Anfangs Oktober 2019 gab der Bundesrat in einer Medienmitteilung bekannt, dass sich der Bund neu pro Jahr mit bis zu CHF 500'000 an den Sicherheitskosten von «besonders gefährdeten Minderheiten» beteiligen wird. Die entsprechende Verordnung sei auf ein Konzept des Sicherheitsverbundes Schweiz (SVS) zurückzuführen. Die Gelder sollen gemäss Medienmitteilung für Massnahmen eingesetzt werden, mit denen Straftaten verhindert werden können – wie beispielsweise durch die Installation von Überwachungskameras –, jedoch nicht für Sicherheitspersonal. Um Unterstützungsleistungen zu erhalten, wird nebst einem erhöhten Sicherheitsrisiko verlangt, dass die Minderheitsgruppen über eine «gefestigte Bindung zur Schweiz und ihren Werten» verfügen. Jüdische und muslimische Glaubensgemeinschaften dürften gemäss Medienmitteilung im Zentrum dieser Massnahme stehen. Die Verordnung trat am 1. November 2019 in Kraft.

Wie Bundesrat Guy Parmelin bereits im Anschluss an die Volksabstimmung vom 25. September 2016 angekündigt hatte, schickte der Bundesrat Anfang 2017 die Verordnungen zum neuen Nachrichtendienstgesetz in die Vernehmlassung. Es handelte sich dabei einerseits um die Verordnung über den Nachrichtendienst (NDV), die dort greift, wo das NDG der Präzisierung bedarf. So werden darin etwa die Zusammenarbeit des NDB mit in- und ausländischen Stellen, die Informationsbeschaffung, der Datenschutz und die Archivierung, die Kontrolle, der interne Schutz, die Sicherheitsmassnahmen sowie die Bewaffnung des NDB konkretisiert. Andererseits handelte es sich um die Verordnung über die Informations- und Speichersysteme des NDB, die technische Regelungen zum Betrieb, zum Inhalt und zur Nutzung dieser Systeme enthält. In einer separaten Vernehmlassung, die im März eröffnet wurde, holte der Bundesrat zudem Stellungnahmen zur Verordnung über die Aufsicht über die nachrichtendienstlichen Tätigkeiten (VAND) ein. Diese dritte Umsetzungsverordnung regelt administrative Fragen bezüglich der Aufsichtsbehörde (AB-ND), die Kontrolle der Funk- und Kabelaufklärung durch die Unabhängige Kontrollinstanz (UKI) sowie die Zusammenarbeit zwischen dem Bund und der Dienstaufsicht in den Kantonen. Für Kritik sorgte, dass die AB-ND administrativ dem Generalsekretariat des VBS zugeordnet werden sollte. Das entspreche nicht dem Willen des Parlaments, das während der Beratung des NDG den Bundesrat per Motion (15.3498) dazu aufgefordert hatte, Möglichkeiten für eine Aufsicht ausserhalb der Bundesverwaltung aufzuzeigen, monierte Nationalrätin Edith Graf-Litscher (sp, TG) gegenüber der Presse; nicht zuletzt habe das Versprechen einer starken und unabhängigen Aufsicht Viele dazu bewogen, dem Gesetz in der Volksabstimmung zuzustimmen. Weniger problematisch sahen dies Ständerat Alex Kuprecht (svp, SZ), Präsident der GPDel und damit der parlamentarischen Oberaufsicht über den NDB, sowie EDÖB Adrian Lobsiger, die beide die operative Selbstbestimmung der Aufsicht durch deren rein administrative Ansiedlung beim VBS – überdies mit eigenem Budget – nicht gefährdet sahen, wie sie in den Medien erklärten.
