Im Rahmen der Debatte zum Voranschlag 2020 verabschiedete das Parlament auch die Nachträge II und IIa zum Voranschlag 2019. Ersteren hatte der Bundesrat im September 2019 vorgestellt: Der Nachtrag II umfasste 13 Kredite in der Höhe von CHF 93 Mio., was abzüglich interner Kompensationen (CHF 2.6 Mio.) und Wertberichtigungen (CHF 2 Mio.) effektive Mehrausgaben von CHF 88.4 Mio. mit sich brachte. Dies entsprach 0.12 Prozent der Ausgaben des Voranschlags 2019, was im langjährigen Durchschnitt lag (2012-2018: 0.15%). Der grösste Beitrag sei die Einlage für den Nationalstrassen- und Agglomerationsfonds (NAF; CHF 57 Mio.), welche durch eine Änderung der Verbuchungsmethode begründet sei: Die Erträge der Bewirtschaftung der Nationalstrassen sowie Drittmittel von Kantonen und Gemeinden würden neu via ASTRA in den NAF eingelegt; diese Einlage müsse entsprechend erhöht werden. Um verzögerte Projekte fertigzustellen, sollte auch der Kredit für den Betrieb, Ausbau und Unterhalt der Nationalstrassen im Rahmen des NAF um CHF 15 Mio. erhöht werden. Auch in der Sonderrechnung für die Bahninfrastruktur (BIF) sollte der Kredit für den Substanzerhalt der Bahninfrastruktur für die aktualisierte Planung der Infrastrukturbetreiber und Seilbahnen um CHF 232 Mio. erhöht werden, wobei ein Teil dieser Kosten im Voranschlagskredit 2020 für den Betrieb kompensiert würde (-CHF 88 Mio.). Für die termingerechte Fertigstellung der Arbeiten am Ceneri-Basistunnel im Rahmen der NEAT forderte der Bundesrat einen zusätzlichen Kredit in der Höhe von CHF 39 Mio. Schliesslich musste der Bund CHF 25 Mio. zusätzlich an die EL zur IV bezahlen, deren Kosten im Jahr 2019 um denselben Betrag höher ausgefallen waren als im Voranschlag budgetiert.
Im Oktober 2019 legte der Bundesrat zudem den Nachtrag IIa vor, der zur «Honorierung der gezogenen Solidarbürgschaften für die schweizerische Hochseeschifffahrt» nötig geworden sei, wie die Regierung erklärte. Darin fasste sie das neuste Problem bezüglich der Hochseeschifffahrtsbürgschaften, die Einstellung des Schiffsbetriebs der acht Hochseeschiffe umfassenden Massmariner SA, zusammen. Der Bund verbürge Massmariner-Schiffe noch mit CHF 129 Mio., diese Bürgschaften seien nun nach dem Entscheid zum Verkauf dieser Schiffe gezogen worden. Der Bund sei nun gegenüber der betroffenen Bank zur Zahlung der ausstehenden verbürgten Darlehenssumme bis Februar 2020 verpflichtet.
Letzterer Nachtrag führte in der Nationalratsdebatte in der Wintersession 2020 zu einigen Diskussionen. Zuvor hatte der Ständerat alle Nachträge diskussionslos und stillschweigend angenommen. Bereits in der Kommission sei diese Frage intensiv diskutiert worden, erklärte Alois Gmür (cvp, SZ) im Nationalrat; die Mehrheit sei jedoch zum Schluss gekommen, «dass das Parlament wohl keine Alternative hat, als diesen Nachtragskredit zu bewilligen». Ähnlich formulierten es seine Ratskolleginnen und -kollegen, Ursula Schneider Schüttel (sp, FR) sprach beispielsweise von einer «zähneknirschenden» Zustimmung. Pirmin Schwander (svp, SZ) hingegen stellte den Antrag, im Nachtrag II zum Voranschlag 2019 auf die Genehmigung der Zahlung zu verzichten. Der Bund und die betroffene Bank hätten die Begleichung der ausstehenden Darlehenssummen auf Februar 2020 festgelegt, der Bundesrat solle diese Frist nun neu aushandeln und dadurch der Oberaufsicht und dem Parlament die Möglichkeit geben, die Einsetzung einer PUK zu prüfen. Auch der SVP-Fraktion sei klar, dass man zahlen müsse, erklärte Schwander, man müsse nun aber Halt sagen und der weltweiten Hochseeschifffahrtsbranche ein Zeichen schicken, dass diese künftig die Preise nicht mehr so stark drücken könne. Bundesrat Maurer goutierte dieses Vorgehen keineswegs: «Sie können hier schon die starke Person spielen und sagen: «Wir bezahlen noch nicht!» Aber wir bezahlen ohnehin», betonte er und bat den Nationalrat, den Nachtrag zu bewilligen. Mit 103 zu 52 Stimmen (bei 40 Enthaltungen) folgte die grosse Kammer dieser Bitte. Die SVP sprach sich geschlossen gegen den Nachtrag aus, die SP und vereinzelte Nationalrätinnen und Nationalräte anderer Fraktionen enthielten sich ihrer Stimme.
