Le 5 décembre 2017, le Conseil des Etats s'est à son tour exprimé sur la reprise du règlement (UE) 2016/1624, relatif au corps européen de garde-frontières et de garde-côtes. La chambre haute a, à cette occasion, refusé l'instauration d'un plafonnement de 12 millions de francs pour la participation financière annuelle de la Suisse au projet Frontex, telle que voulue par une majorité du Conseil national. Par 38 voix contre 5, les sénatrices et sénateurs ont plaidé en faveur d'une facture de 15 millions de francs par année pour la protection des frontières extérieures de l'espace Schengen, apportant ainsi leur soutien à la proposition du Conseil fédéral. La décision de la chambre des cantons s'est faite au grand dam du groupe parlementaire de l'Union démocratique du centre. Selon Thomas Minder (indépendant, SH), rapporteur de la minorité en faveur du maintien de la modification de la chambre basse, "l'agence Frontex est devenue un monstre bureaucratique dont les coûts sont incontrôlables."
A peine un jour plus tard, le 6 décembre 2017, le Conseil national, a, en deuxième lecture, donné raison au Conseil des Etats (105 voix pour, 61 contre et 10 abstentions). Alors que les groupes socialiste et vert'libéral se sont exprimés en accord avec la majorité, le groupe des Verts a quant à lui opté pour l'abstention.
Le projet a en définitive été adopté par les deux chambres du Parlement lors du vote final du 15 décembre 2017.

Institué à Malte le 19 juin 2011, le Bureau européen d’appui en matière d’asile (EASO) se donne pour tâche de faciliter la coopération entre les états membres de l'UE et, lorsque cela s'avère nécessaire, de seconder ces derniers dans le domaine de l'asile. La Suisse, exempte de l'UE mais associée aux accords Dublin, a négocié les conditions de sa collaboration avec l'EASO de manière concomitante à la Norvège, au Liechtenstein et à l'Islande. Ainsi, les termes de l'accord permettent notamment à la Suisse de prendre part à l'ensemble des activités du Bureau ou de participer, en tant qu'observatrice, aux séances du conseil d'administration. Elle ne peut en revanche contribuer aux décisions relatives aux engagements opérationnels.
Au Parlement, la Chambre basse s'est, dans un premier temps, déclarée favorable au projet du Conseil fédéral, écartant ainsi la proposition de ne pas entrer en matière avancée par la minorité Fehr, composée au total de sept élus de la CIP-CN, tous membres de l'UDC. L'entrée en matière a également été approuvée par la majorité du second conseil, au dépens cette fois-ci de la minorité Föhn et Minder. Le 20 mars 2015, date du vote final, le Conseil national (par 140 voix contre 57) et le Conseil des Etats (par 38 voix contre 6) se sont définitivement prononcés en faveur de l'arrêté fédéral établissant les modalités de participation de la Suisse au Bureau européen d’appui en matière d’asile.

Le 28 mai, le Conseil fédéral a transmis au Parlement le message portant sur l'approbation d'un crédit-cadre de 45 millions de francs en faveur de la Croatie. Ainsi, la Croatie qui est membre de l'Union Européenne depuis 2013, bénéficierait du même soutien que les autres pays de l'Europe de l'Est qui ont adhéré à l'UE depuis 2004. Cette aide financière a pour but d'aider les pays de l'Est à se développer et à réduire les disparités économiques et sociales au sein de l'UE élargie. Il s'agit, par ce moyen, également de renforcer les relations que ces pays entretiennent avec la Suisse. Le sujet avait été mis de côté après le vote du 9 février, mais le Conseil fédéral a débloqué la situation fin avril en expliquant qu'il respecterait la libre circulation même sans accord et en confirmant qu'il verserait les 45 millions prévus.
La CPE-CE a proposé à son conseil d'adhérer au projet, ce qu'a fait le Conseil des Etats en donnant son feu vert au versement de 45 millions de francs à titre d'aide à la Croatie lors de la session d'automne 2014 par 39 voix contre 2. Il y a eu opposition de Thomas Minder (indépendant, SH) qui s'est montré sceptique envers l'approbation du peuple suisse sur ce versement, surtout après l'acceptation de l'initiative contre l'immigration de masse.
Le Conseil national a également approuvé le crédit lors de la session d'hiver par 132 voix contre 53 et 6 abstentions. L'UDC s'est opposée au versement en proclamant que cette aide financière était uniquement dans l'intérêt de l'UE et n'apportait aucun avantage à la Suisse. La demande de l'opposition formée par Büchel (udc, SG), Aebi (udc, BE), Estermann (udc,LU), Mörgeli (udc, ZH), Reimann (udc, SG) et Stamm (udc, AG) concernant la suspension de débat, jusqu'à ce que les négociations concernant la mise en œuvre de l'initiative contre l'immigration de masse aient abouti, a été rejetée par 128 voix contre 54.
L'aide financière devrait être utilisée à partir de mai 2017 pour financer des projets concrets visant à améliorer les conditions de vie sur place et à instaurer davantage de sécurité.