Im Rahmen der Debatte zum Voranschlag 2020 verabschiedete das Parlament auch die Nachträge II und IIa zum Voranschlag 2019. Ersteren hatte der Bundesrat im September 2019 vorgestellt: Der Nachtrag II umfasste 13 Kredite in der Höhe von CHF 93 Mio., was abzüglich interner Kompensationen (CHF 2.6 Mio.) und Wertberichtigungen (CHF 2 Mio.) effektive Mehrausgaben von CHF 88.4 Mio. mit sich brachte. Dies entsprach 0.12 Prozent der Ausgaben des Voranschlags 2019, was im langjährigen Durchschnitt lag (2012-2018: 0.15%). Der grösste Beitrag sei die Einlage für den Nationalstrassen- und Agglomerationsfonds (NAF; CHF 57 Mio.), welche durch eine Änderung der Verbuchungsmethode begründet sei: Die Erträge der Bewirtschaftung der Nationalstrassen sowie Drittmittel von Kantonen und Gemeinden würden neu via ASTRA in den NAF eingelegt; diese Einlage müsse entsprechend erhöht werden. Um verzögerte Projekte fertigzustellen, sollte auch der Kredit für den Betrieb, Ausbau und Unterhalt der Nationalstrassen im Rahmen des NAF um CHF 15 Mio. erhöht werden. Auch in der Sonderrechnung für die Bahninfrastruktur (BIF) sollte der Kredit für den Substanzerhalt der Bahninfrastruktur für die aktualisierte Planung der Infrastrukturbetreiber und Seilbahnen um CHF 232 Mio. erhöht werden, wobei ein Teil dieser Kosten im Voranschlagskredit 2020 für den Betrieb kompensiert würde (-CHF 88 Mio.). Für die termingerechte Fertigstellung der Arbeiten am Ceneri-Basistunnel im Rahmen der NEAT forderte der Bundesrat einen zusätzlichen Kredit in der Höhe von CHF 39 Mio. Schliesslich musste der Bund CHF 25 Mio. zusätzlich an die EL zur IV bezahlen, deren Kosten im Jahr 2019 um denselben Betrag höher ausgefallen waren als im Voranschlag budgetiert.
Im Oktober 2019 legte der Bundesrat zudem den Nachtrag IIa vor, der zur «Honorierung der gezogenen Solidarbürgschaften für die schweizerische Hochseeschifffahrt» nötig geworden sei, wie die Regierung erklärte. Darin fasste sie das neuste Problem bezüglich der Hochseeschifffahrtsbürgschaften, die Einstellung des Schiffsbetriebs der acht Hochseeschiffe umfassenden Massmariner SA, zusammen. Der Bund verbürge Massmariner-Schiffe noch mit CHF 129 Mio., diese Bürgschaften seien nun nach dem Entscheid zum Verkauf dieser Schiffe gezogen worden. Der Bund sei nun gegenüber der betroffenen Bank zur Zahlung der ausstehenden verbürgten Darlehenssumme bis Februar 2020 verpflichtet.
Letzterer Nachtrag führte in der Nationalratsdebatte in der Wintersession 2020 zu einigen Diskussionen. Zuvor hatte der Ständerat alle Nachträge diskussionslos und stillschweigend angenommen. Bereits in der Kommission sei diese Frage intensiv diskutiert worden, erklärte Alois Gmür (cvp, SZ) im Nationalrat; die Mehrheit sei jedoch zum Schluss gekommen, «dass das Parlament wohl keine Alternative hat, als diesen Nachtragskredit zu bewilligen». Ähnlich formulierten es seine Ratskolleginnen und -kollegen, Ursula Schneider Schüttel (sp, FR) sprach beispielsweise von einer «zähneknirschenden» Zustimmung. Pirmin Schwander (svp, SZ) hingegen stellte den Antrag, im Nachtrag II zum Voranschlag 2019 auf die Genehmigung der Zahlung zu verzichten. Der Bund und die betroffene Bank hätten die Begleichung der ausstehenden Darlehenssummen auf Februar 2020 festgelegt, der Bundesrat solle diese Frist nun neu aushandeln und dadurch der Oberaufsicht und dem Parlament die Möglichkeit geben, die Einsetzung einer PUK zu prüfen. Auch der SVP-Fraktion sei klar, dass man zahlen müsse, erklärte Schwander, man müsse nun aber Halt sagen und der weltweiten Hochseeschifffahrtsbranche ein Zeichen schicken, dass diese künftig die Preise nicht mehr so stark drücken könne. Bundesrat Maurer goutierte dieses Vorgehen keineswegs: «Sie können hier schon die starke Person spielen und sagen: «Wir bezahlen noch nicht!» Aber wir bezahlen ohnehin», betonte er und bat den Nationalrat, den Nachtrag zu bewilligen. Mit 103 zu 52 Stimmen (bei 40 Enthaltungen) folgte die grosse Kammer dieser Bitte. Die SVP sprach sich geschlossen gegen den Nachtrag aus, die SP und vereinzelte Nationalrätinnen und Nationalräte anderer Fraktionen enthielten sich ihrer Stimme.
