Der Ständerat folgte der Empfehlung seiner Kommission und gab der Standesinitiative des Kantons Genf für Unterhaltsbeiträge an erwachsene Kinder bis 25 Jahren in Ausbildung in der Herbstsession 2021 stillschweigend keine Folge. Erich Ettlin (mitte, OW) anerkannte zuvor für die Kommission zwar die Problematik, betonte aber, dass die Umsetzung der Initiative die «Ungleichbehandlung zwischen getrennt lebenden und verheirateten Paaren verstärk[en]» würde, da Letztere lediglich den allgemeinen Kinderabzug beanspruchen könnten. Stattdessen spielte er den Ball den Kantonen zu, die ja die Möglichkeit hätten, die allgemeinen Kinderabzüge zu erhöhen.

Fast drei Jahre nach dem Nationalrat entschied sich der Ständerat in der Sommersession 2021, die Motion der WAK-SR für eine «Berücksichtigung von allgemeinen Abzügen und Sozialabzügen bei im Ausland beschränkt steuerpflichtigen Personen» nun doch noch abzuschreiben. Der Ständerat beriet die Abschreibung zusammen mit der parlamentarischen Initiative Chiesa (svp, TI; Pa.Iv. 20.405). Während die parlamentarische Initiative Chiesa Personen mit Wohnsitz im Ausland und teilweiser Steuerpflicht in der Schweiz betraf, beschäftigte sich die Motion der WAK-SR umgekehrt mit Personen mit Wohnsitz in der Schweiz und teilweiser Steuerpflicht im Ausland, wie Kommissionssprecher Ettlin (mitte, OW) die Unterschiede darlegte. Der Bundesrat sollte gemäss der angenommenen Kommissionsmotion bei Verhandlungen von Doppelbesteuerungsabkommen dafür sorgen, dass die allgemeinen Abzüge und Sozialabzüge der betroffenen Personen im Ausland vollständig berücksichtigt werden. Der Bundesrat halte aber – so Ettlin – eine Verpflichtung des Auslands zur Gewährung von Abzügen gemäss schweizerischem Recht nicht für möglich und habe stattdessen vorgeschlagen, den betroffenen Personen die vollen Abzüge zu gewähren und gleichzeitig sicherzustellen, dass im Ausland nicht zusätzliche Abzüge gewährt würden. Anders als zuvor der Nationalrat pflichtete der Ständerat dieser Ansicht bei und schrieb die Motion somit stillschweigend ohne Umsetzung ab.

In der Sommersession 2021 bereinigte der Ständerat die verbliebenen Differenzen im Bundesgesetz über elektronische Verfahren im Steuerbereich. Zuvor hatte die SGK-SR empfohlen, dem Nationalrat in sämtlichen verbliebenen Punkten beizupflichten. Erich Ettlin (mitte, OW) erläuterte, es gehe noch um die Frage, ob die Kantone zu elektronischen Verfahren verpflichtet werden sollen. Der Ständerat und der Bundesrat hätten hier eine Kann-Formulierung bevorzugt, nun sollten jedoch auch die verbliebenen zwei Kantone ohne elektronische Verfahren zu deren Einführung verpflichtet werden, wie es der Nationalrat wünsche. Dabei sei jedoch gemäss ESTV keine zentrale Software für die Steuerverfahren geplant; die Kantone müssten somit nicht auf eine andere Software umsteigen. Daniel Fässler (mitte, AI) wehrte sich für seinen Kanton, einer der beiden «Nachzügler», der gemäss Angaben der Appenzeller Steuerverwaltung die Umstellung nicht innert ein bis zwei Jahren vornehmen könne. Damit widersprach er Finanzminister Maurer, der zuvor davon gesprochen hatte, dass auch die letzten beiden Kantone innert zwei Jahren ihre Verfahren umstellen würden. Entsprechend sei es möglich, dass der Kanton eine Verlängerung der Umsetzungsfrist von zwei Jahren benötigen werde. Der Finanzminister beschwichtigte in der Folge die Appenzeller Bedenken, da den Kantonen keine Vorgaben zur Umsetzung der Pflicht, ein elektronisches Verfahren anzubieten, gemacht würden. «Es spielt tatsächlich keine entscheidende Rolle, ob es im einen oder anderen Kanton noch etwas länger dauert», betonte er. Die Pflicht an die Kantone sei zwar nicht elegant und föderal, aber man werde «das dann [...] föderal und elegant umsetzen», versicherte Maurer. Neben diesem letzten inhaltlichen Aspekt akzeptierte der Ständerat auch eine Ersetzung des Begriffs «steuerpflichtige Person» durch «antragstellende Person» und die Einführung des Begriffs «Ersatzpflichtige». Einstimmig (mit 44 zu 0 Stimmen) hiess der Ständerat das Bundesgesetz über elektronische Verfahren im Steuerbereich in der Schlussabstimmung gut, der Nationalrat nahm es mit 143 zu 53 Stimmen gegen den Willen der SVP-Fraktion ebenfalls deutlich an.

