In der Herbstsession 2023 machte sich der Nationalrat an die Differenzbereinigung zum Entwurf für eine einheitliche Finanzierung der Leistungen im ambulanten und stationären Bereich und nahm dabei einige gewichtige Bereinigungen vor.

Die grosse Frage, die sich bei der Debatte im Rat stellte, betraf einmal mehr den Einbezug der Langzeitpflege in EFAS. Die beiden Kommissionssprecher Lorenz Hess (mitte, BE) und Philippe Nantermod (fdp, VS) betonten mehrfach, dass sich die SGK-NR diese Integration nicht gewünscht habe, EFAS ohne Pflege jedoch aufgrund des Widerstands der Kantone und des Ständerats nicht möglich sei. Die Integration der Pflege verursache zwar Kosten, die Einsparungen durch EFAS seien aber noch immer so gross, dass sich die Reform dennoch lohne. Folglich empfahl die Kommissionsmehrheit, dem Einbezug zuzustimmen und diese Differenz zu bereinigen. Eine Minderheit Aeschi (svp, ZG) erachtete jedoch die Zusatzkosten durch die Integration der Pflege als so hoch, dass sie «allfällige Einsparungen» durch EFAS übersteige – folglich solle diese Differenz zum Ständerat aufrechterhalten werden. Mit 108 zu 85 Stimmen folgte die grosse Kammer dem Mehrheitsantrag und integrierte die Langzeitpflege in EFAS. Die ablehnenden Stimmen stammten von der SVP-Fraktion sowie von grossen Mehrheiten der Mitte- und der Grünen-Fraktion. Somit war das grösste Hindernis für die Vorlage aus dem Weg geräumt.

Zwar hatte der Nationalrat bei der Integration der Pflegekosten eingewilligt, die Kommissionsmehrheit schlug aber vor, diese erst nach erfolgter Kostentransparenz im Pflegebereich umzusetzen, konkret also nach Vorliegen der kosten- und datenbasierten Pflegeleistungstarife und der vollständigen Umsetzung der Pflegeinitiative. Der Ständerat wollte die Pflege hingegen gleich im Anschluss an die erfolgte Einführung von EFAS integrieren, der Nationalrat stimmte hier jedoch dem Vorschlag seiner Kommissionsmehrheit zu.
Auch zahlreiche weitere Fragen waren direkt mit der Integration der Pflegekosten verbunden, etwa die Höhe des Kantonsanteils. So lehnte der Nationalrat einen Minderheitsantrag Aeschi, den Kantonsbeitrag auf 24.5 Prozent und somit ohne Einbezug der Pflegekosten festzulegen, ab. Alternativ wurde diskutiert, den Kantonsanteil gegenüber dem ständerätlichen Vorschlag zu erhöhen – die Kommissionsmehrheit schlug eine Erhöhung auf 28.6 Prozent vor (Ständerat: 26.9%), eine Minderheit Weichelt (al, ZG) gar auf 30 Prozent. Eine Minderheit Glarner (svp, AG) wiederum wollte diesbezüglich dem Ständerat folgen. Auch hier setzte sich die Kommissionsmehrheit durch, genauso wie bei ihrer Forderung, dass der Kantonsbeitrag periodisch überprüft werden soll.

