Die Totalrevision des BZG gelangte zuerst in den Nationalrat, dessen vorberatende SiK im Januar 2019 erstmals dazu Stellung nahm. Die Kommission stand geschlossen hinter der Vorlage, es gab jedoch einzelne Aspekte, die sie genauer geprüft haben wollte, weswegen sie eine Subkommission einsetzte. Trotz der weitgehend positiven Rückmeldungen aus dem Vernehmlassungsverfahren brachten die Kantone noch Vorbehalte vor, namentlich die Regierungskonferenz Militär, Zivilschutz und Feuerwehr (RK MZF). Wichtige Fragen betrafen die Rechtsetzungsdelegation, die Transparenz der Kostenfolgen sowie strategische Grundlagen, wo es teilweise grössere Differenzen gab.

Im Mai tagte die Kommission erneut, wobei die inzwischen erzielten Fortschritte der Subkommission beraten wurden. Verschiedene Anliegen der Kantone wurden nun doch noch in die Vorlage eingearbeitet und dem Nationalrat als Änderungsanträge unterbreitet, so dass nun – in den Worten der Kommission – eine konsensfähige Vorlage geschmiedet worden sei. Die Anpassungen fielen bei den Partnerorganisationen, den Zivilschutzaufgaben, dem Durchdienermodell sowie bei den Ersatzbeiträgen und der Kostenteilung an.
Die Kommissionsmehrheit war der Ansicht, dass auch der Zivildienst als Partnerorganisation benannt werden solle, dies würde ihrer Ansicht nach die Durchhaltefähigkeit des Gesamtsystems erhöhen. Bei den Zivilschutzaufgaben beantragte die Kommission dem Plenum eine Kehrtwende: Der skizzierte Sanitätsdienst solle aus dem Entwurf gestrichen werden, weil es keine konzeptionellen Grundlagen zur Aufrechterhaltung des Gesundheitssystems in Krisenlagen gebe. Das vom Bundesrat angestrebte Durchdienermodell stiess ebenfalls auf Ablehnung, da es eine erhebliche Aufstockung an Diensttagen für Schutzdienstpflichtige bedeuten würde – hier unterstützte nur eine Minderheit die bundesrätliche Version. In Sachen Schutzräume hatte sich eine längere Debatte entfacht, wobei letztlich der Status quo obsiegte. Eine Änderung wurde also zunächst verworfen. Die Kommission war der Meinung, dass das bisherige Modell den Schutz der Bevölkerung in Krisen- und Katastrophenlagen am besten gewährleiste. Eine Kommissionsminderheit wollte eine Abschaffung der Schutzräume-Pflicht beantragen. Die Finanzierung durch Bund und Kantonen wurde dahingehend angepasst, als der Bund die Auslagen für das Personalinformationssystem (PISA) tragen soll. Mit all diesen Anträgen war die Vorlage bereit für die Debatte durch den Nationalrat in der Sommersession.

Im Nationalrat löste die Vorlage denn auch eine lange Debatte aus. Kommissionssprecher Müller (fdp, SG) erläuterte summarisch die Vorarbeiten der Kommission. Die Sprecherinnen und Sprecher der Fraktionen zeigten sich in einer Sache unanim: Eintreten war unbestritten. Hüben wie drüben zeigte man sich von der Notwendigkeit dieser Totalrevision überzeugt. Verschiedene Differenzen gab es aber bei einzelnen Artikeln. CVP-Sprecher Paganini (cvp, SG) sprach noch vor der Detailberatung einen wesentlichen Punkt in der vorparlamentarischen Entscheidfindung an. Er bemängelte den Prozess und die nötig gewordene Subkommission, die sich in mehreren Sitzungen mit dem Gesetzesentwurf zu befassen hatte und die Rolle einer Vermittlerin zwischen Bund und Kantonen übernehmen musste. Tatsächlich war es überraschend, dass einer weitgehend wohlwollenden Vernehmlassung derart starke Opposition durch die Kantone folgte.
