Im Rahmen der Debatte zum Voranschlag 2020 verabschiedete das Parlament auch die Nachträge II und IIa zum Voranschlag 2019. Ersteren hatte der Bundesrat im September 2019 vorgestellt: Der Nachtrag II umfasste 13 Kredite in der Höhe von CHF 93 Mio., was abzüglich interner Kompensationen (CHF 2.6 Mio.) und Wertberichtigungen (CHF 2 Mio.) effektive Mehrausgaben von CHF 88.4 Mio. mit sich brachte. Dies entsprach 0.12 Prozent der Ausgaben des Voranschlags 2019, was im langjährigen Durchschnitt lag (2012-2018: 0.15%). Der grösste Beitrag sei die Einlage für den Nationalstrassen- und Agglomerationsfonds (NAF; CHF 57 Mio.), welche durch eine Änderung der Verbuchungsmethode begründet sei: Die Erträge der Bewirtschaftung der Nationalstrassen sowie Drittmittel von Kantonen und Gemeinden würden neu via ASTRA in den NAF eingelegt; diese Einlage müsse entsprechend erhöht werden. Um verzögerte Projekte fertigzustellen, sollte auch der Kredit für den Betrieb, Ausbau und Unterhalt der Nationalstrassen im Rahmen des NAF um CHF 15 Mio. erhöht werden. Auch in der Sonderrechnung für die Bahninfrastruktur (BIF) sollte der Kredit für den Substanzerhalt der Bahninfrastruktur für die aktualisierte Planung der Infrastrukturbetreiber und Seilbahnen um CHF 232 Mio. erhöht werden, wobei ein Teil dieser Kosten im Voranschlagskredit 2020 für den Betrieb kompensiert würde (-CHF 88 Mio.). Für die termingerechte Fertigstellung der Arbeiten am Ceneri-Basistunnel im Rahmen der NEAT forderte der Bundesrat einen zusätzlichen Kredit in der Höhe von CHF 39 Mio. Schliesslich musste der Bund CHF 25 Mio. zusätzlich an die EL zur IV bezahlen, deren Kosten im Jahr 2019 um denselben Betrag höher ausgefallen waren als im Voranschlag budgetiert.
Im Oktober 2019 legte der Bundesrat zudem den Nachtrag IIa vor, der zur «Honorierung der gezogenen Solidarbürgschaften für die schweizerische Hochseeschifffahrt» nötig geworden sei, wie die Regierung erklärte. Darin fasste sie das neuste Problem bezüglich der Hochseeschifffahrtsbürgschaften, die Einstellung des Schiffsbetriebs der acht Hochseeschiffe umfassenden Massmariner SA, zusammen. Der Bund verbürge Massmariner-Schiffe noch mit CHF 129 Mio., diese Bürgschaften seien nun nach dem Entscheid zum Verkauf dieser Schiffe gezogen worden. Der Bund sei nun gegenüber der betroffenen Bank zur Zahlung der ausstehenden verbürgten Darlehenssumme bis Februar 2020 verpflichtet.
Letzterer Nachtrag führte in der Nationalratsdebatte in der Wintersession 2020 zu einigen Diskussionen. Zuvor hatte der Ständerat alle Nachträge diskussionslos und stillschweigend angenommen. Bereits in der Kommission sei diese Frage intensiv diskutiert worden, erklärte Alois Gmür (cvp, SZ) im Nationalrat; die Mehrheit sei jedoch zum Schluss gekommen, «dass das Parlament wohl keine Alternative hat, als diesen Nachtragskredit zu bewilligen». Ähnlich formulierten es seine Ratskolleginnen und -kollegen, Ursula Schneider Schüttel (sp, FR) sprach beispielsweise von einer «zähneknirschenden» Zustimmung. Pirmin Schwander (svp, SZ) hingegen stellte den Antrag, im Nachtrag II zum Voranschlag 2019 auf die Genehmigung der Zahlung zu verzichten. Der Bund und die betroffene Bank hätten die Begleichung der ausstehenden Darlehenssummen auf Februar 2020 festgelegt, der Bundesrat solle diese Frist nun neu aushandeln und dadurch der Oberaufsicht und dem Parlament die Möglichkeit geben, die Einsetzung einer PUK zu prüfen. Auch der SVP-Fraktion sei klar, dass man zahlen müsse, erklärte Schwander, man müsse nun aber Halt sagen und der weltweiten Hochseeschifffahrtsbranche ein Zeichen schicken, dass diese künftig die Preise nicht mehr so stark drücken könne. Bundesrat Maurer goutierte dieses Vorgehen keineswegs: «Sie können hier schon die starke Person spielen und sagen: «Wir bezahlen noch nicht!» Aber wir bezahlen ohnehin», betonte er und bat den Nationalrat, den Nachtrag zu bewilligen. Mit 103 zu 52 Stimmen (bei 40 Enthaltungen) folgte die grosse Kammer dieser Bitte. Die SVP sprach sich geschlossen gegen den Nachtrag aus, die SP und vereinzelte Nationalrätinnen und Nationalräte anderer Fraktionen enthielten sich ihrer Stimme.