Genauso wie diesen Nachtrag genehmigte der Nationalrat auch die übrigen, kleineren Ausgaben: unter anderem CHF 3.4 Mio. aufgrund der Erhöhung des Beitragssatzes der Schweiz für das UNO-Budget; CHF 1.7 Mio. für die Arbeitslosenversicherung, da der Bund 2018 einen zu tiefen Beitrag geleistet hatte; CHF 1 Mio. für das IT-Programm Genova, die durch eine Verzögerung von sechs Monaten aufgrund von Stabilitätsmängeln der Software nötig geworden waren; CHF 430'000 aufgrund von Änderungen am Beitragsschlüssel der OECD; CHF 350'000 für die Bundesanwaltschaft, die durch die Untersuchungen im Disziplinarverfahren betreffend Bundesanwalt Michael Lauber nötig geworden waren; sowie CHF 300’000 für die Zollverwaltung aufgrund der Erhöhung des Frontex-Budgets.

Nur einen Tag später ging die Debatte um den Voranschlag 2020 im Nationalrat weiter. Auch dieses Jahr drehte sich die Eintretensdebatte vor allem um die Frage, wie gut die wirtschaftliche Lage des Bundes wirklich sei und wie grosszügig das Parlament folglich mit dessen finanziellen Ressourcen umgehen könne. Eintreten war nicht umstritten, ganz im Gegensatz zur Detailberatung: Neben den Mehrheitsanträgen standen zahlreiche Minderheitsanträge der SP- und der SVP-Fraktion auf dem Programm. Doch obwohl der Nationalrat den Voranschlag während über 9 Stunden diskutierte, schuf er – verglichen mit der Anzahl Minderheitsanträge – nur wenige Differenzen zum Ständerat.
Die meisten dieser Differenzen waren im Nationalrat unumstritten, etwa die Erhöhung des Globalbudgets der Berufungskammer des Bundesstrafgerichts um CHF 709’300 CHF. In verschiedenen Fällen verband die Kommission zudem Aufstockungen mit der Definition neuer Grenz- und Sollwerte oder der Neudefinitionen der Rahmenbedingungen der Kreditverwendung, Instrumenten des Neuen Führungsmodells des Bundes für die Bundesverwaltung. Mit diesen können Bedingungen zur Verwendung der Gelder mit Budgetpositionen verbunden werden. Die Aufstockung des Globalbudgets der Landwirtschaft um CHF 500'300 begründete der Nationalrat mit der drohenden Unterfinanzierung des Aufbaus des Kompetenzzentrums Boden und definierte dessen Finanzierung als Rahmenbedingung für den Kredit. Auch die Forschungsbeiträge für die Landwirtschaft erhöhte er zugunsten des Forschungsinstituts für biologischen Landbau um CHF 2.5 Mio. im Voranschlagsjahr sowie in den Finanzplanjahren. Gegen die Aufstockung der Direktzahlungen für die Landwirtschaft stellte sich eine Minderheit Schneider Schüttel (sp, FR), die diesbezüglich dem Ständerat folgen wollte, jedoch mit 63 zu 127 Stimmen (bei 2 Enthaltungen) unterlag. Abgelehnt hatten die Änderung die einstimmig stimmenden SP- und GLP-Fraktionen sowie Minderheiten der FDP- und der Grünen-Fraktion. Auf Antrag Mattea Meyer (sp, ZH) stockte der Nationalrat mit 112 zu 81 Stimmen (bei 1 Enthaltung) auch das Globalbudget des Fedpol im Voranschlagsjahr sowie in den Finanzplanjahren um CHF 600'000 auf. Damit sollte eine Reduktion aus den Finanzplanjahren 2017 bis 2019 korrigiert werden, um damit eine Stellenaufstockung um vier Stellen zur Erfüllung der Zentralstellenaufgaben des Fedpol im Bereich Internetkriminalität, insbesondere der Pädokriminalität, zu ermöglichen. Die SVP- und die FDP-Fraktionen hatten sich dagegen gewehrt, weil diese Stellen intern über das Globalbudget finanziert werden sollten, wie Albert Vitali (fdp, LU) betonte.
Sparsamer als der Ständerat zeigte sich die grosse Kammer bezüglich der finanziellen Unterstützung von Selbsthilfeprojekten beim Bundesamt für Justiz: Hier sperrte sie sich stillschweigend gegen die vom Ständerat beschlossene Ausgabenerhöhung auf CHF 2 Mio. Ohne Minderheit akzeptiert wurden auch die Anträge zum SEM: Die Betriebsausgaben zu den Bundesasylzentren senkte der Rat nach Absprache der Kommission mit dem SEM um CHF 27 Mio. und die Beiträge für die Sozialhilfe Asylsuchender und vorläufig Aufgenommener reduzierte er aufgrund aktualisierter Zahlen um 12.8 Mio. Dies obwohl Finanzminister Maurer darauf hingewiesen hatte, dass man damit an den Leistungen des Bundes «überhaupt nichts» ändere, denn diese seien gesetzlich vorgegeben. Ein solcher Beschluss führe später aber allenfalls zu Nachtragskrediten, wenn sich die Flüchtlingssituation ändern sollte.