Genauso wie diesen Nachtrag genehmigte der Nationalrat auch die übrigen, kleineren Ausgaben: unter anderem CHF 3.4 Mio. aufgrund der Erhöhung des Beitragssatzes der Schweiz für das UNO-Budget; CHF 1.7 Mio. für die Arbeitslosenversicherung, da der Bund 2018 einen zu tiefen Beitrag geleistet hatte; CHF 1 Mio. für das IT-Programm Genova, die durch eine Verzögerung von sechs Monaten aufgrund von Stabilitätsmängeln der Software nötig geworden waren; CHF 430'000 aufgrund von Änderungen am Beitragsschlüssel der OECD; CHF 350'000 für die Bundesanwaltschaft, die durch die Untersuchungen im Disziplinarverfahren betreffend Bundesanwalt Michael Lauber nötig geworden waren; sowie CHF 300’000 für die Zollverwaltung aufgrund der Erhöhung des Frontex-Budgets.

Wie schmal der Grad zwischen öffentlichem Interesse und dem Schutz der Persönlichkeit ist, zeigt sich jeweils dann, wenn Medien über das Privatleben von Politikerinnen und Politikern berichten. Im Fall der Verurteilung eines Sohnes von Bundesrat Ueli Maurer wurde in den Medien allerdings nicht nur öffentliches Interesse reklamiert, sondern auch darauf hingewiesen, dass gerade bei Vertretern der SVP, die gegen die «Kuscheljustiz» und für «Strafverschärfungen» weible, besonders genau hingeschaut werden müsse. Das öffentliche Interesse wurde auch damit begründet, dass in diesem Fall die judikative Unabhängigkeit bewiesen werden müsse.
Was war geschehen? Ende 2017 machte der «Zürcher Oberländer» publik, dass einer der Söhne von Ueli Maurer vor Gericht erscheinen müsse, weil er zwei Jahre zuvor unter Alkoholeinfluss einen Autounfall verursacht habe. Die Sonntagszeitung nahm den Fall auf und vermutete, dass es noch weitere Delikte geben müsse, die dem Sohn angekreidet würden – die Anklageschrift werde allerdings nicht zugänglich gemacht, erklärte die Zeitung. Mehr noch, die Verteidigung habe beantragt, den Prozess unter Ausschluss der Öffentlichkeit durchzuführen, um die Persönlichkeit des Mandanten zu schützen. Der Entscheid vom Bezirksgericht Hinwil, die Medien, nicht aber die Öffentlichkeit zum abgekürzten Prozess zuzulassen, wurde vom Anwalt von Maurers Sohn zwar weitergezogen, vom Obergericht und schliesslich vom Bundesgericht Ende Mai 2018 aber bestätigt. Gerade wenn der Sohn eines Bundesrats vor Gericht stehe, bestehe ein gewichtiges öffentliches Interesse. Als Beschuldigter habe der Angeklagte die mit einer öffentlichen Verhandlung verbundenen psychischen Belastungen hinzunehmen. Dem Persönlichkeitsschutz solle aber Rechnung getragen werden, indem die Veröffentlichung von Vorname, Alter, Wohnort und Fotos verboten würden – so das Urteil des letztinstanzlichen Gerichts.
