Im Juni 2022 reichte die APK-NR eine Motion ein, mit der sie sich für sozialpartnerschaftliche Lösungen im EU-Dossier einsetzte. Sie wollte den Bundesrat damit beauftragen, im EU-Dossier mit den Sozialpartnern eine tragfähige Einigung zu finden, wie den Schweizer Anliegen beim Lohnschutz und beim Schutz der Sozialwerke Rechnung getragen werden kann. Zudem sollte der Bundesrat dem Parlament regelmässig Bericht über die Entwicklungen der Verhandlungen zwischen den Sozialpartnern erstatten und Schutzklauseln in den zentralen Fragen der Personenfreizügigkeit – insbesondere den flankierenden Massnahmen – mit der EU prüfen und diese dem Parlament vorlegen. Die Kommissionsmehrheit sah den Hauptgrund für den Abbruch der Verhandlungen über ein Rahmenabkommen in der «einseitigen Aufkündigung der sozialpartnerschaftlichen Rahmenbedingungen und Verpflichtungen in der Europapolitik [...] durch den Bundesrat», indem sich dieser entschied, das Verhandlungsergebnis zum institutionellen Rahmenabkommen aufgrund offener Punkte bei den flankierenden Massnahmen und der Unionsbürgerrichtlinie vorerst nicht zu paraphieren. Nun müsse der sozialpartnerschaftliche Konsens wiederhergestellt werden, bevor eine breite inländische Abstützung für weitere Schritte hin zu einem guten bilateralen Verhältnis hergestellt werden könne, so die APK-NR. Es brauche ein «inländisches Commitment» zwischen Sozialpartnern und jenen Parteien, die an einer Weiterführung des institutionellen Verhältnisses mit der EU interessiert seien, damit der Schutz der Löhne und des Sozialsystems in künftigen Abkommen gesichert seien. Eine Kommissionsminderheit Portmann (fdp, LU) beantragte die Ablehnung der Motion.

In seiner Stellungnahme anerkannte der Bundesrat zwar die Bedeutung der Sozialpartner in der Europapolitik, hielt jedoch entgegen, dass er deren Anliegen bereits bei den Verhandlungen über das InstA Rechnung getragen habe. Sie seien auch in allen Verhandlungsschritten involviert gewesen, unter anderem bei der 2019 durchgeführten Konsultation. Ab Mitte 2019 habe man die Sozialpartner zudem bei der Lösungssuche in den drei noch offenen Punkten miteinbezogen. Auch nach dem Abbruch der Verhandlungen seien ihre Positionen berücksichtigt worden, zuletzt bei einem Austausch mit Bundesrätin Keller-Sutter und Bundesrat Parmelin im Mai 2022.
Zur zweiten Forderung – der Information des Parlaments – erklärte der Bundesrat, dass die aussenpolitischen Kommissionen laufend über europapolitische Aktualitäten informiert und gegebenenfalls sogar konsultiert würden. Eine regelmässige Berichterstattung im Parlament würde jedoch die Schweizer Verhandlungspositionen offenlegen und damit die Verhandlungsposition der Schweiz schwächen. Zusätzliche Schutzklauseln seien nicht nötig, da die Schweiz bereits jetzt für den Fall von «schwerwiegenden wirtschaftlichen oder sozialen Störungen» temporär vom FZA abweichende Massnahmen ergreifen könne, sofern die EU damit einverstanden sei. Der Bundesrat beantragte dementsprechend die Ablehnung der Motion.