In der Folge pflichtete der Nationalrat vielen Änderungsvorschlägen des Ständerates bei, aufgrund ihrer grossen Anzahl blieben dennoch einige gewichtige Differenzen offen – insbesondere bei der Frage nach den zukünftigen Kompetenzen der Kantone bezüglich der Finanzierung der Gesundheitsleistungen. Hier hatte der Ständerat verschiedene Regelungen geschaffen, etwa dass die Kantone Kostenübernahmen ablehnen und Beschwerden vor dem Versicherungsgericht führen können, wenn sie der Meinung sind, dass die Bedingungen der Kostenübernahme nicht erfüllt sind. Beides lehnte der Nationalrat auch gegen verschiedene Minderheitsanträge ab. Auch den kostenlosen Zugang der Kantone zu den stationären Rechnungen der Krankenkassen strich die grosse Kammer wieder – sie folgte dabei einer Minderheit Silberschmidt (fdp, ZH) anstelle der Kommissionsmehrheit, welche hier einen Kompromissvorschlag gemacht hatte. Stattdessen dehnte der Nationalrat die Datenlieferungen der Kantone an die Versicherungen aus, indem er auch die zur Prüfung der Zulassungsvoraussetzungen der Leistungserbringenden nötigen Daten einbezog.
Des Weiteren hatte sich der Ständerat davor gefürchtet, dass die Spitalplanung ihre Wirksamkeit verlieren würde, wenn Vertragsspitäler zukünftig eine höhere Vergütung durch den Kanton erhielten als bisher, wie es die SGK-NR in ihrem ursprünglichen Entwurf vorgeschlagen hatte. Der Nationalrat teilte diese Furcht jedoch nicht und folgte einer Minderheit de Courten (svp, BL), welche hier an der nationalrätlichen Position und somit an der höheren Vergütung für die Vertragsspitäler festhalten wollte. Ähnliche Befürchtungen standen hinter dem Vorschlag des Ständerats, dass Kostenbeteiligungen der Versicherten an Spitalkosten zukünftig nicht versichert werden dürften, was der Nationalrat ebenfalls ablehnte.
Weitere unbereinigte Differenzen betrafen schliesslich die Kostenverteilung bei den Pflegeleistungen, wo der Ständerat etwa einen Beitrag der Versicherten gefordert hatte, was der Nationalrat jedoch ablehnte. Hingegen verlangte die grosse Kammer, dass die Kostenübernahme von Pflegeleistungen ohne ärztliche Anordnung zukünftig auf gesamtschweizerischen Verträgen beruhen muss. Zudem muss der Bundesrat bei der Bezeichnung der übernommenen Leistungen gemäss Nationalrat ausdrücklich den Pflegebedarf von Personen mit komplexen Erkrankungen oder mit palliativer Pflege berücksichtigen.
Mit zahlreichen, aber deutlich weniger offenen Differenzen als zuvor ging EFAS damit zurück an den Ständerat.

In der Herbstsession 2022 setzte sich der Nationalrat als Erstrat mit der fünften Änderung des Covid-19-Gesetzes auseinander. Dabei wurden zwar auch einzelne neue Bestimmungen diskutiert, hauptsächlich stand aber die Gültigkeitsdauer des Covid-19-Gesetzes insgesamt sowie einzelner Regelungen im Mittelpunkt des Interesses.
Eine Minderheit Glarner (svp, AG) wehrte sich gegen Eintreten. Der Minderheitensprecher kritisierte ausführlich die bisherigen Corona-Massnahmen, insbesondere die Zertifikatspflicht, und beschuldigte Bundesrat und Parlament unter anderem, «Tausende Existenzen vernichtet» zu haben. Neben dieser «Drangsalierung der Bevölkerung und der Wirtschaft» kritisierte er etwa auch den Einfluss, den die WHO auf die Gesetzgebung des Bundes nehme. Da man inzwischen «nicht einmal mehr ganz so sicher [sei], ob es sich im Sinne der WHO wirklich um eine echte Pandemie gehandelt» habe, solle der Nationalrat nicht auf die Gesetzesänderung eintreten. Dieser Antrag fand jedoch nur bei einer Mehrheit der SVP-Fraktion Zustimmung und wurde mit 130 zu 43 (bei 3 Enthaltungen) abgelehnt. Die Sprechenden der übrigen Fraktionen wiesen darauf hin, dass man nicht wisse, wie sich die Covid-19-Pandemie in Zukunft entwickeln werde, und man daher mit einer Verlängerung des Gesetzes sicherstellen wolle, dass man auch in den nächsten zwei Wintern noch über die nötigen Instrumente zur Bekämpfung der Pandemie verfüge. Bundesrat Berset verwies darauf, dass man sich zur Zeit in einer Übergangsphase befinde, die Wachsamkeit und Reaktionsfähigkeit erfordere – wofür verschiedene Regelungen des Covid-19-Gesetzes wichtig seien. Dabei schlug die Regierung vor, nur einen Teil der bisherigen Massnahmen zu verlängern, nicht aber die meisten Unterstützungsmassnahmen. Abschliessend liess es sich der Gesundheitsminister ob der Vorwürfe des Minderheitensprechers nicht nehmen, ausdrücklich darauf hinzuweisen, dass keine dieser Regelungen etwas mit der WHO zu tun hätten.

