Die Terrorismusbekämpfung umfasse, führte Ständerat Daniel Jositsch (sp, ZH) als Berichterstatter der SiK-SR in der Wintersession 2019 vor dem Ratsplenum aus, die drei Elemente des Nachrichtendiensts, der strafrechtlichen Instrumente und der polizeilichen Instrumente. Da der Ständerat die Vorlage zur Verstärkung des strafrechtlichen Instrumentariums gegen Terrorismus gerade eben an die Kommission zurückgewiesen habe, müsse man das mit jener über die polizeilichen Massnahmen zur Terrorismusbekämpfung (PMT) wohl auch tun, weil «die beiden Vorlagen eine Gesamtheit» bildeten, folgerte Jositsch. Der entsprechende Antrag auf Rückweisung mit dem Ziel, die beiden Vorlagen dann gemeinsam behandeln zu können, stammte von Ständerat Roberto Zanetti (sp, SO) und wurde von der Mehrheit der Kantonskammer mit 34 zu 10 Stimmen unterstützt.
Um überhaupt über die Rückweisung befinden zu können, hatte der Rat aber zuerst auf das Geschäft eintreten müssen. In der Eintretensdebatte hatte Ständerat Thomas Minder (parteilos, SH) deutliche Worte für das seiner Meinung nach zu lasche «Kuschelgesetz» gefunden. Obwohl er «von diesen präventiven Soft-Massnahmen nicht begeistert» sei, seien sie immerhin «besser als gar nichts», hatte er seine Absicht begründet, dennoch einzutreten. Sowohl Kommissionssprecher Jositsch als auch Bundesrätin Karin Keller-Sutter hatten der Kritik entgegengesetzt, man habe die innerhalb der Grenzen des Rechtsstaats gelegenen Möglichkeiten ausgeschöpft. Die von Minder geforderte Präventivhaft für terroristische Gefährderinnen und Gefährder bedeute letztlich, Personen aufgrund ihrer Gesinnung zu inhaftieren. «Man muss sich immer überlegen, wie es wäre, wenn ein solches Instrument in den Händen des politischen Gegners wäre. Das möchte ich mir also nicht unbedingt vorstellen müssen», so die Justizministerin.

Anders als zuvor der Nationalrat war die SPK-SR mehrheitlich (6 zu 4 Stimmen, 2 Enthaltungen) der Ansicht, das Non-Refoulement-Prinzip sei ein fester Bestandteil der Bundesverfassung und schütze selbst verurteilte Terroristinnen und Terroristen zu Recht vor der Ausschaffung in ein Land, wo ihnen Folter oder die Todesstrafe droht. Demzufolge beantragte sie die Motion Regazzi (cvp, TI), die die Ausweisung von Dschihadistinnen und Dschihadisten in Folterstaaten ermöglichen sollte, ohne Gegenantrag zur Ablehnung. Dem Ständeratsplenum wurde in der Frühjahrssession 2019 dann jedoch ein Einzelantrag Minder (parteilos, SH) auf Annahme der Motion vorgelegt. Der parteilose Antragsteller argumentierte, das zwingende Völkerrecht greife hier nicht, sei gar «für jeden Rechtsstaat absurd und total unbefriedigend», denn «diese Nichtrückkehrer, diese Dschihadisten, diese Gefährder» kosteten den Staat «Millionen von Franken» und verursachten «in den Kantonen, beim Bund und in der Bevölkerung Frust und Unverständnis». Nicht zuletzt nahm er damit Bezug auf die fünf wegen Terrorismus verurteilten Iraker der «Schaffhauser IS-Zelle», die nach verbüsster Strafe nicht in den Irak ausgeschafft werden können, da ihnen dort mutmasslich Folter droht. FDP-Ständerat Andrea Caroni (AR) entgegnete mit einem Plädoyer für den Rechtsstaat, in dem er seine Ratskolleginnen und -kollegen dazu aufrief, sich nicht für Folter herzugeben und nicht das «innere Heiligtum» des Rechtsstaats preiszugeben. Die Schweiz solle ihre «höchsten Werte [...] nicht im blinden Eifer gegen die blinden Eiferer zerstören, damit wir nicht eines Tages werden wie sie». Überdies sei der Fokus der Motion auf Dschihadistinnen und Dschihadisten – «das Feindbild du jour» – unverständlich, denn Massenmord und Terrorismus seien nicht an eine Religion gebunden. Gegen den Vorstoss argumentierte ebenso Justizministerin Karin Keller-Sutter: Das menschenrechtliche Rückschiebungsverbot könne als Teil des zwingenden Völkerrechts nicht einfach umgangen werden. Zusätzlich wies sie auf die laufenden Arbeiten zum Bundesgesetz über polizeiliche Massnahmen zur Bekämpfung von Terrorismus hin und erläuterte, es sei nicht ganz einfach, geforderte Massnahmen wie beispielsweise die geschützte Unterbringung von Gefährderinnen und Gefährdern grundrechtskonform umzusetzen. Doch damit biss sie – wie im Nationalrat schon ihre Vorgängerin – letztlich auf Granit. Mit 22 zu 18 Stimmen bei einer Enthaltung nahm die kleine Kammer die Motion an. Auch wenn man das zwingende Völkerrecht nicht brechen könne, so müsse doch etwas getan werden, war in etwa der Grundtenor des Entscheids.