In der Herbstsession 2022 befasste sich der Nationalrat mit der Motion seiner aussenpolitischen Kommission. Gerhard Pfister (mitte, ZG) erklärte im Namen der APK-NR, dass ein europapolitischer Konsens zwischen Sozialpartnern und Parteien der Grundstein für eine glaubwürdige und verbindliche Verhandlungsposition der Schweiz darstelle. Nur so könne eine erarbeitete Lösung auch einem allfälligen Referendum standhalten. Hans-Peter Portmann (fdp, ZH) forderte den Nationalrat im Namen seiner Minderheit hingegen auf, den Kommissionsvorstoss abzulehnen. Er resümierte, dass die Arbeitgeberschaft zu Konzessionen bereit sei, während die Gewerkschaften nicht von ihrer Maximalforderung abrückten, den gesamten Personenfreizügigkeitskreis von der Streitschlichtung auszunehmen. Er warb daher dafür, dass man auch ohne Gewerkschaften eine Mehrheit der Schweizer Bevölkerung für gute flankierende Massnahmen gewinnen könne. Bundesrat Parmelin stellte zu Beginn seiner Stellungnahme klar, dass die Einbeziehung aller relevanten Interessengruppen in der Europapolitik grosses Gewicht besässe. Die im Motionstext erwähnte Aufkündigung der sozialpartnerschaftlichen Rahmenbedingungen sei denn auch nicht einseitig gewesen. Er versprach, dass der Gesamtbundesrat den Dialog mit den Sozialpartnern im Hinblick auf die zukünftigen Verhandlungen mit der EU fortführen werde, und beantragte die Ablehnung der Motion. Die grosse Kammer nahm diese mit 104 zu 80 Stimmen (bei 2 Enthaltungen) gegen der Willen der SVP- und der FDP.Liberalen-Fraktion jedoch an.

In der Herbstsession 2022 behandelte der Nationalrat ein Postulat seiner aussenpolitischen Kommission, welches sich mit den «Unterschiede[n] zwischen dem Schweizer und dem EU-Recht im Bereich des Arbeitnehmerschutzes» beschäftigte. Die APK-NR verlangte vom Bundesrat einen Bericht, in dem dieser aufzeigen sollte, welche Anpassungen nötig wären, um das Schweizer Recht im Bereich des Arbeitnehmendenschutzes demjenigen der EU anzugleichen. Ausserdem sollte der Bericht aufzeigen, ob eine derartige Angleichung den Arbeitnehmendenschutz verbessern oder verschlechtern würde. Kommissionssprecher Molina (sp, ZH) erklärte, dass der Bundesrat nach dem Abbruch der Verhandlungen über das Rahmenabkommen autonome Anpassungen des nationalen Rechts an dasjenige der EU geprüft habe, sich dabei aber auf die fünf vom damaligen InstA betroffenen Marktzugangsabkommen beschränkt habe. Die APK-NR wolle jedoch diese Untersuchungen auf weitere Bereiche ausweiten. Seine Kommissionskollegin Bulliard-Marbach (mitte, FR) fügte an, dass das Parlament eine gute Entscheidungsgrundlage für die anstehenden Verhandlungen mit der EU benötige und die Themen Personenfreizügigkeit und Arbeitnehmendenschutz im Mittelpunkt der Diskussionen stehen dürften. Eine Kommissionsminderheit Portmann (fdp, ZH) beantragte der grossen Kammer, den Vorstoss abzulehnen. Portmann vertrat die Ansicht, dass der Sozialbereich nicht Teil der Binnenmarktabkommen mit der EU sei und die Schweiz zurzeit eine liberale Regulierung des Arbeitsmarktes praktiziere. Eine derartige Analyse sei dementsprechend nicht relevant. Der Minderheitssprecher bezeichnete das Postulat als «Frontalangriff auf unseren noch halbwegs liberalen Arbeitsmarkt» und fürchtete sich vor einem «sozialistischen Arbeitsmarkt». Auch der Bundesrat zweifelte den Nutzen des Postulates an, da eine derartige Analyse lückenhaft ausfallen würde. Bundesrat Guy Parmelin wies darauf hin, dass das Schweizer System auf einer starken Sozialpartnerschaft und einem gemeinsamen Dialog mit allen Anspruchsgruppen beruhe, mithilfe derer man spezifische Branchenlösungen suche. Man beobachte die Entwicklungen im EU-Recht aufmerksam und berücksichtige diese, sofern sie zur Erreichung der Schweizer Ziele beitragen. Der Nationalrat stimmte schliesslich mit 90 zu 90 Stimmen (bei 1 Enthaltung) nach Stichentscheid von Nationalratspräsidentin Irène Kälin (gp, AG) für die Annahme des Postulats. SP, Grüne und Grünliberale stimmten dafür, SVP und FDP dagegen, die Mitte zeigte sich gespalten.

