Im Rahmen der Debatte zum Voranschlag 2020 verabschiedete das Parlament auch die Nachträge II und IIa zum Voranschlag 2019. Ersteren hatte der Bundesrat im September 2019 vorgestellt: Der Nachtrag II umfasste 13 Kredite in der Höhe von CHF 93 Mio., was abzüglich interner Kompensationen (CHF 2.6 Mio.) und Wertberichtigungen (CHF 2 Mio.) effektive Mehrausgaben von CHF 88.4 Mio. mit sich brachte. Dies entsprach 0.12 Prozent der Ausgaben des Voranschlags 2019, was im langjährigen Durchschnitt lag (2012-2018: 0.15%). Der grösste Beitrag sei die Einlage für den Nationalstrassen- und Agglomerationsfonds (NAF; CHF 57 Mio.), welche durch eine Änderung der Verbuchungsmethode begründet sei: Die Erträge der Bewirtschaftung der Nationalstrassen sowie Drittmittel von Kantonen und Gemeinden würden neu via ASTRA in den NAF eingelegt; diese Einlage müsse entsprechend erhöht werden. Um verzögerte Projekte fertigzustellen, sollte auch der Kredit für den Betrieb, Ausbau und Unterhalt der Nationalstrassen im Rahmen des NAF um CHF 15 Mio. erhöht werden. Auch in der Sonderrechnung für die Bahninfrastruktur (BIF) sollte der Kredit für den Substanzerhalt der Bahninfrastruktur für die aktualisierte Planung der Infrastrukturbetreiber und Seilbahnen um CHF 232 Mio. erhöht werden, wobei ein Teil dieser Kosten im Voranschlagskredit 2020 für den Betrieb kompensiert würde (-CHF 88 Mio.). Für die termingerechte Fertigstellung der Arbeiten am Ceneri-Basistunnel im Rahmen der NEAT forderte der Bundesrat einen zusätzlichen Kredit in der Höhe von CHF 39 Mio. Schliesslich musste der Bund CHF 25 Mio. zusätzlich an die EL zur IV bezahlen, deren Kosten im Jahr 2019 um denselben Betrag höher ausgefallen waren als im Voranschlag budgetiert.
Im Oktober 2019 legte der Bundesrat zudem den Nachtrag IIa vor, der zur «Honorierung der gezogenen Solidarbürgschaften für die schweizerische Hochseeschifffahrt» nötig geworden sei, wie die Regierung erklärte. Darin fasste sie das neuste Problem bezüglich der Hochseeschifffahrtsbürgschaften, die Einstellung des Schiffsbetriebs der acht Hochseeschiffe umfassenden Massmariner SA, zusammen. Der Bund verbürge Massmariner-Schiffe noch mit CHF 129 Mio., diese Bürgschaften seien nun nach dem Entscheid zum Verkauf dieser Schiffe gezogen worden. Der Bund sei nun gegenüber der betroffenen Bank zur Zahlung der ausstehenden verbürgten Darlehenssumme bis Februar 2020 verpflichtet.
Letzterer Nachtrag führte in der Nationalratsdebatte in der Wintersession 2020 zu einigen Diskussionen. Zuvor hatte der Ständerat alle Nachträge diskussionslos und stillschweigend angenommen. Bereits in der Kommission sei diese Frage intensiv diskutiert worden, erklärte Alois Gmür (cvp, SZ) im Nationalrat; die Mehrheit sei jedoch zum Schluss gekommen, «dass das Parlament wohl keine Alternative hat, als diesen Nachtragskredit zu bewilligen». Ähnlich formulierten es seine Ratskolleginnen und -kollegen, Ursula Schneider Schüttel (sp, FR) sprach beispielsweise von einer «zähneknirschenden» Zustimmung. Pirmin Schwander (svp, SZ) hingegen stellte den Antrag, im Nachtrag II zum Voranschlag 2019 auf die Genehmigung der Zahlung zu verzichten. Der Bund und die betroffene Bank hätten die Begleichung der ausstehenden Darlehenssummen auf Februar 2020 festgelegt, der Bundesrat solle diese Frist nun neu aushandeln und dadurch der Oberaufsicht und dem Parlament die Möglichkeit geben, die Einsetzung einer PUK zu prüfen. Auch der SVP-Fraktion sei klar, dass man zahlen müsse, erklärte Schwander, man müsse nun aber Halt sagen und der weltweiten Hochseeschifffahrtsbranche ein Zeichen schicken, dass diese künftig die Preise nicht mehr so stark drücken könne. Bundesrat Maurer goutierte dieses Vorgehen keineswegs: «Sie können hier schon die starke Person spielen und sagen: «Wir bezahlen noch nicht!» Aber wir bezahlen ohnehin», betonte er und bat den Nationalrat, den Nachtrag zu bewilligen. Mit 103 zu 52 Stimmen (bei 40 Enthaltungen) folgte die grosse Kammer dieser Bitte. Die SVP sprach sich geschlossen gegen den Nachtrag aus, die SP und vereinzelte Nationalrätinnen und Nationalräte anderer Fraktionen enthielten sich ihrer Stimme.
