In der Herbstsession 2018 beschäftigte sich der Ständerat als Zweitrat mit der ersten Etappe der DSG-Revision, welche nur die Schengen-relevanten Bestimmungen des Gesetzgebungsprojektes umfasste. Die Schweiz hätte ihr Datenschutzrecht eigentlich bis zum 1. August 2018 an die EU-Richtlinie 2016/680 betreffend den Datenschutz in Strafsachen anpassen müssen, war damit im September also schon leicht im Verzug. Obwohl sich Kommissionssprecherin Pascale Bruderer Wyss (sp, AG) nicht sonderlich begeistert von der Etappierung der Vorlage zeigte – der Schengen-relevante Teil sei nicht der einzige, der zügig abgeschlossen werden sollte, denn die übrigen Bestimmungen seien zwar nicht für das Fortbestehen der Schengen-Assoziierung, aber sehr wohl für den Angemessenheitsbeschluss relevant und somit nicht weniger wichtig –, appellierte sie an den Rat, das Beste daraus zu machen und den eingeschlagenen Weg möglichst rasch weiterzugehen.
Nachdem die kleine Kammer ohne Gegenantrag auf die Vorlage eingetreten war, wurde auch hier, wie zuvor im Nationalrat, die Diskussion geführt, ob die gewerkschaftlichen Ansichten in der Definition der besonders schützenswerten Personendaten explizit aufgeführt werden müssten oder ob man diese streichen könne, da sie von den politischen und weltanschaulichen Ansichten erfasst würden. Wie der Nationalrat sprach sich auch der Ständerat mehrheitlich für die Streichung der gewerkschaftlichen Ansichten aus, obwohl, wie von Bundesrätin Sommaruga und Minderheitsvertreter Stöckli (sp, BE) angemerkt, dieser Antrag gar nie begründet worden sei. Materiell änderte sich damit nichts im Vergleich zum geltenden Recht, weshalb sowohl die Justizministerin als auch der Minderheitsvertreter letztlich vergebens die Notwendigkeit dieser Anpassung – notabene in einem ohnehin befristeten Gesetz – angezweifelt hatten. Als zweite Änderung und damit neue Differenz zum Nationalrat verbot der Ständerat dem EDÖB grundsätzlich die Ausübung jeglicher Nebentätigkeiten, unabhängig davon, ob diese vergütet werden oder nicht. Abweichend vom Grundsatz soll der Bundesrat eine solche jedoch gestatten können, wenn der EDÖB dadurch nicht in der Ausübung seiner Tätigkeit, seiner Unabhängigkeit und seinem Ansehen beeinträchtigt wird. Diese Absicht hatte bereits der Bundesrat in seinem Entwurf gezeigt, der Ständerat habe jetzt aber die «richtige Perspektive» und die «richtige Formulierung» gefunden, so Bundesrätin Sommaruga. Einstimmig verabschiedete die kleine Kammer das Schengen-Datenschutzgesetz mit dieser einen verbleibenden Differenz. Ebenfalls einstimmig genehmigte sie auch den Notenaustausch zwischen der Schweiz und der EU betreffend die Übernahme der EU-Richtlinie 2016/680 zum Datenschutz in Strafsachen.
Der Nationalrat räumte die Differenz daraufhin oppositionslos aus und nahm das Schengen-Datenschutzgesetz in der Schlussabstimmung mit 182 zu 11 Stimmen an. Der Genehmigung des Notenaustausches stimmte er mit 139 zu 45 Stimmen zu; dagegen opponierte ein Grossteil der SVP-Fraktion. Im Ständerat passierten beide Entwürfe die Schlussabstimmung einstimmig.