Umstritten waren auch im Nationalrat vor allem die Bildungsausgaben. Diesbezüglich lagen neben dem Mehrheitsantrag drei Minderheitsanträge vor. Die Mehrheit wollte in den meisten Bildungsfragen dem Bundesrat folgen und die Bildungsausgaben nicht um die ehemaligen Teuerungsbeiträge erhöhen. Einzig bezüglich der Berufsbildung befürwortete sie eine zusätzliche Erhöhung. Eine Minderheit I Schneider Schüttel forderte, dem Ständerat folgend, die im Rahmen der BFI-Botschaft 2017-2020 beschlossenen Beträge, eine Minderheit II Bourgeois (fdp, FR) bevorzugte hingegen mehrheitlich einen Mittelweg zwischen Ständerat und Bundesrat. Dieser basierte auf den Aufstockungen des Budgets im Bildungsbereich, welche das Parlament bereits 2019 vorgenommen hatte, abzüglich der Teuerungskorrektur nach Dittli (fdp, UR; Mo. 16.3705) um -0.1 Prozent. Mit 132 zu 60 Stimmen (bei 1 Enthaltung) und 139 zu 52 Stimmen (bei 2 Enthaltungen) setzte sich die Minderheit II gegen die Minderheit I und die Mehrheit durch. Zudem sprach sich der Nationalrat beim Bildungsbudget zusätzlich für eine Minderheit III Schneider Schüttel aus, welche bei den Institutionen der Forschungsförderung eine zusätzliche Erhöhung um CHF 1.1 Mio. forderte, die zugunsten der Akademien der Wissenschaften Schweiz eingesetzt werden sollte.
Schliesslich nahm der Nationalrat verglichen mit dem Ständerat einige Änderungen bei den Sollwerten vor, insbesondere im Gesundheitsbereich. Der Messwert für den Anteil Rauchender in der Bevölkerung, gemäss dem nicht mehr als 25 Prozent der Bevölkerung rauchen sollen, wurde gestrichen, da dessen Messung gemäss Kommission keine Aufgabe des Staates sei. Dies obwohl Finanzminister Maurer vor der Streichung gewarnt und diese als falsches Signal bezeichnet hatte. Gesteigert werden sollte hingegen der Anteil Arztpraxen mit elektronischer Krankengeschichte der Patientinnen und Patienten. Heute liegt dieser bei 76 Prozent, im Jahr 2020 soll er bei 80 Prozent zu liegen kommen und für die Finanzplanjahre weiter gesteigert werden. Bei der Militärversicherung soll der Anteil der Verwaltungskosten an den Gesamtkosten von 10.7 Prozent auf 10 Prozent gesenkt werden. Diese Änderungen waren nicht umstritten, genauso wenig wie die Reduktion des Grenzwertes zum Auftreten von gentechnisch verändertem Raps entlang von Bahngeleisen (von 0.5 Prozent auf 0.25 Prozent aller untersuchten Proben). Schliesslich erhöhte der Nationalrat auch die Messgrösse bei den Besucherinnen und Besuchern der bundeseigenen Museen von 60'000 auf 65'000 Personen – obwohl dies gemäss Bundesrat Maurer «nicht mehr Leute in die Museen» locken werde.
