Mit acht Differenzen kam der Voranschlag 2018 schliesslich in die Einigungskonferenz. Hier setzte sich die Version des Nationalrats beim umstrittensten Punkt knapp mit 14 zu 12 Stimmen durch: Die durch die Ablehnung der Altersreform 2020 frei gewordenen CHF 442 Mio. sollen der AHV zugute kommen, allerdings muss der Betrag auf CHF 370 Mio. reduziert werden, damit die Schuldenbremse eingehalten werden kann. In den übrigen, finanziell weniger gewichtigen Punkten folgte die Einigungskonferenz dem Ständerat.
In der Ständeratsdebatte betonte die Präsidentin der FK-SR, Anita Fetz (sp, BS), dass sich der Ständerat über die gesamte Budgetdebatte mehrheitlich durchgesetzt habe – ausser bei den AHV-Millionen. Da sie in der Debatte für alle drei diskutierten Varianten – Einzahlung in die AHV, in den BIF und Verwendung zum Schuldenabbau – Vor- und Nachteile gehört habe, bat sie die Ständekammer, „auf der institutionellen Ebene nicht die gleichen Machtspiele [zu] machen [...] wie unser Schwesterrat“ und entsprechend den Entscheid der Einigungskonferenz anzunehmen. Dagegen sprach sich eine Minderheit Müller (fdp, AG) aus. Die CHF 370 Mio. seien „angesichts des effektiven Finanzbedarfs der AHV [...] eine Placebomassnahme“, und da die gesetzliche Grundlage dazu innert kürzester Zeit und ohne Vernehmlassung geschaffen werden müsste, stünde der Voranschlag auf unsicherem Boden. Dieser Minderheit folgte der Ständerat mit 25 zu 16 Stimmen bei 2 Enthaltungen und lehnte damit den Vorschlag der Einigungskonferenz ab.
„Der Ständerat hat das gemacht, was wir letztes Jahr mit dem Voranschlag gemacht haben. Die Welt dreht sich weiter“, kommentierte Thomas Müller (svp, SG) die ständerätliche Entscheidung in der abschliessenden Nationalratsdebatte.
Somit wurde für die noch offenen Positionen der jeweils tiefere Betrag der beiden Räte aus der dritten Beratungsrunde für den definitiven Voranschlag übernommen. Folglich flossen die CHF 442 Mio. in den Schuldenabbau, AHV und BIF erhielten keine zusätzlichen Gelder. Die Sozialhilfe für Asylsuchende, vorläufig Aufgenommene und Flüchtlinge wurde um CHF 41 Mio. reduziert und folgte somit bereits nicht mehr der 2016 neu geschaffenen Schätzmethode des SEM. Bei der Zollverwaltung wurden keine 30 neuen Stellen für das Grenzwachtkorps geschaffen, die aufgrund des Stellenplafonds andernorts hätten kompensiert werden müssen. Der Betrag für die höhere Schulbildung wurde auf dem bundesrätlichen Vorschlag, der Sollwert bei der Bedarfsplanung auf 2 Prozent belassen und die Gelder der Stiftung Schweizerische Theatersammlung sowie die Entschädigungen an 17 Einsatzbetriebe des Zivildienstes wurden nicht gestrichen. Insgesamt änderte das Parlament damit den bundesrätlichen Vorschlag auf 15 Positionen. Dadurch umfasste der Voranschlag 2018 budgetierte Ausgaben von CHF 71.027 Mrd. und budgetierte Einnahmen von CHF 71.322 Mrd., was einem Überschuss von CHF 295 Mio. und einem strukturellen Überschuss von CHF 437 Mio. entspricht.