Daneben traf der Bundesrat weitere Vorbereitungen für die geplante Inkraftsetzung des neuen NDG am 1. September 2017. So hob er in der bestehenden Verordnung über den Nachrichtendienst des Bundes (V-NDB) die Vorschrift auf, dass der NDB Informationen über das Inland und solche über das Ausland in intern getrennten Organisationseinheiten beschaffen muss. Damit werde «ein letztes Überbleibsel» der einst getrennten Inlands- und Auslandsnachrichtendienste abgeschafft, wie es in der entsprechenden Medienmitteilung hiess. Die V-NDB wird mit Inkrafttreten des neuen NDG ihre Geltung zwar verlieren, doch dass die Fusion im Hinblick auf das neue NDG schon vorzeitig vollzogen werde, sei organisatorisch «sicher sinnvoll», zitierte die NZZ GPDel-Präsident Kuprecht. Gemäss Bundesrat könne der NDB nun seine Organisationsstruktur optimieren und Synergien nutzen. Zudem wählte der Bundesrat im Mai – und damit fast ein halbes Jahr später als von Verteidigungsminister Parmelin ursprünglich angekündigt – den Juristen Thomas Fritschi zum Leiter der AB-ND. Er werde die Aufsichtsbehörde ab August organisatorisch und personell aufbauen, gab die Regierung per Medienmitteilung bekannt.
In der Vernehmlassung wurden erhebliche Einwände hauptsächlich von Mitgliedern des ehemaligen Referendumskomitees vorgebracht, darunter die Forderung, die AB-ND ausserhalb der Bundesverwaltung anzusiedeln. Im Ergebnisbericht erläuterte das VBS, dass dafür eine Änderung des formellen Gesetzes vonnöten wäre, weshalb dieser und weitere Vorschläge nicht in den Entwurf übernommen wurden. Die Kantone als Hauptadressaten des Verordnungsrechts sowie die KKJPD und die KKPKS unterstützten die in den Vorentwürfen eingeschlagene Stossrichtung dagegen einhellig. Von ihnen geäusserte Anpassungswünsche, wie auch die Empfehlungen des Bundesverwaltungsgerichts und der GPDel habe der Bundesrat weitestgehend in die Entwürfe übernommen, erläuterte er per Medienmitteilung. Die Sicherheitspolitischen Kommissionen beider Räte nahmen darauf zur Kenntnis, dass die Regierung die wichtigsten in der Vernehmlassung ausgesprochenen Empfehlungen berücksichtigt habe und verzichteten auf weitere Änderungsvorschläge an den Bundesrat. Sie sprachen sich für eine schnellstmögliche Inkraftsetzung des NDG und der dazugehörigen Verordnungen aus, damit der NDB seinem Auftrag zum Schutz des Landes nachkommen könne.
Der Bundesrat verabschiedete die drei Verordnungen Mitte August und setzte sie zusammen mit dem NDG auf den 1. September 2017 in Kraft. Ab dann kann der NDB seine neuen Kompetenzen wahrnehmen und die neuen Überwachungsmittel einsetzen.
Einen Tag vor dem Inkrafttreten kündigte eine Handvoll Personen aus dem Umfeld der Digitalen Gesellschaft an, beim NDB ein Gesuch um Unterlassung der neuen Kabelaufklärung, d.h. der Durchsuchung des grenzüberschreitenden Internetverkehrs nach Stichworten, einzureichen. Wie die Aargauer Zeitung berichtete, konnten sie unter anderem den Schweizer Anwalt Edward Snowdens, Marcel Bosonnet, für ihre Sache gewinnen. Dennoch rechneten sie nicht damit, dass der NDB ihrem Begehren stattgeben werde, planten aber, anschliessend den Rechtsweg zu beschreiten, «notfalls bis zum EGMR in Strassburg», wie die Zeitung den federführenden Anwalt und Präsidenten von Grundrechte.ch Viktor Györffy zitierte. Spätestens dort würden sie recht erhalten, zeigte sich Györffy überzeugt, denn die «anlasslose Massenüberwachung», die der NDB von jetzt an praktiziere, verletze das Grundrecht auf Privatsphäre, die Unschuldsvermutung und das Verhältnismässigkeitsprinzip.

