Das Differenzbereinigungsverfahren zum Voranschlag 2020 dauerte deutlich kürzer als in den Vorjahren: In nur zwei Sitzungen bereinigte das Parlament das Budget für das Jahr 2020. Dies war gemäss Hannes Germann (svp, SH) auch die Absicht der FK-SR, die möglichst viele Differenzen bereinigt habe, um «mit dem neu zusammengesetzten Rat [...] nicht, wie sonst üblich, bis in die Einigungskonferenz gehen [zu] müssen». Am 10. Dezember 2019 beriet der Ständerat die vom Nationalrat geschaffenen 24 Differenzen und folgte dabei stillschweigend den Anträgen seiner Kommission. Er stimmte der Erhöhung des Globalbudgets der Berufungskammer des Bundesstrafgerichts im Voranschlagsjahr und den Finanzplanjahren, des Fedpol und des BWL sowie der Reduktion der Betriebsausgaben der Bundesasylzentren und der Sozialhilfe für Asylbewerbende und Flüchtlinge diskussionslos zu. Die Erhöhung des Budgets des Fedpol knüpfte er an eine Verstärkung der Bekämpfung der Pädokriminalität, die zwei zusätzlichen Kredite für das Bundesamt für Landwirtschaft machte er von der Bekämpfung der drohenden Unterfinanzierung des Aufbaus des Kompetenzzentrums Boden sowie als Finanzhilfen für das Forschungsinstitut für biologischen Landbau (FiBL) fest. Auch im Bereich der Bildung sprachen sich Kommission und Ständerat für den nationalrätlichen Vorschlag aus, der eine geringere Erhöhung vorsah als ihr eigener Vorschlag. Die Medien betonten in der Folge jedoch vor allem den Anstieg der Bildungsausgaben um CHF 101 Mio. gegenüber der Version des Bundesrates. Auch bei den Sollwerten und Planungsgrössen willigte der Ständerat grösstenteils ein, «wenn auch da und dort mit etwas Befremden oder Staunen», wie der Kommissionssprecher betonte. Man wolle deswegen nicht eine Einigungskonferenz riskieren und pflichte hier «aus verfahrensökonomischer Vernunft» bei, betonte der Kommissionssprecher.
Damit blieben zwei Differenzen zum Nationalrat übrig: Einerseits bestand die kleine Kammer auf der Erhöhung der finanziellen Unterstützung von Selbsthilfeprojekten für das Jahr 2020 und für die Finanzplanjahre, andererseits reduzierte sie die Finanzierung für die Institutionen der Forschungsförderung um CHF 1.1 Mio., da diese im Konzept des Nationalrats aufgrund der zwei angenommenen Minderheiten doppelt enthalten seien. Der Ständerat beharrte zudem auf der Forderung, die Aufstockung des entsprechenden Budgets um CHF 15 Mio. dem SNF zukommen zu lassen. Als Kompromiss schlug er aber vor, die vom Nationalrat beschlossene Förderung der Akademien der Wissenschaften Schweiz in der Höhe von CHF 1.1 Mio. ebenfalls in den Rahmenbedingungen der Kreditvergabe festzuschreiben.
Stillschweigend stimmte der Nationalrat der Version des Ständerates in diesen Fragen zwei Tage später zu und bereinigte damit den Voranschlag 2020. Dieser budgetiert nun bei Einnahmen von CHF 75.666 Mrd. und Ausgaben von CHF 75.323 Mrd. einen Überschuss von CHF 344 Mio. anstelle des vom Bundesrat geplanten Überschusses von CHF 435 Mio.