In der Detailberatung galt es also zunächst sämtliche Anträge der Kommission und allfälliger Minderheiten zu klären. Erster Punkt war die Nennung und die Rolle des Zivildienstes im Bereich der Partnerorganisationen und deren Aufträge im Krisenfall. Der Nationalrat folgte hier der Kommissionsminderheit und verzichtete auf Antrag von Verteidigungsministerin Amherd auf die Erwähnung des Zivildienstes. Ausschlaggebendes Argument war, dass Zivildienstleistende nicht über die nötige Ausbildung und Ausrüstung verfügten und überdies in Notlagen auch gar nicht alarmiert werden könnten, weil entsprechende Kanäle fehlten. Damit blieb der Kreis der Partnerorganisationen unverändert und umfasst weiterhin die Polizei, die Feuerwehr, das Gesundheitswesen, technische Betriebe und den Zivilschutz. Auch in weiteren Punkten folgte das Plenum seiner Kommission. So wurde der vom Bundesrat vorgesehene Sanitätsdienst aus der Vorlage gestrichen sowie die Kosten für das PISA beim Bund belassen, statt die Kantone daran zu beteiligen. Die Möglichkeit des Durchdienens wurde verworfen und die Möglichkeit, aus dem Dienst ausgeschiedene Schutzdienstleistende wieder zu aktivieren, wurde nur für den Fall bewaffneter Konflikte ermöglicht. Zudem beschloss der Nationalrat eine Verkürzung der Dienstpflicht, sie soll neu vom 19. bis zum 36. Altersjahr gelten – hier ging der Rat mit der Regierung einig. Die Schutzraumpflicht war ein weiterer Punkt, der debattiert wurde. Letztlich wurde entgegen einem Antrag Glättli (gp, ZH) am bisherigen System festgehalten; der Grundsatz «eine Person, ein Schutzplatz» soll weiterhin bestand haben. Weitere Minderheitenanträge blieben chancenlos. Eine Minderheit Seiler Graf (sp, ZH) wollte eine Meldepflicht für Störfälle an kritischen Infrastrukturen einführen, womit sie vor allem auf die Herausforderungen und Bedrohungen im Cyberbereich fokussierte und eine «Kultur des Risikomanagements» vorantreiben wollte. Bundesrätin Amherd gab hierzu zu bedenken, dass derlei Fragen in der Bearbeitung der Nationalen Strategie zum Schutz kritischer Infrastrukturen 2018-2022 bereits angegangen würden. Die Argumentation der Kommissionsmehrheit, dass so ein Aspekt nicht in das BZG gehöre, verfing offenbar.
Letztlich wurde der nationalrätliche Entwurf mit 181 Stimmen einstimmig dem Ständerat überwiesen. Gegen den Willen der Regierung entschied sich der Rat zudem, die Motion Müller (fdp, SG; Mo. 14.3590) bezüglich der Ausgestaltung der Wehrpflichtersatzabgabe für Zivilschutzleistende nicht abzuschreiben.

In der Sommersession 2018 befasste sich der Nationalrat als Erstrat mit der Übernahme der geänderten EU-Waffenrichtlinie (2017/853) als Weiterentwicklung des Schengen-Besitzstands. Wie umstritten diese Vorlage war, zeigte sich schon in der langen, ausführlichen Eintretensdebatte, an deren Ende die grosse Kammer über einen Nichteintretens-, einen Sistierungs- und einen Rückweisungsantrag – alle von derselben SVP-Minderheit gestellt – zu befinden hatte. Nationalrat Beat Arnold (svp, UR) begründete als Minderheitssprecher die Anträge: Mit einer Sistierung der Beratungen, bis der EuGH über die Klage der Tschechischen Republik bezüglich der Rechtmässigkeit der EU-Waffenrichtlinie als sicherheitspolitisches Instrument befunden haben wird, soll verhindert werden, dass sich die Schweiz mit der Umsetzung einer gar nicht legitimen Richtlinie beschäftige. Nichteintreten sei angezeigt, weil die im Gesetzesentwurf enthaltenen Verschärfungen für die Terrorbekämpfung nichts nützten und stattdessen «der breiten Entwaffnung der Bevölkerung dienen» sowie von «gravierenden Versäumnissen in der Schengen-Sicherheitspolitik» ablenken sollten. Das Schweizer Waffengesetz enthalte