Nachdem der Nationalrat in der Sommersession 2018 die vom Bundesrat vorgeschlagene Änderung des Waffengesetzes zur Umsetzung der EU-Waffenrichtlinie (2017/853) in einigen Punkten abgeschwächt und damit gemäss Bundesrätin Simonetta Sommaruga «nicht mehr richtlinienkonform» entschieden hatte, kam das Geschäft zur Vorberatung in die SiK-SR. Deren Sprecher Josef Dittli (fdp, UR) erklärte im Herbst 2018 vor dem Ständeratsplenum, sie habe erneut die KKJPD, die KKPKS sowie den Schweizer Schiesssportverband (SSV) zum laufenden Gesetzgebungsprojekt angehört und in ihrer Beratung schliesslich einen Kompromiss zwischen den Ansprüchen von Schengen/Dublin und jenen der Schützen gesucht, der die Spielräume der EU-Richtlinie ausnutze, aber nicht gegen sie verstosse.
Der Ständerat trat ohne Gegenantrag auf die Vorlage ein. Als ersten Teil der eingangs beschriebenen Kompromisslösung beantragte die SiK-SR ihrem Rat einstimmig, wie vom Nationalrat beschlossen die Ordonnanzwaffen, die von Armeeangehörigen am Ende des Dienstes direkt aus den Beständen der Militärverwaltung zu Eigentum übernommen werden, nicht als verbotene Waffen zu kategorisieren. Mit 29 zu 15 Stimmen schloss sich der Ständerat in dieser Frage dem Nationalrat an.
In anderen Punkten ortete die SiK-SR jedoch Korrekturbedarf am Beschluss des Nationalrates, um den Anforderungen der EU-Richtlinie zu entsprechen, so etwa betreffend die Regelung des Erwerbs und Besitzes von Ladevorrichtungen mit hoher Kapazität. Der Nationalrat hatte hier grossen administrativen Aufwand und keinen Nutzen gesehen und schliesslich ganz auf eine Regelung verzichtet. Laut Kommissionssprecher Dittli schreibt die EU-Richtlinie jedoch vor, dass grosse Magazine nur von Personen erworben werden dürfen, die auch die dazugehörigen Waffen erwerben dürfen. Der Beschluss des Nationalrates sei somit nicht richtlinienkonform und müsse korrigiert werden. Die SiK-SR schlug ihrem Rat hierzu vor, die grossen Magazine im Gesetz nicht wie Munition zu regeln – das hatte der Bundesrat ursprünglich vorgesehen, jedoch war die damit zusammenhängende Buchführungspflicht für die Händler im Nationalrat kritisiert worden. Stattdessen wollte sie ein eigenes Kapitel über den Erwerb und Besitz von Ladevorrichtungen mit hoher Kapazität einfügen, in dem festgehalten wird, dass solche nur von Personen erworben werden dürfen, die zum Erwerb der entsprechenden Waffe berechtigt sind sowie dass zu deren Besitz berechtigt ist, wer sie rechtmässig erworben hat. Bei diesem Vorschlag entfiele die Buchführungspflicht und grosse Magazine könnten unbürokratisch nach Vorlage der Ausnahmebewilligung oder des Waffenerwerbsscheins erworben werden. Nachdem sich auch Justizministerin Sommaruga mit dieser Regelung einverstanden erklärt hatte, nahm sie der Ständerat stillschweigend an. Ebenfalls als nicht richtlinienkonform hatte die SiK-SR den Entscheid des Nationalrates gegen die Markierung von wesentlichen Waffenbestandteilen bewertet. Dieser hatte auch hier unnötigen administrativen Aufwand gesehen und deshalb beim geltenden Recht bleiben wollen, wonach bei zusammengebauten Feuerwaffen die Markierung eines wesentlichen Bestandteils genügt. Die EU-Richtlinie verlange jedoch bei einem Neuerwerb die Markierung aller wesentlichen Waffenbestandteile, begründete Dittli den Antrag der Kommission, hier dem Bundesrat zu folgen, was der Ständerat schliesslich auch tat.