Um eine effiziente Strafverfolgung auch in Zukunft sicherzustellen, aktualisierte der Bundesrat im Oktober 2014 das 15 Jahre alte Verordnungsrecht betreffend den Abgleich von DNA-Profilen. Die Anpassungen waren aufgrund der technischen Fortschritte notwendig geworden. Da die Analysegeräte immer leistungsfähiger werden und damit ein aktuell unbrauchbares DNA-Profil in Zukunft zur Fallaufklärung beitragen könnte, soll das biologische Material künftig 15 statt nur 5 Jahre aufbewahrt werden. Im selben Schritt wurde auch die Totalrevision der DNA-Analyselabor-Verordnung durch die Justizministerin genehmigt. Beide Revisionen treten per 1. Januar 2015 in Kraft.

Das Attentat in Norwegen am 23. Juli 2011 rief den Wunsch nach einer stärkeren Kontrolle des Internetverkehrs hervor. Obwohl die umstrittene Revision des Gesetzes über die Überwachung des Post- und Fernmeldeverkehrs (BÜPF) noch immer auf Eis lag, sollen durch eine Teilrevision der Verordnung über die Überwachung des Post- und Fernmeldeverkehrs dem bundesrechtlichen Überwachungsdienst weitere Kompetenzen zur Überwachung des Internets im Rahmen eines ordentlichen Strafverfahrens des Bundes oder des Kantons eingeräumt werden. Gegenstimmen kritisierten die ökonomischen Folgen, und dass mit dem Erlass der Verordnung das Parlament umgangen werde.

Le Conseil fédéral a arrêté en fin d’année les lignes directrices concernant des aspects fondamentaux de la sécurité intérieure. En matière militaire, c’est principalement la volonté d’institutionnaliser les missions d’appui subsidiaire qui ont été soulignées.

Die vom Bundesrat in die Vernehmlassung gegebene Verordnung zum neuen Waffengesetz stiess auf massive Kritik: für einige Kantone und auch für die bürgerlichen Parteien war sie zu detailliert und ging über die gesetzlichen Vorgaben hinaus; für die SP andererseits war sie zu lasch ausgefallen. Der Bundesrat liess sich durch diese Reaktionen nicht beirren und setzte Gesetz und Verordnung auf den 1. Januar 1999 in Kraft.

Der Bundesrat setzte die vom Parlament im Vorjahr verabschiedeten Rechtsgrundlagen für die Einsicht in die Dossiers der Bundesanwaltschaft in Kraft. Von den 29'000 Fichierten, welche ursprünglich auch Dossiereinsicht verlangt hatten, hielten rund 5'000 an ihrem Begehren fest.

In der Differenzbereinigung verzichtete der Ständerat auf das Recht für Einzelpersonen, die Vernichtung der sie betreffenden Akten zu verlangen. Bezüglich der Akteneinsicht beharrten jedoch beide Räte in einer ersten Runde auf ihren Positionen. Im Nationalrat sprach sich in einer Abstimmung unter Namensaufruf eine Mehrheit, gebildet aus den geschlossenen Fraktionen der SVP, der LP und der AP sowie einer sehr deutlichen Mehrheit der FDP und einer knappen der CVP und der SD/Lega, für das Festhalten an der restriktiven Lösung aus. In der Suche nach einem Kompromiss schlug der Ständerat dann vor, dass den 28'000 Fichierten, welche vor dem 1. April 1990 Einsicht sowohl in die Fiche als auch in allfällige Dossiers verlangt hatten, dieses Recht grundsätzlich gewährt werden soll. Auf die vom Bundesrat vorgeschlagene kostspielige Abklärung der Frage, ob ein Dossier erheblich mehr Informationen enthält als die Fiche, wurde damit verzichtet. Hingegen sollen die Gesuchsteller angefragt werden, ob und aus welchen Gründen sie überhaupt an ihrem Gesuch festhalten wollen, wobei der Sonderbeauftragte über die Stichhaltigkeit dieser Begründung entscheidet. Der Nationalrat schloss sich dieser Lösung an.