Genauso wie diesen Nachtrag genehmigte der Nationalrat auch die übrigen, kleineren Ausgaben: unter anderem CHF 3.4 Mio. aufgrund der Erhöhung des Beitragssatzes der Schweiz für das UNO-Budget; CHF 1.7 Mio. für die Arbeitslosenversicherung, da der Bund 2018 einen zu tiefen Beitrag geleistet hatte; CHF 1 Mio. für das IT-Programm Genova, die durch eine Verzögerung von sechs Monaten aufgrund von Stabilitätsmängeln der Software nötig geworden waren; CHF 430'000 aufgrund von Änderungen am Beitragsschlüssel der OECD; CHF 350'000 für die Bundesanwaltschaft, die durch die Untersuchungen im Disziplinarverfahren betreffend Bundesanwalt Michael Lauber nötig geworden waren; sowie CHF 300’000 für die Zollverwaltung aufgrund der Erhöhung des Frontex-Budgets.

Si, pour le Conseil fédéral, le projet d'accord-cadre avec l'UE est en grande partie favorable à la Suisse et conforme au mandat de négociation, il juge également prématuré de procéder à sa signature, et ce notamment en raison de questions relatives aux mesures d'accompagnement ou à la directive sur le droit des citoyens de l'UE qui demeurent sans réponse. L'exécutif national a donc annoncé, au début du mois de décembre 2018, son intention de soumettre le texte de l’accord institutionnel à consultation auprès d'acteurs politiques et économiques. Dans le contexte de la libre circulation des personnes, le Conseil fédéral estime en effet insuffisants les trois types de mesures d'accompagnement garantis par le texte de l'accord – délai d’annonce préalable fixé à quatre jours ouvrables dans les secteurs à risques, dépôt d’une garantie financière proportionnée pour les prestataires de service n’ayant pas respecté leurs obligations financières et demande de documents aux prestataires de services indépendants également basée sur les risques. Autre point de litige, la Suisse souhaite que l'accord mentionne de façon explicite l'exception à la reprise de la directive relative au droit des citoyens, alors que l'UE penche pour la reprise de ladite directive à l'échelle helvétique. Dans son communiqué de presse, la Direction des affaires européennes (DAE) précise que le champ d'application de l'accord négocié concerne les cinq accords d'accès au marché relatifs à la libre circulation des personnes, aux transports terrestres, au transport aérien, aux obstacles techniques au commerce (ARM) et à l’agriculture, ainsi que les futurs accords d’accès au marché, à l'exemple de l’accord sur l’électricité en discussion. Sous réserve de certaines exceptions, une reprise automatique du droit européen n'est pas envisagée. Tout développement du droit de l'UE fera ainsi «l’objet d’une décision indépendante de la Suisse dans le plein respect de ses procédures législatives». En ce qui concerne le règlement des différends, le texte soumis à consultation ne prévoit aucunement la mise en place d'une institution supranationale, mais envisage plutôt «un mécanisme de règlement des différends basé sur un tribunal arbitral paritaire».