Die letzte Detailberatung des Heilmittelgesetzes im Ständerat fand in der Frühjahrssession 2016 statt. Die SGK-SR machte zwar Schritte auf die nationalrätlichen Beschlüsse zu, jedoch nicht vollumfänglich. Ihr folgte das Ratsplenum mit dem Einlenken auf die Version der grossen Kammer bezüglich des Unterlagenschutzes von 15 Jahren und bezüglich der Zulassungsformalitäten. Bei den Rezepten und bei den Rabatten sowie geldwerten Vorteilen war die Kommission zweigeteilt. Bezüglich Verschreibungspflicht wollte die Mehrheit der Kommission an der eigenen Fassung festhalten und keine genaueren Anforderungen an die Rezepte stellen, eine Minderheit Stöckli (sp, BE) wollte den Patientinnen und Patienten in Übereinstimmung mit dem Nationalrat ermöglichen, auf Rezepte verzichten zu können. Das Plenum folgte jedoch der Kommissionsmehrheit und blieb bei der eigenen Version, womit bereits klar wurde, dass eine Einigungskonferenz nötig werden würde. Die Beschlussfassung bezüglich der Preisgestaltung war somit nicht mehr alleiniger Knackpunkt in der HMG-Debatte. Eine gleich zusammengesetzte Minderheit Stöckli wollte auch diesbezüglich dem Nationalrat folgen, während die SGK-Mehrheit wiederum auf der ständerätlichen Version beharrte und sich letztlich durchsetzte. Zwar war in der Debatte ein Entgegenkommen, auch seitens des Bundesrates, zu spüren, bei der Abstimmung lenkte das Ratsplenum jedoch nicht ein. Mehrheitssprecher Eberle (svp, TG) warnte vor einem Eingriff in die Wirtschaftsfreiheit, wenn alle Heilmittel in die Norm aufgenommen würden. Dadurch würde es – seiner Ansicht nach – eher zu Verteuerungen der Produkte kommen als zu einer Kostenoptimierung. Die «epische» Diskussion (Eberle) führte somit noch nicht zu einer Einigung.

Der Ständerat beugte sich in der Herbstsession 2015 wieder über das Heilmittelgesetz (HMG). Zunächst stand die Marktexklusivität respektive der Unterlagenschutz zur Debatte. Mit knapper Mehrheit von 6 zu 5 Stimmen wollte die ständerätliche Gesundheitskommission bei der vorherigen Fassung der eigenen Kammer bleiben, sprich keine Marktexklusivität gewähren. Dagegen brachte Felix Gutzwiller (fdp, ZH) einen Einzelantrag vor, mit dem er auf die Fassung des Nationalrates einschwenken wollte. Mit der Zusicherung von Marktexklusivität könne man am besten Anreize schaffen, damit Arzneimittel für seltene Krankheiten entwickelt würden, gerade weil solche kommerziell einige Zeit lang nicht interessant seien, argumentierte er. Seitens der SGK-SR war man jedoch mehrheitlich der Meinung, dass ein Unterlagenschutz zielführender sei, weil man nicht auf Abschottung und in diesem Sinne auch nicht auf Verhinderung von Innovation setzen wolle. Pascale Bruderer (sp, AG) sah im Festhalten aber auch einen Weg, um noch länger über die bestmögliche Lösung diskutieren zu können. Bundesrat Berset setzte sich ebenfalls für den Unterlagenschutz ein, schliesslich entsprach dieser auch der vom Bundesrat ursprünglich vorgesehenen Lösung. Mit 25 zu 16 Stimmen (bei 2 Enthaltungen) folgte das Plenum diesem Antrag und damit auch der Kommissionsmehrheit. Eine weitere Differenz zum Nationalrat wurde bezüglich der Zulassungskriterien aufrechterhalten, wobei es um die erleichterte Inumlaufbringung von in EU- oder EFTA-Staaten bereits zugelassenen Produkten auf den schweizerischen Markt ging. Hier verabschiedete die kleine Kammer eine revidierte Fassung des betreffenden Artikels und schlug damit auch einen Antrag des Bundesrates aus, die Bestimmung gänzlich fallen zu lassen. Auf die Linie des Nationalrates schwenkte man hingegen bezüglich der Modalitäten zur Verschreibung von Arzneimitteln ein: Der Ständerat nahm keine Vorgaben diesbezüglich in das Gesetz auf. Ein Minderheitsantrag Stöckli (sp, BE), der im Grunde verhindern wollte, dass hierzu 26 kantonale Normen etabliert würden, und stattdessen den Bund verpflichten wollte, entsprechende Kriterien aufzustellen, war mit 10 zu 29 Stimmen chancenlos.
