regelung des Erwerbs und Besitzes von Ladevorrichtungen mit hoher Kapazität. Der Nationalrat hatte hier grossen administrativen Aufwand und keinen Nutzen gesehen und schliesslich ganz auf eine Regelung verzichtet. Laut Kommissionssprecher Dittli schreibt die EU-Richtlinie jedoch vor, dass grosse Magazine nur von Personen erworben werden dürfen, die auch die dazugehörigen Waffen erwerben dürfen. Der Beschluss des Nationalrates sei somit nicht richtlinienkonform und müsse korrigiert werden. Die SiK-SR schlug ihrem Rat hierzu vor, die grossen Magazine im Gesetz nicht wie Munition zu regeln – das hatte der Bundesrat ursprünglich vorgesehen, jedoch war die damit zusammenhängende Buchführungspflicht für die Händler im Nationalrat kritisiert worden. Stattdessen wollte sie ein eigenes Kapitel über den Erwerb und Besitz von Ladevorrichtungen mit hoher Kapazität einfügen, in dem festgehalten wird, dass solche nur von Personen erworben werden dürfen, die zum Erwerb der entsprechenden Waffe berechtigt sind sowie dass zu deren Besitz berechtigt ist, wer sie rechtmässig erworben hat. Bei diesem Vorschlag entfiele die Buchführungspflicht und grosse Magazine könnten unbürokratisch nach Vorlage der Ausnahmebewilligung oder des Waffenerwerbsscheins erworben werden. Nachdem sich auch Justizministerin Sommaruga mit dieser Regelung einverstanden erklärt hatte, nahm sie der Ständerat stillschweigend an. Ebenfalls als nicht richtlinienkonform hatte die SiK-SR den Entscheid des Nationalrates gegen die Markierung von wesentlichen Waffenbestandteilen bewertet. Dieser hatte auch hier unnötigen administrativen Aufwand gesehen und deshalb beim geltenden Recht bleiben wollen, wonach bei zusammengebauten Feuerwaffen die Markierung eines wesentlichen Bestandteils genügt. Die EU-Richtlinie verlange jedoch bei einem Neuerwerb die Markierung aller wesentlichen Waffenbestandteile, begründete Dittli den Antrag der Kommission, hier dem Bundesrat zu folgen, was der Ständerat schliesslich auch tat.
Keine Frage der Konformität mit der EU-Richtlinie war jene, ob den Kantonen bei der Erteilung von Ausnahmebewilligungen an Sportschützen mittels einer Kann-Formulierung ein gewisser Ermessensspielraum im Sinne des Föderalismus zugestanden werden soll oder ob mit einer Muss-Formulierung schweizweit für alle Sportschützen die gleichen Bedingungen festgehalten werden sollen, wie es der Nationalrat beschlossen hatte. Mit 24 zu 21 Stimmen nahm die kleine Kammer einen diesbezüglichen Einzelantrag Engler (cvp, GR) an und folgte dem Nationalrat; damit müssen die Kantone allen Sportschützen eine Ausnahmebewilligung erteilen, die nachweisen, dass sie Mitglied in einem Schiessverein sind oder sonst regelmässig schiessen, und dürfen keine zusätzlichen Anforderungen stellen. Ebenfalls einverstanden zeigte sich der Ständerat damit, dass dieser Nachweis einmal nach fünf und ein weiteres Mal nach zehn Jahren erbracht werden muss. Bei der allgemeinen Bestimmung für Ausnahmebewilligungen – nicht jener speziell für Sportschützen – hingegen, schwenkte die Ständekammer auf die bundesrätliche Kann-Formulierung zurück, um über das Waffengesetz hinausgehende kantonale Vorschriften nicht zu verunmöglichen.