In der Sommersession 2022 nahm der Nationalrat Kenntnis vom Aussenpolitischen Bericht 2021. APK-NR-Sprecher Hans-Peter Portmann (fdp, ZH) bedankte sich bei Aussenminister Cassis für den «aussagekräftigen Bericht und für die mehrheitlich kohärente Umsetzung der aussenpolitischen Strategie des Bundesrates». In Bezug auf den Abbruch der Verhandlungen über das Rahmenabkommen habe der Bundesrat im Bericht erläutert, dass nur in zwei zentralen Bereichen des Abkommens substanzielle Differenzen – beim Lohnschutz und der Auslegung des Freizügigkeitsabkommens – bestanden hätten, wobei die EU nicht bereit gewesen sei, der Schweiz die nötigen Ausnahmen zu gewähren. Eine Minderheit der Kommission unterstütze den Abbruchsentscheid des Bundesrats, obwohl sie nie zu dieser Entscheidung konsultiert worden sei, teilte Portmann mit. Die Mehrheit der Kommission habe sich sehr kritisch darüber geäussert, dass sich der Bundesrat in seinem Bericht – rund zehn Monate nach Verhandlungsabbruch – nach wie vor optimistisch zeige, dass die Freigabe des geschuldeten Kohäsionsbeitrags und der autonome Nachvollzug von EU-Recht zu einer Stabilisierung der bilateralen Beziehungen führen könnten. Portmann monierte, dass diesen Aussagen eine «totale Fehleinschätzung seitens des Bundesrates zugrunde liegt», der die Erosion der bilateralen Verträge nicht wahrhaben wolle.
Ein weiteres Kapitel des Berichts widmete sich dem Thema «Frieden und Sicherheit». Darin ging es vor allem um das Engagement der Schweiz auf multilateraler Ebene, unter anderem in der UNO. Angesichts der erfolgreichen Wahl in den UNO-Sicherheitsrat wünschten sich verschiedene Kommissionsmitglieder, dass die Schweiz weiterhin an der Reform für eine UNO ohne Vetorecht arbeite und dazu beitrage, eine Vereinigung von mittelgrossen und kleinen Staaten mit ähnlich gelagerten Anliegen und Wertehaltungen zu schaffen, so Portmann. Weitere Minderheiten der APK-NR forderten vom Bundesrat die Unterzeichnung des Atomwaffenverbotsvertrags und eine aktivere Politik im UNO-Menschenrechtsrat. Trotz der durchaus auch kritischen Stimmen beantragte die APK-NR den Bericht einstimmig zur Kenntnisnahme. Denis de la Reussille (pda, NE), ebenfalls Kommissionssprecher, lobte seinerseits den Bericht und hob die Bedeutung der Armutsbekämpfung und des Zugangs zu Wasser in den kommenden Jahren hervor.
Verschiedene Fraktionssprecherinnen und -sprecher drückten anschliessend ihren Unmut über den Abbruch der InstA-Verhandlungen mit der EU und die daraus erwachsenen negativen Konsequenzen in Form von fehlender Teilnahme an wichtigen Kooperationsprogrammen wie Erasmus und Horizon aus. Sie kritisierten auch die fehlenden Bemühungen des Bundesrats, die Beziehungen schnellstmöglich zu verbessern, beispielsweise durch die Aushandlung eines neuen Rahmenabkommens.
Bundesrat Cassis fühlte sich angesichts der insgesamt doch eher positiven Einschätzungen des Berichts in der Wahl eines neuen methodischen Ansatzes innerhalb des EDAs bestätigt, wie er in der Folge erklärte. Dieser neue Ansatz beinhaltete einerseits die engere Kooperation zwischen den sieben Departementen bei der Gestaltung der Aussenpolitik, die er zu Beginn der Legislatur in der Aussenpolitischen Strategie 2020-2023 angekündigt hatte, und andererseits die Entscheidung, den aussenpolitischen Bericht möglichst knapp zu halten. Zur Kritik an der EU-Politik des Bundesrats bezog der Bundespräsident hingegen keine Stellung. Der Nationalrat nahm den Bericht auf Antrag seiner Kommission zur Kenntnis.