«Berne joue la montre avec l'Union européenne», titre la Tribune de Genève au lendemain de l'annonce du Conseil fédéral, se demandant si la consultation en question ne s'apparente pas à un «exercice alibi», tant et si bien qu'en l'état, l'accord constitutionnel négocié avec l'UE ne recueille les faveurs ni du PS, ni de l'UDC. Selon le quotidien genevois, la décision du Conseil fédéral présente toutefois des points positifs: les nouvelles conseillères fédérales Karin Keller-Sutter et Viola Amherd prendront notamment part au verdict final, et si votation il devait y avoir, celle-ci se tiendrait après les élections fédérales d'automne 2019. La presse helvétique s'interroge également sur la réaction du voisin européen et des éventuelles représailles, à l'exemple de l'équivalence boursière que la Suisse pourrait ne pas obtenir. «Nous ne sommes pas sous pression!», a rétorqué le ministre des Finances Ueli Maurer en conférence de presse. Néanmoins, le Conseil fédéral a une fois de plus fait savoir que la Suisse remplit intégralement les conditions exigées pour la reconnaissance de l’équivalence boursière suisse selon MIFIR 23, tout en appelant à une avancée dans ce sens de la part de l'Union européenne.

Auch 2018 trafen sich die Partei- und Fraktionsspitzen der Regierungsparteien mit Vertretungen der Landesregierung zu den Von-Wattenwyl-Gesprächen. Die Gespräche finden seit Jahren jeweils vor den Parlamentsessionen statt und sollen informelle Diskussionen zu wichtigen aktuellen politischen Themen erlauben.
Anfang Februar tauschten sich die Präsidien der Regierungsparteien mit dem Bundespräsidenten Alain Berset, mit Bundesrätin Doris Leuthard und Bundesrat Ignazio Cassis sowie Bundeskanzler Walter Thurnherr über den Strommarkt und die Europapolitik aus. Im Zentrum der Diskussion standen dabei die im Rahmen der Revision des Stromversorgungsgesetzes anvisierte Planung der Versorgungssicherheit mit Strom sowie die geplanten Schritte zu den Beziehungen mit der EU. Intensive Debatten habe es zur Frage der dynamischen Rechtsübernahme bei einem allfälligen Rahmenabkommen gegeben, liess sich der Medienmitteilung entnehmen.
Bei den Gesprächen vor der Frühlingsession wurde der Bundespräsident von Bundesrat Ueli Maurer und erneut vom Bundeskanzler begleitet. Thema war die Nationale Strategie zum Schutz der Schweiz vor Cyber-Risiken (NCS), deren Verantwortung beim EFD lag. Die Gesprächsteilnehmenden waren sich einig, dass es hier Zusammenarbeit zwischen allen Departementen und in den Bereichen Cyber-Sicherheit, Cyber-Strafverfolgung und Cyber-Defense brauche. Erneut wurde zudem über die Beziehungen zur EU diskutiert. Die Regierung präsentierte die umstrittene Schiedsgerichtslösung zur Streitbeilegung und bekräftigte ihren Willen, die flankierenden Massnahmen zur Personenfreizügigkeit aufrecht erhalten zu wollen. Der Bundesrat informierte zudem über den Stand der Agrarpolitik 2022 (AP22+). Der dafür verantwortliche Bundesrat, Johann Schneider-Ammann war nicht anwesend, weil er auf einer Reise in die Mercosur-Staaten war.
Ende August fanden die Gespräche – wie einmal pro Jahr üblich – in Form einer Klausur statt. Der Bundesrat trat in corpore an und die einzelnen Magistratinnen und Magistraten stellten die Schwerpunkte ihrer Departemente und die Jahresziele 2019 vor. Auch in Klausur waren die Verhandlungen über ein institutionelles Abkommen mit der EU wichtiges Diskussionsthema.