In der Wintersession 2019 behandelte der Ständerat als Erstrat den Voranschlag 2020. Hannes Germann (svp, SH) stellte die Vorlage im Namen der Kommission vor. Er bezeichnete die Budgetsituation als positiv, zumal trotz STAF und allgemein starkem Ausgabenwachstum dank der Dynamik bei der direkten Bundessteuer und den Verrechnungssteuern ein Überschuss erwartet werde. Er verwies auf die Nachmeldung des Bundesrates vom 27. September 2019, in der dieser eine Nachzahlung von Genossenschaftsbeiträgen an die Nationale Genossenschaft für die Lagerung radioaktiver Abfälle in der Höhe von CHF 158 Mio. beantragt hatte. Nach einem Überblick stellte er die Mehrheitsanträge der FK-SR kurz vor, die gegenüber der Bundesratsvorlage Mehrausgaben von CHF 122.3 Mio. mit sich bringen würden. In der Folge diskutierte der Ständerat ausschliesslich über diese Kommissionsanträge.
Die Erhöhung der Unterstützung von Organisationen im Bereich der ausserschulischen Kinder- und Jugendförderung um CHF 4 Mio. auf CHF 14 Mio. lehnte Bundesrat Maurer als Bagatellsubvention ab; die Gewährung solcher sei aber nicht Aufgabe des Bundes, erklärte er. Peter Hegglin (cvp, ZG) betonte hingegen, dass sich der Bund seit Inkrafttreten des Kinder- und Jugendförderungsgesetzes im Jahr 2013 jährlich mit CHF 10 Mio. an diesen Organisationen beteilige. Da sich die Zahl der Anspruchsgruppen seither stetig vergrössert habe, die Beträge des Bundes jedoch gleich geblieben seien, seien die Beiträge an die einzelnen Organisationen um fast 40 Prozent gesunken. Mit 27 zu 13 Stimmen folgte die kleine Kammer der Kommission in diesem Punkt.
Diskussionen gab es ansonsten nur noch bezüglich der Bildungsausgaben. Hier beabsichtigte die Kommissionsmehrheit eine Erhöhung des Finanzierungsbeitrags an die ETH (+CHF 30 Mio.), der Beiträge für die berufliche Bildung (+CHF 15 Mio.), der Grundbeiträge an die Universitäten (+CHF 20 Mio.) und die Fachhochschulen (+CHF 15 Mio.), der Ausbildungsbeiträge (+CHF 764'100), der Finanzhilfen für WeBiG (+CHF 200'300), der Beiträge für die Institutionen der Forschungsförderung (+CHF 15 Mio.) sowie der Forschungseinrichtungen von nationaler Bedeutung (+CHF 3.1 Mio.). Damit nehme man wie bereits im Voranschlag 2019 Bezug auf die BFI-Botschaft 2017-2020, wobei die darin beschlossenen Ausgaben später um 3 Prozent reduziert worden waren, um die Kostenbremse einhalten zu können, erklärte Erich Ettlin (cvp, OW) für die Kommission. Da es die Finanzlage des Jahres 2020 erlaube, wolle man hier zu den ursprünglichen Beträgen zurückkehren, nicht aber in den Finanzplanjahren, dort müsse man dies in den jeweiligen Voranschlägen neu diskutieren. Eine Minderheit Hefti (fdp, GL) beantragte, dem Bundesrat zu folgen und auf die Erhöhungen zu verzichten. Der Bund schenke dem Bildungsbereich – richtigerweise – bereits genügend Aufmerksamkeit, die entsprechenden Ausgaben würden von CHF 7.7 Mrd. (2018) auf voraussichtlich CHF 8.6 Mrd. (2023) ansteigen, argumentierte Hefti. Weitere, «giesskannenartige» Erhöhungen sollten nicht zum Gewohnheitsrecht werden. Auch Finanzminister Maurer lehnte die Erhöhung ab. Man habe damals die nicht eingetretene Teuerung überall herausgerechnet, wie es das Parlament später im Rahmen der Motion Dittli (fdp, UR; Mo. 16.3705) bestätigt habe, einzig den Bildungsbereich nehme das Parlament immer wieder von dieser Änderung aus. Dennoch sprach sich der Ständerat deutlich für die verschiedenen Erhöhungen aus.
Den übrigen Anträgen der Kommission folgte der Rat ohne grössere Diskussionen: Für die finanzielle Unterstützung von Selbsthilfeprojekten bezüglich der Opfer von fürsorgerischen Zwangsmassnahmen beantragte die Kommission eine Budgeterhöhung von CHF 150'000 auf CHF 2 Mio. sowie eine Fortsetzung in den Finanzplanjahren. Da im Parlament noch verschiedene Vorstösse für eine Fristverlängerung zur Gesuchseinreichung für die Opfer von fürsorgerischen Zwangsmassnahmen hängig seien und der Bundesrat Empfehlungen einer unabhängigen Expertenkommission «Administrative Versorgung» prüfe, solle dieser Betrag als Spielraum für solche Projekte geschaffen werden, erklärte Christian Levrat (sp, FR) für die Kommission. Mit 27 zu 13 Stimmen sprach sich der Ständerat für diese Erhöhung aus. Im Sportbereich erhöhte er einstimmig die Kredite für Sportverbände und andere Organisationen (+CHF 10 Mio.), für nationale Sportanlagen (+CHF 5 Mio.) und für Wertberichtigungen im Transferbereich (+CHF 5 Mio.) in Voranschlag und Finanzplan, um den «Zeitraum bis zum frühestens für 2022 vorgesehenen Inkrafttreten des nächsten Nationalen Sportanlagenkonzepts zu überbrücken», wie Hannes Germann zuvor für die Kommission erklärt hatte. Den Kredit für Schweiz Tourismus erhöhte der Rat zur Umsetzung des vom Parlament gefassten Beschlusses zur Wirtschaftsförderung um CHF 2.375 Mio. Einstimmig nahm der Ständerat in der Folge den Bundesbeschluss Ia über den Voranschlag für das Jahr 2020 an.
Einen Änderungsantrag stellte die Kommission noch für den Bundesbeschluss Ib über die Planungsgrössen im Voranschlag für das Jahr 2020: Hier beabsichtigte sie, die Aufstockung bei den Institutionen der Forschungsförderung dem Schweizerischen Nationalfonds zukommen zu lassen, während die Minderheit Hefti diese Vorschrift genauso ablehnte wie die Erhöhung selbst. Einstimmig nahm der Ständerat die Änderung an. Der Bundesbeschluss II über den Finanzplan für die Jahre 2021-2023 bedarf keiner Gesamtabstimmung, hingegen stimmte der Ständerat dem Bundesbeschluss III über die Entnahmen aus dem Bahninfrastrukturfonds für das Jahr 2020 sowie dem Bundesbeschluss IV über die Entnahmen aus dem Nationalstrassen- und Agglomerationsverkehrsfonds für das Jahr 2020 einstimmig zu.