Das für eine Motion ungewöhnlich grosse Medienecho widerspiegelte ebenfalls die Umstrittenheit des Entscheids. Angesichts der Kritik, die Motion stelle den Rechtsstaat infrage, verteidigten die Befürworter – allen voran Motionär Fabio Regazzi – ihren Standpunkt, verurteilte Terroristen müssten sich nicht auf die Menschenrechte berufen können und «man müsse die Sorgen der Bevölkerung ernst nehmen» (NZZ). Demgegenüber sprach Gegner und FDP-Nationalrat Kurt Fluri (SO) gegenüber der NZZ von «Hysterie» und «Populismus». Die Menschenrechtsorganisation Amnesty International Schweiz bezeichnete den Gesetzgebungsauftrag als «inakzeptabel». Als Element des zwingenden Völkerrechts könne das Non-Refoulement-Prinzip in einem Rechtsstaat keinesfalls, auch nicht unter dem Deckmantel der inneren Sicherheit, derogiert werden. Wie der Bundesrat den verbindlichen Auftrag umsetzen will, war zunächst noch unklar; gemäss NZZ wolle das Justizdepartement «die Sache nun genauer analysieren».

Nachdem der Ständerat als Erstrat im Sommer 2015 über das neue Strafregistergesetz beraten hatte, war im Frühling 2016 der Nationalrat als Zweitrat an der Reihe. In der RK-NR gaben vor allem die Komplexität des Gesetzes, der Datenschutz, die Verwendung der AHV-Nummer zur Identifizierung der Personen, das Unternehmensstrafregister und die Anpassung des DNA-Profil-Gesetzes Anlass zu Diskussionen. Von der Zweckmässigkeit der Vorlage dennoch überzeugt, beantragte die Kommissionsmehrheit ihrem Rat Eintreten. Ein Nichteintretens- und ein Rückweisungsantrag – beide mit der Begründung, das Gesetz sei zu komplex – fanden jeweils nur in der SVP-Fraktion Unterstützung und scheiterten klar. Gleich zu Beginn der Detailberatung widmete sich der Nationalrat dem inhaltlich bedeutsamsten Punkt der Vorlage, dem Strafregister für Unternehmen. Da sich die kleine Kammer im Vorjahr gegen die Einführung eines solchen Registers ausgesprochen hatte, forderte eine Minderheit um Margret Kiener Nellen (sp, BE), diese Bestimmungen wie vom Bundesrat ursprünglich vorgesehen wieder ins Gesetz aufzunehmen. Sie begründete ihren Antrag damit, dass die Einführung eines Unternehmensstrafregisters als Mittel zur Korruptionsbekämpfung ausdrücklich von der Greco empfohlen worden sei. Darüber hinaus sei die Idee auch in der Vernehmlassung überwiegend positiv aufgenommen worden und werde von juristischer Seite ebenfalls begrüsst. Obwohl sich auch Bundesrätin Sommaruga noch einmal klar für das Unternehmensstrafregister ausgesprochen hatte, folgte die bürgerliche Mehrheit im Nationalrat dem Ständerat und erteilte der Einführung eines solchen Registers mit 127 zu 55 Stimmen eine klare Absage. Die Personenidentifikation mittels AHV-Nummer war der SVP-Fraktion ein Dorn im Auge; ihr Sprecher Yves Nidegger (svp, GE) sah dadurch den Datenschutz gefährdet. Ausserhalb der SVP-Fraktion teilte jedoch niemand diese Ansicht, wodurch der entsprechende Antrag keine Mehrheit fand. Demgegenüber wurde mit der Gutheissung eines Minderheitsantrages Nidegger (svp, GE) mit 86 zu 83 Stimmen die Eintragung von Einstellungsverfügungen in VOSTRA verhindert. Für die äusserst knappe rechtsbürgerliche Mehrheit standen diese Strafregistereinträge in Konflikt mit der Unschuldsvermutung. Dasselbe Argument brachte SVP-Fraktionssprecher Nidegger auch gegen die Registrierung von laufenden Strafverfahren vor, hier jedoch ohne Erfolg. Das Wissen um laufende Strafverfahren sei für viele Behörden unverzichtbar, so die Meinung der Ratsmehrheit. Eine neue Differenz zum Ständerat schuf die grosse Kammer bei den Löschfristen für Strafregistereinträge. Während der Entwurf des Bundesrates vorgesehen hatte, dass nur Urteile zu lebenslänglichen Haftstrafen lebenslang im Strafregister verbleiben sollen, definierte der Nationalrat einen Deliktkatalog aus schweren Verbrechen gegen Leib und Leben, deren Einträge bis zum Tod des Täters nicht gelöscht werden sollen. Bundesrätin Sommaruga kritisierte den Katalog als "nicht mit rechtsstaatlichen Prinzipien vereinbar", was die bürgerliche Mehrheit jedoch nicht umzustimmen vermochte. Schliesslich entbrannte bei den Änderungen einzelner Normen des DNA-Profil-Gesetzes eine Debatte um die Löschfristen von DNA-Profilen, ausgelöst durch einen Minderheitsantrag Rickli (svp, ZH), demzufolge DNA-Daten in bestimmten Fällen gar nicht mehr gelöscht werden sollten. Ausserhalb des rechtsbürgerlichen Blocks war man aber der Ansicht, die Beratung des Strafregistergesetzes sei nicht der richtige Ort, um so weitreichende Grundrechtseinschränkungen sozusagen nebenbei vorzunehmen. Überdies hatte der Rat zu diesem Thema schon ein Postulat überwiesen, das den Bundesrat beauftragt, die Löschfristen der DNA-Profile zu evaluieren. Der Antrag wurde folglich abgelehnt. Bei den übrigen Bestimmungen folgte die grosse Kammer diskussionslos ihrer Kommission, welche in Differenz zum Ständerat noch einige Ergänzungen zur Umsetzung der Ausschaffungsinitiative in die Vorlage eingebracht hatte. In der Gesamtabstimmung wurde die Vorlage mit 150 zu 30 Stimmen aus der SVP-Fraktion bei einer Enthaltung angenommen.

Im November 2014 unterbreitete der Bundesrat seine Botschaft für ein dringliches Bundesgesetz über das Verbot der Gruppierung Al-Qaïda und verwandter Organisationen sowie der Gruppierung „Islamischer Staat“ und verwandter Organisationen. Die Landesregierung empfand diese terroristisch agierenden Organisationen weiterhin als Bedrohung für die innere und äussere Sicherheit der Schweiz und der Staatengemeinschaft. Daher sei das Verbot der beiden Gruppierungen auch über das Jahr 2014 hinaus aufrecht zu erhalten. Die Gesetzesvorlage entspricht überwiegend den beiden befristeten Verordnungen, die beide Ende Jahr auslaufen. Verboten sind sämtliche Aktivitäten der Organisationen im In- und Ausland, sowie auch alle Aspekte, die deren materieller oder personeller Unterstützung dienen. Dies umfasst beispielsweise Propagandaaktionen oder die Geldakquirierung sowie das Anwerben neuer Mitglieder. Neu werden auch Widerhandlungen gegen das Verbot der Al-Qaïda der Bundesgerichtsbarkeit unterstellt und mit Freiheitsstrafen bis zu fünf Jahren oder mit Geldstrafen sanktioniert, sofern nicht noch strengere Strafbestimmungen zur Anwendung gelangen. Der Bundesrat sah als einzigen rechtlich einwandfreien Weg, das Verbot über Ende 2014 hinaus lückenlos aufrecht zu erhalten und diesen Erlass auf dem Dringlichkeitsweg zu erwirken. Mit der Dringlichkeitserklärung konnte das Gesetz bereits per 1. Januar 2015 mit einer Gültigkeitsdauer von vier Jahren bis Ende 2018 in Kraft gesetzt werden. Gleichwohl bleibt der Erlass dem fakultativen Referendum vorbehalten. Bereits knapp zwei Wochen nach der Publikation der Botschaft wurde die Vorlage im Ständerat behandelt. Einhellig diskutiert und letztlich auch einstimmig mit 42 Stimmen genehmigt, sorgte die Vorlage nicht für viel Aufsehen. Ständerat Minder (parteilos, SH) liess es sich jedoch nicht nehmen, die sicherheitspolitischen Einschätzungen des Bundesrates zu hinterfragen. Nachdem bereits seit 2001 Gesetze zum Verbot terroristischer Organisationen auf dem Verordnungsweg implementiert und mehrmals verlängert worden seien und der Bundesrat noch Mitte 2014 der letzten, Ende Jahr auslaufenden Verordnung gelassen entgegen gesehen habe, sei nun doch auf dem Dringlichkeitsweg eine neue Vorlage durchzubringen. Minder forderte für befristete Verordnungen und Gesetze eine bessere Überwachung und generell bessere Neubeurteilungen. Dass der vorliegende Gesetzesentwurf in Teilen die bevorstehenden Beratungen über das neue Nachrichtendienstgesetz präjudizieren könnte, wurde nicht als problematisch erachtet. Eintracht herrschte auch in der Volkskammer, die der Vorlage mit 184 Stimmen ebenfalls oppositionslos zustimmte. In weiteren Abstimmungen galt es, die Dringlichkeitsklausel anzunehmen und im Schlussvotum das Gesetz zu verabschieden. Sämtliche Entscheidungen wurden unanim gefällt.