Genauso wie diesen Nachtrag genehmigte der Nationalrat auch die übrigen, kleineren Ausgaben: unter anderem CHF 3.4 Mio. aufgrund der Erhöhung des Beitragssatzes der Schweiz für das UNO-Budget; CHF 1.7 Mio. für die Arbeitslosenversicherung, da der Bund 2018 einen zu tiefen Beitrag geleistet hatte; CHF 1 Mio. für das IT-Programm Genova, die durch eine Verzögerung von sechs Monaten aufgrund von Stabilitätsmängeln der Software nötig geworden waren; CHF 430'000 aufgrund von Änderungen am Beitragsschlüssel der OECD; CHF 350'000 für die Bundesanwaltschaft, die durch die Untersuchungen im Disziplinarverfahren betreffend Bundesanwalt Michael Lauber nötig geworden waren; sowie CHF 300’000 für die Zollverwaltung aufgrund der Erhöhung des Frontex-Budgets.

Der Geschäftsbericht des Bundesrats 2018 wurde von den Räten in der Sommersession 2019 beraten. Im Geschäftsbericht legt die Regierung Rechenschaft über die Schwerpunkte ihrer Tätigkeiten in einem Berichtsjahr ab. In den Ratsdebatten berichten die Vertreterinnen und Vertreter der Aufsichtskommissionen über die Beratungen, die sie mit den Bundesrätinnen und Bundesräten zum Geschäftsbericht geführt haben. National- und Ständerat nehmen dann in Form eines Bundesbeschlusses Kenntnis von diesem Bericht.
Für die GPK berichteten Anne Seydoux-Christe (cvp, JU) im Ständerat und Doris Fiala (fdp, ZH) im Nationalrat. Die GPK hätten mit der Regierung zwei Querschnittthemen behandelt, deren Auswertungen noch ausstünden: den Umgang der Departemente mit Kritik durch Bürgerinnen und Bürger bei Aufsichtsbeschwerden sowie die Ferien- und Zeitguthaben der Topkader in der Bundesverwaltung. Die Fragen der GPK seien vom Bundesrat zufriedenstellend beantwortet worden und man beantrage deshalb die Genehmigung des Geschäftsberichts.
In der Folge berichteten Subkommissionssprecherinnen und -sprecher gestützt auf den Geschäftsbericht über die einzelnen Departemente. Sowohl im Ständerat als auch im Nationalrat stand dabei die Cyberabwehr im VBS im Zentrum. Er könne mit Genugtuung feststellen, dass sich der Bund der Dringlichkeit dieses Themas bewusst sei, führte Damian Müller (fdp, LU) im Ständerat aus. Insbesondere durch die Cyberattacke auf die RUAG sei das VBS sensibilisiert worden und habe den Aktionsplan Cyberdefence ausgearbeitet, berichtete hierzu Ida Glanzmann (cvp, LU) in der grossen Kammer. Beim EDA stand die Frage «Wie weiter mit dem Brexit?» im Zentrum. Damien Müller führte aus, dass ein geordneter Übergang mit insgesamt fünf unterzeichneten Abkommen möglich sein sollte. Ida Glanzmann berichtete bei der Präsentation des EDA über die Diskussionen um den aufgeschobenen Beitritt der Schweiz zum Kernwaffenverbotsvertrag. Entgegen einer angenommenen Motion Sommaruga (sp, GE; Mo. 17.4241) wolle man im Moment nur einen Beobachterstatus anstreben, um die Neutralität der Schweiz nicht zu gefährden. Beim WBF wurde in beiden Räten über den ETH-Bereich berichtet. Gegenstand waren die medial begleiteten Vorwürfe gegen verschiedene Personen an der ETH Zürich, Mobbing, Korruption sowie Amts- und Machtmissbrauch betrieben zu haben. Die GPK sei nach intensiven Gesprächen mit den Verantwortlichen der ETH zur Überzeugung gelangt, dass es einen Kulturwandel brauche, führte Yvonne Feri (sp, AG) im Nationalrat aus. Die Oberaufsicht