Dies galt auch für die Gespräche vom 9. November. Erneut war deshalb neben Bundespräsident Alain Berset und Bundeskanzler Walter Thurnherr auch Aussenminister Ignazio Cassis anwesend, begleitet von Johann Schneider-Ammann, der über die Herausforderungen der Aussenhandelspolitik etwa auch aufgrund der Neuorientierung der Handelspolitik der USA berichtete. Beim Rahmenabkommen betonten alle Parteien, dass die roten Linien eingehalten werden müssten. Auch der Migrationspakt war Gegenstand der Gespräche.

Ende September 2018 hatte Nationalrätin Sibel Arslan (basta, BS) eine Interpellation eingereicht (Ip. 18.3953), mit der sie anfragte, weshalb die Nicht-Regierungsparteien (GP, GLP, BDP), die immerhin rund 16 Prozent der Wählerinnen und Wähler vertreten, nicht zu den Gespräche eingeladen werden. Der Bundesrat schaffe hier eine Zweiklassengesellschaft und überdies hätten die Gespräche keine rechtliche Grundlage. In seiner Antwort – kurz nach den letzten von-Wattenwyl-Gesprächen vom 9. November – machte der Bundesrat deutlich, dass für ihn der Austausch mit allen Parteien von Bedeutung sei, dass es aber für die Regierungsparteien und ihre Bundesrätinnen und Bundesräte die Möglichkeit für einen vertieften Dialog geben müsse, um politische Spielräume ausloten zu können. Die nicht an den Gesprächen beteiligten Fraktionen werden nachträglich mit den Unterlagen für die Gespräche bedient.

Die Schaffung eines Cybersecurity-Kompetenzzentrums auf Stufe Bund war im Ständerat kaum bestritten und auch im Vorfeld an die Plenardebatte in der grossen Kammer wurden die Zeichen auf grün gesetzt. Das auf eine Motion Eder (fdp, ZG) zurück gehende Anliegen fand einstimmige Unterstützung in der sicherheitspolitischen Kommission des Nationalrates. Sie kam nach Gesprächen mit Cybersicherheits-Fachpersonen aus der Bundesverwaltung sowie unter Berücksichtigung der bereits laufenden Arbeiten im Bereich der Nationalen Strategie zum Schutz der Schweiz vor Cyberrisiken (NCS) und dem entsprechenden Aktionsplan zum Schluss, dass die Motion unterstützt werden soll, denn tiefer greifende Koordination sei im Cyberbereich notwendig. Ein Kompetenzzentrum für Cybersicherheit sei hierzu der richtige Weg.
Kommissionssprecher Glättli (gp, ZH) präzisierte in seiner Einleitung zur Debatte, dass die MELANI nur über beschränkte Personalressourcen verfüge und zudem ihr Auftrag limitiert sei. MELANI, als verwaltungsinterne Koordinationsstelle auch für Cyberkriminalität zuständig, leiste gute Arbeit, so Glättli weiter, es bedürfe aber weiter reichender Kompetenzen für ein eigentliches Kompetenzzentrum. Der anwesende Bundesrat Maurer vertrat auch im Nationalrat die ablehnende Haltung des Siebnerkollegiums: Es werde bereits viel im Cyberbereich unternommen und diverse Expertengruppen würden bald ihre Arbeiten abschliessen. Insofern bat Maurer die Nationalrätinnen und Nationalräte, nicht vorzugreifen. Im Wesentlichen zielten die gegenwärtig angestossenen Prozesse in die gleiche Richtung, wie der Motionär vorgebe, und dies ohne Aufblähung der Verwaltung. Letzteres befürchtete Maurer, falls eine zusätzliche Verwaltungseinheit geschaffen werden müsste. Kommissionssprecher Glättli entgegnete hierauf, dass mit der Motion noch keine operativen Beschlüsse gefasst und die Ausgestaltung und Umsetzung eines solchen Cyber-Kompetenzzentrums Gegenstand weiterer Diskussionen sein würden.
Das Ratsplenum folgte seiner Kommission und hiess die Motion mit 177 zu 2 Stimmen ohne Enthaltungen deutlich gut.

