In der Herbstsession 2019 gelangte das Geschäft zur Genehmigung der Beteiligung an der Europäischen Agentur für das Betriebsmanagement von IT-Grosssystemen in den Nationalrat. Die EU-Lisa ist für den Betrieb und die Weiterentwicklung zahlreicher zentraler Systeme des Schengenraums verantwortlich. Dazu gehören unter anderem das SIS, das Visa-Informationssysstem, die Fingerabdruck-Datenbank Eurodac und das Ein- und Ausreisesystem (EES). Hans-Peter Portmann (fdp, ZH), der Sprecher der APK-NR, wies darauf hin, dass die Schweiz seit 2012 als Beobachterin der Agentur an sämtlichen Projekten der EU-Lisa beteiligt sei und das Parlament der EU-Verordnung zur Errichtung der Agentur bereits zugestimmt habe. Gemäss der vorliegenden Vereinbarung solle die Schweiz sich zukünftig vollständig daran beteiligen und sich mit begrenztem Stimmrecht gleichberechtigt mit den EU-Mitgliedsstaaten engagieren können. Die Beteiligungskosten würden für die Schweiz wie bis anhin CHF 7-8 Mio. betragen, so Portmann weiter. Eine Kommissionsminderheit Estermann (svp, LU) hatte einen Nichteintretensantrag gestellt, obwohl man sich, so Estermann, der Vorteile des Abkommens bewusst sei. Jedoch sei die SVP-Delegation der Meinung, dass man keine weiteren Zahlungen an die EU leisten solle, solange man von dieser in verschiedener Hinsicht diskriminiert werde. Dieses Verhalten wurde von den anderen Ratsmitgliedern nicht goutiert. Walter Müller (fdp, SG) etwa befand das Ablehnen eines nach langer Verhandlung erarbeiteten Resultats für nicht konstruktiv. Der Rat beschloss mit 132 zu 51 Stimmen (bei 2 Enthaltungen), auf das Geschäft einzutreten, wobei nur Mitglieder der SVP-Fraktion dagegen stimmten, und nahm es kurz darauf mit 133 zu 49 Stimmen (bei 4 Enthaltungen) an. Auch in der Schlussabstimmung drei Tage später fiel das Ergebnis im Nationalrat mit 138 zu 52 Stimmen (bei 7 Enthaltungen) eindeutig und im Ständerat gar einstimmig aus.

Die Totalrevision des BZG gelangte zuerst in den Nationalrat, dessen vorberatende SiK im Januar 2019 erstmals dazu Stellung nahm. Die Kommission stand geschlossen hinter der Vorlage, es gab jedoch einzelne Aspekte, die sie genauer geprüft haben wollte, weswegen sie eine Subkommission einsetzte. Trotz der weitgehend positiven Rückmeldungen aus dem Vernehmlassungsverfahren brachten die Kantone noch Vorbehalte vor, namentlich die Regierungskonferenz Militär, Zivilschutz und Feuerwehr (RK MZF). Wichtige Fragen betrafen die Rechtsetzungsdelegation, die Transparenz der Kostenfolgen sowie strategische Grundlagen, wo es teilweise grössere Differenzen gab.

Im Mai tagte die Kommission erneut, wobei die inzwischen erzielten Fortschritte der Subkommission beraten wurden. Verschiedene Anliegen der Kantone wurden nun doch noch in die Vorlage eingearbeitet und dem Nationalrat als Änderungsanträge unterbreitet, so dass nun – in den Worten der Kommission – eine konsensfähige Vorlage geschmiedet worden sei. Die Anpassungen fielen bei den Partnerorganisationen, den Zivilschutzaufgaben, dem Durchdienermodell sowie bei den Ersatzbeiträgen und der Kostenteilung an.
Die Kommissionsmehrheit war der Ansicht, dass auch der Zivildienst als Partnerorganisation benannt werden solle, dies würde ihrer Ansicht nach die Durchhaltefähigkeit des Gesamtsystems erhöhen. Bei den Zivilschutzaufgaben beantragte die Kommission dem Plenum eine Kehrtwende: Der skizzierte Sanitätsdienst solle aus dem Entwurf gestrichen werden, weil es keine konzeptionellen Grundlagen zur Aufrechterhaltung des Gesundheitssystems in Krisenlagen gebe. Das vom Bundesrat angestrebte Durchdienermodell stiess ebenfalls auf Ablehnung, da es eine erhebliche Aufstockung an Diensttagen für Schutzdienstpflichtige bedeuten würde – hier unterstützte nur eine Minderheit die bundesrätliche Version. In Sachen Schutzräume hatte sich eine längere Debatte entfacht, wobei letztlich der Status quo obsiegte. Eine Änderung wurde also zunächst verworfen. Die Kommission war der Meinung, dass das bisherige Modell den Schutz der Bevölkerung in Krisen- und Katastrophenlagen am besten gewährleiste. Eine Kommissionsminderheit wollte eine Abschaffung der Schutzräume-Pflicht beantragen. Die Finanzierung durch Bund und Kantonen wurde dahingehend angepasst, als der Bund die Auslagen für das Personalinformationssystem (PISA) tragen soll. Mit all diesen Anträgen war die Vorlage bereit für die Debatte durch den Nationalrat in der Sommersession.