über die ETH unterliege Bundesrat Parmelin und der sei sich der Situation bewusst, versicherte Joachim Eder (fdp, ZG) im Ständerat. Ein weiteres WBF-Thema in beiden Räten waren die Kriegsmaterialausfuhren. Man habe ja manchmal das Gefühl, die Schweiz liefere Waffen an Schurkenstaaten, so Joachim Eder in der kleinen Kammer. Dies sei aber mitnichten der Fall. Vielmehr stehe die Schweiz hinsichtlich Transparenz von Waffenexporten international an erster Stelle. Man habe aber Fragen im Zusammenhang mit Medienberichten über Schweizer Handgranaten und Sturmgewehre, die angeblich im Jemen-Krieg aufgetaucht seien, klären können – so Yvonne Feri im Nationalrat. Beim EFD wurden die Rolle der Finma und die Cyberrisiken für den Finanzplatz Schweiz diskutiert. Die Finma nehme ihre Aufsicht gut wahr und das «interdepartementale Kompetenzgerangel» beim Thema Cyberrisiken habe sich erledigt: Die Federführung und die Koordination liegen beim EFD, das VBS ist zuständig für die Cyberdefence und das EJPD für die Cyberkriminalität. Von speziellem Interesse war die Postauto-Affäre, auf die der Bundesrat im Geschäftsbericht auf Geheiss der GPK in einem eigenen Kapitel eingehen musste. Diesem Auftrag sei die Exekutive nachgekommen, berichtete Claude Hêche (sp, JU) im Ständerat. Die Aufarbeitung der Affäre sei jedoch noch nicht abgeschlossen. Darüber hinaus erwähnte Hêche bei der Berichterstattung zum EDI die Gesundheitskosten, deren Wachstum als problematisch betrachtet werde. Gesundheitsminister Alain Berset habe aber alle Fragen der GPK beantworten können. Peter Föhn (svp, SZ) und Valérie Piller Carrard (sp, FR) berichteten schliesslich über die Bundeskanzlei und das EJPD. Bei der Bundeskanzlei standen Fragen zur Entwicklung bei Vote Electronique im Vordergrund. Die GPK würden die Problematik eng begleiten, so die Subkommissionssprecherin bzw. der Subkommissionssprecher. Hauptthema beim EJPD war die Terrorismusbekämpfung. Es gebe nach wie vor ein Sicherheitsrisiko für die Schweiz und die Kantone; mit verschiedenen Projekten und vor allem dem anstehenden neuen Bundesgesetz über polizeiliche Massnahmen zur Bekämpfung von Terrorismus würde hier aber viel unternommen.
In beiden Räten fasste Ueli Maurer in seiner Funkion als Bundespräsident ein paar der erreichten Ziele im Rahmen der drei Leitlinien (Wohlstandsicherung; nationaler Zusammenhalt und internationale Zusammenarbeit; Sicherheit und verlässliche internationale Partnerschaften) zusammen. Er bedankte sich am Schluss für die sehr offene und konstruktive Zusammenarbeit mit den GPK. Der Bundesrat profitiere sehr von den Fragen und Hinweisen einer Kommission, «die sehr oft unterhalb des Radars arbeitet, das aber sehr intensiv und gut macht».

Die KVF-SR empfahl ihrem Rat im Januar 2018, die vom Nationalrat angenommene Motion Gschwind (cvp, JU) zur Breitbandversorgung und Hochbreitbandversorgung aller Randregionen der Schweiz abzulehnen. Die Kommission sah eine steuerliche Befreiung von Investitionen der Telekommunikationsnetzbetreiber als falschen Weg. Ende Februar 2018 wiederholte Bundesrat Maurer vor dem Ständerat, was er schon im Plenum des Nationalrates zu diesem Geschäft gesagt hatte, und bat erneut um Ablehnung. Der Ständerat folgte seiner Kommission und dem Antrag des Bundesrates diskussionslos.