Die Kommissionsmehrheit des Nationalrats schloss sich diesen Entscheiden – mit der Ausnahme des individuellen Rechts auf Aktenvernichtung – weitgehend an. Das Plenum beschloss dann aber auf Antrag der von Leuba (Ip, VD) angeführten bürgerlichen Kommissionsminderheit mit 75 zu 71 Stimmen eine wesentlich restriktivere Lösung, welche noch hinter den Vorschlag des Bundesrats zurückging. Sie sah vor, dass nur diejenigen Einsicht in ihre Dossiers erhalten sollen, die glaubhaft machen können, dass ihnen wegen der Fichierung materieller oder ideeller Schaden entstanden ist. Als wichtigstes Argument gegen eine liberalere Einsichtgewährung wurden die hohen Kosten (CHF 60-80 Mio.) ins Feld geführt. In der Frage der Aktenarchivierung schloss sich der Nationalrat dem Ständerat an, strich aber die Möglichkeit, Dokumente auf Antrag von Betroffenen zu vernichten.

Ebenfalls nicht anfreunden konnte sich der Ständerat mit dem Vorschlag, dass der Sonderbeauftragte die Vernichtung von Akten anordnen soll, welche für die zukünftige Staatsschutztätigkeit nicht mehr benötigt werden und von keinem besonderen Interesse für die Geschichtsforschung sind. Er ging hier auf die Einwände der Wissenschaft ein und beschloss, dass alle Akten, die vom Staatsschutz nicht mehr gebraucht werden, zu archivieren und mit einer Sperrfrist von 50 statt wie üblich 35 Jahren zu belegen seien. Aus Gründen des Persönlichkeitsschutzes räumte er jedoch den Fichierten das Recht ein, die Vernichtung der sie betreffenden Dokumente zu verlangen.

Der Ständerat befasste sich als Erstrat mit der Dossiereinsicht und -vernichtung. Ausgehend vom Grundsatz, dass ein früher gegebenes Versprechen nicht widerrufen werden soll, beschloss er bei der Dossiereinsicht für diejenigen Personen, welche ihr Gesuch vor dem 1. April 1990 gestellt hatten, eine grosszügigere Lösung, als dies der Bundesrat vorgeschlagen hatte. Auch Gesuchsteller, deren Dossier nach Einschätzung des Sonderbeauftragten nicht mehr Informationen als die Fichenkarte enthält, sollen auf ihrer Einsichtsforderung insistieren dürfen. Wer sein Gesuch erst nach dem 1. April gestellt hatte, soll wie vom Bundesrat vorgeschlagen, sein Dossier nur dann einsehen können, wenn er einen erlittenen Schaden glaubhaft machen kann.

Gestützt auf die Generalklausel BV 102.8, welche die Landesregierung zur Wahrung der Interessen der Schweiz nach aussen ermächtigt, setzte der Bundesrat auf den 19. Dezember eine bis längstens Ende 1994 geltende neue Verordnung in Kraft. Darin wird für jugoslawische Staatsangehörige der Erwerb und das Tragen von Schusswaffen jeglicher Art verboten. Für alle anderen Ausländer ohne Niederlassungsbewilligung ist für den Erwerb von Schusswaffen (also auch von Halbautomaten und Gewehren) eine von der Polizei ausgestellte Bewilligung erforderlich; für nicht in der Schweiz Wohnhafte zusätzlich auch noch eine Waffenausfuhrbewilligung. Diese von den Medien kaum zur Kenntnis genommenen neuen Strafnormen betreffen auch die Anbieterseite; für gewerbsmässige Waffenhändler sind besonders strenge Strafen vorgesehen.