Nachdem der Vorschlag der WAK-SR bereits ausführlich ausserhalb des Parlaments diskutiert worden war, folgte im Juni 2018 die Ständeratsdebatte zur Steuervorlage 17. Kommissionspräsident Pirmin Bischof (cvp, SO) stellte dem Rat den Kommissionsvorschlag detailliert vor und betonte, der Kompromiss sei kein Diktat, auch nicht für die Schwesterkommission, aber er stelle «im Moment die beste Lösung» dar. Um diesen Kompromiss zu erarbeiten, habe die Kommission Vertreterinnen und Vertreter verschiedenster Organisationen und Behörden angehört, darunter Delegierte der FDK, des Kantons Zürich, des Städte- und des Gemeindeverbands, von Economiesuisse oder des Gewerkschaftsbundes. Die ESTV und das BSV hätten zudem auf Verlangen der Kommission 24 Berichte erstellt. Unter anderem war ein Gutachten des Bundesamtes für Justiz zum Schluss gekommen, die Vorlage sei «verfassungsrechtlich vertretbar». Bischof betonte, dass der Kompromiss alle Eckpunkte des Vorschlags der WAK-SR umfasse und nur in seiner Gesamtheit in dieser Breite getragen werde. Würden Teile davon verändert, sei diese Unterstützung nicht mehr vollständig gegeben. Abschliessend betonte Bischof, dass die Kommission offen sei für Alternativvorschläge.
Im Ratsplenum rief die Vorlage ebenfalls gemischte Gefühle hervor. Die in «Bundesgesetz über die Steuerreform und die AHV-Finanzierung» (STAF) umgetaufte Vorlage sei eine «Sternstunde der parlamentarischen Arbeit», lobte Roberto Zanetti (sp, SO). Viele Ratsmitglieder betonten hingegen ihre Skepsis, einige wurden sogar richtig deutlich: Thomas Minder (parteilos, SH) sprach von einer «Birchermüesli-Politik», Alex Kuprecht (svp, SZ) von einem «Sündenfall» und Werner Luginbühl (bdp, BE) von einem Kauf von Mehrheiten mit Geschenken. Mehrfach wurde das Gutachten des BJ als politische Gefälligkeit anstelle einer juristischen Einschätzung bezeichnet. Finanzminister Maurer wurde nicht müde, die Wichtigkeit der SV17, respektive dem STAF, zu betonen und den Kompromiss zu loben.
Inhaltlich gab es kaum Streitpunkte, was die NZZ darauf zurückführte, dass die Vorlage ein politischer Balanceakt sei: Man könne kein Element ändern, ohne das alles auseinanderbreche. Dennoch wurden drei Änderungsanträge eingebracht. Eine Minderheit I Zanetti forderte, die minimale Dividendenbesteuerung der Kantone gemäss dem Vorschlag des Bundesrates auf 70 Prozent zu erhöhen, da die Kantone diese Regelung erarbeitet hätten und diese bevorzugen würden. Finanzminister Maurer pflichtete ihm bei und bat den Rat darum, der Minderheit I zu folgen. Gleichzeitig beantragte eine Minderheit II Föhn dem Ständerat, darauf zu verzichten, den Kantonen bezüglich Dividendenbesteuerung Vorgaben zu machen, da die Unternehmen gemäss dem Vorschlag der WAK-SR bereits genügend zur Kasse gebeten würden. Mit 25 zu 14 Stimmen (5 Enthaltungen) und 26 zu 12 Stimmen (6 Enthaltungen) setzte sich der Kommissionvorschlag gegen die zwei Minderheitsvorschläge durch. Eine Minderheit Fetz wollte erreichen, dass die Regeln zum Kapitaleinlageprinzip (KEP) auch auf Nennwertsenkungen angewendet werden und dass Gratisaktien und Gratisnennwerterhöhungen unterbunden werden. Anita Fetz (sp, BS) bat um Zustimmung zu ihrem Minderheitsantrag, damit die bei der Unternehmenssteuerreform II gemachten Fehler korrigiert werden könnten. Mit 30 zu 11 Stimmen (bei 2 Enthaltungen) sprach sich der Ständerat gegen eine solche Änderung aus. Unverändert wurde der Kommissionsvorschlag somit an den Zweitrat weitergereicht.