bereits «alle notwendigen und sinnvollen Vorschriften zur Terrorbekämpfung», weshalb es nicht revidiert werden müsse. Mit dem Rückweisungsantrag wollte die Minderheit Arnold den Bundesrat beauftragen, alle über die EU-Waffenrichtlinie hinausgehenden Einschränkungen sowie alle Regulierungen, die die Schweizer Waffentradition in irgendeiner Weise beeinträchtigen, aus dem Entwurf zu entfernen. FDP-Fraktionssprecherin Corina Eichenberger-Walther (fdp, AG) entgegnete, die FDP-Fraktion werde einstimmig auf die Vorlage eintreten, da sowohl die Rückweisung als auch die Sistierung die fristgemässe Umsetzung der Vorgaben – die Schweiz hat dazu bis am 31. Mai 2019 Zeit – torpedierten und somit ein unnötiges Risiko für die Weiterführung der Abkommen von Schengen und Dublin eingegangen würde. Zwar sei es bedauerlich, dass die Änderung des Waffengesetzes die Sicherheit in der Schweiz nur marginal erhöhe, allerdings bringe die Assoziierung an Schengen/Dublin für die Schweiz einen grossen Sicherheitsgewinn, weshalb diese Abkommen nicht gefährdet werden dürften. Denselben Tenor liess auch die CVP-Fraktion hören: Man sei nicht bereit – wie es Fraktionssprecher Nicolo Paganini (cvp, SG) ausdrückte – «das Schengen-Abkommen für ein an einem untauglichen Ort statuiertes Souveränitätsexempel auf den Opferaltar zu legen.» Ebenso betonten die Vertreterinnen und Vertreter der GLP-, SP- und BDP-Fraktionen die Bedeutung von Schengen/Dublin für die Schweiz. Auch die Grüne Fraktion erklärte, auf die Vorlage eintreten zu wollen, betonte aber gleichzeitig, der Entwurf gehe zu wenig weit, um die Sicherheit der Schweizer Bevölkerung tatsächlich zu verbessern. Nach einem langen Schlagabtausch und vielen Fragen an Bundesrätin Simonetta Sommaruga trat der Nationalrat schliesslich auf die Vorlage ein und lehnte die Minderheitsanträge auf Sistierung, Nichteintreten und Rückweisung mit grosser Mehrheit ab. Eintreten mit allen verfügbaren Mitteln verhindern wollte die geschlossene SVP-Fraktion mit sehr vereinzelter Unterstützung aus den Fraktionen der CVP und der FDP, blieb damit aber letztlich erfolglos.
Die Detailberatung zum Geschäft fand in drei getrennten Blöcken statt, wovon sich der erste mit den Begriffen, dem Erwerb und Besitz von Waffen und wesentlichen Waffenbestandteilen, dem Erwerb von Munition und Munitionsbestandteilen, der Waffenherstellung, der Buchführung und dem Aufbewahren von Waffen beschäftigte. Im zweiten Block standen die Verbote im Zusammenhang mit Waffen, Waffenbestandteilen und Waffenzubehör, die Ausnahmebewilligungen sowie die Übergangsbestimmungen im Zentrum, bevor im dritten Block über die administrativen Sanktionen und die Datenbearbeitung debattiert wurde. Insgesamt hatte die grosse Kammer über 33 Minderheits- und einige Einzelanträge zu befinden, wovon jedoch nur zwei im Rat eine Mehrheit fanden. Durch die Annahme dieser beiden SVP-Minderheitsanträge im ersten Block hielt der Nationalrat erstens am geltenden Recht fest, dass bei zusammengebauten Waffen die Markierung eines wesentlichen Bestandteils genügt; der Bundesrat hatte diesen Satz aufheben und die Markierungspflicht damit auf alle wesentlichen Waffenbestandteile ausdehnen wollen, wie es die EU-Richtlinie verlangt. Zweitens verzichtete die Volkskammer darauf, den Erwerb und Besitz von grossen Magazinen zu regeln. Der Bundesrat hatte für die sogenannten Ladevorrichtungen mit hoher Kapazität dieselben Regeln wie für Munition vorgesehen, womit diese insbesondere auch der Buchführungspflicht für Händler unterlägen, was der Nationalrat nicht goutierte. Ein Verbot erachtete er auch nicht als sinnvoll, weil Magazine im Internet beschafft werden könnten und das Verbot somit nicht kontrollierbar wäre.
