Im Vergleich zum Nationalrat bereinigte der Ständerat den Voranschlag 2019 in deutlich kürzerer Zeit und deutlich einhelliger: In den meisten Kommissionsanträgen folgte der Ständerat stillschweigend ohne Gegenantrag dem Entwurf des Bundesrates und schuf so einige Differenzen zum Erstrat. Diskussionslos und stillschweigend sprach sich der Ständerat auch für die vom Bundesrat beantragte und vom Nationalrat abgelehnte Aufstockung des Funktionsaufwands der EFK aus.
Länger diskutiert wurde hingegen über die Berufungskammer des Bundesstrafgerichts. Hier hatte die FK-SR keine Änderung zum bundesrätlichen Vorschlag vorgesehen. Beat Rieder (cvp, VS) erklärte jedoch dem Rat im Rahmen seines Antrags die Problematik des Bundesstrafgerichts ausführlich: Mitte 2017 hatte man eine neue Berufungskammer für das Bundesstrafgericht geschaffen, die sowohl den Sachverhalt als auch die Rechtsanwendung mit voller Kognition von Urteilen überprüfen soll. Aus der geringen Anzahl Fälle, mit denen gerechnet worden war, wurden alleine im Jahr 2017 über 70 Urteile, wofür die auf 300 Stellenprozente erhöhte Personalausstattung nicht ausreichte. Deshalb entschied der Nationalrat stillschweigend, für die Berufungskammer eine eigene Budgetposition zu schaffen und diese um CHF 1 Mio. auf CHF 2.9 Mio. aufzustocken. Mit seinem Einzelantrag beabsichtigte Rieder, diesbezüglich dem Nationalrat zu folgen. Ulrich Meyer, Präsident des Bundesgerichtes, begrüsste im Namen des Bundesgerichts die Änderung des Nationalrats. In der Folge beantragte Hannes Germann (svp, SH) als Präsident der FK-SR den Rückzug des Mehrheitsantrags, wogegen die übrigen Kommissionsmitglieder keine Einwände äusserten und wodurch der Antrag Rieder angenommen wurde.
Die andere grössere Debatte drehte sich um die Frage, welche Beträge zu den verschiedenen WBF-Positionen genau «Dittli-konform» (Anita Fetz, sp, BS) sind, also mit der Motion von Josef Dittli (fdp, UR; Mo. 16.3705) übereinstimmen, gemäss der die Teuerung nur ausgeglichen werden soll, wenn sie anfällt. Finanzminister Maurer bat den Rat diesbezüglich, auf die vorgeschlagenen Erhöhungen der Beträge – die FK-SR schlug in zwei Fällen einen Mittelweg zwischen Bundesrat und Nationalrat vor und sprach sich ansonsten für die von der grossen Kammer vorgenommenen Korrekturen aus – zu verzichten. Man habe die Teuerung bei der ganzen Verwaltung entsprechend der Motion Dittli herausgerechnet; es sei daher nicht fair, hier die Beträge wieder um die Teuerung zu erhöhen. Dem widersprach jedoch Anita Fetz: Ein rückwirkender Teuerungsausgleich, wie ihn der Bundesrat vorgenommen habe, sei nicht Teil der Motion Dittli. Jedoch habe man im Vergleich zum Nationalrat die aktuelle Teuerung herausgerechnet, wodurch die teilweise unterschiedlichen Anträge zur grossen Kammer zu erklären seien. Trotz der Beteuerungen des Finanzministers, dass die Teuerung bei allen Budgetpositionen gleichermassen berücksichtigt worden sei, nahm der Ständerat sämtliche Mehrheitsanträge der Finanzkommission zum WBF an und schuf dadurch auch einige Differenzen zum Nationalrat.