Von einem «halben Wunder» (Christian Levrat, sp, FR) über eine «Schnapsidee» (Michael Hermann im Tages-Anzeiger) bis hin zu einem «Affront gegen die direkte Demokratie» (Michael Schönenberger in der NZZ) reichten die Beurteilungen des Coups der WAK-SR. Diese hatte in der Pressekonferenz nach ihrer ersten Sitzung zur Steuervorlage 17 alle überrascht, indem sie sich einstimmig für einen eigenen, neuen Vorschlag zur SV17 ausgesprochen hatte: Als soziale Ausgleichsmassnahme soll nicht mehr wie vom Bundesrat vorgeschlagen der Mindestansatz für das Kindergeld erhöht, sondern mehr Geld für die AHV zur Verfügung gestellt werden. Pro Franken, der durch die Steuererleichterungen für Unternehmen weniger an Steuereinnahmen generiert wird, soll ein Franken in die AHV fliessen. Da die WAK-SR mit Kosten von CHF 2.1 Mrd. rechnet, soll entsprechend derselbe Betrag der AHV zu Gute kommen, was diese finanziell bis 2024 oder 2025 absichern soll. Dazu sollen zukünftig das ganze Demografieprozent der Mehrwertsteuer in die AHV fliessen (CHF 520 Mio.) und der Bundesbeitrag an die AHV von 19.55 auf 20.2 Prozent (CHF 300 Mio.) sowie die Lohnbeiträge von Arbeitgebern und Arbeitnehmern um je 0.15 Prozentpunkte erhöht werden (CHF 1.2 Mrd.). Dies war jedoch nicht die einzige Neuerung der Kommission: Bei der Gegenfinanzierung reduzierte sie die minimale kantonale Dividendensteuer von 70 auf 50 Prozent, was ungefähr CHF 300 Mio. kostet. Damit soll ein Referendum des SGV oder von Swiss Family Business verhindert werden. Stattdessen soll das Kapitaleinlageprinzip (KEP) mit einer Rückzahlungsregel und einer Teilliquidationsregel eingeschränkt werden: Zukünftig sollen Reserven aus Kapitaleinlagen höchstens in dem Umfang steuerfrei ausgeschüttet werden können, in dem auch steuerbare Dividendenzahlungen vorgenommen werden (Rückzahlungsregel). Beim Rückkauf eigener Aktien müssen solche Reserven zudem im gleichen Umfang reduziert werden wie die Gewinnreserven (Teilliquidationsregel). Diese Regelung gilt jedoch nur für in der Schweiz kotierte Firmen, nicht aber für Kapitaleinlagereserven, die innerhalb eines Konzerns zurückbezahlt werden oder die im Rahmen eines Zuzugs in die Schweiz nach Inkrafttreten der Unternehmenssteuerreform II entstanden sind. Dies soll Bund und Kantonen Mehreinnahmen von CHF 150 Mio. generieren. Auch die sogenannte Lex Zürich soll nun doch eingeführt werden, wobei die zinsbereinigte Gewinnsteuer in «Abzug für Eigenfinanzierung» umbenannt wird und nur Hochsteuerkantonen, in denen die effektive Steuerbelastung für Unternehmen auf allen drei Ebenen über 18.03 Prozent liegt – konkret also nur dem Kanton Zürich –, zur Verfügung stehen soll.

Entstanden war der Kompromiss der Kommission gemäss «NZZ am Sonntag» und Tages-Anzeiger durch Verhandlungen der «Schattenregierung aus dem Stöckli», wie es die «NZZ am Sonntag» formulierte: Der Luzerner CVP-Ständerat Konrad Graber soll die Initiative ergriffen und Ständeratspräsidentin und Kontaktfrau zum Arbeitgeberverband Karin Keller-Sutter (fdp, SG), SP-Präsident Christian Levrat, Kommissionspräsident Pirmin Bischof (cvp, SO), Ruedi Noser (fdp, ZH) als Kontakt zu Economiesuisse sowie Gewerkschaftspräsident Paul Rechsteiner (sp, SG) ins Boot geholt haben. Sie alle seien sich der Relevanz der SV17 und der sozialpolitischen Kompensation bewusst gewesen, hätten aber die Erhöhung der Kinderzulagen für ein untaugliches Instrument gehalten und sich vor einem Referendum – sei es von bürgerlicher Seite aufgrund der Erhöhung der Dividendenbesteuerung und der Kinderzulagen oder von linker Seite wegen der geplanten Steuerrabatte – gefürchtet. In der Kommission sei man sich daher einig gewesen, dass man einen Kompromiss finden müsse, der von allen grossen Parteien und Organisationen mitgetragen werde. Trotz grosser inhaltlicher Unterschiede hätten sich alle dreizehn Mitglieder der WAK-SR einstimmig für das vorgeschlagene Konzept ausgesprochen.