Mit einer letzten Änderung kam der Ständerat noch einmal den Schützen entgegen, indem er die Bestätigungspflicht für vor dem Inkrafttreten des Waffengesetzes erworbene, neu verbotene Waffen in eine einfache Meldepflicht umwandelte. Ein Einzelantrag Hösli (svp, GL), der komplett auf eine Meldung oder Bestätigung verzichten und stattdessen das Prinzip der Besitzstandswahrung festschreiben wollte, blieb mit 10 zu 31 Stimmen bei 2 Enthaltungen chancenlos. In der Gesamtabstimmung nahm der Ständerat den Gesetzesentwurf mit 34 zu 6 Stimmen bei 5 Enthaltungen an und gab ihn zurück an den Nationalrat zur Differenzbereinigung.
War es nach der Debatte im Erstrat ProTell gewesen, die mit dem Referendum drohte, war es nach der Beratung im Ständerat die AUNS, die ankündigte, sie werde das Referendum unterstützen oder wenn nötig selbst ergreifen – es gehe um «die Selbstbestimmung der unabhängigen Schweiz», so der Wortlaut in der entsprechenden Mitteilung. Während sich die SVP als «Unterstützerin im Hintergrund» am Referendum beteiligen wolle, hätten indes der SSV und die Schweizerische Offiziersgesellschaft (SOG) diesbezüglich noch keinen Entscheid gefällt.

In der Herbstsession 2015 verhandelte der Ständerat als Zweitrat das erste Massnahmenpaket der Energiestrategie 2050. Während die UREK-SR dem Rat das Eintreten empfahl, verlangte eine Minderheit Hösli (svp, GL) Nichteintreten und ein Antrag Hefti (fdp, GL) die Rückweisung der Vorlage an die UREK-SR mit dem Auftrag, den Wirtschaftsstandort Schweiz nicht übermässig durch Förderabgaben zu belasten und die Regulierungsdichte in der Vorlage zu senken. In der Eintretensdebatte wurde von verschiedenen Seiten die grosse Arbeit verdankt, welche die UREK-SR in dieser Sache geleistet habe. Obschon in jedem Votum der Eintretensdebatte gewisse Vorbehalte vorgetragen wurden, so begrüssten doch ausser den Antragstellern Hösli und Hefti alle das Eintreten auf das von Ständerätin Bruderer Wyss (sp, AG) als "Generationenvorlage" bezeichnete Geschäft. In der Abstimmung wurde mit grosser Mehrheit Eintreten beschlossen, die Minderheit Hösli (Nichteintreten) erhielt nur 2 Stimmen, der Rückweisungsantrag Hefti 3 Stimmen.
In der Detailberatung schlug die Kommission vor, den Richtwert der durchschnittlichen inländischen Produktion im Jahre 2035 auf mindestens 11 400 Gigawattstunden zu legen, was realistischer sei als die vom Bundesrat vorgeschlagenen und vom Nationalrat übernommenen 14 500 GWh. Eine Minderheit Bruderer Wyss (sp, AG) wollte an der Version des Nationalrates festhalten und eine Minderheit Theiler (fdp, LU) wollte den Richtwert ganz aus der Vorlage streichen. Der Antrag für den höheren Richtwert unterlag dem Kommissionsantrag mit 16 zu 27 Stimmen, der Antrag auf Streichen wurde mit 32 zu 11 Stimmen abgelehnt.