Die übrigen Änderungen, meistens beantragt von Mitgliedern der SP- oder der SVP-Fraktion, lehnte die Ratsmehrheit jeweils deutlich ab. Verschiedene linke Minderheiten setzten sich für Budgeterhöhungen im Bereich des Umweltschutzes ein. So versuchte eine Minderheit Schneider Schüttel unter anderem die Überprüfung von Wirkstoffen zur Senkung des Risikos von Pflanzenschutzmitteln für aquatische Organismen für das Jahr 2020 von 20 auf 30 Wirkstoffe zu erhöhen sowie die dazu nötigen acht zusätzlichen Stellen bei vier verschiedenen Bundesämtern zu schaffen. Mit 105 zu 84 Stimmen (bei 1 Enthaltung) lehnte der Rat den Antrag gegen den Willen der SP-, GPS- und GLP-Fraktionen sowie der Mitglieder der EVP ab. Da sich der Überprüfungsrhythmus an jenen der EU anlehne, sei eine Aufstockung hier nicht angebracht, erklärte Alois Gmür (cvp, SZ) für die Kommission. Eine weitere Minderheit Schneider Schüttel wollte CHF 20 Mio. mehr für die Revitalisierung von Gewässern einsetzen, weil die Nachfrage nach Bundesmittel in diesem Bereich stark angestiegen sei und im kommenden Jahr zahlreiche Projekte realisiert werden sollten. Mit 96 zu 95 Stimmen (bei 3 Enthaltungen) lehnte der Rat jedoch auch diesen Antrag ab, wobei Kommissionssprecher Gmür darauf hinwies, dass bei tatsächlichem Fehlen von Mitteln Nachtragskredite eingereicht werden könnten. Zudem setzte sich eine Minderheit Masshardt (sp, BE) für eine Verdoppelung des Betrags für den Technologietransfer beim Bundesamt für Energie von CHF 20 Mio. auf CHF 40 Mio. ein. Dieses Geld diene dazu, dass neue, noch nicht marktreife Technologien erprobt werden könnten. Eine Erhöhung sei nicht nötig, weil die Privatwirtschaft solche Ideen kostensparend entwickeln könne, argumentierte Sandra Sollberger (svp, BL) und begründete damit auch ihre Minderheit II Sollberger, die den Betrag auf CHF 10 Mio. reduzieren wollte. Mit 142 zu 52 Stimmen respektive 107 zu 86 Stimmen (bei 1 Enthaltung) setzte sich der Mehrheitsantrag gegen die Anträge der Minderheit II respektive der Minderheit I durch.
Doch nicht nur im Umweltbereich, auch zu anderen Themen reichte die SP-Fraktion erfolglos Vorstösse ein. So wollten linke Minderheiten etwa das Globalbudget des Eidgenössischen Büros für die Gleichstellung von Frau und Mann aufstocken, die Kulturabgeltung an die Stadt Bern in den Finanzplanjahren fortsetzen, dem BIT eine grössere Konstanz in der Personalentwicklung als neues Ziel vorschreiben sowie eine Aufstockung beim Eidgenössischen Personalamt vornehmen, das in der Folge Lehrstellen und Hochschulpraktika zur Integration von Menschen, die aus dem Arbeitsmarkt ausgeschlossen sind, anbieten soll.
Die SVP hingegen versuchte vor allem, dem Stellenzuwachs beim Bund – im Voranschlag 2020 beträgt dieser gemäss Franz Grüter (svp, LU) 267 zusätzliche Stellen – Einhalt zu gebieten. Dazu wollte Grüter allgemein die Ausgaben für den Personalaufwand im Voranschlag 2020 sowie in den Finanzplanjahren bei CHF 6 Mrd. plafonieren – zum ersten Mal überhaupt überstiegen die geplanten Ausgaben für das Personal die Grenze von CHF 6 Mrd. Mit 134 zu 51 Stimmen lehnte der Rat den Minderheitsantrag Grüter gegen den Willen der geschlossen stimmenden SVP ab. Zudem wollte eine weitere Minderheit Grüter den Betrag für die Lohnmassnahmen halbieren; 0.5 Prozent der Lohnsumme reichten für Lohnverhandlungen, erklärte der Minderheitensprecher. Mit 140 zu 52 Stimmen lehnte der Rat auch diesen Antrag ab. Auch die weiteren Minderheitsanträge, die vorsahen, die Ausgaben des Büros für Konsumentenfragen auf dem Stand der Rechnung von 2018 zu plafonieren, auf die Budgeterhöhung der Parlamentsdienste zur Schaffung von drei neuen Vollzeitstellen sowie auf Erhöhungen in den Personalbereichen des EDA, des BAG und des BFS zu verzichten, lehnte der Nationalrat ab.
Zu reden gaben schliesslich auch die Bereiche Entwicklungszusammenarbeit und Sicherheit. Während eine Minderheit I Keller (svp, NW) die Ausgaben für multilaterale Entwicklungszusammenarbeit deutlich kürzen wollte, schlug eine Minderheit II Gysi (sp, SG) in diesem Bereich eine Erhöhung des Budgets vor, um erneut auf die in der Botschaft 2017-2020 vereinbarten Ausgaben zu kommen und um im Jahr 2023 eine APD-Quote von 0.5 Prozent des Bruttonationaleinkommens zu erreichen. Finanzminister Maurer wehrte sich gegen eine weitere Kürzung in diesem Bereich – die Schweiz habe hier in den letzten Jahren die grössten Kürzungen vorgenommen, obwohl sie weiterhin ihren Verpflichtungen nachkommen müsse, erklärte er. Kommissionssprecher Gmür betonte hingegen, dass es sich bei der APD-Quote weder um ein finanzpolitisches Steuerungsinstrument, noch um einen Zielwert handle, sondern um einen Richtwert. Mit 140 zu 51 Stimmen und 106 zu 84 Stimmen (1 Enthaltung) sprach sich die grosse Kammer für den Mittelweg, den Mehrheitsantrag, aus und beliess die entsprechenden Ausgaben auf ihrer ursprünglichen Höhe.