In der Frühjahrssession 2022 beschäftigte sich der Nationalrat mit der parlamentarischen Initiative Molina (sp, ZH) zur Einführung einer Rechtsgrundlage für gezielte Sanktionen bei schweren Menschenrechtsverletzungen und Korruption durch hochrangige Politiker und Politikerinnen. Die APK-NR hatte der Initiative im Vorfeld der Session mit 13 zu 10 Stimmen (bei 1 Enthaltung) Folge gegeben. Kommissionssprecher und Initiant Fabian Molina argumentierte, dass die Sanktionen der europäischen Länder in Reaktion auf den russischen Angriff auf die Ukraine Wirkung gezeigt hätten. Sanktionen seien das einzige Mittel zwischen Krieg und Frieden, um «Regelbrecher zur Raison zu bringen». Um die Zivilbevölkerung dadurch aber nicht zu schädigen, müsse man «smart sanctions» nutzen, die gezielt die Verantwortlichen von Kriegsverbrechen und Menschenrechtsverletzungen strafen. Die Schweiz tue sich generell schwer mit der Übernahme von Sanktionen, es fehle aber auch die rechtliche Grundlage für eigenständige Sanktionen, erläuterte Molina. Molina bezeichnete den Umstand, dass die Schweiz UNO-Sanktionen und Massnahmen der OSZE und der EU übernehmen müsse als «nicht neutral und noch weniger souverän». Die APK-NR habe daher auch bei der Revision des Embargogesetzes einen Artikel vorgeschlagen, der es dem Bundesrat bei Menschenrechtsverletzungen erlauben soll, eigenständige Sanktionen gegen Personen oder Entitäten anzuordnen. Hans-Peter Portmann (fdp, ZH) kritisierte Molina dafür, dass er die Forderung seiner parlamentarischen Initiative bereits im Embargogesetz eingebracht habe und somit dem Rat zweimal das gleiche Anliegen vorlege und forderte den Rückzug der Initiative. Fabian Molina erklärte, dass dies gemäss Parlamentsrecht nicht möglich sei, weil sie bereits in der Kommission beraten worden war, er wolle aber insbesondere auch im Hinblick auf die Beratung im Ständerat an der Initiative festhalten. Eine Kommissionsminderheit Nidegger (svp, GE) forderte die Ablehnung der Initiative, einerseits weil der Begriff «Menschenrechtsverbrechen» eine Verurteilung nach eingehender Untersuchung voraussetzen würde, andererseits weil die Schweiz dadurch zur aktiven Akteurin im Sanktionsbereich und somit zu einer an internationalen Konflikten beteiligten Partei werden würde. Nidegger befürchtete auch, dass der Rechtsstaat geschwächt werden könnte und die Schweiz im Ausmass der Sanktionen sogar weiter gehen könnte, als die UNO und die wichtigsten Handelspartner. Der Minderheitsführer argumentierte in der Ratsdebatte, dass nur Staaten als Völkerrechtssubjekte das Völkerrecht verletzen könnten und daher auch nur Staaten Gegenstand von Sanktionen sein könnten. Der Nationalrat gab der Initiative schliesslich mit 104 zu 74 Stimmen (bei 5 Enthaltungen) Folge. Die SVP-Fraktion, sowie die FDP.Liberale-Fraktion stimmten fast geschlossen dagegen.