Der Bundesbeschluss regelt im weiteren die Vernichtung von Akten der Bundesanwaltschaft. Der Sonderbeauftragte für Staatsschutzakten soll demnach diejenigen Akten vernichten, welche für die künftige Staatsschutztätigkeit nicht mehr benötigt werden und für die auch keine Einsichtsgesuche hängig sind. Für die Geschichtsforschung besonders wichtige Akten, z.B. über Parteien, Organisationen und bekannte Persönlichkeiten des öffentlichen Lebens sollen hingegen archiviert werden. Der Bundesrat konnte sich bei diesem Antrag auf eine von beiden Ratskammern überwiesene PUK-Motion stützen, welche unter anderem verlangt hatte, dass «überholte Einträge und Dokumente» zu vernichten seien. Entgegen dem Wunsch des Bundesrates konnte der Beschluss noch nicht in der Wintersession behandelt werden, da die erstberatende Ständeratskommission entschied, namentlich zur Frage der Aktenvernichtung noch Hearings durchzuführen. Hingegen lehnte der Nationalrat in der Wintersession mit 84 zu 65 Stimmen ein Postulat Leuenberger (sp, SO) gegen die Vernichtung von Staatsschutzakten ab.

In dieser Verordnung ist auch festgehalten, dass von kantonalen und kommunalen Polizeiorganen erstellte Akten zu Bundesakten geworden sind, wenn sie an die Bundespolizei weitergeleitet worden sind, oder als Vorarbeiten zu solchen Akten gedient haben. Da diese Umschreibung für die Mehrzahl der Akten der kantonalen Staatsschutzstellen zutrifft, sind die Kantone demnach in den meisten Fällen nicht berechtigt, in eigener Regie Einsicht in diese in einzelnen Kantonen sehr umfangreichen Datensammlungen zu gewähren. Diese Regelung wurde nicht nur von den Fichierten, sondern in mehreren Kantonen auch von den Behörden und von Staatsrechtlern bestritten. Unter anderem sprach der Genfer Regierungsrat mit einer beim Bundesgericht eingereichten staatsrechtlichen Klâge dem Bund die Kompetenz zum Erlass dieser Verordnung ab. Einen ersten Entscheid in dieser Angelegenheit fasste das Verfassungsgericht von Baselland. Es stellte fest, dass keine rechtlichen Grundlagen für die Tätigkeit einer politischen Polizei vorhanden seien, und deshalb der Bund auch kein Verfügungsrecht über vom Kanton angelegte Akten aus diesem Bereich anmelden könne. In den meisten Kantonen beschlossen die Parlamente, die Tätigkeit und die Registraturen der kantonalen politischen Polizei zu untersuchen.

Ende Oktober 1990 gab Bundespräsident Koller eine Verordnung über den Staatsschutz welche als Übergangslösung bis zum Entscheid über ein Staatsschutzgesetz gedacht ist, in die Vernehmlassung. Sie sieht vor, dass sich die präventive Polizeitätigkeit auf die Bereiche Terrorismus, Spionage und organisiertes Verbrechen beschränken muss. Mit der politischen Aktivität von Personen darf sich der Staatsschutz nur noch befassen, wenn der konkrete Verdacht besteht, dass dabei strafbare Handlungen (wie zum Beispiel Gewalt gegen Personen oder Sachen) vorbereitet oder begangen werden. Die CVP lehnte die Verordnung ab, da sie unter anderem ohne gesetzliche Grundlage in die Aufgabenteilung zwischen Bund und Kantonen eingreife und zudem einige wichtige Fragen offen lasse. Sie empfahl als Übergangslösung den Erlass eines befristeten dringlichen Bundesbeschlusses. Auch die SP und die GP wiesen den Verordnungsentwurf mit dem Argument zurück, dass er sich auf keine gesetzlichen Grundlagen stützen könne. Während die FDP ebenfalls Einwände vorbrachte, konnte sich immerhin die SVP mit der Verordnung einverstanden erklären, falls der Bundesrat bereit sei, dem Parlament so rasch als möglich eine Regelung auf Gesetzesebene vorzulegen.