Kurios mutete schliesslich ein Antrag Hösli (svp, GL) an: Ebenso wie ein im Nationalrat unterlegener Minderheitsantrag Gmür (cvp, SZ) forderte dieser den Verzicht auf die Aufstockung des Grenzwachtkorps, obwohl die SVP-Fraktion im Nationalrat die von der FK-NR vorgeschlagene Aufstockung klar befürwortet hatte. Werner Hösli begründete den Antrag damit, dass die Standesinitiativen mit Forderung einer Aufstockung des Grenzwachtkorps aus dem Jahr 2015 stammten, «als sich unsere Grenzbevölkerung zu Recht in ihrer Sicherheit gefährdet sah». Dies sei jetzt aber nicht mehr der Fall und da durch die Zusammenlegung der operativen Einheiten von Grenzwachtkorps und Zoll und der Einführung von DAZIT im administrativen Bereich Personal gespart werden könne, brauche es diese Aufstockung nicht. Dem stimmte auch Finanzminister Maurer zu und staunte über die «verkehrte Welt»: «Normalerweise wollen Sie uns Stellen, die wir Ihnen beantragen, streichen. Hier wollen Sie uns Stellen geben, die wir eigentlich nicht brauchen.» Der Ständerat sprach sich jedoch in Übereinstimmung mit dem Nationalrat ebenfalls für die Finanzierung der 44 neuen Stellen aus, tat dies mit 21 zu 20 Stimmen bei 1 Enthaltung jedoch deutlich knapper als die grosse Kammer.
Ansonsten stimmte der Ständerat dem Erstrat bei zahlreichen Budgetpositionen zu. Unter anderem stimmte er für die Aufstockung der Budgets des Alpinen Museums Schweiz, der internationalen Sportanlässe zur Durchführung der Rad-WM in Aigle sowie der Sicherheitsuntersuchungsstelle, deren Erhöhung der Bundesrat in einer Nachmeldung aufgrund des Unfalls der Ju-Air beantragt hatte. Differenzen schuf er unter anderem bezüglich des BAG, der Sozialhilfe für Asylsuchende, vorläufig Aufgenommene und Flüchtlinge, des Zivildienstes und des Sach- und Betriebsaufwands, bei denen der Ständerat entsprechend dem bundesrätlichen Vorschlag mehr Geld sprechen wollte als der Nationalrat. Bei der Landwirtschaft und diversen Bildungspositionen hatte sich der Nationalrat grosszügiger gezeigt als die Ständekammer.
Einstimmig mit 42 zu 0 respektive 43 zu 0 Stimmen nahm der Ständerat sämtliche zum Budget gehörigen Bundesbeschlüsse an.

Im Unterschied zum Nationalrat fand die Motion Sollberger (svp, BL), die das Sparen bei der Zentralverwaltung verlangte, im Ständerat keine Gnade. Kommissionssprecher Hannes Germann (svp, SH) wiederholte die Argumente des Bundesrats, der bekanntlich bereits daran sei, Sparmassnahmen in der Bundesverwaltung zu prüfen. Die Motion würde also offene Türen einrennen, aber den Handlungsspielraum der Regierung hinsichtlich Personalmanagement unnötig weiter einschränken. Der Rat folgte diesem Votum ohne Diskussion und lehnte die Motion ab.