Nationalrätin Graf-Litscher (sp, TG) wies in ihrem Postulat für eine Meldepflicht bei kritischen Infrastrukturen darauf hin, dass Infrastrukturen wie Strom und Telekommunikation sehr essentiell für die Schweiz sind und Risiken wie Cyberangriffe, Naturkatastrophen sowie militärische und terroristische Angriffe auf die Infrastruktur grosse Auswirkungen auf das ganze Land haben würden. Sie forderte den Bundesrat dazu auf, darzustellen, wie eine mögliche Meldepflicht bei potenzieller Bedrohung aussehen könnte. Mithilfe einer systematischen Auswertung dieser Meldungen könnte so ein Frühwarn-, Beratungs- und Abwehrsystem aufgebaut werden, welches potenzielle Risiken verringert.
Bundesrat Maurer begrüsste diese Forderung und betonte die geforderte Systematik, die zur Prävention von Risiken führen könne. Durch den Austausch von Erfahrungen unter den Betreibern und den staatlichen Behörden könne das Sicherheitsdefizit der Schweiz in diesem Bereich verringert werden. In der Schweiz seien derzeit wichtige Infrastrukturen anfällig bezüglich diverser Gefahren. Der Nationalrat nahm das Postulat am 13. Dezember 2017 stillschweigend an.

Die Schaffung eines Cybersecurity-Kompetenzzentrums auf Stufe Bund war im Ständerat kaum bestritten und auch im Vorfeld an die Plenardebatte in der grossen Kammer wurden die Zeichen auf grün gesetzt. Das auf eine Motion Eder (fdp, ZG) zurück gehende Anliegen fand einstimmige Unterstützung in der sicherheitspolitischen Kommission des Nationalrates. Sie kam nach Gesprächen mit Cybersicherheits-Fachpersonen aus der Bundesverwaltung sowie unter Berücksichtigung der bereits laufenden Arbeiten im Bereich der Nationalen Strategie zum Schutz der Schweiz vor Cyberrisiken (NCS) und dem entsprechenden Aktionsplan zum Schluss, dass die Motion unterstützt werden soll, denn tiefer greifende Koordination sei im Cyberbereich notwendig. Ein Kompetenzzentrum für Cybersicherheit sei hierzu der richtige Weg.
Kommissionssprecher Glättli (gp, ZH) präzisierte in seiner Einleitung zur Debatte, dass die MELANI nur über beschränkte Personalressourcen verfüge und zudem ihr Auftrag limitiert sei. MELANI, als verwaltungsinterne Koordinationsstelle auch für Cyberkriminalität zuständig, leiste gute Arbeit, so Glättli weiter, es bedürfe aber weiter reichender Kompetenzen für ein eigentliches Kompetenzzentrum. Der anwesende Bundesrat Maurer vertrat auch im Nationalrat die ablehnende Haltung des Siebnerkollegiums: Es werde bereits viel im Cyberbereich unternommen und diverse Expertengruppen würden bald ihre Arbeiten abschliessen. Insofern bat Maurer die Nationalrätinnen und Nationalräte, nicht vorzugreifen. Im Wesentlichen zielten die gegenwärtig angestossenen Prozesse in die gleiche Richtung, wie der Motionär vorgebe, und dies ohne Aufblähung der Verwaltung. Letzteres befürchtete Maurer, falls eine zusätzliche Verwaltungseinheit geschaffen werden müsste. Kommissionssprecher Glättli entgegnete hierauf, dass mit der Motion noch keine operativen Beschlüsse gefasst und die Ausgestaltung und Umsetzung eines solchen Cyber-Kompetenzzentrums Gegenstand weiterer Diskussionen sein würden.
Das Ratsplenum folgte seiner Kommission und hiess die Motion mit 177 zu 2 Stimmen ohne Enthaltungen deutlich gut.

Zeitgleich mit Josef Dittli (cvp, UR) reichte auch Ständerat Eder (fdp, ZG) eine Motion zu Cyber-Fragen ein. Er fokussierte jedoch nicht auf Armeestrukturen, sondern regte generell die Schaffung eines Cybersecurity-Kompetenzzentrums auf Stufe Bund an. Im Laufe der Überprüfung der NCS solle der Bund Massnahmen in die Wege leiten, um eine solche Organisationseinheit zu schaffen. Eder schwebte eine Koordinationsstelle vor, die bundesweit die Vorgänge im Bereich der Cybersicherheit überwacht und fördert, die jedoch ferner auch eine Weisungsbefugnis gegenüber den Ämtern erhalten solle. Die Notwendigkeit einer solchen Stelle leitete Eder aus früheren parlamentarischen Vorstössen sowie dem Geschäftsbericht des Bundesrates über das vergangene Jahr ab, wo klar geworden sei, dass noch zu wenig für die Cybersicherheit gemacht werde. Wie sein Ratskollege Dittli regte Eder eine Zusammenarbeit mit Wissenschaft und Hochschulen sowie der IT-Branche an.