Zwei Minderheitsanträge Hösli (svp, GL), welche die Richtziele in Energie- und Stromverbrauch gegenüber der Mehrheit tiefer ansetzen wollten, wurden ebenfalls abgelehnt. Einen Einzelantrag Gutzwiller (fdp, ZH), welcher die vom Nationalrat gekippte bundesrätliche Bestimmung zur Prüfung von Alternativen beim Bau eines neuen fossil-thermischen Kraftwerks wieder aufnehmen wollte, wurde mit 21 zu 19 Stimmen abgelehnt. Während die Kommissionsmehrheit an der bundesrätlichen Vorgabe eines Energie-Richtplanes festhalten wollte, verlangte eine Minderheit Imoberdorf (cvp, VS) die Zustimmung zum Nationalrat, welcher diese Vorgabe gekippt hatte. Imoberdorf beklagte, der Bund mische sich mit der bundesrätlichen Bestimmung in die raumplanerische Kompetenz der Kantone ein. Obschon Bundesrätin Leuthard diese Einmischung des Bundes bestritt, folgte die kleine Kammer mit 25 zu 15 Stimmen der Minderheit und dem Nationalrat. Eine Minderheit Hösli (svp, GL) wollte dem Nationalrat auch darin folgen, in einem Zusatz zu Artikel 13 die Unterstützung der Kantone durch den Bund festzuhalten. Weil dies nach der zuvor abgelehnten Regelung sinnvoll sei, sprach sich auch Bundesrätin Leuthard dafür aus und der Antrag wurde mit 32 zu 10 Stimmen bei 3 Enthaltungen angenommen. Die kleine Kammer folgte dem Nationalrat in den ersten beiden Absätzen des Artikels 14, welcher die Nutzung erneuerbarer Energie als nationales Interesse einstuft und die Grundlage zur Interessenabwägung beim Neubau von Kraftwerken in Schutzgebieten legt. Allerdings schuf die kleine Kammer auch eine Differenz zur grossen, indem sie bei den zwei weiteren Absätzen des Artikels dem Bundesrat folgte und sich dabei für die Anhörung von Umwelt- und Heimatschutzverbänden aussprach. In diesem Zusammenhang wurde auf die parlamentarische Initiative Eder (fdp, ZG) verwiesen, deren Anliegen damit teilweise begegnet wurde.
Bei Artikel 17 strich der Ständerat die Absätze, welche der Nationalrat eingefügt hatte, mit der Begründung, die Abnahmepflicht von Strom zu staatlich vorgegebenen Preisen sei zu bürokratisch. Eine Differenz zur grossen Kammer schuf der Ständerat weiter auch bei Artikel 18, in welchem die Kommission des Ständerates das Konzept des Eigenverbrauchs gemäss den Anforderungen der Praxis klarer regeln wollte. Die Kommission hatte zusammen mit Fachleuten und dem Verband Schweizerischer Elektrizitätsunternehmen sowie Nationalrat Grossen (glp, BE), dessen diesbezüglicher Antrag im Nationalrat angenommen worden war, eine Lösung gefunden, welche auch von Bundesrätin Leuthard gutgeheissen und vom Ständerat ohne Einwände angenommen wurde. Leuthard wies in diesem Zusammenhang auf die angenommene parlamentarische Initiative der UREK-NR hin. Während die Kommissionsmehrheit in der Frage der Förderung von Kleinwasserkraftwerken eine Untergrenze bei der Leistung von 300 Kilowatt setzen wollte, verlangte eine Minderheit Luginbühl (bdp, BE) eine Untergrenze von 1 Megawatt. Luginbühl begründete dies mit den hohen Förderkosten, die einer kleinen Leistung gegenüberstünden. Unterstützung erhielt der Antrag von Ständerat Zanetti (sp, SO), welcher als "Vertreter der Fische" um eine höhere Fördergrenze bat. Alle weiteren Voten von links bis rechts hielten fest, dass es eben auch die Kleinkraftwerke brauche, um den Atomstrom zu ersetzen. Die Minderheit Luginbühl unterlag in der Abstimmung schliesslich mit 18 zu 25 Stimmen. Ein Einzelantrag Graber (cvp, LU) wollte Kleinproduzenten von der Direktvermarktung befreien: Kleinproduzenten mit weniger als 1 Megawatt Leistung sollen vom Netzbetreiber den Referenzmarktpreis