Eine leidenschaftliche Debatte entwickelte sich bezüglich der Rezeptpflicht für den Versandhandel mit Medikamenten, genauer gesagt bezüglich dem Zeitpunkt, wann eine Versandapotheke das betreffende Rezept zur Kenntnis nehmen muss: Ist eine Vorlage des Rezepts vor dem Versand der verschreibungspflichtigen Arzneimittel nötig oder kann auch eine nachträgliche Vorlage des Rezeptes zulässig sein? Die Mehrheit der SGK wollte die strengere nationalrätliche Fassung unterstützen und eine vorgängige Rezeptabgabe vorsehen. Anders eine Minderheit Eberle (svp, TG), die die frühere ständerätliche Version aufrechterhalten wollte, wonach nur in bestimmten Fällen ein Rezept vorliegen muss. Zwar soll für verschreibungspflichtige Arzneimittel weiterhin in jedem Fall ein Rezept vorhanden sein, aber rezeptfreie Produkte, hierzu sind auch diverse Ergänzungsmittel wie Gesundheitsbäder oder Tees zu zählen, sollen keine Rezepte nötig machen. Eine Rezeptpflicht führe hier nicht nur zu zusätzlichen Kosten, sondern verhindere auch einen fairen Wettbewerb zwischen Versandapotheken und herkömmlichen Anbietern. Die Ständekammer teilte mehrheitlich die letztere Position und hielt mit 29 zu 16 Stimmen an der flexibleren Variante fest und schuf damit wiederum eine Differenz zum Nationalrat. Ebenso beharrte der Ständerat auf seiner Haltung in allen Fragen zu Rabattierung und den Modalitäten zur Integrität, Transparenz und Offenlegung. Diese sollten unbedingt auf alle Heilmittel angewendet werden und nicht, wie vom Nationalrat beschlossen, lediglich auf verschreibungspflichtige Arzneimittel. Denn der Missbrauch sei bei den Medizinalprodukten genauso gross, schätzte Stöckli (sp, BE). Auch in diesem Punkt eröffne ein Festhalten die Möglichkeit, dieser wichtigen Frage noch einmal vertieft nachzugehen, erklärte Felix Gutzwiller (fdp, ZH).
Somit war im Gesamtpaket des Heilmittelgesetzes Vieles noch offen, als der Ständerat das Projekt an den Nationalrat zurückgab.

Im Ständerat empfahl die Kommissionsmehrheit, auf das Geschäft einzutreten und es anschliessend mit dem Antrag an den Bundesrat zurückzuweisen, eine Lösung mit einer Lockerung des Vertragszwangs vorzulegen. Eine Minderheit Eder (fdp, ZG) sprach sich für Nichteintreten aus, eine Minderheit Schwaller (cvp, FR) für eine Ablehnung der Rückweisung und damit für die noch nicht erfolgte Detailberatung in der Kommission. Die Mehrheit stellte die Verfassungsmässigkeit des Zulassungsstopps, welcher per dringliches Bundesrecht eingeführt worden und danach zwei Mal verlängert worden war, in Frage. Sie befürchtete eine Verschärfung des Mangels an inländischem Ärztenachwuchs bei einem erneuten Stopp und kritisierte die Unklarheit darüber, ob die Massnahme in den vergangenen Jahren überhaupt zu Kosteneinsparungen geführt habe. Nicht zuletzt sei zweifelhaft, ob der im Nationalrat angenommene Einzelantrag überhaupt mit der Personenfreizügigkeit vereinbar sei, da er ausländische Ärzte diskriminiere. Die Minderheit Eder erklärte, sie sei mit der Hin-und-Her-Politik der letzten Jahre nicht mehr einverstanden und wolle endlich eine umfassende Lösung. Sie wisse dabei verschiedene Parteien und Verbände sowie etliche Kantone