Die bürgerlichen Parteien und Verbände zeigten sich von diesem Kompromiss nicht begeistert. Die SVP, die GLP, Economiesuisse und der Arbeitgeberverband beanstandeten die Vermischung des Finanz- und Gesundheitsdossiers und sprachen sich gegen sachfremde Verknüpfungen aus. Diese würden es den Bürgern verunmöglichen, sich frei für oder gegen die verschiedenen Elemente des Deals zu entscheiden. Eine «Verknüpfung sachfremder Themen grenzt an Nötigung des Stimmvolks», betonte Jürg Grossen (glp, BE). In den Medien und im Parlament war man sich zudem nicht sicher, ob eine solche Verknüpfung verfassungsrechtlich zulässig sei; verschiedene Parlamentarierinnen und Parlamentarier betonten, dass eine entsprechende Volksinitiative wohl wegen fehlender Einheit der Materie für ungültig erklärt werden würde. Die WAK-SR hatte diesbezüglich ein schriftliches Gutachten beim Bundesamt für Justiz (BJ) eingeholt, welches den Kompromiss für «vertretbar» hielt. Zwar gelte das Gebot der Einheit der Materie auch bei Gesetzesvorlagen, solle dort aber «nicht mit derselben Strenge gehandhabt werden [...] wie bei Teilrevisionen der Verfassung», erklärte das BJ. Das Gesetzgebungsverfahren sei strukturell einer Totalrevision, bei der die Einheit der Materie nicht relevant sei, näher als eine Volksinitiative. Dem Gesetzgeber stehe daher bei der Kompromissfindung ein vergleichsweise grosser Gestaltungsspielraum zu. Des Weiteren kritisierten Exponenten der SVP, FDP und des Gewerbeverbandes insbesondere die Finanzspritze an die AHV ohne Erhöhung des Frauenrentenalters. Es bedürfe dringend auch Massnahmen auf Leistungsseite, war mehrfach zu vernehmen, zumal die Linke aufgrund dieser Zusatzfinanzierung später womöglich nicht mehr für eine umfassende AHV-Reform gewonnen werden könne, da man ihr nichts mehr anzubieten habe. Der Arbeitgeberverband, einer der vehementesten Kritiker des Kompromisses, schlug daher vor, das Rentenalter der Männer auf 66, das der Frauen auf 65 Jahre zu erhöhen. Auch die Jungparteien der Grünen, der SVP, der FDP, der CVP und der BDP erklärten ihre Ablehnung des Vorschlags; die jungen Grünliberalen drohten sogar damit, allenfalls das Referendum zu ergreifen. Die Jungparteien kritisierten vor allem die starke Umverteilung von Jung zu Alt, durch welche die Jungen einmal mehr die ganze Last der Revision der Altersvorsorge tragen müssten. Das strukturelle Problem der AHV werde durch finanzielle Zuschüsse auf Kosten der Jungen überdeckt, aber nicht gelöst, erklärte zum Beispiel der Präsident der Jungfreisinnigen, Andri Silberschmidt.

Gemischt waren auch die Rückmeldungen von linker Seite: Die SP nannte den Vorschlag «akzeptabel». Der SGB sprach sich für den Kompromiss aus, TravailSuisse gab sich zwar erst kritisch, liess aber durchblicken, den Kompromiss wohl auch mitzutragen. SP-Präsident Christian Levrat betonte, dass dieser Vorschlag zum sozialen Ausgleich beitrage: Dadurch dass die Summe der Lohnbeiträge bis zu einem jährlichen Bruttolohn von CHF 130‘000 höher sei als die Summe der erhaltenen AHV-Renten, finanzierten 7 Prozent der Grossverdiener faktisch die AHV-Reform. Personen mit tiefen oder mittleren Löhnen würden also davon profitieren. Diese Argumentation überzeugte die Grünen, Teile der SP und verschiedene entwicklungspolitische NGOs jedoch nicht. Sie erklärten, die Vorlage nicht unterstützen zu wollen, da diese zu enormen Steuerausfällen führe, den internationalen Steuerwettbewerb weiter anheize und gegenüber ärmeren Staaten unfair sei. Zudem handle es sich bei dem AHV-Zuschuss nicht um eine Kompensation, wie viele Befürworter des Vorschlags loben würden, da einmal mehr die Arbeitnehmenden die entstehenden Kosten übernehmen müssten und nicht die Unternehmen.

Neben den Parteien und Verbänden äusserte auch ein Teil der Kantone Kritik am Kompromissvorschlag. Mit der Wiederaufnahme der zinsbereinigten Gewinnsteuer war die WAK-SR einer Forderung von Kanton und Stadt Zürich nachgekommen. «Wir mussten Zürich, dem Wirtschaftsmotor der Schweiz, in diesem Punkt entgegenkommen», erklärte Christian Levrat. Da das Instrument stark umstritten ist, sah man es aber nur für Hochsteuerkantone vor, obwohl es elf weitere Kantone ebenfalls gerne angewendet hätten. Diese Regelung verstosse gegen das Gebot der Gleichbehandlung und verhindere einen fairen Steuerwettbewerb, befand Cornelia Stamm Hurter (SH, svp), Finanzdirektorin des Kantons Schaffhausen – der zu eben diesen elf Kantonen gehört. Auch Hannes Germann (svp, SH) kritisierte die Lex Zürich und nannte sie einen «Sündenfall». Finanzminister Maurer hingegen verteidigte den Vorschlag der WAK-SR: «Es macht keinen Sinn, die beste Kuh nicht zu füttern – würde ich jetzt als alter Bauer sagen». Der Steuerabzug könne aber nicht für alle Kantone eingeführt werden, weil der Widerstand dagegen zu gross sei. WAK-SR-Präsident Pirmin Bischof ergänzte, dass auch andere Kantone den Abzug für Eigenfinanzierung einführen könnten; sie müssten dazu einfach ihre Gewinnsteuern erhöhen.