Mitte Oktober 2018 fand schliesslich der Prozess statt und die Medien erhielten erst dann die Anklageschrift. Neben dem Autounfall wurde der Sohn von Ueli Maurer wegen Raub und versuchter Erpressung – Maurers Sohn hatte zusammen mit einem Kollegen einen Mann ausgeraubt –, Sachbeschädigung, versuchter Gewalt und Drohung gegen Behörden und Beamte, mehrfacher Beschimpfung und Hinderung einer Amtshandlung – bei seiner Verhaftung soll sich der junge Mann widersetzt haben – zu einer bedingten Freiheitsstrafe von 16 Monaten verurteilt. Während der Befragung gab der junge Mann bekannt, stark unter dem Druck gelitten zu haben, der mit der schweizweiten Prominenz seines Vaters einhergehe. Er sei oft fertig gemacht und beleidigt worden. Weil die Anklage medial ausgeschlachtet worden sei, habe er zudem seine Arbeitsstelle verloren und die damit zusammenhängende Weiterbildung abbrechen müssen.
Die Medien kommentierten den Fall unterschiedlich. Während in der Weltwoche (7.12.17) von «Schmuddelpresse und Sippenhaft» die Rede war, beleuchtete die BaZ (23.5.18) das Schicksal der Kinder von Bundesräten. Sie müssten sich erklären, obwohl sie es nicht wollten, oder wollten sich erklären, weil sie glaubten, es tun zu müssen. In seiner Kolumne in der Weltwoche (25.10.18) lobte Peter Bodenmann (VS, sp) die Justiz, die hart geblieben sei, fragte aber rhetorisch, wie die Volkspartei wohl reagiert hätte, wenn «Maurer Junior» Kosovo-Albaner gewesen und der beraubte Mann der ehemalige SVP-Nationalrat Hans Fehr gewesen wäre.

Im September 2017 reichten die WAK-NR (Mo. 17.3706) sowie die WAK-SR (Mo. 17.3665) zwei gleich lautende Motionen zum Verzicht auf die Revision des Steuerstrafrechts ein, welche der Bundesrat zur Annahme empfahl. Ursprung der nun unliebsam gewordenen Revision war eine vom Parlament 2010 angenommene Motion Schweiger (fdp, ZG), welche zum Beispiel Rechtsunsicherheiten eliminieren, verschiedene Steuerarten vereinheitlichen oder eine Überbestrafung vermeiden wollte. Die als Antwort auf diese Motion ausgearbeitete Gesetzesrevision war jedoch in der Vernehmlassung grandios gescheitert, wie es Bundesrat Maurer ausdrückte. Die Revision hätte gemäss dem Finanzminister die Grenzen bezüglich Schutz der Privatsphäre und Schutz des Bankkundengeheimnisses so stark verschoben, dass die Vorlage nicht mehr mehrheitsfähig war. Daher hatte der Bundesrat die Revision im November 2015 zurückgestellt. Als Reaktion unter anderem auf diese Vorlage wurde jedoch die Volksinitiative „Ja zum Schutz der Privatsphäre“ eingereicht, welche das inländische Bankkundengeheimnis in der Verfassung verankern wollte. Während sich der Nationalrat für einen Gegenvorschlag zur Initiative aussprach, lehnte der Ständerat einen solchen aber ab. Stattdessen reichte die WAK-SR obige Kommissionsmotion zum Verzicht auf die Revision ein. Der Nationalrat zog nach und beschloss zudem, die Behandlung der Volksinitiative und des Gegenvorschlags bis nach der Wintersession 2017 – also bis nach der Behandlung der zwei Kommissionsmotionen – zu sistieren.

