In der Sommersession 2021 befasste sich der Ständerat mit der Weiterentwicklung von Frontex und der Änderung des AIG. Im Vorfeld hatte die SiK-SR diese als für die Schweiz «unerlässlich» bezeichnet. Da die Kommission die EU-Migrationspolitik jedoch kritisch beurteilte, forderte sie dazu auf, den Bundesratsentwurf mit Ausgleichsmassnahmen im Sinne der humanitären Tradition der Schweiz zu ergänzen. Einerseits beantragte sie ergänzend zur Übernahme der Verordnung die Aufnahme von 2'800 Flüchtlingen im Rahmen des Resettlements, wobei diese Erhöhung der Resettlementquote stufenweise und in Kooperation mit den Kantonen erfolgen sollte. Andererseits beantragte sie einen Mechanismus zur Beschwerdenbearbeitung und eine Rechtsberatung, um die Rechtsmittel der Asylsuchenden zu stärken. Zudem sprach sie sich einstimmig für einen Antrag aus, demgemäss das Schweizer Kontingent für Frontex nicht zulasten des nationalen Grenzschutzes gehen dürfe. Schliesslich beantragte die SiK-SR, dass Frontex-Einsätze einem Genehmigungsverfahren unterliegen sollen. Dieser angepassten Version der Vorlage stimmte die Kommission mit 8 zu 2 Stimmen bei 1 Enthaltung zu, während eine Minderheit nicht auf die Vorlage eintreten wollte, weil die humanitären Ausgleichsmassnahmen in ihren Augen nicht ausreichend waren.
Die Ratsdebatte entwickelte sich trotz der relativ eindeutigen Position der Kommission zu einer umstrittenen Angelegenheit. Daniel Jositsch (sp, ZH) kritisierte, dass die EU über keine gesamtheitliche Migrationspolitik verfüge und das Dublin-System nur den Umgang mit Flüchtlingen an den Aussengrenzen regle. Dadurch entstünden in gewissen Staaten eine Extrembelastung und illegale Sekundärmigration, beides für Jositsch Grund genug, um diese neuen Massnahmen «nicht einfach so durchzuwinken» und stattdessen, wie von der Kommission vorgeschlagen, mit flankierenden Massnahmen zu ergänzen. Als «eine falsche Politik» bezeichnete Thomas Minder (parteilos, SH) hingegen die von der Kommission gemachten Resettlement-Anträge, weil man damit das Schengen- mit dem Dublin-System und damit Sicherheits- mit Flüchtlingspolitik vermische. Auch Finanzminister Maurer schloss sich dieser Argumentation an und betonte, dass Schengen für Grenzsicherheit stehe und nicht primär ein Projekt der Asypolitik sei. Daher lehnte er im Namen des Bundesrats die von der SiK-SR vorgeschlagenen Ausweitungen des Resettlement-Verfahrens ab, nicht zuletzt weil man in dieser Sache die Kantone einbeziehen müsse, bevor man absolut verbindliche Beschlüsse mache. Zu wenig weit ging der Kommissionsvorschlag Ständerat Zopfi (gp, GL), der im Rat einen Nichteintretensantrag einreichte, da die Anzahl der Resettlement-Flüchtlinge in seinen Augen auf 4'000 hätte erhöht werden müssen. Er begrüsste zwar den Ausbau des Grundrechtsschutzes, kritisierte aber die Methoden des europäischen Grenzschutzes und argumentierte, dass man Sicherheit und Migration in dieser Frage nicht trennen könne. Thierry Burkart (fdp, AG) erinnerte in diesem Kontext daran, dass eine Nichtübernahme der Weiterentwicklung des Schengen-Besitzstandes im Extremfall die Beendigung der Schengen-Zusammenarbeit nach sich ziehen könnte. Der Ständerat beschloss mit 33 zu 10 Stimmen (bei 1 Enthaltung), auf die Vorlage einzutreten, lehnte kurz darauf aber die von der Kommission geforderte Erhöhung der Anzahl der Resettlement-Flüchtlinge auf 2'800 mit 22 zu 21 Stimmen knapp ab. Der Rat folgte jedoch teilweise seiner Kommission, indem er sich entschied, dass Schweizer Frontex-Einsätze nicht vom Kontingent der Schweizer Grenzschützerinnen und Grenzschützer abgezogen werden dürfen und dass derartige Einsätze einem Genehmigungsverfahren unterstellt werden müssen. In der Gesamtabstimmung nahm die kleine Kammer den Frontex-Entwurf mit 30 zu 14 Stimmen schliesslich deutlich an, wobei die Nein-Stimmen vornehmlich von Mitgliedern der Grünen und der SP stammten. Die Änderungen im Asylrecht, welche die Rechtsmittel der Asylsuchenden und die Unterstützung bei Beschwerdeverfahren stärken, wurden vom Ständerat einstimmig angenommen.