Im zweiten Block nahm der Nationalrat drei grössere Änderungen am Gesetzesentwurf vor, allesamt so wie sie die Kommissionsmehrheit vorgeschlagen hatte. So stimmte die grosse Kammer mit deutlicher Mehrheit dem Konzept ihrer Kommission zu, das die direkt von der Armee übernommene Ordonnanzwaffe trotz ihrer Eigenschaft als zum Halbautomat umgebaute automatische Waffe gar nicht erst zu den verbotenen Waffen zählt. Der Bundesrat hatte angedacht, diese zwar zu den verbotenen Waffen zu zählen, deren Eigentümer aber von der Pflicht zur Mitgliedschaft in einem Schützenverein oder zum regelmässigen Schiessen auszunehmen. Da im Endeffekt beide Regelungen zur selben Anwendung führten, ging es hierbei nicht um eine materielle Änderung, sondern vielmehr darum, das Schweizer Sturmgewehr nicht als «verboten» zu bezeichnen. Des Weiteren sprach der Nationalrat den Kantonen die Entscheidkompetenz in Bezug auf Ausnahmebewilligungen für verbotene Waffen ab. In der Version des Nationalrates schreibt das Waffengesetz neu vor, dass Ausnahmebewilligungen grundsätzlich immer erteilt werden, wenn die im Gesetz bestimmten Bedingungen erfüllt sind; der Bundesrat hatte gewollt, dass die Kantone wie bisher zusätzliche, eigene Erfordernisse verlangen können. Die dritte Änderung in diesem Bereich betraf den Nachweis über die Mitgliedschaft in einem Schiessverein oder das regelmässige Nutzen der Waffe zum sportlichen Schiessen als Voraussetzung für den Erhalt einer Ausnahmebewilligung. Während der Bundesrat vorgesehen hatte, dass dieser Nachweis gleich sowie nach fünf und nach zehn Jahren erneut erbracht werden muss, beschloss der Nationalrat, dass das erste Mal nach fünf und noch einmal nach zehn Jahren genügt.
Im dritten Block betreffend die administrativen Sanktionen und die Datenbearbeitung nahm die Volkskammer keine Änderungen gegenüber dem Entwurf des Bundesrates vor. Ebenfalls in diesem letzten Block behandelte der Nationalrat den Bundesbeschluss über die Genehmigung und die Umsetzung des Notenaustauschs zwischen der Schweiz und der EU betreffend die Übernahme der EU-Waffenrichtlinie – zuvor war ausschliesslich über die konkrete Umsetzung der Vorgaben im Schweizer Waffengesetz debattiert worden. Hierbei kam es noch einmal zu einer Grundsatzabstimmung: Eine Minderheit Arnold hatte beantragt, in den Bundesbeschluss einen Absatz einzufügen, dass der Bundesrat der EU mitteile, dass das aktuelle Schweizer Waffengesetz alle notwendigen Vorschriften zur Terrorbekämpfung enthalte und folglich Art. 2 des Beschlusses, der die Annahme der Änderung des Waffengesetzes festschreibt, zu streichen. Mit 124 gegen 67 Stimmen (die geschlossene SVP-Fraktion und zwei Abweichler aus den Reihen der FDP) sprach sich der Nationalrat jedoch für die Genehmigung des Notenaustausches aus, wie ihn der Bundesrat vorgesehen hatte.
In der Gesamtabstimmung nahm die grosse Kammer die Vorlage mit 114 zu 67 Stimmen bei 8 Enthaltungen an. Die Presse resümierte, die Debatte habe sich über weite Strecken nur um die «rote Linie» gedreht, die Frage, wie weit man gehen könne, ohne mit der EU auf Konfrontationskurs zu gehen. Richtig begeistert von der Vorlage schien niemand zu sein: Die Linke brachte keinen einzigen ihrer Verschärfungsvorschläge durch und monierte, das Gesetz bringe keine Verbesserung im Hinblick auf die Prävention von Suiziden und häuslicher Gewalt. Sie begrüsste einzig die Nachregistrierung aller halbautomatischen Waffen. Die SVP schien zu versuchen, die Gelegenheit zu nutzen, das ihr ohnehin unliebsame Schengen-Abkommen loszuwerden und versuchte mit allen Mitteln, dem Entwurf des Bundesrates die Zähne zu ziehen, was ihr mit vereinzelter Unterstützung aus dem bürgerlichen Lager in zwei Punkten schliesslich auch gelang: Dort, wo die Minderheitsanträge angenommen wurden, ist das Gesetz mutmasslich nicht mehr mit den EU-Vorgaben kompatibel. Der SVP und ProTell ging jedoch schon die Version des Nationalrates zu weit: Erfolge im Ständerat keine Korrektur, werde man das Referendum ergreifen, drohte ProTell zum wiederholten Male in einer Mitteilung. Zuvor wolle man jedoch «sämtliche Hebel in Bewegung setzen, insbesondere via die interparlamentarische Gruppe für ein liberales Waffenrecht, um die Ständeräte zu überzeugen, dieses unfaire Gesetz abzulehnen.» Im bürgerlichen Lager ausserhalb der SVP wurde die Gesetzesanpassung am ehesten als notwendiges Übel betrachtet, das an sich zwar nicht viel bringt, mit dem man aber den Fortbestand der Schengen-Assoziierung sichern kann.