In Anbetracht dieser Vorgeschichte stand die Diskussion der Kommissionsmotionen im Nationalrat im Zeichen der Signalwirkung auf die Initianten der sogenannten „Matter-Initiative”. Etwas kryptisch erklärte zum Beispiel Leo Müller (cvp, LU), dass eine Annahme der zwei Motionen und die Signale des Bundesrates, das Steuerstrafrecht nicht mehr zu traktandieren, dafür sorgen könnten, dass „die Initianten über das weitere Vorgehen und über das Schicksal dieser Initiative entscheiden“ und die Initiative mit anderen Worten zurückziehen würden. Dieses „vorauseilende Geschenk“ an die Initianten kritisierte aber nicht nur Susanne Leutenegger Oberholzer (sp, BL) und mit ihr die linke Ratshälfte. Deutliche Kritik äusserte auch Martin Landolt (bdp, GL), der die Motionen als „aktive Sterbehilfe“ für die Volksinitiative bezeichnete. Es sei nicht Aufgabe von Parlament und Bundesrat, den Initianten den Rückzug zu erleichtern. Die Annahme der Motion stelle einen Verzicht auf die Chancen, welche eine Revision durchaus haben könnte, dar, was Landolt unter anderem als Arbeitsverweigerung bezeichnete. Auf Nachfrage betonte Bundesrat Maurer zudem, dass es keine Absprachen zwischen ihm, den Initianten und den Urhebern des Gegenvorschlags gäbe. Vielmehr brachte er einen anderen, formelleren Aspekt für den Verzicht auf die Revision ins Spiel. So könne man im schweizerischen demokratischen Prozess nicht einfach eine Vorlage aus dem Jahr 2013 nach fünf Jahren wieder hervornehmen, da sich das Umfeld stark verändert habe. Dazu bedürfe es mindestens einer neuen Vernehmlassung, zudem müsse die Verrechnungssteuerreform in Betracht gezogen werden. Im Sinne einer Frontbereinigung oder „einer Beruhigung der Wogen, die mit einer Volksinitiative hochgegangen sind“ sollen die Motionen angenommen werden, empfahl Maurer weiter. Mit 120 zu 64 Stimmen (bei einer Enthaltung) nahm eine aus den SVP-, FDP- und CVP-Fraktionen bestehende Mehrheit des Nationalrats die beiden Motionen an.

Die Schaffung eines Cybersecurity-Kompetenzzentrums auf Stufe Bund war im Ständerat kaum bestritten und auch im Vorfeld an die Plenardebatte in der grossen Kammer wurden die Zeichen auf grün gesetzt. Das auf eine Motion Eder (fdp, ZG) zurück gehende Anliegen fand einstimmige Unterstützung in der sicherheitspolitischen Kommission des Nationalrates. Sie kam nach Gesprächen mit Cybersicherheits-Fachpersonen aus der Bundesverwaltung sowie unter Berücksichtigung der bereits laufenden Arbeiten im Bereich der Nationalen Strategie zum Schutz der Schweiz vor Cyberrisiken (NCS) und dem entsprechenden Aktionsplan zum Schluss, dass die Motion unterstützt werden soll, denn tiefer greifende Koordination sei im Cyberbereich notwendig. Ein Kompetenzzentrum für Cybersicherheit sei hierzu der richtige Weg.
Kommissionssprecher Glättli (gp, ZH) präzisierte in seiner Einleitung zur Debatte, dass die MELANI nur über beschränkte Personalressourcen verfüge und zudem ihr Auftrag limitiert sei. MELANI, als verwaltungsinterne Koordinationsstelle auch für Cyberkriminalität zuständig, leiste gute Arbeit, so Glättli weiter, es bedürfe aber weiter reichender Kompetenzen für ein eigentliches Kompetenzzentrum. Der anwesende Bundesrat Maurer vertrat auch im Nationalrat die ablehnende Haltung des Siebnerkollegiums: Es werde bereits viel im Cyberbereich unternommen und diverse Expertengruppen würden bald ihre Arbeiten abschliessen. Insofern bat Maurer die Nationalrätinnen und Nationalräte, nicht vorzugreifen. Im Wesentlichen zielten die gegenwärtig angestossenen Prozesse in die gleiche Richtung, wie der Motionär vorgebe, und dies ohne Aufblähung der Verwaltung. Letzteres befürchtete Maurer, falls eine zusätzliche Verwaltungseinheit geschaffen werden müsste. Kommissionssprecher Glättli entgegnete hierauf, dass mit der Motion noch keine operativen Beschlüsse gefasst und die Ausgestaltung und Umsetzung eines solchen Cyber-Kompetenzzentrums Gegenstand weiterer Diskussionen sein würden.
Das Ratsplenum folgte seiner Kommission und hiess die Motion mit 177 zu 2 Stimmen ohne Enthaltungen deutlich gut.