Neben zwei parlamentarischen Initiativen zur Besteuerung nach dem Aufwand reichte Marco Chiesa (svp, TI) im März 2020 eine parlamentarische Initiative für eine Revision der Besteuerung des Erwerbseinkommens an der Quelle ein. Er störte sich daran, dass quellenbesteuerte nichtansässige Personen sowohl in der Schweiz als auch im Ausland Sozialabzüge machen können, sofern sie in der Schweiz nicht als «quasiansässig» gelten. Damit würden sie gegenüber Personen mit Wohnsitz in der Schweiz bevorzugt, kritisierte Chiesa. Folglich solle diese Möglichkeit aus dem DBG und dem StHG gestrichen werden. In der Sommersession 2021 beschäftigte sich der Ständerat mit der Initiative, wobei Erich Ettlin (mitte, OW) die Kommissionsposition erläuterte. Die Umsetzung der parlamentarischen Initiative führe ebenfalls zu einer ungleichen Behandlung von Personengruppen, indem «Personen mit Wohnsitz in der Schweiz und teilweiser Steuerpflicht im Ausland» weiterhin Steuerabzüge machen könnten, nicht aber «Personen mit Wohnsitz im Ausland und teilweiser Steuerpflicht in der Schweiz». Zudem sei eine parlamentarische Initiative der falsche Weg für eine solche Änderung. Vielmehr solle aufgrund eines noch im Jahr 2021 erscheinenden Verwaltungsberichts entschieden werden, ob diesbezüglich eine Kommissionsmotion eingereicht werden soll. Marco Chiesa verwies hingegen darauf, dass diese zusätzlichen Abzüge auch ein Treiber der Migration seien – zumal sich die Arbeit in der Schweiz für die betroffenen Personen dadurch auch mit einem niedrigeren, «unfairen» Einkommen lohne – und gerade die Grenzkantone durch die von ihm geforderte Änderung deutlich mehr Steuereinnahmen verzeichnen könnten. Mit 33 zu 5 Stimmen gab der Ständerat der parlamentarischen Initiative jedoch keine Folge.