In der ersten Sitzung des Differenzbereinigungsverfahrens zum Voranschlag 2018 erledigte der Ständerat kaum Differenzen. Einzig bei der Einlage in die Publica respektive den Lohnmassnahmen für das Bundespersonal und teilweise bei der Landwirtschaft schwenkte er auf die Linie des Nationalrates um. Somit verzichtete der Bund auf die einmalige Einlage in die Publica und erhöhte stattdessen die Löhne des Bundespersonals um 0.6 Prozent. Im Bereich der Landwirtschaft wurden mehrere Stimmen aus den SVP-, CVP- und FDP-Fraktionen laut, welche das bisherige Vorgehen der kleinen Kammer kritisierten. So sei es nicht in Ordnung, dass man mit der Landwirtschaft – und damit mit den Bauernfamilien – taktische Spiele spiele und sie „quasi immer so in Geiselhaft“ nehme, betonte zum Beispiel Peter Hegglin (cvp, ZG). Dem entgegneten Christian Levrat (sp, FR) und Anita Fetz (sp, BS), dass es sich keinesfalls um Spielchen handle, sondern um eine Gleichbehandlung der zwei Räte. Man brauche für die nächste Runde des Differenzbereinigungsverfahrens und für die Einigungskonferenz noch Verhandlungsspielraum, sonst bräuchte der Ständerat diesbezüglich nicht mehr zu tagen. Dennoch entschied sich die kleine Kammer, dem Nationalrat bei den landwirtschaftlichen Strukturverbesserungen entgegenzukommen, und folgte dem bundesrätlichen Vorschlag, der einen Mittelweg zwischen der Position des Nationalrats und jener des Ständerats in der ersten Runde darstellte. Bei den Direktzahlungen folgte der Ständerat der Minderheit seiner FK-SR mit 25 zu 17 Stimmen (0 Enthaltungen) und damit dem Beschluss des Nationalrats. Ansonsten hielt der Ständerat an seinen Beschlüssen fest. Bei den freigewordenen Geldern der Altersvorsorge 2020 lehnte er einen Minderheitsantrag Müller Philipp (fdp, AG) ab, der alles Geld für den Schuldenabbau verwenden wollte. Der nationalrätliche Vorschlag wurde nicht eingebracht.

Für die erste Sitzung des Differenzbereinigungsverfahrens im Nationalrat beabsichtigte die FK-NR, zahlreiche Differenzen zu bereinigen, wogegen jedoch wie bereits in der ersten nationalrätlichen Behandlung des Voranschlags erneut zahlreiche Minderheitsanträge gestellt wurden. Dennoch pflichtete die grosse Kammer dem Erstrat in zahlreichen Punkten bei: Der höhere Betrag des Ständerats obsiegte somit bei den Familienorganisationen und der ausserschulischen Kinder- und Jugendförderung, bei Swisstopo, den Globalbudgets der Spielbankenkommission, der Steuerverwaltung und der Finanzkontrolle sowie beim Finanzierungsbeitrag an den ETH-Bereich. Bei der Unterstützung kultureller Organisationen und beim Globalbudget des SEM setzte sich der tiefere Betrag des Ständerats durch. Auch bei den vier verbliebenen Differenzen bezüglich der Landwirtschaft stimmte der Nationalrat der kleinen Kammer zu, wodurch Letztere, wie Christian Levrat und Anita Fetz befürchtet hatten, ihre Trümpfe für die übrigen Verhandlungsrunden verlor. Nachdem eingangs dieser Runde im Nationalrat vor allem darüber diskutiert worden war, ob durch die Verwendung der CHF 442 Mio. für die AHV der in der Abstimmung vom 24. September 2017 ausgedrückte Volkswille verletzt würde oder nicht, hielt die grosse Kammer an ihrem Beschluss fest. Damit schloss der Voranschlag des Nationalrates jedoch mit einem strukturellen Defizit von 31 Millionen Franken, wodurch die Schuldenbremse nicht eingehalten werden könnte.

Nachdem der Ständerat in seiner nächsten Sitzung des Differenzbereinigungsverfahrens lediglich bei der Qualitätssicherung Milch, wo er ursprünglich dafür sorgen wollte, dass die Branche wie alle anderen auch ihre Qualitätssicherung selber bezahlt, äusserst knapp eingelenkt hatte, lagen dem Nationalrat in der letzten Sitzung noch zwölf Differenzen vor. Bei der Kulturabgeltung an die Stadt Bern, dem Eidgenössisches Hochschulinstitut für Berufsbildung (EHB) sowie der Finanzierung des Schweizerischen Sozialarchivs und der Schweizerischen Friedensstiftung swisspeace lenkte der Nationalrat ein. Somit verblieben für die Einigungskonferenz noch acht Differenzen, wovon vor allem die Frage, was mit den CHF 442 Mio. geschehen solle, finanziell ins Gewicht fiel.