Im Nationalrat löste die Vorlage denn auch eine lange Debatte aus. Kommissionssprecher Müller (fdp, SG) erläuterte summarisch die Vorarbeiten der Kommission. Die Sprecherinnen und Sprecher der Fraktionen zeigten sich in einer Sache unanim: Eintreten war unbestritten. Hüben wie drüben zeigte man sich von der Notwendigkeit dieser Totalrevision überzeugt. Verschiedene Differenzen gab es aber bei einzelnen Artikeln. CVP-Sprecher Paganini (cvp, SG) sprach noch vor der Detailberatung einen wesentlichen Punkt in der vorparlamentarischen Entscheidfindung an. Er bemängelte den Prozess und die nötig gewordene Subkommission, die sich in mehreren Sitzungen mit dem Gesetzesentwurf zu befassen hatte und die Rolle einer Vermittlerin zwischen Bund und Kantonen übernehmen musste. Tatsächlich war es überraschend, dass einer weitgehend wohlwollenden Vernehmlassung derart starke Opposition durch die Kantone folgte.
In der Detailberatung galt es also zunächst sämtliche Anträge der Kommission und allfälliger Minderheiten zu klären. Erster Punkt war die Nennung und die Rolle des Zivildienstes im Bereich der Partnerorganisationen und deren Aufträge im Krisenfall. Der Nationalrat folgte hier der Kommissionsminderheit und verzichtete auf Antrag von Verteidigungsministerin Amherd auf die Erwähnung des Zivildienstes. Ausschlaggebendes Argument war, dass Zivildienstleistende nicht über die nötige Ausbildung und Ausrüstung verfügten und überdies in Notlagen auch gar nicht alarmiert werden könnten, weil entsprechende Kanäle fehlten. Damit blieb der Kreis der Partnerorganisationen unverändert und umfasst weiterhin die Polizei, die Feuerwehr, das Gesundheitswesen, technische Betriebe und den Zivilschutz. Auch in weiteren Punkten folgte das Plenum seiner Kommission. So wurde der vom Bundesrat vorgesehene Sanitätsdienst aus der Vorlage gestrichen sowie die Kosten für das PISA beim Bund belassen, statt die Kantone daran zu beteiligen. Die Möglichkeit des Durchdienens wurde verworfen und die Möglichkeit, aus dem Dienst ausgeschiedene Schutzdienstleistende wieder zu aktivieren, wurde nur für den Fall bewaffneter Konflikte ermöglicht. Zudem beschloss der Nationalrat eine Verkürzung der Dienstpflicht, sie soll neu vom 19. bis zum 36. Altersjahr gelten – hier ging der Rat mit der Regierung einig. Die Schutzraumpflicht war ein weiterer Punkt, der debattiert wurde. Letztlich wurde entgegen einem Antrag Glättli (gp, ZH) am bisherigen System festgehalten; der Grundsatz «eine Person, ein Schutzplatz» soll weiterhin bestand haben. Weitere Minderheitenanträge blieben chancenlos. Eine Minderheit Seiler Graf (sp, ZH) wollte eine Meldepflicht für Störfälle an kritischen Infrastrukturen einführen, womit sie vor allem auf die Herausforderungen und Bedrohungen im Cyberbereich fokussierte und eine «Kultur des Risikomanagements» vorantreiben wollte. Bundesrätin Amherd gab hierzu zu bedenken, dass derlei Fragen in der Bearbeitung der Nationalen Strategie zum Schutz kritischer Infrastrukturen 2018-2022 bereits angegangen würden. Die Argumentation der Kommissionsmehrheit, dass so ein Aspekt nicht in das BZG gehöre, verfing offenbar.
Letztlich wurde der nationalrätliche Entwurf mit 181 Stimmen einstimmig dem Ständerat überwiesen. Gegen den Willen der Regierung entschied sich der Rat zudem, die Motion Müller (fdp, SG; Mo. 14.3590) bezüglich der Ausgestaltung der Wehrpflichtersatzabgabe für Zivilschutzleistende nicht abzuschreiben.