In der Wintersession 2020 nahm sich der Ständerat der Übernahme der Rechtsgrundlagen über die Einrichtung, den Betrieb und die Nutzung des SIS an, nachdem der Nationalrat diese abgelehnt hatte, was einem Nichteintreten gleichkam. Die Sprecherin der SIK-SR, Andrea Gmür-Schönenberger (cvp, LU), fasste zu Beginn der Diskussion die Ablehnungsgründe des Nationalrats zusammen. Dieser habe bemängelt, dass EU-Recht übernommen werden müsse und dass das Ausländerrecht verschärft würde. Ständerätin Gmür-Schönenberger machte diesbezüglich aber klar, dass die Schweiz als Schengen-Staat zur Übernahme verpflichtet sei und eine mangelhafte Umsetzung zum Ausschluss aus dem Schengen/Dublin-Verband führen könne. Die SIK-SR anerkenne die wichtige Rolle der SIS bei der Kontrolle der Schengen-Aussengrenzen und befürworte daher die verstärkte Zusammenarbeit der europäischen Sicherheits- und Migrationsbehörden. Dennoch habe die Kommission drei Änderungsanträge eingebracht: die Richtlinie soll nicht auf die Anordnung und den Vollzug der Landesverweisung angewendet werden; es sollen Ausnahmen bei der Lieferung von biometrischen Daten möglich sein und durch zusätzliche Bestimmungen soll die Aufsichtsfunktion des EDÖB und die Zusammenarbeit mit kantonalen und europäischen Stellen verbessert werden. Werner Salzmann (svp, BE) zeigte sich zufrieden damit, dass die Schweiz es sich explizit vorbehalte, kriminelle Drittstaatsangehörige in «souveräner Art und Weise auszuschaffen», unabhängig von der Entwicklung der EU-Rückführungsrichtlinie. Für Salzmann habe die Vorlage mit dieser Änderung gute Chancen im Nationalrat. Auch Daniel Jositsch (sp, ZH) war zuversichtlich, dass der Nationalrat aufgrund der Anpassungen hinsichtlich der Koordination im Bereich des Datenschutzes keinen Widerstand mehr leisten würde. Bundesrätin Karin Keller-Sutter betonte, dass das SIS an die neuen Herausforderungen in den Bereichen Migration und innere Sicherheit angepasst werden soll. Eine verstärkte europäische Zusammenarbeit sei notwendig, was nicht zuletzt die Terroranschläge in Paris 2015 gezeigt hätten. Mit der Zustimmung zu den Verpflichtungskrediten zur Weiterentwicklung des Schengen/Dublin-Besitzstandes habe das Parlament bereits die finanziellen Grundlagen für das Projekt geschaffen. Sie verdeutlichte aber auch, dass man aus dem Schengen-Verbund ausscheiden würde, wenn die gesetzlichen Anpassungen nicht vorgenommen würden. Daher bat sie die Räte darum, das Differenzbereinigungsverfahren und die Schlussabstimmung bereits in der laufenden Wintersession durchzuführen. Der Ständerat nahm die Änderung des BGIAA mit 40 Stimmen (bei 1 Enthaltung) ohne Gegenstimmen an. Auch die Übernahme der Rechtsgrundlagen für die Einrichtung, den Betrieb und die Nutzung des SIS wurde inklusive der drei genannten Änderungen mit 41 Stimmen (bei 1 Enthaltung) angenommen. Abgelehnt wurde – mit 31 zu 11 Stimmen – hingegen ein Antrag der Minderheit Vara (gp, NE), die eine Bestimmung streichen lassen wollte, wonach das SEM Einreiseverbote verfügen kann, wenn die gesuchstellende Person vorgängig Sozialkosten verursacht hat, auch wenn diese Sozialleistungen berechtigterweise beantragt worden waren. Kommissionssprecherin Gmür-Schönenberger relativierte, dass diese Kann-Bestimmung bereits bestehe und nicht durch die vorliegende Vorlage verändert werde.