Im Rahmen der Debatte zum Voranschlag 2020 verabschiedete das Parlament auch die Nachträge II und IIa zum Voranschlag 2019. Ersteren hatte der Bundesrat im September 2019 vorgestellt: Der Nachtrag II umfasste 13 Kredite in der Höhe von CHF 93 Mio., was abzüglich interner Kompensationen (CHF 2.6 Mio.) und Wertberichtigungen (CHF 2 Mio.) effektive Mehrausgaben von CHF 88.4 Mio. mit sich brachte. Dies entsprach 0.12 Prozent der Ausgaben des Voranschlags 2019, was im langjährigen Durchschnitt lag (2012-2018: 0.15%). Der grösste Beitrag sei die Einlage für den Nationalstrassen- und Agglomerationsfonds (NAF; CHF 57 Mio.), welche durch eine Änderung der Verbuchungsmethode begründet sei: Die Erträge der Bewirtschaftung der Nationalstrassen sowie Drittmittel von Kantonen und Gemeinden würden neu via ASTRA in den NAF eingelegt; diese Einlage müsse entsprechend erhöht werden. Um verzögerte Projekte fertigzustellen, sollte auch der Kredit für den Betrieb, Ausbau und Unterhalt der Nationalstrassen im Rahmen des NAF um CHF 15 Mio. erhöht werden. Auch in der Sonderrechnung für die Bahninfrastruktur (BIF) sollte der Kredit für den Substanzerhalt der Bahninfrastruktur für die aktualisierte Planung der Infrastrukturbetreiber und Seilbahnen um CHF 232 Mio. erhöht werden, wobei ein Teil dieser Kosten im Voranschlagskredit 2020 für den Betrieb kompensiert würde (-CHF 88 Mio.). Für die termingerechte Fertigstellung der Arbeiten am Ceneri-Basistunnel im Rahmen der NEAT forderte der Bundesrat einen zusätzlichen Kredit in der Höhe von CHF 39 Mio. Schliesslich musste der Bund CHF 25 Mio. zusätzlich an die EL zur IV bezahlen, deren Kosten im Jahr 2019 um denselben Betrag höher ausgefallen waren als im Voranschlag budgetiert.
Im Oktober 2019 legte der Bundesrat zudem den Nachtrag IIa vor, der zur «Honorierung der gezogenen Solidarbürgschaften für die schweizerische Hochseeschifffahrt» nötig geworden sei, wie die Regierung erklärte. Darin fasste sie das neuste Problem bezüglich der Hochseeschifffahrtsbürgschaften, die Einstellung des Schiffsbetriebs der acht Hochseeschiffe umfassenden Massmariner SA, zusammen. Der Bund verbürge Massmariner-Schiffe noch mit CHF 129 Mio., diese Bürgschaften seien nun nach dem Entscheid zum Verkauf dieser Schiffe gezogen worden. Der Bund sei nun gegenüber der betroffenen Bank zur Zahlung der ausstehenden verbürgten Darlehenssumme bis Februar 2020 verpflichtet.
Letzterer Nachtrag führte in der Nationalratsdebatte in der Wintersession 2020 zu einigen Diskussionen. Zuvor hatte der Ständerat alle Nachträge diskussionslos und stillschweigend angenommen. Bereits in der Kommission sei diese Frage intensiv diskutiert worden, erklärte Alois Gmür (cvp, SZ) im Nationalrat; die Mehrheit sei jedoch zum Schluss gekommen, «dass das Parlament wohl keine Alternative hat, als diesen Nachtragskredit zu bewilligen». Ähnlich formulierten es seine Ratskolleginnen und -kollegen, Ursula Schneider Schüttel (sp, FR) sprach beispielsweise von einer «zähneknirschenden» Zustimmung. Pirmin Schwander (svp, SZ) hingegen stellte den Antrag, im Nachtrag II zum Voranschlag 2019 auf die Genehmigung der Zahlung zu verzichten. Der Bund und die betroffene Bank hätten die Begleichung der ausstehenden Darlehenssummen auf Februar 2020 festgelegt, der Bundesrat solle diese Frist nun neu aushandeln und dadurch der Oberaufsicht und dem Parlament die Möglichkeit geben, die Einsetzung einer PUK zu prüfen. Auch der SVP-Fraktion sei klar, dass man zahlen müsse, erklärte Schwander, man müsse nun aber Halt sagen und der weltweiten Hochseeschifffahrtsbranche ein Zeichen schicken, dass diese künftig die Preise nicht mehr so stark drücken könne. Bundesrat Maurer goutierte dieses Vorgehen keineswegs: «Sie können hier schon die starke Person spielen und sagen: «Wir bezahlen noch nicht!» Aber wir bezahlen ohnehin», betonte er und bat den Nationalrat, den Nachtrag zu bewilligen. Mit 103 zu 52 Stimmen (bei 40 Enthaltungen) folgte die grosse Kammer dieser Bitte. Die SVP sprach sich geschlossen gegen den Nachtrag aus, die SP und vereinzelte Nationalrätinnen und Nationalräte anderer Fraktionen enthielten sich ihrer Stimme.