Wie schon die Eintretensdebatte im Frühjahr 2018 begann auch die Differenzbereinigung zur Umsetzung der EU-Waffenrichtlinie im Herbst desselben Jahres im Nationalrat mit einem Versuch, das Geschäft bis auf Weiteres zu sistieren. Mittels Ordnungsantrag wollte SVP-Nationalrat und ProTell-Interimspräsident Jean-Luc Addor (svp, VS) das Geschäft vom Sessionsprogramm streichen. Damit wolle er verhindern, dass die Schweiz ihr Waffenrecht aufgrund juristischer Verpflichtungen anpasse, die sich womöglich mit einem Entscheid des EuGH über die nach wie vor hängige Klage der Tschechischen Republik gegen die Rechtmässigkeit der Richtlinie in Luft auflösen könnten. Ausserhalb der SVP-Fraktion fand sein Antrag jedoch nur marginale Unterstützung, weshalb er mit 59 zu 118 Stimmen Schiffbruch erlitt.
Die drei grossen, inhaltlichen Differenzen räumte der Nationalrat allesamt aus, indem er sich hinter den Kompromissvorschlag des Ständerates stellte. Dabei handelte es sich erstens um die vom Ständerat eingefügte Regelung von Erwerb und Besitz grosser Magazine, die von der Volkskammer mit 101 zu 84 Stimmen bestätigt wurde. Eine Minderheit Salzmann (svp, BE) hatte am eigenen Beschluss festhalten und auf eine solche Regelung verzichten wollen. Zweitens hiess der Nationalrat mit 99 zu 85 Stimmen die Pflicht zur Markierung aller wesentlichen Waffenbestandteile gut. Auch hier konnte sich die Kommissionsmehrheit gegen dieselbe Minderheit Salzmann durchsetzen, die am nationalrätlichen Beschluss festhalten wollte, wonach bei zusammengesetzten Waffen eine Markierung genügte. Drittens bewahrte der Nationalrat mit 100 zu 84 Stimmen den Ermessensspielraum der Kantone bei Ausnahmebewilligungen für verbotene Waffen. Als Erstrat war er hier noch mehrheitlich der Ansicht gewesen, dass die Kantone Ausnahmebewilligungen erteilen müssten, wenn die Voraussetzungen erfüllt sind, und nicht nur erteilen können sollten. An der Muss-Formulierung festhalten wollte jetzt noch die Minderheit Salzmann, während sich die Mehrheit dem Ständerat anschloss und die ursprüngliche Kann-Formulierung beibehielt. Ein Minderheitsantrag Müller (fdp, SG), der bei beschlagnahmten, nicht fristgemäss gemeldeten, verbotenen Waffen eine kurze Nachmeldefrist gewähren wollte, wurde mit 104 zu 85 Stimmen ebenso abgelehnt. Die Kommissionsmehrheit und auch Bundesrätin Simonetta Sommaruga vertraten die Ansicht, eine zusätzliche Nachmeldefrist sei nicht nötig, da man in einem solchen Fall ohnehin drei Monate Zeit habe, nachträglich eine Ausnahmebewilligung zu beantragen. Mit zwei kleinen, neu geschaffenen Differenzen formeller Natur ging die Vorlage zurück an den Ständerat, der beide stillschweigend bereinigte. In der Schlussabstimmung nahm der Ständerat das geänderte Waffengesetz mit 34 zu 6 Stimmen bei 5 Enthaltungen an; der Nationalrat stimmte dem Gesetz mit 120 zu 69 Stimmen bei 4 Enthaltungen zu. Bis zuletzt leistete die SVP-Fraktion geschlossen Widerstand, konnte aber insgesamt nur drei Stimmen aus dem bürgerlichen Lager dazugewinnen; einige Vertreterinnen und Vertreter der CVP und der FDP enthielten sich der Stimme.

