Suite à l'annulation de cette rencontre, les négociations bilatérales sur le dossier des transports entrèrent dans une période de quasi-blocage pendant près de cinq mois. Face à cette situation critique s'élevèrent de nombreuses voix sur le plan interne demandant au Conseil fédéral d'assouplir de façon plus conséquente sa position. De l'avis que les enjeux étaient encore plus importants pour la Suisse sur les autres principaux dossiers (transport aérien, recherche, libre circulation des personnes), les milieux économiques firent part de leur souhait de voir les négociations se conclure encore cette année, quitte à faire d'importantes concessions. Certains partis bourgeois (UDC et PRD) proposèrent, afin de sortir de l'impasse, de soumettre au souverain un nouvel article constitutionnel beaucoup moins contraignant que le texte de l'initiative des Alpes. A l'autre extrême, le parti écologiste et les mouvements de défense de l'environnement (ATE, Comité de l'initiative des Alpes, WWF) laissèrent clairement entendre que toute taxation en dessous des CHF 500 serait motif à référendum.
Accord sur les transports terrestres et Accord sur le transport aérien (Accords bilatéraux I & mesures d’accompagnement; MCF 99.028-3 & 99.028-7 & 99.028-9)Dossier: Die Europäische Gemeinschaft und das Problem des Transits durch die Schweiz
Dossier: Die Bilateralen Verträge I und die sektoriellen Verhandlungen mit der EU 1993 bis 1998