Trotz kritischer Stimmen aus dem ganzen politischen Spektrum blieben Referendumsdrohungen und Fundamentalopposition gegen den Kompromissvorschlag mehrheitlich aus. Selbst der Arbeitgeberverband wollte sich als einer der stärksten Kritiker des Vorschlags nicht festlegen, ob er bei Annahme der Vorlage durch das Parlament wirklich das Referendum ergreifen würde. Die zurückhaltenden Reaktionen der meisten Akteure würden verdeutlichen, dass sich alle bewusst seien, dass sehr viel auf dem Spiel stehe, war die einhellige Meinung in den Medien. Schliesslich habe die Vorlage wegen des grossen Zeitdrucks gute Erfolgsaussichten: Das «Parlament hat gar keine Gelegenheit, den Deal zu zerreden», erklärte die «Schweiz am Wochenende».

Mit acht Differenzen kam der Voranschlag 2018 schliesslich in die Einigungskonferenz. Hier setzte sich die Version des Nationalrats beim umstrittensten Punkt knapp mit 14 zu 12 Stimmen durch: Die durch die Ablehnung der Altersreform 2020 frei gewordenen CHF 442 Mio. sollen der AHV zugute kommen, allerdings muss der Betrag auf CHF 370 Mio. reduziert werden, damit die Schuldenbremse eingehalten werden kann. In den übrigen, finanziell weniger gewichtigen Punkten folgte die Einigungskonferenz dem Ständerat.
In der Ständeratsdebatte betonte die Präsidentin der FK-SR, Anita Fetz (sp, BS), dass sich der Ständerat über die gesamte Budgetdebatte mehrheitlich durchgesetzt habe – ausser bei den AHV-Millionen. Da sie in der Debatte für alle drei diskutierten Varianten – Einzahlung in die AHV, in den BIF und Verwendung zum Schuldenabbau – Vor- und Nachteile gehört habe, bat sie die Ständekammer, „auf der institutionellen Ebene nicht die gleichen Machtspiele [zu] machen [...] wie unser Schwesterrat“ und entsprechend den Entscheid der Einigungskonferenz anzunehmen. Dagegen sprach sich eine Minderheit Müller (fdp, AG) aus. Die CHF 370 Mio. seien „angesichts des effektiven Finanzbedarfs der AHV [...] eine Placebomassnahme“, und da die gesetzliche Grundlage dazu innert kürzester Zeit und ohne Vernehmlassung geschaffen werden müsste, stünde der Voranschlag auf unsicherem Boden. Dieser Minderheit folgte der Ständerat mit 25 zu 16 Stimmen bei 2 Enthaltungen und lehnte damit den Vorschlag der Einigungskonferenz ab.
„Der Ständerat hat das gemacht, was wir letztes Jahr mit dem Voranschlag gemacht haben. Die Welt dreht sich weiter“, kommentierte Thomas Müller (svp, SG) die ständerätliche Entscheidung in der abschliessenden Nationalratsdebatte.
Somit wurde für die noch offenen Positionen der jeweils tiefere Betrag der beiden Räte aus der dritten Beratungsrunde für den definitiven Voranschlag übernommen. Folglich flossen die CHF 442 Mio. in den Schuldenabbau, AHV und BIF erhielten keine zusätzlichen Gelder. Die Sozialhilfe für Asylsuchende, vorläufig Aufgenommene und Flüchtlinge wurde um CHF 41 Mio. reduziert und folgte somit bereits nicht mehr der 2016 neu geschaffenen Schätzmethode des SEM. Bei der Zollverwaltung wurden keine 30 neuen Stellen für das Grenzwachtkorps geschaffen, die aufgrund des Stellenplafonds andernorts hätten kompensiert werden müssen. Der Betrag für die höhere Schulbildung wurde auf dem bundesrätlichen Vorschlag, der Sollwert bei der Bedarfsplanung auf 2 Prozent belassen und die Gelder der Stiftung Schweizerische Theatersammlung sowie die Entschädigungen an 17 Einsatzbetriebe des Zivildienstes wurden nicht gestrichen. Insgesamt änderte das Parlament damit den bundesrätlichen Vorschlag auf 15 Positionen. Dadurch umfasste der Voranschlag 2018 budgetierte Ausgaben von CHF 71.027 Mrd. und budgetierte Einnahmen von CHF 71.322 Mrd., was einem Überschuss von CHF 295 Mio. und einem strukturellen Überschuss von CHF 437 Mio. entspricht.

In der ersten Sitzung des Differenzbereinigungsverfahrens zum Voranschlag 2018 erledigte der Ständerat kaum Differenzen. Einzig bei der Einlage in die Publica respektive den Lohnmassnahmen für das Bundespersonal und teilweise bei der Landwirtschaft schwenkte er auf die Linie des Nationalrates um. Somit verzichtete der Bund auf die einmalige Einlage in die Publica und erhöhte stattdessen die Löhne des Bundespersonals um 0.6 Prozent. Im Bereich der Landwirtschaft wurden mehrere Stimmen aus den SVP-, CVP- und FDP-Fraktionen laut, welche das bisherige Vorgehen der kleinen Kammer kritisierten. So sei es nicht in Ordnung, dass man mit der Landwirtschaft – und damit mit den Bauernfamilien – taktische Spiele spiele und sie „quasi immer so in Geiselhaft“ nehme, betonte zum Beispiel Peter Hegglin (cvp, ZG). Dem entgegneten Christian Levrat (sp, FR) und Anita Fetz (sp, BS), dass es sich keinesfalls um Spielchen handle, sondern um eine Gleichbehandlung der zwei Räte. Man brauche für die nächste Runde des Differenzbereinigungsverfahrens und für die Einigungskonferenz noch Verhandlungsspielraum, sonst bräuchte der Ständerat diesbezüglich nicht mehr zu tagen. Dennoch entschied sich die kleine Kammer, dem Nationalrat bei den landwirtschaftlichen Strukturverbesserungen entgegenzukommen, und folgte dem bundesrätlichen Vorschlag, der einen Mittelweg zwischen der Position des Nationalrats und jener des Ständerats in der ersten Runde darstellte. Bei den Direktzahlungen folgte der Ständerat der Minderheit seiner FK-SR mit 25 zu 17 Stimmen (0 Enthaltungen) und damit dem Beschluss des Nationalrats. Ansonsten hielt der Ständerat an seinen Beschlüssen fest. Bei den freigewordenen Geldern der Altersvorsorge 2020 lehnte er einen Minderheitsantrag Müller Philipp (fdp, AG) ab, der alles Geld für den Schuldenabbau verwenden wollte. Der nationalrätliche Vorschlag wurde nicht eingebracht.