Mit 135 zu 54 Stimmen nahm der Nationalrat schliesslich den Bundesbeschluss Ia über den Voranschlag für das Jahr 2020, der verglichen mit dem bundesrätlichen Budgetvorschlag Mehrausgaben von CHF 245 Mio. mit sich bringe, wie die beiden Kommissionssprecher Gmür und Nicolet (svp, VD) erklärten, in der Gesamtabstimmung an. Abgelehnt wurde er einstimmig von der SVP und von Stefania Prezioso Batou (gps, GE). Kaum bis gar nicht umstritten waren der Bundesbeschluss Ib über die Planungsgrössen im Voranschlag für das Jahr 2020, der Bundesbeschluss II über den Finanzplan für die Jahre 2021-2023, der Bundesbeschluss III über die Entnahmen aus dem Bahninfrastrukturfonds für das Jahr 2020 sowie der Bundesbeschluss IV über die Entnahmen aus dem Nationalstrassen- und Agglomerationsverkehrsfonds für das Jahr 2020.

Nur wenige Tage nachdem der Nationalrat zwei parlamentarischen Initiativen zum gleichen Thema keine Folge gegeben hatte, empfahl auch die Mehrheit der SPK-SR mit 5 zu 3 Stimmen (2 Enthaltungen) die Einführung des Finanzreferendums auf nationaler Ebene zur Ablehnung. Der Ständerat hatte die Motion Minder (parteilos, SH) zu diesem Thema in der Frühjahrssession zur Vorprüfung an die SPK-SR verwiesen. Die Kommission nahm zwar zur Kenntnis, dass das Instrument auf kantonaler Ebene gut funktioniere, begründete ihre ablehnende Haltung aber damit, dass die eidgenössische Ebene mit den Kantonen nicht zu vergleichen sei. In den Kantonen würde mit dem Finanzreferendum über Infrastrukturvorhaben abgestimmt, während auf Bundesebene Gesetzesbeschlüsse gefasst würden, die den Bund zu finanziellem Engagement beauftragten. Diese Beschlüsse unterstünden in der Mehrzahl bereits dem Referendum. Zudem sei auf lokaler Ebene die Mehrheit der Stimmbevölkerung von zu finanzierenden Projekten direkt betroffen, während sich Bundesausgaben nur auf eine Region konzentrieren könnten. Im Interesse des nationalen Ausgleichs seien solche Ausgaben aber nötig und sollten nicht mittels Finanzreferendum gesamtschweizerisch zur Disposition gestellt werden können. Die Kommissionsminderheit verwies auf die Beschaffung des Kampfflugzeugs Gripen oder die Olympischen Spiele, deren Finanzierungskredite nur mit unschönen Kniffen und speziellen Konstrukten dem Referendum hätten unterstellt werden können. Für solche Ausgaben müsse das Finanzreferendum geschaffen werden.
«Weshalb müssen wir über Kuhhörner abstimmen, aber nicht über 5 Milliarden Franken, die ihr in Bern leichtsinnig ausgebt?» zitierte Finanzminister Maurer «die Stimme des Volkes». Staatspolitisch habe er durchaus Verständnis für solche Fragen und das Anliegen der Motion Minder. Allerdings stelle sich auch die Frage nach dem Funktionieren des Staates. Mit der Ausgabenbremse und der Schuldenbremse seien Parlament und Bundesrat gezwungen, den Finanzhaushalt im Gleichgewicht zu halten. Die eidgenössische Ausgabenpolitik, die auch auf intensiven Diskussionen und Fachwissen basiere, funktioniere also gut – ein Argument, dass Ueli Maurer gegen die wissenschaftlichen Befunde der grösseren Ausgabendisziplin durch Kantone mit Finanzreferendum ins Feld führte. Eine Volksabstimmung mit Hilfe eines Finanzreferendums sei vor allem in jenen Bereichen zu erwarten, in denen dann politische und eben nicht mehr sachliche Diskussionen geführt würden. Dies ziehe nicht nur Verzögerungen nach sich, sondern mache auch die Interpretationen des Abstimmungsresultats schwierig. So wünschbar ein Finanzreferendum also staatspolitisch sei, so wenig würde es dem Finanzhaushalt helfen, «denn der ist in Ordnung». Das schien auch die Mehrheit des Ständerats so zu sehen: Mit 34 zu 7 Stimmen bei 2 Enthaltungen wurde die Motion Minder abgelehnt.

Nachdem der Vorsteher des EFD die SiK-NR über die Lage an der Grenze und die Frage des Personalbestandes beim Grenzwachtkorps informiert hatte, erachtete die Kommission eine Aufstockung des Grenzwachtkorps als notwendig. Diese soll über die Beratungen des Voranschlages 2019 erreicht werden. Im April 2018 beschloss die SiK-NR daher, an den beiden Standesinitiativen der Kantone Basel-Landschaft (15.301) und St. Gallen (17.311) festzuhalten, um den politischen Druck zur Aufstockung des Grenzwachtkorps aufrechtzuerhalten. Obwohl sie die Ausarbeitung einer Gesetzesvorlage als nicht zielführend erachtete, beantragte sie ihrem Rat, der Standesinitiative des Kantons St. Gallen Folge zu geben und die Frist für die Standesinitiative Basel-Landschaft um ein Jahr zu verlängern.