Keine Frage der Konformität mit der EU-Richtlinie war jene, ob den Kantonen bei der Erteilung von Ausnahmebewilligungen an Sportschützen mittels einer Kann-Formulierung ein gewisser Ermessensspielraum im Sinne des Föderalismus zugestanden werden soll oder ob mit einer Muss-Formulierung schweizweit für alle Sportschützen die gleichen Bedingungen festgehalten werden sollen, wie es der Nationalrat beschlossen hatte. Mit 24 zu 21 Stimmen nahm die kleine Kammer einen diesbezüglichen Einzelantrag Engler (cvp, GR) an und folgte dem Nationalrat; damit müssen die Kantone allen Sportschützen eine Ausnahmebewilligung erteilen, die nachweisen, dass sie Mitglied in einem Schiessverein sind oder sonst regelmässig schiessen, und dürfen keine zusätzlichen Anforderungen stellen. Ebenfalls einverstanden zeigte sich der Ständerat damit, dass dieser Nachweis einmal nach fünf und ein weiteres Mal nach zehn Jahren erbracht werden muss. Bei der allgemeinen Bestimmung für Ausnahmebewilligungen – nicht jener speziell für Sportschützen – hingegen, schwenkte die Ständekammer auf die bundesrätliche Kann-Formulierung zurück, um über das Waffengesetz hinausgehende kantonale Vorschriften nicht zu verunmöglichen.
Mit einer letzten Änderung kam der Ständerat noch einmal den Schützen entgegen, indem er die Bestätigungspflicht für vor dem Inkrafttreten des Waffengesetzes erworbene, neu verbotene Waffen in eine einfache Meldepflicht umwandelte. Ein Einzelantrag Hösli (svp, GL), der komplett auf eine Meldung oder Bestätigung verzichten und stattdessen das Prinzip der Besitzstandswahrung festschreiben wollte, blieb mit 10 zu 31 Stimmen bei 2 Enthaltungen chancenlos. In der Gesamtabstimmung nahm der Ständerat den Gesetzesentwurf mit 34 zu 6 Stimmen bei 5 Enthaltungen an und gab ihn zurück an den Nationalrat zur Differenzbereinigung.
War es nach der Debatte im Erstrat ProTell gewesen, die mit dem Referendum drohte, war es nach der Beratung im Ständerat die AUNS, die ankündigte, sie werde das Referendum unterstützen oder wenn nötig selbst ergreifen – es gehe um «die Selbstbestimmung der unabhängigen Schweiz», so der Wortlaut in der entsprechenden Mitteilung. Während sich die SVP als «Unterstützerin im Hintergrund» am Referendum beteiligen wolle, hätten indes der SSV und die Schweizerische Offiziersgesellschaft (SOG) diesbezüglich noch keinen Entscheid gefällt.

Der Nachtrag II zum Voranschlag 2017 beinhaltete neun Nachtragskredite in der Höhe von insgesamt CHF 107 Mio. Mehr als die Hälfte davon (CHF 60 Mio.) beantragte das Eidgenössische Personalamt zur Abfederung der Senkung des technischen Zinssatzes bei der Pensionskasse des Bundes, der Publica. Der Bundesrat wollte die für die Versicherten dadurch entstehenden Leistungseinbussen von 10 Prozent durch eine einmalige Einlage von CHF 160 Mio. auf die Altersguthaben und durch eine Erhöhung der Sparbeiträge auf maximal 5 Prozent reduzieren. Dies sollte mittels dreier Tranchen in den Jahren 2017 (70 Mio.), 2018 (70 Mio.) und 2019 (26 Mio.) geschehen, wovon CHF 10 Mio. der ersten Tranche mit den Sammelkrediten des EPA kompensiert würden. Im Gegenzug würden die Mitarbeitenden der Bundesverwaltung in Übereinstimmung mit der Motion Dittli (fdp, UR) 2018 auf einen Teuerungsausgleich verzichten.