Zeitgleich mit Josef Dittli (cvp, UR) reichte auch Ständerat Eder (fdp, ZG) eine Motion zu Cyber-Fragen ein. Er fokussierte jedoch nicht auf Armeestrukturen, sondern regte generell die Schaffung eines Cybersecurity-Kompetenzzentrums auf Stufe Bund an. Im Laufe der Überprüfung der NCS solle der Bund Massnahmen in die Wege leiten, um eine solche Organisationseinheit zu schaffen. Eder schwebte eine Koordinationsstelle vor, die bundesweit die Vorgänge im Bereich der Cybersicherheit überwacht und fördert, die jedoch ferner auch eine Weisungsbefugnis gegenüber den Ämtern erhalten solle. Die Notwendigkeit einer solchen Stelle leitete Eder aus früheren parlamentarischen Vorstössen sowie dem Geschäftsbericht des Bundesrates über das vergangene Jahr ab, wo klar geworden sei, dass noch zu wenig für die Cybersicherheit gemacht werde. Wie sein Ratskollege Dittli regte Eder eine Zusammenarbeit mit Wissenschaft und Hochschulen sowie der IT-Branche an.

Der Bundesrat teilte die Auffassung, dass der Cyberbereich eine Koordinationsstelle braucht. Zusammen mit MELANI sei eine solche Stelle jedoch bereits geschaffen worden. Das Know-how sei vorhanden und die geforderte Weisungsbefugnis sei auch bereits erteilt worden. Bei grösseren Cybervorfällen würden departementsübergreifende Task-Forces eingesetzt, um Kräfte zu bündeln. Die Bedrohung werde zunehmen – dessen war sich auch die Regierung sicher – und die Anforderungen an die Durchhaltefähigkeit der zuständigen Stellen steige im Ereignisfall. Ein Koordinationszentrum, wie es in der Motion gefordert wird, sei entsprechend fachlich und personell weiterzuentwickeln. Genau dies werde in der Weiterentwicklung der NCS angestrebt, weswegen der Bundesrat die Ablehnung der Motion beantrage.

Anders sah dies der Ständerat. Die Motion wurde mit 41 zu 4 Stimmen deutlich angenommen. Der Abstimmung ging jedoch eine längere Debatte voraus, die rasch verdeutlichte, dass der Bundesrat allein auf weiter Flur stand. Der Motionär selbst eröffnete die Beratungen mit seiner Erstaunensbekundung: Zwar sage die Regierung, sie wolle die Kompetenzen zur Cyberabwehr verstärken und koordinieren, aber die Motion wolle sie nicht zur Annahme empfehlen. Das passe nicht zusammen und das gehe auch für andere Mitunterzeichnende (22 an der Zahl) nicht auf. Verdeutlichen konnte er sein Anliegen mit eben bekannt gewordenen Angriffen auf zwei Departemente. Die Meinung. dass die Meldestelle MELANI bereits Aufgaben im Cyberbereich wahrnehme, teilte der Motionär nicht. Deren Arbeit stellte er nicht infrage, aber in der noch gültigen Cyberstrategie des Bundes komme das Wort "Cybersecurity-Kompetenzzentrum nicht ein einziges Mal vor." Daraufhin hielt er ein eigentliches Plädoyer für die Sache, man müsse endlich handeln – die beiden ETH stünden bereit. Weitere Redner pflichteten Eder (fdp, ZG) bei. Besonders Vertreter der SP sprachen sich dabei für einen Ausbau der Cyberabwehr aus, durchaus auch zu Lasten von anderen Abwehrprogrammen (Rüstung). Erich Ettlin (cvp, OW) fand die Debatte dann "fast schon langweilig", weil sich alle einig waren. Alle ausser Bundesrat Maurer, der die Regierung vertrat. Sein langes Votum – im Wesentlichen zeigte er die bisher angewendeten Vorgänge und Massnahmen auf und die Tatsache, dass kaum eine Bundesratssitzung ohne Cyber-Thema abgehalten werde – schloss er mit dem Appell, man solle die Regierung und MELANI nicht unterschätzen. Das Plenum wollte jedoch ganz offensichtlich ein Zeichen setzen und die Arbeiten im Cyberbereich dergestalt bündeln, dass eine zentrale Stelle die Koordination übernimmt.