Bei der Detailberatung standen nicht nur die Fragen zur Verlängerung von Massnahmen an, der Bundesrat beabsichtigte auch, die Kantone stärker in die Verantwortung zu nehmen. So sollten diese zukünftig ab 2023 für die Organisation der Covid-19-Tests verantwortlich sein: Sie sollten das Angebot gewährleisten und die Kosten übernehmen. Nach der Rückkehr in die normale Lage gemäss Epidemiengesetz könne der Bund die entsprechenden Kosten nicht mehr ewig übernehmen, stattdessen müssten die Kantone ihre Verantwortung wieder wahrnehmen, forderte der Gesundheitsminister und mit ihm eine Minderheit Aeschi (svp, ZG). Die Kommissionsmehrheit wollte die Organisation der Tests jedoch weiterhin beim Bund belassen, um einen «Flickenteppich von verschiedenen Massnahmen» zu verhindern, wie es Kommissionssprecher Hess (mitte, BE) formulierte. Mit 136 zu 55 Stimmen folgte der Nationalrat der Kommissionsmehrheit, die SVP-Fraktion und eine Minderheit der FDP.Liberalen-Fraktion stimmten dem Bundesrat zu.
Stattdessen schlug die Kommissionsmehrheit eine andere Neuregelung hinsichtlich kantonaler Belange vor. So habe man im Dezember 2021 bereits die Finanzierung der Vorhalteleistungen durch die Kantone – also die Bereitstellung der Spitalkapazitäten – geregelt, nun müsse der Bund auch bezüglich der Finanzierung der Vorhalteleistungen bei ausserkantonalen Patientinnen und Patienten Regeln schaffen. Eine Minderheit Hess, vertreten durch Ruth Humbel (mitte, AG), befürchtete jedoch, dass solche Bundesregelungen Forderungen nach Abgeltung durch den Bund nach sich ziehen würden, und empfahl diese zur Ablehnung. Mit 112 zu 78 Stimmen folgte der Nationalrat der Kommissionsmehrheit, einzig die SVP- und eine Mehrheit der Mitte-Fraktion sprachen sich für den Minderheitsantrag aus.

Abändern wollte der Bundesrat auch die Massnahmen zum Schutz besonders gefährdeter Arbeitnehmender. Hier wollte die Regierung die Pflicht zur Lohnfortzahlung, falls behördliche Massnahmen keine Weiterarbeit erlaubten, durch eine Pflicht, den Betroffenen Homeoffice oder gleichwertige Ersatzarbeit anzubieten, ersetzen. Eine Minderheit Flavia Wasserfallen (sp, BE) beantragte die Beibehaltung der bisherigen Formulierung. «Wenn der Bund Massnahmen anordnet, muss auch Erwerbsersatz an die Arbeitgebenden ausbezahlt werden», betonte die Minderheitensprecherin. Mit 109 zu 81 Stimmen folgte der Nationalrat der Regierung, die Minderheitsposition unterstützten die Fraktionen der SP, GLP und Grünen.
Zudem wollte der Bundesrat die Regelungen zum Proximity Tracing im Epidemiengesetz durch Regelungen zu einem sogenannten Presence-Tracing ergänzen. Damit sollten Teilnehmende von Veranstaltungen freiwillig «ihre Anwesenheit ohne Angabe von Personendaten» erfassen können. Eine Minderheit Glarner wollte die Regelungen zum Proximity und Presence Tracing streichen, da Ersteres «ein Riesenflop» gewesen sei. Besonders energisch kritisierte der Minderheitensprecher überdies eine bereits bestehende Regelung, wonach der Bundesrat völkerrechtliche Vereinbarungen unter anderem zur «Harmonisierung der Massnahmen zur Erkennung, Überwachung, Verhütung und Bekämpfung übertragbarer Krankheiten» eingehen könne. Dadurch würde die Schweiz «gezwungen sein, Massnahmen des Auslands zu übernehmen». Mit 141 zu 50 Stimmen folgte der Nationalrat der Kommissionsmehrheit. Eine Mehrheit der SVP-Fraktion sprach sich für den Minderheitenantrag aus.