Im Nachgang einer Recherche der SDA fiel das Schlaglicht der öffentlichen Debatte im Februar 2016 plötzlich auf die schon seit Monaten geplante Verschärfung des EU-Waffenrechts. Als Reaktion auf die Terroranschläge von Paris im vergangenen Jahr solle mit der Einschränkung des Waffenbesitzes und -handels nun verhindert werden, «dass Waffen in die Hände von Terroristen fallen», wie EU-Kommissionspräsident Jean-Claude Juncker von der NZZ zitiert wurde. Sofern die Richtlinie tatsächlich zustande kommt, muss die Schweiz als Schengen-Vertragsstaat diese übernehmen, um ihre Mitgliedschaft im Schengener und damit verbunden auch im Dubliner Abkommen nicht zu gefährden. Dies erläuterte der Bundesrat in seiner Antwort auf eine entsprechende Interpellation Ruiz (sp, VD; Ip. 15.4199). Die Schweiz sei jedoch in der zuständigen Expertengruppe des Ministerrates vertreten, wenn auch ohne formales Stimmrecht und nur mit beratender Funktion, was eine gewisse Einflussnahme ermögliche. Von der Kommission vorgesehen sind unter anderem strengere Registrierungspflichten, ein Verbot des Onlinehandels von Waffen und Munition, strengere Regeln für unbrauchbar gemachte Waffen, ein Bedürfnisnachweis – sei es als Jäger, Sportschütze oder Sammler – und eine medizinische Untersuchung als Vorbedingungen für den Waffenerwerbsschein sowie ein Verbot von zivilen halbautomatischen Feuerwaffen, die wie vollautomatische Kriegswaffen aussehen. Diese werden von der EU nicht nur wegen des relativ leicht möglichen Umbaus zu vollautomatischen Waffen, sondern auch aufgrund ihrer hohen Munitionskapazität als sehr gefährlich angesehen. Waffen ebendieser Kategorie kommen im ausserdienstlichen Schiesswesen in der Schweiz jedoch zu breitem Einsatz. Die verschärften Regeln liessen es in der Folge auch nicht mehr zu, dass Armeeangehörige Ordonnanzwaffen nach dem Ende der Dienstpflicht mit nach Hause nehmen.
So liess denn auch die Kritik aus dem Umfeld der Waffenlobby nicht lange auf sich warten. Dora Andres, Präsidentin des Schweizerischen Schiesssportverbandes (SSV), erklärte in den Medien, der SSV lehne die Vorschläge der Europäischen Kommission vollumfänglich ab. Die Schweiz brauche kein schärferes Waffenrecht und nötigenfalls werde man dagegen politisch aktiv werden. Mit rund 133'000 Mitgliedern wäre der SSV problemlos referendumsfähig. Schützenhilfe erhielt Andres auch von bürgerlichen Politikerinnen und Politikern, darunter CVP-Präsident Christophe Darbellay (VS), welcher die vorgesehenen Regeln gegenüber dem Sonntags-Blick als «nicht kompatibel» mit dem schweizerischen Schützenwesen und der Milizarmee bezeichnete. FDP-Nationalrätin Corina Eichenberger (AG) erachtete gegenüber der Aargauer Zeitung eine Verschärfung des Waffenrechts als schlicht nicht in der Lage, mehr Sicherheit zu garantieren; es sei ein «Irrglaube», dass mit strengeren Regeln der kriminelle Waffenmissbrauch verhindert werden könne. Die Milizarmee und die Armeewaffen zu Hause seien sogar Teil der «schweizerischen DNA», liess sie im Sonntags-Blick verlauten.

Im März 2016 gab Bundesrätin Simonetta Sommaruga nach einem Treffen der EU-Innenminister erste Entwarnung: «Die EU wird der Schweiz das Sturmgewehr nicht verbieten», wurde sie in der Presse zitiert. Neben der Schweiz hätten sich auch andere EU-Länder, darunter v.a. baltische und nordische Staaten mit Schützen- und Jägertradition, gegen zu zentralistische Verschärfungen gewehrt. In der Folge verabschiedete der Rat der Innenminister Mitte Juni einen entschärften Entwurf mit einer eigens auf die Schweiz zugeschnittenen Ausnahmebestimmung. Diese «Schutzklausel für das Schweizer Sturmgewehr» (Tages-Anzeiger) ermöglicht es Schweizer Armeeangehörigen weiterhin, die Waffe nach Ende der Dienstpflicht zu behalten. Bedingungen dafür sind allerdings die Mitgliedschaft in einem Schützenverein, der Nachweis von jährlichen Schiessübungen sowie die regelmässige medizinische und psychologische Beurteilung des Waffenbesitzers.
Ebendiese Bedingungen waren es denn auch, welche die Freude über den Schweizer Verhandlungserfolg zumindest auf Seiten der Waffenlobby erheblich trübten. So schrieb die Basler Zeitung weiterhin von der «Entwaffnung Hunderttausender Schweizer Bürgerinnen und Bürger»; alle seien auf die Entwarnung Sommarugas hereingefallen, denn durch die von der breiten Öffentlichkeit kaum wahrgenommenen Bedingungen würden «unbescholtene Schweizerinnen und Schweizer, die eine Waffe besitzen», kriminalisiert und «der Grundsatz, wonach der Staat seinen Bürgern so lange vertraut, bis ihnen eine Straftat bewiesen werden kann, [...] ausgehebelt». Stattdessen müssten ehemalige Soldaten nun beweisen, «dass sie keine Gewalttäter sein wollen». Nicht zuletzt sah sie darin über Umwege die Umsetzung der 2011 abgelehnten Initiative gegen Waffengewalt. Auch bürgerliche Parlamentarierinnen und Parlamentarier übten abermals Kritik an der Richtlinie und nun insbesondere an den Bedingungen im «Schweizer Paragraphen». Von einer «schlimme[n] Einmischung in die Schweizer Gesetzgebung» (Walter Müller, fdp, SG) und der Gefährdung der Souveränität der Schweiz (Adrian Amstutz, svp, BE) war die Rede. Die Urteile über die Richtlinie im Allgemeinen wie auch über die medizinisch-psychologischen Tests im Besonderen reichten von «inakzeptabel und lächerlich» (Yannick Buttet, cvp, VS) bis zu «absurd» (Dora Andres, SSV). Der neue CVP-Präsident Gerhard Pfister (ZG) forderte von Bundesrätin Sommaruga gar eine Erklärung und allfällige Nachverhandlungen in Brüssel. Der SVP-Nationalrat und Präsident des Berner Schützenverbandes Werner Salzmann reichte indes Ende September eine Motion mit dem Titel «Wir lassen uns nicht durch die EU entwaffnen!» ein. Dem Vorstoss zufolge sollte die Schweiz gemeinsam mit jenen EU-Staaten, die dem neuen Waffenrecht ebenfalls kritisch gegenüberstehen, die «unannehmbaren Änderungen» bekämpfen.