Die Devise «Schuster, bleib bei deinem Leisten!» soll gemäss Nationalrat Marco Romano (cvp, TI) in Bezug auf das Grenzwachtkorps gelten. Mit einer im Frühjahr 2017 eingereichten Motion mit ebendiesem Titel forderte er den Bundesrat auf, Massnahmen zu treffen, damit das Grenzwachtkorps sich auf seine Kernaufgaben – Grenzkontrolle und Registrierung der einreisenden Migrantinnen und Migranten – konzentrieren könne. Der seit Monaten grosse Migrationsdruck an der Schweizer Grenze führe dazu, dass sich das Grenzwachtkorps zunehmend auch mit logistischen Aufgaben belastet sehe, zum Beispiel mit der Überwachung der Empfangszentren oder mit Personentransporten. Von diesen Aufgaben müsse das Grenzwachtkorps befreit werden, damit es an der Grenze nicht an Personal mangle, so der Motionär. Der Bundesrat bestätigte, dass diese zusätzlichen Aufgaben, solange sie keinen direkten hoheitlichen Bezug hätten, von anderen Sicherheitskräften übernommen werden könnten und beantragte die Annahme der Motion. Grünen-Nationalrat Balthasar Glättli (gp, ZH) bekämpfte den Vorstoss. Er sah darin eine unnötige «Stellvertreterauseinandersetzung um die Frage, ob wir die Arbeit und die schwierige Situation des Grenzwachtkorps ernst nehmen», denn nicht-hoheitliche Aufgaben würden zum Teil bereits heute ausgelagert; die Motion brauche es schlichtweg nicht. Bundesrat Ueli Maurer nutzte sein Votum im Nationalrat indes auch dafür, dem Grenzwachtkorps «für die hervorragende Arbeit» zu danken. Die Motion gehe in die richtige Richtung. Mit 148 zu 22 Stimmen bei 10 Enthaltungen nahm die grosse Kammer den Vorstoss in der Herbstsession 2017 an. Der Ständerat stimmte ihm in der darauffolgenden Wintersession ebenfalls zu.

Die Schaffung eines Cybersecurity-Kompetenzzentrums auf Stufe Bund war im Ständerat kaum bestritten und auch im Vorfeld an die Plenardebatte in der grossen Kammer wurden die Zeichen auf grün gesetzt. Das auf eine Motion Eder (fdp, ZG) zurück gehende Anliegen fand einstimmige Unterstützung in der sicherheitspolitischen Kommission des Nationalrates. Sie kam nach Gesprächen mit Cybersicherheits-Fachpersonen aus der Bundesverwaltung sowie unter Berücksichtigung der bereits laufenden Arbeiten im Bereich der Nationalen Strategie zum Schutz der Schweiz vor Cyberrisiken (NCS) und dem entsprechenden Aktionsplan zum Schluss, dass die Motion unterstützt werden soll, denn tiefer greifende Koordination sei im Cyberbereich notwendig. Ein Kompetenzzentrum für Cybersicherheit sei hierzu der richtige Weg.
Kommissionssprecher Glättli (gp, ZH) präzisierte in seiner Einleitung zur Debatte, dass die MELANI nur über beschränkte Personalressourcen verfüge und zudem ihr Auftrag limitiert sei. MELANI, als verwaltungsinterne Koordinationsstelle auch für Cyberkriminalität zuständig, leiste gute Arbeit, so Glättli weiter, es bedürfe aber weiter reichender Kompetenzen für ein eigentliches Kompetenzzentrum. Der anwesende Bundesrat Maurer vertrat auch im Nationalrat die ablehnende Haltung des Siebnerkollegiums: Es werde bereits viel im Cyberbereich unternommen und diverse Expertengruppen würden bald ihre Arbeiten abschliessen. Insofern bat Maurer die Nationalrätinnen und Nationalräte, nicht vorzugreifen. Im Wesentlichen zielten die gegenwärtig angestossenen Prozesse in die gleiche Richtung, wie der Motionär vorgebe, und dies ohne Aufblähung der Verwaltung. Letzteres befürchtete Maurer, falls eine zusätzliche Verwaltungseinheit geschaffen werden müsste. Kommissionssprecher Glättli entgegnete hierauf, dass mit der Motion noch keine operativen Beschlüsse gefasst und die Ausgestaltung und Umsetzung eines solchen Cyber-Kompetenzzentrums Gegenstand weiterer Diskussionen sein würden.
Das Ratsplenum folgte seiner Kommission und hiess die Motion mit 177 zu 2 Stimmen ohne Enthaltungen deutlich gut.