Weitere CHF 32 Mio. beantragte der Bundesrat nachträglich für Zahlungen bezüglich der Erweiterung der EU, wobei dieser Kredit grösstenteils Rückerstattungen an die Partnerstaaten für deren Projektausgaben beinhaltete. Dieser Nachtrag war nötig geworden, weil provisorische Auszahlungspläne oft nicht eingehalten werden konnten, sei es aufgrund von Projektverzögerungen durch komplexe Beschaffungsverfahren und Einsprüche, aufgrund der Frankenaufwertung oder weil für das Jahr 2016 geplante Auszahlungen aufgrund von Verzögerungen erst im Jahr 2017 getätigt werden konnten.
Die restlichen knapp CHF 15 Mio. verteilten sich auf sieben weitere Projekte. Der Kredit zur Zahlung von Vergütungszinsen in der Höhe von CHF 6.2 Mio. war mit der Autorisierung der FinDel bereits als Vorschuss ausbezahlt worden. Die Vergütungszinsen werden aufgrund des NFB in einem eigenen Kredit verbucht, jedoch war im Voranschlag 2017 aufgrund eines Bundesgerichtsentscheids zur Umsatzabgabe und eines Rechtsfalls bei der Mehrwertsteuer zu wenig Geld budgetiert worden. Da aber die Vergütungszinsen jeweils innert 30 Tagen fällig werden, war ein Vorschuss nötig geworden.

In der Wintersession 2017 behandelte zuerst der Ständerat das Geschäft gemeinsam mit dem Voranschlag 2018. Umstritten waren lediglich die flankierenden Massnahmen zur Senkung des technischen Zinssatzes bei der Publica. Eine Minderheit Hegglin (cvp, ZG), unterstützt von Werner Hösli (svp, GL), beantragte, diesen Nachtragskredit abzulehnen. Beide Ständeräte betonten, dass es für sie – und offensichtlich auch für die Bundesverwaltung, die ihnen keine entsprechenden Unterlagen in nützlicher Frist liefern konnte – schwierig sei, „den Beschluss und seine Folgen im Vergleich zu Leistungen anderer Körperschaften ein[zu]schätzen“. Bisher seien aber die Vorsorgewerke des Bundes grosszügig gewesen, vermutlich auch deutlich grosszügiger als diejenigen der Steuerzahler. Zudem würden diese Einlagen nicht zur Stabilisierung der Kasse beitragen, so dass bei einer paritätischen Ausfinanzierung einer allfälligen zukünftigen Unterdeckung der Bund wiederum werde zahlen müssen. Aus einem anderen Gesichtspunkt kritisierte Christian Levrat (sp, FR) den Vorschlag: Dadurch dass die Rekapitalisierung auf Kosten des Teuerungsausgleichs – der 2018 etwa CHF 33 Mio. ausmache – zustande komme, sei der hier bezahlte Betrag in fünf Jahren bereits wieder hereingeholt. Somit würde die Senkung des technischen Zinssatzes in den kommenden Jahren ausschliesslich von den Arbeitnehmenden bezahlt. Dies sei ein schlechter Deal für die Bundesangestellten. Zudem lägen die Leistungen der Publica höchstens im Mittelfeld, vor allem verglichen mit Pensionskassenleistungen von Grossunternehmen. Finanzminister Maurer betonte, dass dieses Paket eine Kompromisslösung mit den Personalverbänden darstelle und der Bund bei Lohnerhöhungen im Vergleich zur Privatwirtschaft eher hinterherhinke. Auch der Bund sei aber darauf angewiesen, die besten Mitarbeitenden anheuern zu können. Zudem hätten die Bundesangestellten seit dem Jahr 2000 deutlich mehr an den Primatwechsel bezahlt als der Bund. Wie bereits die FK-SR entschied sich auch der Ständerat, dem Bundesrat in diesem Anliegen zu folgen. Mit 24 zu 19 Stimmen (2 Enthaltungen) nahm er den Nachtragskredit an.