Umstritten in dieser Verordnung war auch der Auftrag an den Staatsschutzbeauftragten, nicht mehr benötigte Fichen zu vernichten. Linke Parlamentarier und auch Geschichtswissenschafter protestierten gegen diese Aktenvernichtung unter anderem mit dem Argument, dass damit die wissenschaftliche Erforschung der neueren Schweizer Geschichte erschwert oder gar verunmöglicht werde. Der Bundesrat hielt zwar grundsätzlich an seiner Meinung fest, dass es nicht sinnvoll sei, die Fichen zu archivieren. Da er aber ein Wissenschafterteam unter der Leitung des Basler Geschichtsprofessors Georg Kreis mit der Aufarbeitung der Entwicklung des schweizerischen Staatsschutzes beauftragt habe, werde über Ausmass und Zeitpunkt der Aktenvernichtung ohnehin erst später entschieden. Angesichts des grossen personellen Aufwands, den die Bearbeitung der mehr als 300'000 Einsichtsgesuche erfordert, wurden auch Stimmen laut, welche die Übung nach der Verschickung der Fichenkopien beenden möchten. Der Ständerat überwies in diesem Sinn ein Postulat Hunziker (fdp, AG), welches die Dossiers nur in speziellen Fällen (z.B. bei Schadenersatzklagen) zugänglich machen möchte. Nationalrat Eisenring (cvp, ZH) verlangte mit einem noch nicht behandelten Postulat, dass angesichts der geschätzten Kosten von rund 50 Mio Fr. sogar die Offenlegung der Fichen abgebrochen werden soll.

Bei der organisatorischen Regelung des Einsichtsrechts in die Staatsschutzakten tat sich der Bundesrat schwer. Zuerst sah er vor, dass den Gesuchstellern unter Aufsicht von Beamten der Bundesanwaltschaft in den Kantonshauptorten Einsicht in eine Kopie ihrer Karteikarte gewährt werden sollte. Nachdem erste Versuche in der Stadt Bern unbefriedigend verlaufen waren, regelte er mit einer am 5. März 1990 erlassenen Verordnung das Einsichtsrecht in die nach Personen erschlossenen Staatsschutzakten (d.h. die Fichen und direkt dazugehörende Dossiers) neu. Zuständig für die Gewährung des Einsichtsrechts wurde ein vom Bundesrat eingesetzter Sonderbeauftragter. Die Gesuchsteller erhalten von diesem Sonderbeauftragten eine Kopie ihrer Fiche zugeschickt, wobei bestimmte Angaben (z.B. über private und ausländische Informanten und laufende Ermittlungen) abgedeckt werden. Zur Behandlung von Beschwerden, welche sich aus der Anwendung dieser Verordnung ergeben, wurde eine Ombudsstelle geschaffen, welche alle Staatsschutzakten des Polizeidienstes der Bundesanwaltschaft einsehen kann. Verschiedene von der Linken und den Grünen eingereichte Motionen zur Offenlegung der Fichen und Dossiers wurden danach vom Nationalrat entweder als bereits erfüllt abgeschrieben oder aber nur in Postulatsform überwiesen. Eine Motion der SP, welche eine automatische Benachrichtigung aller Fichierten – mit Ausnahme derjenigen, gegen welche ein gerichtspolizeiliches Verfahren läuft – verlangte, wurde hingegen abgelehnt.

Auf den 19. Januar 1990 setzte der Bundesrat eine sogenannte vorläufige Negativliste in Kraft, welche die erlaubten Aktivitäten der politischen Polizei stark einschränkt. Darin wird den kantonalen Stellen und der Bundesanwaltschaft untersagt, weiterhin Daten über die Ausübung demokratischer Rechte zu erheben und zu sammeln, sofern nicht der Verdacht einer strafbaren Handlung besteht. Reisen ins Ausland sowie die politische Tätigkeit von Parteien und Parlaments- und Regierungsmitgliedern dürfen nur noch im ausdrücklichen Auftrag des Bundes überwacht werden.