für den produzierten Strom erhalten, da der Aufwand der Selbstvermarktung gemessen an der Produktion zu hoch sei. Der Ständerat verwarf den Antrag Graber und folgte im übrigen der Fassung des Bundesrates, was die Schaffung einer Differenz zum Nationalrat bedeutete. In Artikel 22 wich die kleine Kammer erneut von der nationalrätlichen Fassung ab: Sie strich die Festlegung der maximal anrechenbaren Gestehungskosten auf höchstens 20 Rappen pro Kilowattstunde. Ein Antrag Schmid (fdp, GR), der günstige Bundesdarlehen für neue Wasserkraftwerke ermöglichen wollte, wurde kontrovers diskutiert und schliesslich mit 23 zu 22 Stimmen abgelehnt. Die ständerätliche Kommission hatte neu ein als Notfalllösung ausgelegtes Konzept zur Unterstützung der Grosswasserkraft aufgenommen. Grosswasserkraftwerke, die aufgrund der schwierigen Marktlage in finanzielle Probleme geraten, sollen für eine beschränkte Zeit Unterstützung erhalten - dies, weil die Grosswasserkraft weiterhin eine zentrale Rolle im schweizerischen Energiehaushalt einnehmen soll und Konkurse die Versorgungssicherheit gefährden könnten. Die UREK-S schlug vor, die Unterstützung auf jährlich CHF 120 Mio. zu beschränken sowie eine maximale Unterstützungsdauer von 5 Jahren festzulegen. Die Finanzierung soll über den Netzzuschlagsfonds sowie über eine Wasserzinsreduktion erfolgen. Laut Kommissionssprecher Bischofberger (cvp, AI) soll eine Differenz zum Nationalrat geschaffen werden, damit eine Lösung für die sich akzentuierenden Probleme der Grosswasserkraft vertieft geprüft werden können. Gegen diese Kommissionsmehrheit wandte sich eine Minderheit I Imoberdorf, die nur die Finanzierung ändern wollte - keine Wasserzinsreduktion, stattdessen grössere Beiträge aus dem Netzzuschlagfonds - und eine Minderheit II Theiler, die im Vertrauen auf die Marktkräfte ganz auf die vorgeschlagene Notfallunterstützung verzichten wollte. Ein Einzelantrag Engler (cvp, GR) wollte die Grosswasserkraft substanziell an den KEV-Beiträgen teilhaben lassen, wurde aber vor der Abstimmung zurückgezogen. Die beiden Minderheitsanträge unterlagen mit 33 zu 11 und mit 32 zu 11 Stimmen bei einer Enthaltung. Die Kommission schlug weiter Regelungen vor, um Rückerstattungen des Netzzuschlages zu begrenzen und auf stromintensive Unternehmen zu beschränken. Eine Minderheit Hösli (svp, GL) wollte die Rückerstattung des Netzzugschlages für Unternehmen in förderungswürdigen Regionen verstärken und ein Einzelantrag Germann (svp, SH) verlangte, dass alle Grossverbraucher dann eine Rückerstattung des Netzzuschlages erreichen können, wenn sie interne Massnahmen für Energieeffizienz nachweisen. Sowohl Kommissionssprecher Bischofberger wie auch Bundesrätin Leuthard wiesen darauf hin, dass es hier um die Finanzierung der KEV gehe und nicht um Wirtschaftsförderung und schon gar nicht um Regionalpolitik. Die Grossverbraucher profitierten schon heute gegenüber den KMU, weil sie auf dem liberalisierten Markt einkaufen können. Könnten sie ihre Netzzuschläge zurückforden, müssten die Abgaben von kleineren Unternehmen und von Haushalten höher sein, um die angestrebte Alimentation der KEV zu erreichen. Sowohl der Minderheits- wie auch der Einzelantrag wurden in der Abstimmung deutlich verworfen. In Abweichung vom Nationalrat wollte die Kommissionsmehrheit die Kompetenzen zur Ausgestaltung von Vorschriften im Gebäudebereich den Kantonen überlassen. Ein Antrag Hess (fdp, OW) wollte in dieser Frage die nationalrätliche Fassung beibehalten und eine Minderheit Bruderer Wyss (sp, AG) verlangte, dass die von der Kommissionsmehrheit