Im August 2021 brachte der Bundesrat mit der vorgeschlagenen Anpassung der Bundesbeschlüsse über den zweiten Schweizer Beitrag an ausgewählte EU-Mitgliedstaaten Bewegung in die Diskussionen um den seit 2019 eingefrorenen Beitrag in Höhe von CHF 1302 Mio. (inklusive CHF 65 Mio. Eigenaufwand der Bundesverwaltung). Nach der Aberkennung der Börsenäquivalenz durch die EU hatten sich die beiden Räte dafür ausgesprochen, die Auszahlung des Beitrags zu blockieren, bis vonseiten der EU keine diskriminierenden Massnahmen mehr in Kraft seien. In seiner Botschaft liess der Bundesrat jedoch verlauten, dass man nach dem Abbruch der Verhandlungen über das institutionelle Rahmenabkommen den bilateralen Weg fortführen und daher den Schweizer Beitrag «ohne europapolitische Bedingungen» freigeben wolle. Die Freigabe würde auch beweisen, dass die Schweiz eine verlässliche Partnerin bleibe, erklärte der Bundesrat. Dafür müsse das Parlament die Bundesbeschlüsse zu den Rahmenkrediten Kohäsion (CHF 1047 Mio.) und Migration (CHF 190 Mio.) möglichst bald – vorzugsweise noch in der Herbstsession 2021 – freigeben. Der Bundesrat wolle durch diesen Schritt den Beziehungen zur EU neue Impulse verleihen und Fortschritte in weiteren Dossiers ermöglichen, beispielsweise bei der Weiterführung der Assoziierung an das Forschungsprogramm Horizon Europe. Zudem sei eine rasche Freigabe des Rahmenkredits wichtig, weil dessen gesetzliche Grundlage bis Ende 2024 befristet sei. Basierend auf den Erfahrungen des ersten Beitrags schätzte der Bundesrat, dass die Verpflichtung der Mittel ungefähr drei Jahre brauche, weshalb eine spätere Freigabe die Vollständigkeit der Verpflichtung bedrohe. Für die Umsetzung der Auszahlung plane man zudem ein MoU zu vereinbaren, um eine Grundlage für den Abschluss der bilateralen Umsetzungsabkommen mit den Empfängerstaaten zu schaffen.
Die AZ gab tags darauf zu bedenken, dass der Zeitplan des Bundesrats illusorisch sei, da sich der Ständerat erst am letzten Sessionstag mit dem Geschäft auseinandersetze, weshalb es erst in der Wintersession in den Nationalrat gelangen könne. Zahlreiche Parlamentarier und Parlamentarierinnen äusserten sich gegenüber den Medien zwar wohlwollend zu den Plänen des Bundesrats, zeigten gegenüber dem zeitlichen Drängen jedoch wenig Verständnis. Ständerat Würth (mitte, SG) meinte, dass eine Abweichung von der Verfahrensordnung vom Bundesrat begründet werden müsse. Auch Ständeratspräsident Kuprecht (svp, SZ) teilte mit, dass das Ständeratsbüro ein dringliches Verfahren für unnötig erachte. Ähnlich klang es vonseiten der Mitte, bei der Parteipräsident Pfister (mitte, ZG) den Entscheid der EU-Kommission zur zukünftigen Schweiz-Politik abwarten wollte, wie die NZZ berichtete. Die FDP-Fraktion unterstützte zwar die Absichten des Bundesrats, liess jedoch auch Kritik an dessen Kurs anklingen. Nationalrat Portmann (fdp, ZH) verlangte Vorschläge für das weitere Vorgehen zur Entspannung der Beziehung Schweiz-EU. Auch sein Parteikollege Damian Müller (fdp, LU) erwartete, dass der Bundesrat zuerst aufzeige, welche Ziele mit der EU angestrebt werden und wie eine Gesamtstrategie aussehen solle.

Im Oktober 2019 befasste sich die FK-NR mit dem Verpflichtungskredit zur Weiterentwicklung des Schengen/Dublin-Besitzstands. Sie sprach sich für den Verpflichtungskredit aus, sofern die APK-NR die Schweizer Teilnahme an Schengen/Dublin weiterhin für unumgänglich halte. Die APK des Nationalrats beriet im November 2019 über die Botschaft des Bundesrats. Ein Antrag auf Sistierung des Geschäfts bis zur Klärung des institutionellen Abkommens und dessen Kosten, lehnte die Kommission mit 17 zu 8 Stimmen ab und nahm stattdessen die Vorlage in der Gesamtabstimmung mit der gleichen Stimmenzahl an. Sie fügte dieser jedoch eine Klausel hinzu, gemäss welcher der Kredit erst freigegeben werden kann, wenn das Parlament die gesetzlichen Grundlagen – vor allem im Bereich des Datenschutzes – dafür beschlossen hat.