Zeitgleich mit Josef Dittli (cvp, UR) reichte auch Ständerat Eder (fdp, ZG) eine Motion zu Cyber-Fragen ein. Er fokussierte jedoch nicht auf Armeestrukturen, sondern regte generell die Schaffung eines Cybersecurity-Kompetenzzentrums auf Stufe Bund an. Im Laufe der Überprüfung der NCS solle der Bund Massnahmen in die Wege leiten, um eine solche Organisationseinheit zu schaffen. Eder schwebte eine Koordinationsstelle vor, die bundesweit die Vorgänge im Bereich der Cybersicherheit überwacht und fördert, die jedoch ferner auch eine Weisungsbefugnis gegenüber den Ämtern erhalten solle. Die Notwendigkeit einer solchen Stelle leitete Eder aus früheren parlamentarischen Vorstössen sowie dem Geschäftsbericht des Bundesrates über das vergangene Jahr ab, wo klar geworden sei, dass noch zu wenig für die Cybersicherheit gemacht werde. Wie sein Ratskollege Dittli regte Eder eine Zusammenarbeit mit Wissenschaft und Hochschulen sowie der IT-Branche an.

Der Bundesrat teilte die Auffassung, dass der Cyberbereich eine Koordinationsstelle braucht. Zusammen mit MELANI sei eine solche Stelle jedoch bereits geschaffen worden. Das Know-how sei vorhanden und die geforderte Weisungsbefugnis sei auch bereits erteilt worden. Bei grösseren Cybervorfällen würden departementsübergreifende Task-Forces eingesetzt, um Kräfte zu bündeln. Die Bedrohung werde zunehmen – dessen war sich auch die Regierung sicher – und die Anforderungen an die Durchhaltefähigkeit der zuständigen Stellen steige im Ereignisfall. Ein Koordinationszentrum, wie es in der Motion gefordert wird, sei entsprechend fachlich und personell weiterzuentwickeln. Genau dies werde in der Weiterentwicklung der NCS angestrebt, weswegen der Bundesrat die Ablehnung der Motion beantrage.

Anders sah dies der Ständerat. Die Motion wurde mit 41 zu 4 Stimmen deutlich angenommen. Der Abstimmung ging jedoch eine längere Debatte voraus, die rasch verdeutlichte, dass der Bundesrat allein auf weiter Flur stand. Der Motionär selbst eröffnete die Beratungen mit seiner Erstaunensbekundung: Zwar sage die Regierung, sie wolle die Kompetenzen zur Cyberabwehr verstärken und koordinieren, aber die Motion wolle sie nicht zur Annahme empfehlen. Das passe nicht zusammen und das gehe auch für andere Mitunterzeichnende (22 an der Zahl) nicht auf. Verdeutlichen konnte er sein Anliegen mit eben bekannt gewordenen Angriffen auf zwei Departemente. Die Meinung. dass die Meldestelle MELANI bereits Aufgaben im Cyberbereich wahrnehme, teilte der Motionär nicht. Deren Arbeit stellte er nicht infrage, aber in der noch gültigen Cyberstrategie des Bundes komme das Wort "Cybersecurity-Kompetenzzentrum nicht ein einziges Mal vor." Daraufhin hielt er ein eigentliches Plädoyer für die Sache, man müsse endlich handeln – die beiden ETH stünden bereit. Weitere Redner pflichteten Eder (fdp, ZG) bei. Besonders Vertreter der SP sprachen sich dabei für einen Ausbau der Cyberabwehr aus, durchaus auch zu Lasten von anderen Abwehrprogrammen (Rüstung). Erich Ettlin (cvp, OW) fand die Debatte dann "fast schon langweilig", weil sich alle einig waren. Alle ausser Bundesrat Maurer, der die Regierung vertrat. Sein langes Votum – im Wesentlichen zeigte er die bisher angewendeten Vorgänge und Massnahmen auf und die Tatsache, dass kaum eine Bundesratssitzung ohne Cyber-Thema abgehalten werde – schloss er mit dem Appell, man solle die Regierung und MELANI nicht unterschätzen. Das Plenum wollte jedoch ganz offensichtlich ein Zeichen setzen und die Arbeiten im Cyberbereich dergestalt bündeln, dass eine zentrale Stelle die Koordination übernimmt.

Am 12. Februar 2017 wurde über das Referendum zur Unternehmenssteuerreform III abgestimmt, wobei sich die Stimmbürger mit 59,1 Prozent Nein-Stimmen gegen die Reform aussprachen. Eine erste, nach demografischen, geografischen und politischen Variablen gewichtete Nachbefragung der Tamedia zeigte, dass sich lediglich die FDP-Sympathisanten mehrheitlich für die Steuerreform ausgesprochen (67% Zustimmung), die Anhänger der übrigen bürgerlichen Parteien die Vorlage jedoch teilweise deutlich abgelehnt hatten. Gerade die kritische Haltung der SVP-Sympathisanten zur Vorlage (47% Zustimmung) veranlasste zahlreiche Kommentatoren dazu, den Grund für die Ablehnung (auch) in der Verunsicherung der Stimmbürger sowie in einem Vertrauensverlust gegenüber der Wirtschaft oder zumindest in einem Misstrauen gegenüber der international tätigen Wirtschaft zu suchen.
