Als Zweitrat befasste sich der Nationalrat mit der Übernahme der EU-Verordnung über biometrische Pässe und andere Reisedokumente. Grundsätzlich geht es dabei um die Aufnahme von biometrischen Daten (vorläufig nur Gesichtsmerkmale, ab 2009 auch zwei Fingerabdrücke) auf einem Chip in diesen Ausweisdokumenten und um die Speicherung dieser biometrischen Merkmale in der existierenden zentralen Datenbank über die ausgestellten Ausweise. Für die Reisepässe würde dieser Chip sofort eingeführt, für die Identitätskarten erhielte der Bundesrat die Kompetenz, ihn später als obligatorisch zu erklären. Nationalrat Zisyadis (pda, VD) stellte einen von respektablen Minderheiten der SVP und der GP unterstützten, aber letztlich erfolglosen Nichteintretensantrag. Die vorberatende Staatspolitische Kommission hatte aber auch einige Einwände, welche sie als Abänderungsanträge formulierte. Aus der Überlegung heraus, dass eine Mehrheit der Bevölkerung nie in die USA reist, wollte sie, dass neben den von diesem Land verlangten teuren neuen Ausweisdokumenten weiterhin eine herkömmliche Identitätskarte ohne Chip mit biometrischen Daten erhältlich sein soll. Im Sinn der Publikumsfreundlichkeit sollen zudem weiterhin die Gemeinden, und nicht nur die von den Kantonen bezeichneten regionalen Verwaltungsstellen diese nicht biometrischen Identitätskarten abgeben dürfen. Als Ergänzung der neuen biometrischen Ausweispapiere forderte die SPK zudem, dass dieser Chip auch Elemente für die Schaffung einer elektronischen Identität enthalten kann, wie sie für Transaktionen im Internet nützlich ist (so genannte elektronische Signatur). Alle drei Vorschläge akzeptierte der Rat oppositionslos. Der lauten Kritik in der Öffentlichkeit an den vorgesehenen hohen Ausgabepreisen für die Dokumente trug der Rat insofern Rechnung, als er festhielt, dass diese Gebühren „familienfreundlich“ ausgestaltet sein müssen. Die Grünen und die SP gingen mit ihrer Kritik weiter als die SPK. Sie lehnten auch die zentrale Datenbank ab, in der unter anderem die Fingerabdrücke aller Inhaber dieser neuen Ausweispapiere gespeichert werden. Diese zentrale Datenbank werde vom Schengen-Abkommen nicht verlangt und eröffne die Möglichkeit, dass diese später von der Polizei nicht nur wie gesetzlich erlaubt für die Identifikation von Opfern von Gewalttaten oder Katastrophen, sondern auch für andere Ermittlungsarbeiten beigezogen werden könnte. Ihr Antrag, dass die Fingerabdrücke nicht in die Datenbank aufgenommen resp. auf Wunsch gelöscht werden, konnte sich nicht durchsetzen. In der Gesamtabstimmung sprachen sich nicht nur die geschlossenen Grünen und eine starke Mehrheit der SP gegen die Vorlage aus, sondern auch ein Teil der SVP; in der Schlussabstimmung votierte neben der Linken fast die Hälfte der SVP dagegen. Der SVP-Protest richtete sich aber weniger gegen die Vorlage an sich, als gegen die Tatsache, dass die Schweiz wegen ihrer Teilnahme am Schengen-Abkommen zur Übernahme dieser neuen Passvorschriften verpflichtet ist.

Faisant suite à son examen par le Conseil des Etats fin 2005, le projet de loi fédérale sur la coopération avec les Etats d’Europe de l’Est a été examiné par le Conseil national lors de la session de printemps. La poursuite de cette coopération au développement n’a pas été contestée. En revanche, la base légale au milliard de francs destiné à soutenir l’effort de cohésion de l’UE élargie a été contestée. Quatre propositions de minorité se sont opposées de manière différenciée au projet de loi en question. Une minorité Wobmann (udc, SO) a proposé de ne pas entrer en matière, ce que demandait également le conseiller national Bernhard Hess (ds, BE). Deux minorités ont demandé au plénum de renvoyer le projet de loi au Conseil fédéral, en le chargeant toutefois de tâches différentes. La minorité Schlüer (udc, ZH) a proposé de renvoyer le projet au gouvernement en le chargeant de demander à l’UE des contre-prestations pour le paiement de ce milliard de francs : 1) éviter toute discrimination de l’aéroport Zurich-Kloten par rapport aux autres aéroports internationaux européens, notamment en ce qui concerne l’exploitation et les possibilités d’approche ; 2) respecter, sur le long terme, le secret bancaire suisse tel qu’il est fixé dans le cadre de l’accord sur la fiscalité et l’épargne (refus de l’échange automatique d’informations) ; 3) respecter la souveraineté de la Suisse en matière fiscale, en particulier celle des cantons. Le député Zisyadis (pdt, VD) a, quant à lui, demandé le renvoi au Conseil fédéral, en chargeant ce dernier de revenir avec une proposition de loi qui respecte les objectifs fondamentaux des fonds structurels européens de tous les pays de l’UE (25 Etats). De nombreux orateurs des autres partis politiques s’étant inquiétés du financement du milliard de francs, la conseillère Micheline Calmy-Rey a déclaré que le Conseil fédéral donnerait des précisions sur son financement et soumettrait deux demandes de crédits : l’une pour l’aide aux pays de l’Est proprement dit et l’autre pour le financement du milliard de cohésion. Elle a en outre confirmé que ce dernier serait compensé sans incidence budgétaire auprès du DFE et du DFAE, et que l’aide au développement des pays les plus pauvres n’en pâtirait pas. Les propositions de non-entrée en matière ont toutes deux été refusées par 129 voix contre 45, l’UDC étant le seul parti gouvernemental à rejeter l’entrée en matière en bloc. Les propositions Schlüer et Zisyadis ont, quant à elles, été rejetées au plénum par 127 voix contre 48, et 143 voix contre 9, respectivement.

Lors de la discussion article par article, le plénum a émis quelques petites divergences par rapport au Conseil des Etats. Il a par exemple suivi la proposition de la majorité de la commission visant à faire de la loi, de manière explicite, un outil de politique extérieure et de politique économique extérieure. Au vote sur l’ensemble, le projet a été adopté par 116 voix contre 40, l’UDC dans sa grande majorité se prononçant à nouveau contre celui-ci.

Bien que le Conseil des Etats ait émis des critiques concernant la distinction opérée par la chambre basse entre politique extérieure et politique économique extérieure, il a éliminé les dernières divergences qui les opposaient. Au vote final, le Conseil des Etats a adopté le projet de loi par 37 voix contre 1, et le Conseil national par 127 voix contre 53, l’UDC se prononçant toutefois massivement contre le projet de loi.