Genauso wie diesen Nachtrag genehmigte der Nationalrat auch die übrigen, kleineren Ausgaben: unter anderem CHF 3.4 Mio. aufgrund der Erhöhung des Beitragssatzes der Schweiz für das UNO-Budget; CHF 1.7 Mio. für die Arbeitslosenversicherung, da der Bund 2018 einen zu tiefen Beitrag geleistet hatte; CHF 1 Mio. für das IT-Programm Genova, die durch eine Verzögerung von sechs Monaten aufgrund von Stabilitätsmängeln der Software nötig geworden waren; CHF 430'000 aufgrund von Änderungen am Beitragsschlüssel der OECD; CHF 350'000 für die Bundesanwaltschaft, die durch die Untersuchungen im Disziplinarverfahren betreffend Bundesanwalt Michael Lauber nötig geworden waren; sowie CHF 300’000 für die Zollverwaltung aufgrund der Erhöhung des Frontex-Budgets.

Die Höhe der Personalausgaben in der Bundesverwaltung war in der Frühlingsession 2019 ein recht virulent diskutiertes Thema. Mit einer Motion wollte die FK-NR die Diskussion um ein Element erweitern, das ebenfalls in aller Munde war: Konkret wollte die Kommission den Bundesrat verpflichten, die Personalausgaben mit Hilfe der Digitalisierung in den Griff zu bekommen. Die modernen technischen Hilfsmittel sollen nicht nur dazu genutzt werden, die Personalausgaben jährlich zu überprüfen, sondern es sollen Effizienzgewinne angestrebt werden. Damit soll es möglich sein, die Personalausgaben auf dem Stand des Voranschlags 2019 zu plafonieren.
Der Bundesrat störte sich insbesondere an dieser letzten Forderung. Freilich sei dank der Digitalisierung mit Effizienzgewinnen zu rechnen; bevor diese einträten, würde die Automatisierung von Prozessen aber einen Mehrbedarf an personellen Ressourcen verlangen. Zudem sei die Regierung bemüht, das Wachstum der Personalausgaben tief zu halten, was allerdings schwierig sei, weil eine Vielzahl von Aufgaben in der Bundesverwaltung auf Entscheide des Parlaments zurückgingen. Der Bundesrat riet ausdrücklich von einer Plafonierung der Personalausgaben ab, da eine solche zu unflexibel und nicht zielführend sei.
In der nationalrätlichen Debatte machte sich Alois Gmür (cvp, SZ) für die Kommissionsminderheit stark und wies ebenfalls auf die mangelnde Flexibilität der Vorlage hin. Er bezeichnete ein Einfrieren der Personalausgaben gar als «verantwortungslos». Das Parlament brauche keine «Selbstbevormundung» und sei mündig genug, die Personalkosten jährlich über das Budget zu steuern. Bundesrat Ueli Maurer warnte im Rat ebenfalls vor einer Plafonierung. Eine solche würde bedeuten, dass neue Aufgaben einen Stellenabbau an anderen Orten mit sich bringen würden. Er erinnerte an das Beispiel Agroscope: Dort wollte der Bundesrat Stellen einsparen, was zu einem Aufschrei bei allen Kantonen und Fraktionen geführt habe. Maurer wies die Volksvertreterinnen und Volksvertreter darauf hin, dass sie nicht immer ganz kohärent seien. Diese folgten hingegen der Mehrheit der Kommission und überwiesen die Motion mit 100 zu 83 Stimmen (keine Enthaltungen) an den Ständerat. Die 100 Stimmen stammten aus den geschlossenen Fraktionen der SVP und der GLP sowie aus der FDP (eine Nein-Stimme) und von einer Minderheit der BDP.