Der Bundesrat teilte die Auffassung, dass der Cyberbereich eine Koordinationsstelle braucht. Zusammen mit MELANI sei eine solche Stelle jedoch bereits geschaffen worden. Das Know-how sei vorhanden und die geforderte Weisungsbefugnis sei auch bereits erteilt worden. Bei grösseren Cybervorfällen würden departementsübergreifende Task-Forces eingesetzt, um Kräfte zu bündeln. Die Bedrohung werde zunehmen – dessen war sich auch die Regierung sicher – und die Anforderungen an die Durchhaltefähigkeit der zuständigen Stellen steige im Ereignisfall. Ein Koordinationszentrum, wie es in der Motion gefordert wird, sei entsprechend fachlich und personell weiterzuentwickeln. Genau dies werde in der Weiterentwicklung der NCS angestrebt, weswegen der Bundesrat die Ablehnung der Motion beantrage.

Anders sah dies der Ständerat. Die Motion wurde mit 41 zu 4 Stimmen deutlich angenommen. Der Abstimmung ging jedoch eine längere Debatte voraus, die rasch verdeutlichte, dass der Bundesrat allein auf weiter Flur stand. Der Motionär selbst eröffnete die Beratungen mit seiner Erstaunensbekundung: Zwar sage die Regierung, sie wolle die Kompetenzen zur Cyberabwehr verstärken und koordinieren, aber die Motion wolle sie nicht zur Annahme empfehlen. Das passe nicht zusammen und das gehe auch für andere Mitunterzeichnende (22 an der Zahl) nicht auf. Verdeutlichen konnte er sein Anliegen mit eben bekannt gewordenen Angriffen auf zwei Departemente. Die Meinung. dass die Meldestelle MELANI bereits Aufgaben im Cyberbereich wahrnehme, teilte der Motionär nicht. Deren Arbeit stellte er nicht infrage, aber in der noch gültigen Cyberstrategie des Bundes komme das Wort "Cybersecurity-Kompetenzzentrum nicht ein einziges Mal vor." Daraufhin hielt er ein eigentliches Plädoyer für die Sache, man müsse endlich handeln – die beiden ETH stünden bereit. Weitere Redner pflichteten Eder (fdp, ZG) bei. Besonders Vertreter der SP sprachen sich dabei für einen Ausbau der Cyberabwehr aus, durchaus auch zu Lasten von anderen Abwehrprogrammen (Rüstung). Erich Ettlin (cvp, OW) fand die Debatte dann "fast schon langweilig", weil sich alle einig waren. Alle ausser Bundesrat Maurer, der die Regierung vertrat. Sein langes Votum – im Wesentlichen zeigte er die bisher angewendeten Vorgänge und Massnahmen auf und die Tatsache, dass kaum eine Bundesratssitzung ohne Cyber-Thema abgehalten werde – schloss er mit dem Appell, man solle die Regierung und MELANI nicht unterschätzen. Das Plenum wollte jedoch ganz offensichtlich ein Zeichen setzen und die Arbeiten im Cyberbereich dergestalt bündeln, dass eine zentrale Stelle die Koordination übernimmt.

Eine Motion Gschwind (cvp, JU) mit dem Titel ”Telekommunikationsnetz. Breitbandversorgung und Hochbreitbandversorgung aller Randregionen der Schweiz“ verlangte eine steuerliche Befreiung von Investitionen öffentlicher und privater Telekommunikationsnetzbetreiber, so dass auch in den Randregionen der Schweiz eine Hochbreitbandversorgung aufgebaut und gewährleistet werden könne. Obschon Bundesrat Maurer im Mai 2017 im Plenum des erstberatenden Nationalrat mahnte, derartige Fördermassnahmen würden oft zu Lösungen führen, die vom technologischen Fortschritt schnell obsolet gemacht würden, nahm der Nationalrat die Motion mit 101 zu 73 Stimmen (bei 16 Enthaltungen) an.