In der Frühjahrssession 2021 fanden zwei Runden des Differenzbereinigungsverfahrens zum Paket 1a des ersten Massnahmenpakets zur Kostendämpfung im Gesundheitswesen statt. Der Ständerat hatte sich zuerst mit neun verbliebenen Differenzen zu zwei Themenkreisen zu befassen. Dabei konnte er die Frage bereinigen, ob Pauschalen bei ambulanten Behandlungen auf national einheitlichen Tarifstrukturen beruhen sollen. Nachdem der Nationalrat zuvor an dieser Forderung festgehalten hatte, pflichtete ihm der Ständerat nun bei. Damit soll unter anderem die Rechnungsüberprüfung für die Versicherten einfacher werden. Zudem sollen entsprechende Pauschaltarife von allen Leistungserbringenden verwendet werden – auch hier stimmte der Ständerat stillschweigend dem Vorschlag des Nationalrats zu. Bezüglich der Einheitlichkeit der Tarifstruktur hatte der Bundesrat ursprünglich Ausnahmen vorgesehen, der Ständerat und in der Folge auch der Nationalrat hatten diese Ausnahmeregelung jedoch aus dem Gesetz gestrichen. Nun beabsichtigte die SGK-SR hier doch wieder dem Bundesrat zu folgen und die entsprechende Regelung wieder aufzunehmen. Stillschweigend hiess der Ständerat auch diesen Vorschlag seiner Kommission gut. Zusätzlich schuf die kleine Kammer auf Antrag ihrer Kommission jedoch auch eine neue Bestimmung, wonach die Tarifpartner auch weiterhin zusätzliche ambulante Pauschaltarife vereinbaren können.
Der Nationalrat störte sich zwei Tage später jedoch daran, dass der Ständerat hier zwei Regelungen zur Frage der Ausnahmen bei ambulanten Pauschaltarifen geschaffen habe. Für den Nationalrat war klar, dass nur eine der beiden Regelungen nötig sei – uneinig war man sich jedoch, welche. Die Minderheiten Prelicz-Huber (gp, ZH) und Gysi (sp, SG) bevorzugten die bundesrätliche Formulierung, da diese eine Anhörung der interessierten Kreise ermögliche, und beantragten die ständerätliche Ergänzung zur Ablehnung. Die Kommissionsmehrheit sprach sich allerdings für die kürzere Variante des Ständerats aus und konnte damit die Mehrheit der grossen Kammer überzeugen.

Bezüglich des zweiten noch offenen Themas der Revision, dem Experimentierartikel zu den Pilotprojekten, hatte gemäss dem ständerätlichen Kommissionssprecher Pirmin Bischof (mitte, SO) lange Zeit vor allem die Frage nach der Einhaltung der Rechte der Versicherten im Mittelpunkt gestanden. Ständerat und Nationalrat seien sich aber einig geworden, dass in solchen Pilotprojekten die Rechte der Versicherten, auch deren Grundrechte, nicht verletzt werden dürfen und dass die Teilnahme der Betroffenen freiwillig sein müsse. Bezüglich der Rechte der Teilnehmenden stimmte der Ständerat dem Vorschlag der grossen Kammer stillschweigend zu. Die Mehrheit der SGK-SR wollte die entsprechenden Pilotprojekte auf die Eindämmung der Kostenentwicklung beschränken, während eine Minderheit Ettlin (mitte, OW) die möglichen Themen breiter halten und konkret auch Projekte zur Stärkung der Qualität und der Förderung der Digitalisierung zulassen wollte. Eine weitere Minderheit Carobbio Guscetti (sp, TI) forderte erneut die Auflistung der möglichen konkreten Bereiche, in denen entsprechende Pilotprojekte möglich sein sollen. Wie bereits in der Debatte im Nationalrat in der Wintersession 2020 wurde auch hier auf den entsprechenden Bericht des BJ verwiesen, wonach eine offene, nicht abschliessende Formulierung mit der Verfassung in Konflikt stehen könnte. Dieses Problem anerkannte die Kommissionsmehrheit jedoch nicht und lehnte eine Spezifikation der Bereiche weiterhin ab, zumal sie eine entsprechende Liste als innovationshemmend erachtete. Die Mehrheit beantragte zudem, sämtlichen beteiligten Akteuren die Möglichkeit, zuzusprechen, solche Projekte zu lancieren, während die Minderheit Ettlin dafür vorgängige Vereinbarungen zwischen Versicherungen und Leistungserbringenden vorsehen und Patientenorganisationen sowie Kantone von dieser Möglichkeit ausnehmen wollte. Die Kommissionsmehrheit setzte sich in sämtlichen Punkten durch und hielt damit drei Differenzen in diesem Themenbereich aufrecht.
Der Nationalrat zeigte sich in dieser Frage jedoch nicht gesprächsbereit und lehnte einen Minderheitsantrag de Courten (svp, BL), der ebenfalls auf die Auflistung verzichten wollte, da Innovation «kein Top-down-Verfahren» sei, ab.

Offen blieben damit auch nach diesen Behandlungen in beiden Räten insbesondere die Fragen, in welcher Form Ausnahmen bei den ambulanten Pauschalen ausgestaltet und ob die möglichen Bereiche für Pilotprojekte aufgelistet werden sollen.