Für die erste Sitzung des Differenzbereinigungsverfahrens im Nationalrat beabsichtigte die FK-NR, zahlreiche Differenzen zu bereinigen, wogegen jedoch wie bereits in der ersten nationalrätlichen Behandlung des Voranschlags erneut zahlreiche Minderheitsanträge gestellt wurden. Dennoch pflichtete die grosse Kammer dem Erstrat in zahlreichen Punkten bei: Der höhere Betrag des Ständerats obsiegte somit bei den Familienorganisationen und der ausserschulischen Kinder- und Jugendförderung, bei Swisstopo, den Globalbudgets der Spielbankenkommission, der Steuerverwaltung und der Finanzkontrolle sowie beim Finanzierungsbeitrag an den ETH-Bereich. Bei der Unterstützung kultureller Organisationen und beim Globalbudget des SEM setzte sich der tiefere Betrag des Ständerats durch. Auch bei den vier verbliebenen Differenzen bezüglich der Landwirtschaft stimmte der Nationalrat der kleinen Kammer zu, wodurch Letztere, wie Christian Levrat und Anita Fetz befürchtet hatten, ihre Trümpfe für die übrigen Verhandlungsrunden verlor. Nachdem eingangs dieser Runde im Nationalrat vor allem darüber diskutiert worden war, ob durch die Verwendung der CHF 442 Mio. für die AHV der in der Abstimmung vom 24. September 2017 ausgedrückte Volkswille verletzt würde oder nicht, hielt die grosse Kammer an ihrem Beschluss fest. Damit schloss der Voranschlag des Nationalrates jedoch mit einem strukturellen Defizit von 31 Millionen Franken, wodurch die Schuldenbremse nicht eingehalten werden könnte.

Nachdem der Ständerat in seiner nächsten Sitzung des Differenzbereinigungsverfahrens lediglich bei der Qualitätssicherung Milch, wo er ursprünglich dafür sorgen wollte, dass die Branche wie alle anderen auch ihre Qualitätssicherung selber bezahlt, äusserst knapp eingelenkt hatte, lagen dem Nationalrat in der letzten Sitzung noch zwölf Differenzen vor. Bei der Kulturabgeltung an die Stadt Bern, dem Eidgenössisches Hochschulinstitut für Berufsbildung (EHB) sowie der Finanzierung des Schweizerischen Sozialarchivs und der Schweizerischen Friedensstiftung swisspeace lenkte der Nationalrat ein. Somit verblieben für die Einigungskonferenz noch acht Differenzen, wovon vor allem die Frage, was mit den CHF 442 Mio. geschehen solle, finanziell ins Gewicht fiel.

Der Bericht des Bundesrates zum Voranschlag 2018 stellte Einnahmen von CHF 71.3 Mia. Ausgaben von 71.2 Mia. gegenüber und erfüllte somit durch ein positives Finanzsaldo von CHF 103 Mio. die Vorgaben der Schuldenbremse. Die im Vergleich zu den letzten Jahren deutlich höheren Einnahmen und Ausgaben sind auf zwei haushaltsneutrale Sonderfaktoren zurückzuführen: die Integration des Netzzuschlagsfonds von CHF 1.1 Mia. in den Bundeshaushalt sowie die Umwandlung des Darlehens der Sifem AG über CHF 374 Mio. in Aktienkapital. Im Gegenzug sind auch die im letztjährigen Stabilisierungsprogramm beschlossenen Sparmassnahmen von rund einer Milliarde Franken enthalten. Zudem hatte der Bundesrat verglichen mit dem Voranschlag 2017 Kürzungen bei den ungebundenen Bereichen der Entwicklungszusammenarbeit, der Landwirtschaft und der Bildung vorgenommen.
Unklar war, wie die durch die Ablehnung der Reform der Altersvorsorge 2020 frei gewordenen Mittel von CHF 442 Mio. verwendet werden sollen. Der Bundesrat schlug in einer Nachmeldung vor, den gesetzlich zulässigen Höchstbetrag von CHF 295 Mio. in den Bahninfrastrukturfonds (BIF) einzubezahlen und den Rest für den Schuldenabbau zu verwenden. Dadurch gewänne man gemäss Finanzminister Maurer mehr Flexibilität für die Zukunft, ohne dass man jetzt aufgrund der Schuldenbremse andernorts stärker sparen müsse. Die FK-NR beantragte hingegen in einer Kommissionsinitiative (Pa.Iv. 17.496), diese Mittel 2018 einmalig dem AHV-Fonds zukommen zu lassen. Da dies zwingend einer Gesetzesänderung bedürfte, die Summe mit lediglich einem Prozent der Jahresausgabe der AHV deren Probleme nicht lösen könne und sich das Parlament erst kürzlich mit der Problematik von gebundenen Ausgaben beschäftigt hatte, lehnte die FK-SR diesen Vorschlag jedoch ab.