In der Folge diskutierte der Nationalrat über die Verlängerungen des Gesetzes und einzelner Massnahmen. Der Bundesrat hatte vorgeschlagen, die Geltungsdauer des Gesetzes vom 31. Dezember 2022 auf den 30. Juni 2024 zu verlängern, um die Instrumente gegen die Pandemie für die nächsten zwei Winter zu sichern. Diesbezüglich lagen zwei Minderheitsanträge vor, wobei eine Minderheit I Glarner das Gesetz bis Ende März 2023, eine Minderheit II Dobler (fdp, SG) bis Ende Juni 2023 in Kraft belassen wollte. Eine allfällige Ausbreitung der Krankheit sei spätestens im Frühling vorbei, weshalb das Gesetz maximal bis Ende März 2023 verlängert werden solle – wenn überhaupt –, forderte Andreas Glarner. Auch Marcel Dobler wollte das Gesetz «nur so lange wie nötig verlängern und nicht auf Vorrat», bei einem Ende im März 2023 müsste über eine allfällige Verlängerung aber genau während der Grippesaison beraten werden, gab er zu Bedenken. Kommissionssprecher Lorenz Hess warnte vor weiteren «Hauruckübungen» bei einem frühzeitigen Auslaufen des Gesetzes. Mit einer Verlängerung bis 2024 sei man «für den Fall eines Falles bereit». Die Mehrheit setzte sich gegen die Minderheit Glarner durch (mit 109 zu 75 Stimmen bei 3 Enthaltungen), die zuvor der Minderheit Dobler vorgezogen worden war. Der Minderheitsposition von Andreas Glarner folgten Mehrheiten der SVP- und der FDP.Liberalen-Fraktion und ein Mitglied der Mitte-Fraktion.

Eine Mehrheit der SPK-NR hatte zudem einen Antrag zur fünften Änderung des Covid-19-Gesetzes eingereicht. Sie wollte die Regelung zur Stimmabgabe in Abwesenheit bei Quarantäne oder Isolation ebenfalls bis Ende Juni 2024 verlängern, was der Bundesrat nicht vorgesehen hatte. Falls erneut eine Pflicht zur Quarantäne und Isolation ausgerufen würde, sollten die Nationalratsmitglieder in der Lage sein, wenn nötig digital abzustimmen. Eine Minderheit Buffat (svp, VD) der SPK-NR sprach sich jedoch gegen diese Verlängerung aus. Mit 142 zu 49 Stimmen folgte der Nationalrat gegen den Willen der SVP-Fraktion der Kommissionsmehrheit. Darüber hinaus verlängerte der Nationalrat mit 141 zu 48 Stimmen (bei 2 Enthaltungen) entgegen einer Minderheit Aeschi die Regelung zum Covid-19-Zertifikat, lehnte aber mit 125 zu 66 Stimmen einen Minderheitsantrag von Flavia Wasserfallen ab, wonach zusätzlich auch die Massnahmen bezüglich EO, ALV, KAE sowie Kultur- und Härtefallhilfen bis Ende Juni 2024 gültig bleiben sollten.

Schliesslich entschied sich der Nationalrat mit 140 zu 48 Stimmen, das Gesetz erneut dringlich zu erklären, und sprach sich damit gegen einen Minderheitsantrag Aeschi aus. Nach drei Jahren «im ausserordentlichen Modus» und einen Tag nach einer weiteren Dringlicherklärung eines Gesetzes solle man zu einer «durchdachten Gesetzgebung» zurückkehren, hatte Thomas Aeschi vergeblich argumentiert. Gesundheitsminister Berset plädierte jedoch dafür, die Regelungen ohne Unterbruch ab dem 1. Januar 2023 zu verlängern. Mit 140 zu 47 Stimmen (bei 1 Enthaltung) nahm der Nationalrat den Entwurf der fünften Änderung des Covid-19-Gesetzes in der Gesamtabstimmung an. Eine Mehrheit der SVP-Fraktion sprach sich für Ablehnung aus.