hinter sich. Eine erneute Zulassungsbeschränkung sei ein schlechtes Signal an die jungen Ärztinnen und Ärzte, laufe dem Grundsatz „ambulant vor stationär“ zuwider und sei rechtsstaatlich bedenklich. Zudem sei eine konsequente Marktlösung einer erneuten Regulierung des Angebots vorzuziehen. Die Minderheit Schwaller warnte vor ein bis zwei zusätzlichen Prämienprozenten, würde das Wachstum der Anzahl Zulassungen nicht gebremst, und führte aus, einzig die Massnahme eines Zulassungsstopps könne bereits kurzfristig dagegen wirksam werden. Eintreten wurde schliesslich mit 27 zu 17 Stimmen beschlossen. Beim Rückweisungsantrag ergab sich ein Patt von 22 zu 22 Stimmen. Mit Stichentscheid des Präsidenten Lombardi (cvp, TI) ging das Geschäft zur Detailberatung an die Kommission. Diese nahm umfassende Abklärungen vor bezüglich der Verfassungsmässigkeit des Bundesratsentwurfes, der Wirkungen der bisherigen Zulassungsbeschränkungen und insbesondere der Vereinbarkeit des vom Nationalrat aufgenommenen Zusatzes mit der Personenfreizügigkeit. Die Gutachten verschiedener Experten zu letzterem kamen zu widersprüchlichen Ergebnissen. Die Abklärungen dauerten einige Zeit, womit das ursprüngliche Ziel des Innenministers Berset, den Zulassungsstopp bereits im April wieder einzuführen, nicht mehr erreicht werden konnte. Um eine möglichst rasche Beschlussfassung zu erreichen, hatte der Bundesrat im Vorjahr beschlossen, das Gesetz als dringlich einzustufen. Die Detailberatung im Ständerat fand in der Sommersession statt. Berset betonte zu Beginn der Debatte, bei dem 2012 beobachteten Anstieg der Neuzulassungen handle es sich nicht um einen simplen Aufholeffekt, was daran zu erkennen sei, dass der Anstieg in der ersten Jahreshälfte 2013 unverändert angehalten habe. Zu reden gab insbesondere die vom Nationalrat eingefügte Ausnahmebestimmung, wonach Ärzte mit mindestens fünfjähriger Schweizer Berufserfahrung von der Zulassungspflicht ausgenommen wären. Die Kommissionsmehrheit sprach sich mit Verweis auf die Personenfreizügigkeit dagegen aus. Eine Minderheit Rechsteiner (sp, SG) strebte einen Kompromiss an, indem sie die Frist auf drei Jahre beschränken wollte und gab an, ein allfälliges Ritzen der Personenfreizügigkeit angesichts der Vorteile in Kauf nehmen zu wollen. Diese Position unterlag mit 22 zu 18 Stimmen. Diskutiert wurden auch die Kompetenzen der Kantone bei der Festlegung der Kriterien für ein Bedürfnis nach Zulassungen von Leistungserbringern. Eine Minderheit Stöckli (sp, BE) sprach sich für die Version des Bundesrates aus, wonach die Kantone „anzuhören“ seien. Die Kommissionsmehrheit verlangte dagegen, der Bund habe die Kriterien mit den Kantonen zusammen einvernehmlich festzulegen. Die Minderheit begründete ihre Position damit, dass die Haltungen der Kantone stark auseinandergingen und eine Lösung im Einvernehmen damit nicht zu finden sei. Die Mehrheit hielt dagegen, die Kantone würden die Bedürfnisse auf ihrem Gebiet am besten kennen und dürften nicht von der Hauptstadt aus bevormundet werden. Mit 22 zu 21 Stimmen folgte der Rat der Position der Mehrheit. In der Gesamtabstimmung sprachen sich 25 Kantonsvertreter für den Entwurf aus, 15 dagegen.