Einig war man sich in den Tagen nach der Abstimmung vor allem darüber, dass es nun schnell gehen müsse mit einer neuen Vorlage. Einerseits drohe der Schweiz ein Platz auf der von der EU verfassten schwarzen Liste der Steueroasen, wenn die bisherigen Privilegien nicht rasch abgeschafft werden. Andererseits bestehe nun eine Rechts- und Planungsunsicherheit für die betroffenen Unternehmen, die es zu beheben gelte. Schliesslich teilten aber auch die Kantone den Wunsch nach einer schnellen Lösung, da sich zahlreiche Reformen der kantonalen Gewinnsteuern auf die nationale Vorlage abgestützt hätten. Entsprechend sprachen die Abstimmungsverlierer vielerorts davon, dass die Linke jetzt – wie während der Kampagne angekündigt – Hand bieten müsse für eine schnelle Lösung. Unklar ist jedoch, wie eine solche Lösung aussehen soll. So wisse der Bundesrat gemäss der NZZ nun dank der Abstimmung zwar, was das Volk nicht wolle, unklar sei aber noch immer, was es wolle. Die meisten Kommentatoren erachteten eine Unternehmenssteuerreform IV, also einen kompletten Neubeginn der Verhandlungen, als nicht nötig, da die meisten Argumente bereits auf dem Tisch lägen.
Möglich wäre daher ein sogenannter Plan B, der gemäss Beat Jans (sp, BS) verschiedene Elemente beinhalten müsste, welche die SP bereits während der Parlamentsdebatte gefordert hatte. Dazu könnten zum Beispiel der Verzicht auf den Steuerabzug auf fiktive Eigenkapitalzinsen und auf eine übermässige Anrechnung des Forschungsaufwandes, eine engere Fassung der Patentbox, eine Versteuerung der Dividenden grosser Beteiligungen zu mindestens 80 Prozent als Einkommen, die Einführung einer Kapitalgewinnsteuer sowie die Senkung der Bundesbeiträge an die Kantone gehören. Er stellte zudem einen vollen Plan B der SP für die Frühlingssession 2017 in Aussicht.
Je nach Reichweite der Forderungen der Abstimmungsgewinner könnte sich eine schnelle Verabschiedung eines solchen Plan B jedoch als schwierig erweisen. Dieser Problematik würde der sogenannte Plan C Abhilfe schaffen, der die Steuerreform in zwei Phasen aufteilen möchte. In einer ersten Phase würden die bisher wenig umstrittenen Massnahmen kurzfristig umgesetzt, dazu zählen gemäss Ruedi Noser (fdp, ZH) die Abschaffung der alten Steuerregime, eine tiefe, auf fünf Jahre beschränkte Übergangsbesteuerung für die Unternehmen, eine Änderung des Berechnungsmodus für den NFA sowie die bisher vorgesehenen Kompensationszahlungen des Bundes an die Kantone in der Höhe von CHF 1,1 Mia. Dies würde dem Bund mehr Zeit geben, die umstritteneren Punkte wie die Gegenfinanzierung der Steuerreform und neue Steuerprivilegien auszuhandeln.
Unklar bleibt der konkrete Zeitplan: Die Abstimmungssieger verlangen vom Bundesrat, bis zum Sommer 2017 eine neue Botschaft auszuarbeiten. Dies wäre jedoch nur möglich, wenn keine neue Vernehmlassung durchgeführt und entsprechend auch entgegen deren Forderungen, die Städte und Gemeinden nicht stärker in die Reform einbezogen würden. Entsprechend sprach Bundesrat Maurer nach der Abstimmung davon, dass eine Botschaft des Bundesrates nicht vor Ende 2017 zu erwarten sei. Nach seiner Sitzung vom 22. Februar 2017 kündigte der Bundesrat hingegen an, dass das EFD bis Mitte 2017 unter Beteiligung von Kantonen, Städten, Gemeinden, politischen Parteien und Verbänden „Eckwerte für eine neue Vorlage und Vorschläge für das weitere Vorgehen“ ausarbeiten werde.


Abstimmung vom 12. Februar 2017

Beteiligung: 45,2%
Ja: 989'306 (40,9%) / Stände: 3 1/2
Nein: 1'427'946 (59,1%) / Stände: 17 5/2

Parolen:
- Ja: SVP, FDP, CVP, BDP, GLP, EDU, Economiesuisse, Gewerbeverband, Finanzdirektorenkonferenz
- Nein: SP, Grüne, EVP, PdA, Gewerkschaftsbund, Travail Suisse
- Stimmfreigabe: Städteverband