Zeitgleich mit Josef Dittli (cvp, UR) reichte auch Ständerat Eder (fdp, ZG) eine Motion zu Cyber-Fragen ein. Er fokussierte jedoch nicht auf Armeestrukturen, sondern regte generell die Schaffung eines Cybersecurity-Kompetenzzentrums auf Stufe Bund an. Im Laufe der Überprüfung der NCS solle der Bund Massnahmen in die Wege leiten, um eine solche Organisationseinheit zu schaffen. Eder schwebte eine Koordinationsstelle vor, die bundesweit die Vorgänge im Bereich der Cybersicherheit überwacht und fördert, die jedoch ferner auch eine Weisungsbefugnis gegenüber den Ämtern erhalten solle. Die Notwendigkeit einer solchen Stelle leitete Eder aus früheren parlamentarischen Vorstössen sowie dem Geschäftsbericht des Bundesrates über das vergangene Jahr ab, wo klar geworden sei, dass noch zu wenig für die Cybersicherheit gemacht werde. Wie sein Ratskollege Dittli regte Eder eine Zusammenarbeit mit Wissenschaft und Hochschulen sowie der IT-Branche an.

Der Bundesrat teilte die Auffassung, dass der Cyberbereich eine Koordinationsstelle braucht. Zusammen mit MELANI sei eine solche Stelle jedoch bereits geschaffen worden. Das Know-how sei vorhanden und die geforderte Weisungsbefugnis sei auch bereits erteilt worden. Bei grösseren Cybervorfällen würden departementsübergreifende Task-Forces eingesetzt, um Kräfte zu bündeln. Die Bedrohung werde zunehmen – dessen war sich auch die Regierung sicher – und die Anforderungen an die Durchhaltefähigkeit der zuständigen Stellen steige im Ereignisfall. Ein Koordinationszentrum, wie es in der Motion gefordert wird, sei entsprechend fachlich und personell weiterzuentwickeln. Genau dies werde in der Weiterentwicklung der NCS angestrebt, weswegen der Bundesrat die Ablehnung der Motion beantrage.

Anders sah dies der Ständerat. Die Motion wurde mit 41 zu 4 Stimmen deutlich angenommen. Der Abstimmung ging jedoch eine längere Debatte voraus, die rasch verdeutlichte, dass der Bundesrat allein auf weiter Flur stand. Der Motionär selbst eröffnete die Beratungen mit seiner Erstaunensbekundung: Zwar sage die Regierung, sie wolle die Kompetenzen zur Cyberabwehr verstärken und koordinieren, aber die Motion wolle sie nicht zur Annahme empfehlen. Das passe nicht zusammen und das gehe auch für andere Mitunterzeichnende (22 an der Zahl) nicht auf. Verdeutlichen konnte er sein Anliegen mit eben bekannt gewordenen Angriffen auf zwei Departemente. Die Meinung. dass die Meldestelle MELANI bereits Aufgaben im Cyberbereich wahrnehme, teilte der Motionär nicht. Deren Arbeit stellte er nicht infrage, aber in der noch gültigen Cyberstrategie des Bundes komme das Wort "Cybersecurity-Kompetenzzentrum nicht ein einziges Mal vor." Daraufhin hielt er ein eigentliches Plädoyer für die Sache, man müsse endlich handeln – die beiden ETH stünden bereit. Weitere Redner pflichteten Eder (fdp, ZG) bei. Besonders Vertreter der SP sprachen sich dabei für einen Ausbau der Cyberabwehr aus, durchaus auch zu Lasten von anderen Abwehrprogrammen (Rüstung). Erich Ettlin (cvp, OW) fand die Debatte dann "fast schon langweilig", weil sich alle einig waren. Alle ausser Bundesrat Maurer, der die Regierung vertrat. Sein langes Votum – im Wesentlichen zeigte er die bisher angewendeten Vorgänge und Massnahmen auf und die Tatsache, dass kaum eine Bundesratssitzung ohne Cyber-Thema abgehalten werde – schloss er mit dem Appell, man solle die Regierung und MELANI nicht unterschätzen. Das Plenum wollte jedoch ganz offensichtlich ein Zeichen setzen und die Arbeiten im Cyberbereich dergestalt bündeln, dass eine zentrale Stelle die Koordination übernimmt.