Das Geschäft gelangte in der Wintersession in den Nationalrat, wo sich eine SVP-Ratsminderheit um Nationalrat Büchel (svp, SG) für die Sistierung des Kredits einsetzte. Bis die offenen Fragen zum institutionellen Abkommen mit der EU geklärt und die hohen Kosten überdacht seien, solle man die Kreditvergabe verschieben. Diese Haltung stiess bei den Vertreterinnen und Vertretern der anderen Parteien auf wenig Resonanz. Nationalrätin Schneider-Schneiter (cvp, BL) befand es für notwendig, die Informationssysteme auszubauen, und warf den Gegnerinnen und Gegnern der Vorlage vor, nicht wirklich Interesse an einer geregelten Migration und an einem effizienten Asylverfahren zu haben. Selbst Hans-Peter Portmann (fdp, ZH) nahm sich in seiner Kritik an der SVP-Fraktion nicht zurück und zeigte sich irritiert, dass die ansonsten «befreundete» SVP-Fraktion den Nutzen von Schengen/Dublin in den Bereichen Tourismus und Migration nicht erkenne. Darüber hinaus warf er ihr vor, Falschinformationen zu verbreiten. Denn das Rahmenabkommen sei vertraglich unabhängig von Schengen/Dublin. Der fragliche Kredit stelle einen weiteren Vollzug bereits getroffener Entscheide zur Weiterentwicklung der Informationssysteme dar. Konsequenterweise müsse der Nationalrat diesen also annehmen.
Die Minderheit erhielt für ihren Sistierungsantrag über die eigene Fraktionsgrenze hinaus keine Unterstützung und blieb mit 55 zu 138 Stimmen (bei zwei Enthaltungen) chancenlos. Mit 137 zu 6 Stimmen (bei 2 Enthaltungen) folgte der Nationalrat schliesslich der Empfehlung seiner aussenpolitischen Kommission und übernahm dabei auch die vorgeschlagene Änderung.

In der Herbstsession 2019 gelangte das Geschäft zur Genehmigung der Beteiligung an der Europäischen Agentur für das Betriebsmanagement von IT-Grosssystemen in den Nationalrat. Die EU-Lisa ist für den Betrieb und die Weiterentwicklung zahlreicher zentraler Systeme des Schengenraums verantwortlich. Dazu gehören unter anderem das SIS, das Visa-Informationssysstem, die Fingerabdruck-Datenbank Eurodac und das Ein- und Ausreisesystem (EES). Hans-Peter Portmann (fdp, ZH), der Sprecher der APK-NR, wies darauf hin, dass die Schweiz seit 2012 als Beobachterin der Agentur an sämtlichen Projekten der EU-Lisa beteiligt sei und das Parlament der EU-Verordnung zur Errichtung der Agentur bereits zugestimmt habe. Gemäss der vorliegenden Vereinbarung solle die Schweiz sich zukünftig vollständig daran beteiligen und sich mit begrenztem Stimmrecht gleichberechtigt mit den EU-Mitgliedsstaaten engagieren können. Die Beteiligungskosten würden für die Schweiz wie bis anhin CHF 7-8 Mio. betragen, so Portmann weiter. Eine Kommissionsminderheit Estermann (svp, LU) hatte einen Nichteintretensantrag gestellt, obwohl man sich, so Estermann, der Vorteile des Abkommens bewusst sei. Jedoch sei die SVP-Delegation der Meinung, dass man keine weiteren Zahlungen an die EU leisten solle, solange man von dieser in verschiedener Hinsicht diskriminiert werde. Dieses Verhalten wurde von den anderen Ratsmitgliedern nicht goutiert. Walter Müller (fdp, SG) etwa befand das Ablehnen eines nach langer Verhandlung erarbeiteten Resultats für nicht konstruktiv. Der Rat beschloss mit 132 zu 51 Stimmen (bei 2 Enthaltungen), auf das Geschäft einzutreten, wobei nur Mitglieder der SVP-Fraktion dagegen stimmten, und nahm es kurz darauf mit 133 zu 49 Stimmen (bei 4 Enthaltungen) an. Auch in der Schlussabstimmung drei Tage später fiel das Ergebnis im Nationalrat mit 138 zu 52 Stimmen (bei 7 Enthaltungen) eindeutig und im Ständerat gar einstimmig aus.