abgelehnten Regelungen zu effizienten Geräten, zur Haustechnik und zur Energieverbrauchserfassung beibehalten werden. Während der Minderheitsantrag Bruderer Wyss abgelehnt wurde, erklärte eine Ratsmehrheit mit Unterstützung von Bundesrätin Leuthard ihre Zustimmung zum Antrag Hess. Mit dem vom Nationalrat aufgenommenen Bonus-Malus-System für Stromlieferanten war die Kommissionsmehrheit nicht einverstanden, sie beantragte dem Rat, diesen Artikel zu streichen. Eine Minderheit Cramer (grüne, GE) wollte dem Nationalrat folgen und eine Minderheit Diener Lenz (glp, ZH) schlug andere Regelungen vor, um die Energieeffizienz zu erhöhen. Der Rat zog die Minderheit Diener Lenz der Minderheit Cramer deutlich vor, gab aber in einer zweiten Abstimmung der Mehrheit mit 23 zu 21 Stimmen den Vorzug, so dass der Artikel gestrichen wurde. Die Kommissionsmehrheit wollte die vom Bundesrat vorgeschlagene und vom Nationalrat übernommene Lösung für das Einspeisevergütungssystem nicht mittragen und beantragte die Streichung der Artikel 39 und 76. Der Rat stimmte zu, die geschaffene Differenz erlaube es dem Nationalrat, in dieser Sache weiter nach einer brauchbaren Lösung zu suchen. Mit 27 zu 16 Stimmen bei zwei Enthaltungen strich der Ständerat die sogenannte "Dreckstromabgabe", eine Abgabe auf nicht garantiert CO2-freien Strom. Was von der Kommission als Stützung der einheimischen Wasserkraft gedacht war, erschien der Ratsmehrheit als kaum tragbare "Industriesteuer". Die Ratskommission wollte weiter, dass die Hälfte der Rückbaukosten von den Steuern abgezogen werden kann, wenn statt einer Gebäudesanierung ein Ersatzneubau realisiert wird. Eine Minderheit Luginbühl (bdp, BE) beantragte die Streichung und berief sich dabei auch auf die Finanzdirektoren- und Energiedirektorenkonferenz. Mit 25 zu 15 Stimmen bei einer Enthaltung folgte der Rat dieser Minderheit. Der Ständerat folgte dem Bundesrat und dem Nationalrat in der Änderung des Kernenergiegesetzes bezüglich der Wiederaufbereitung von abgebrannten Brennelementen und nahm das Verbot der Wiederaufbereitung an. Ständerat Eberle (svp, TG) hielt fest, dass es sich dabei um eine Ressourcenverschwendung "der gröberen Art" handle, verzichtete aber auf einen Antrag, weil er diesen für chancenlos hielt. Die vom Nationalrat eingebrachte Regelung eines Langzeitbetriebskonzepts, welches die Betreiber eines AKW nach 40 Betriebsjahren vorlegen müssten, war in der ständerätlichen Kommission sehr kontrovers diskutiert und schliesslich mit 7 zu 6 Stimmen abgelehnt worden. Eine Minderheit Diener Lenz beantragte dem Rat, dem Nationalrat zuzustimmen und die Langzeitbetriebskonzepte gutzuheissen. Während die Ständeräte Eberle (svp, TG) und Theiler (fdp, LU) die bisherigen Sicherheits- und Aufsichtsmechanismen lobten und Änderungen als gefährlich darstellten, betonten die Ständerätinnen Diener Lenz (glp, ZH) und Bruderer Wyss (sp, AG), dass das ENSI selber solche Konzepte wünsche und die Sicherheit ohne diese Konzepte durch ausbleibende Investitionen gefährdet sei. Mit 25 zu 20 Stimmen folgte der Rat seiner Kommissionsmehrheit und strich die Langzeitbetriebskonzepte aus dem Gesetz. Eine Laufzeitbeschränkung auf 50 Jahre, die eine Minderheit Berberat (sp, NE) einbringen wollte, fand keine Mehrheit im Rat. Bevor das Geschäft in der Schlussabstimmung mit 27 zu 4 Stimmen bei 8 Enthaltungen angenommen wurde, drückte Ständerat Recordon (grüne, VD) in deutlichen Worten sein Missfallen über die vom Ständerat getroffenen Entscheide aus - er werde Mühe haben, nach diesen Entscheiden auf das Ende der Legislatur anstossen zu können.