Im Dezember 2016 einigten sich Vertreter der EU-Mitgliedstaaten, der Europäischen Kommission und des Europäischen Parlaments auf eine Fassung der Waffenrichtlinie, über die als nächstes das Europäische Parlament befinden wird. Unterdessen war es der europäischen Waffenlobby gelungen, die Vorlage weiter abzuschwächen. So sieht der Antrag zuhanden des Europäischen Parlaments kein Verbot halbautomatischer Waffen mehr vor, sondern lediglich Einschränkungen betreffend den Verkauf und die maximale Patronenzahl. Den Mitgliedstaaten ist es nun ausserdem freigestellt, ob für den Waffenerwerb medizinisch-psychologische Tests erforderlich sind oder nicht. Bei der Überführung in nationales Recht bietet die Richtlinie daher einen gewissen Spielraum. Was jedoch geblieben ist, sind die Mitgliedschaft in einem Schützenverein und die regelmässige Teilnahme an Schiessanlässen als Voraussetzungen, damit Schweizer Armeeangehörige das Sturmgewehr behalten dürfen. Diese Punkte waren im ausgehenden 2016 denn auch die meistkritisierten, denn mit Vereinspflicht und Schiesszwang wolle die EU die Freiheit und Selbstbestimmung der Schweizer beschränken, zeigte sich Werner Salzmann gegenüber der Luzerner Zeitung besorgt. Mit mehr Dramatik bezeichnete Jean-Luc Addor (VS), SVP-Nationalrat und Vizepräsident von ProTell, die Schusswaffe als «das Symbol des freien Mannes» und die Reform daher als unverhältnismässig. ProTell kündigte bereits das Referendum an; man toleriere keine Verschärfung des Schweizer Waffenrechts. Auch ein Ausschluss aus Schengen/Dublin würde gemäss diversen Zeitungsberichten von der Waffenlobby damit bewusst in Kauf genommen.

Eine gerechte Ausgestaltung der Wehrpflichtersatzabgabe für Zivilschutzleistende war auch im Ständerat mehrheitsfähig. Nachdem seine SiK einstimmig die Annahme der entsprechenden Motion Müller (fdp, SG) empfohlen hatte, folgte das Ratsplenum ohne Diskussion dem Votum der erstberatenden Volkskammer.

Mit Annahme einer Motion Walter Müller (fdp, SG) ebnete der Nationalrat den Weg zu einer gerechteren Ausgestaltung der Wehrpflichtersatzabgabe für Zivilschutzleistende. Im Fokus steht dabei das Anrecht auf Reduktion derselben für Männer über dreissig. Diese waren bis anhin nicht reduktionsberechtigt, was der Motionär nicht nur als ungerecht empfand, sondern auch als risikoreich für den Zivilschutz. Er warnte davor, dass gut ausgebildete Zivilschutzangehörige dadurch nicht mehr bereit wären, weiterhin Dienst zu leisten oder gar Kaderpositionen zu übernehmen. Die Behandlung im Ständerat stand bis Ende 2014 noch aus.