In der Ständeratsdebatte erklärte Kommissionspräsidentin Anita Fetz (sp, BS), dass sich die FK-SR bei ihren Änderungsanträgen gegenüber dem Bundesratsvorschlag auf einige Schwerpunkte beschränkt habe. Vor allem im Bereich Bildung, Forschung und Innovation wolle sie weniger sparen als der Bundesrat, wodurch der Aufwand insgesamt um CHF 70 Mio. und die Einnahmen um CHF 150'000 steigen würden. In der Folge meldeten sich verschiedene Redner zu Wort, um auf in ihren Augen in der Budgetdebatte benachteiligte respektive übervorteilte Bereiche – allen voran die Landwirtschaft und die Armee respektive die Bildung und die Beziehungen zur EU – hinzuweisen. Finanzminister Maurer verdeutlichte, dass der Voranschlag 2018 kein neues Sparprogramm sei. Vielmehr habe der Bundesrat Umschichtungen vorgenommen, die durch Ausgaben in anderen Bereichen (CHF 0.8 Mia. für den NAF, CHF 0.2 Mia. mehr für Asylausgaben, CHF 0.5 Mia. für die AHV) in Kombination mit der Schuldenbremse nötig geworden seien. In den übrigen Bereichen habe man lediglich den vom Parlament durch Annahme der Motion Dittli erteilten Auftrag erfüllt und den Teuerungsausgleich der erwarteten geringeren Teuerung angepasst. In der Folge unterstützte der Ständerat den Bundesrat in den meisten Punkten. Er stimmte der Einlage von zwei Dritteln der durch die Ablehnung der Altersvorsorge 2020 freigewordenen 442 Mio. in den BIF zu und akzeptierte auch den bundesrätlichen Vorschlag, die Senkung des technischen Zinssatzes bei der Publica, der Pensionskasse des Bundes, abzufedern. So soll eine einmalige Einlage von CHF 160 Mio. gewährt werden, wovon CHF 60 Mio. im Voranschlag 2018 integriert sind, dafür erhalten die Mitarbeitenden keinen Teuerungsausgleich auf ihre Löhne. Diese Budgetposition hatte auch bezüglich des gleichzeitig beratenen Nachtrags II zum Voranschlag 2017 zu grossen Diskussionen zwischen der rechten und linken Ratshälfte geführt.

Abweichungen vom bundesrätlichen Vorschlag schuf der Ständerat vor allem im Bereich Bildung und Forschung, wo er die Sparanstrengungen des Bundesrates reduzierte. Teilweise gegen seine ideologischen Präferenzen stimmte der Ständerat der vom Bundesrat vorgeschlagenen Reduktion der Direktzahlungen in der Landwirtschaft zu und reduzierte zusätzlich den Betrag für landwirtschaftliche Strukturverbesserungen. Zu diesen zwei Massnahmen hatte Anita Fetz als Präsidentin der FK-SR aufgerufen, nachdem der Nationalrat in der Einigungskonferenz 2017 dem Ständerat in keinem Punkt entgegengekommen war: Da bei einer Ablehnung des Vorschlags der Einigungskonferenz zum Budget jeweils der tiefere der von National- und Ständerat verabschiedeten Beträge übernommen wird, hatte sich der Nationalrat 2017 in allen umstrittenen Punkten durchgesetzt. Hatte der Ständerat vor einem Jahr noch auf solche „Spielereien“ verzichtet, habe er jetzt gemäss Fetz „aus den letztjährigen Fehlern“ gelernt und sich diese Verhandlungsmasse gegenüber dem Nationalrat bewahrt.

Erfolg hatte eine Motion Germann (svp, SH), welche den Bundesrat beauftragte, dem Parlament eine Vorlage zu unterbreiten, die im Bereich der Hilfsmittel in der IV und der AHV den Markt stärkt und zu mehr Wettbewerb führt. Ein Bericht der Eidgenössischen Finanzkontrolle hatte im Sommer 2007 festgestellt, dass die heutige Regelung Wettbewerb verhindert und falsche Anreize setzt. Der Bundesrat hatte die Motion kommentarlos zur Annahme empfohlen. Die Kommission des Nationalrates hingegen beantragte mit 9 zu 8 Stimmen, bei 3 Enthaltungen, die Motion abzulehnen. Der Nationalrat folgte dem Bundesrat und der Minderheit seiner Kommission und nahm die Motion mit 99 zu 67 Stimmen an.