Der Bundesrat hatte 2005 in Erfüllung eines Postulats erstmals Bericht über die Thematik der im Ausland erbrachten privaten Sicherheitsdienstleistungen erstattet. 2010 gelangte die Frage wieder auf die Agenda, als im basel-städtischen Handelsregister eine entsprechende Firma eingetragen wurde. Die Sicherheitspolitische Kommission (SiK) des Ständerates hatte daraufhin eine Motion eingereicht und ein Bewilligungs- und Kontrollsystem für Sicherheitsfirmen gefordert. Die angenommene Motion führte zum hier behandelten Gesetzesentwurf, welcher Anfang Juni im Parlament erstmals beraten wurde. Die Ständeräte zeigten sich mehrheitlich einverstanden mit dem Gesetzesentwurf. Einzelne Ergänzungen und Präzisierungen wurden von Ständerat Germann (svp, SH) gefordert, jedoch mangels Unterstützung zurückgezogen. Der Kern des Gesetzesentwurfs wurde nicht angetastet. Die kleine Kammer überwies die Vorlage mit einer minimen Änderung mit 26 zu zwei Stimmen an den Nationalrat. In der Volkskammer wurde das Geschäft in der Herbstsession behandelt, wobei mehr Gegenwehr zu verzeichnen war. Zu Beginn der Debatte wurde ein Rückweisungsantrag Glättli (gp, ZH) verhandelt. Dieser forderte, die im sogenannten Montreux-Dokument festgeschriebenen Good Practices, welche für Sicherheitsfirmen gelten sollen, entsprechend einzuhalten. Gerade weil die Schweiz diesen Prozess angestossen habe, müsse sie im Gesetz glaubwürdig bleiben und die Empfehlungen entsprechend umsetzen. Die SiK des Nationalrates hatte jedoch der Vorlage mit 20 zu null Stimmen deutlich grünes Licht gegeben und entsprechend im Plenum deren Annahme beantragt. Einer langen Eintretensdebatte folgte eine deutliche Abstimmung, bei der nur 14 Räte für den Rückweisungsantrag stimmten. Die Detailberatung stellte sich anschliessend aber doch als zäh heraus. Nicht weniger als zwölf Minderheitsanträge wurden eingegeben, die vorwiegend von Evi Allemann (sp, BE) und Beat Flach (glp, AG) vorgebracht wurden. In der Endabrechnung setzte sich die Kommissionsmehrheit aber immer durch, wenn auch bisweilen knapp. Die einzige Änderung gegenüber dem ständerätlichen Beschluss betraf Präzisierungen in den Vorschriften über die Meldepflicht. Mit 126 gegen zwei Stimmen stimmte der Nationalrat in der Gesamtabstimmung dem Geschäft deutlich zu. Damit gelangte der Gesetzesentwurf ein zweites Mal in den Ständerat, welcher jedoch an seiner Version festhielt, so dass weiterhin marginale Differenzen zwischen den Räten bestanden. Nachdem der Nationalrat als Kompromiss einigen Punkten zustimmte, aber einen Artikel nochmals anpasste, stimmte in der dritten und letzten Runde der Ständerat auch diesem Punkt zu, wobei es lediglich um redaktionelle Details und Begriffsklärungen ging. In den Schlussabstimmungen stimmten beide Kammern dem Gesetz deutlich zu, mit 40 gegen zwei Stimmen im Ständerat und einstimmig im Nationalrat. Im Zuge der Beratungen hatte der Nationalrat eine Standesinitiative des Kantons Basel-Stadt (Kt.Iv. 11.308) zum selbigen Thema abgelehnt. Der Ständerat hatte dieser bereits 2011 keine Folge gegeben.

Nach dreijähriger Wartefrist kam das vom Bundesrat vorgeschlagene neue Bundesgesetz über Prüfung und Kontrolle der technischen Sicherheit ins Parlament. Angestrebt war damit eine einheitliche Regelung der Überprüfung der Sicherheit von Transportanlagen und ähnlichem. Die Vorlage war schon in der Vernehmlassung namentlich von den Kantonen kritisiert worden und stiess auch in den vorberatenden Parlamentskommissionen auf heftigen Widerspruch. Diese aufwändige Neuregelung und Vereinheitlichung der Kontrollabläufe sei überflüssig, da sich die bisherigen Prozesse und insbesondere die Arbeitsteilung zwischen privaten Verbänden und der Verwaltung bewährt hätten. Beide Parlamentskammern beschlossen auf Antrag ihrer Kommissionen mit grosser Mehrheit Nichteintreten. Der Nationalrat lehnte auch eine Zusammenlegung aller Bundesstellen ab, deren Aufgabe die Kontrolle der Sicherheit von Lebensmitteln und anderen Produkten ist. Er sprach sich auf Antrag des Bundesrates gegen eine im Vorjahr von der kleinen Kammer überwiesene entsprechende Motion Germann (svp, SH) (08.3062) aus.