Im Differenzbereinigungsverfahren zur dritten Revision des Covid-19-Gesetzes bestanden noch vier offene Punkte: Die Verlängerungen der Geltungsdauer der Ausnahmebestimmungen beim Aktienrecht, bei den Massnahmen im Kulturbereich und bei den KAE für tiefe Einkommen sowie die ergänzende Regelung bei den Sportklubs, wonach diese auch 50 Prozent der Ausfälle aus den Ticketverkäufen vergütet bekommen sollten, wenn sie ihre Lohnsumme über die nächsten fünf Jahre erhöhen. Letztere Regelung, welche der Nationalrat auf Antrag der WBK-NR ergänzt hatte, stiess bei der Mehrheit der WBK-SR auf Unverständnis. Man bedauere «die Änderung der Spielregeln während des laufenden Spiels», betonte Hannes Germann (svp, SH) für die Kommission. Zumal in der nationalrätlichen Kommission und mit ihr im Nationalrat kein Widerstand gegen die Regelung auszumachen gewesen sei und zumindest keine Verordnungsänderung nötig würde, akzeptierte die ständerätliche Kommission die Regelung, «wenn auch ohne Begeisterung und mit einigen Bedenken». Stillschweigend bereinigte der Ständerat daraufhin diese Differenz.
Keinen Widerspruch von Seiten der WBK-SR gab es bezüglich der nationalrätlichen Änderung beim Aktienrecht: Stillschweigend sprach sich der Ständerat nach seinem Schwesterrat für die Verlängerung der Ausnahmeregelung zu den Generalversammlungen bis Ende 2021 aus.
Auch die Verlängerung der Erhöhung der KAE bei tiefen Einkommen auf 100 Prozent bis Ende 2021 hiess der Ständerat im zweiten Anlauf ohne Abstimmung gut.

Keine Zustimmung gab der Ständerat hingegen in der ersten Runde des Differenzbereinigungsverfahrens zur Verlängerung der Kulturhilfen bis Ende April 2022, wie sie der Nationalrat geschaffen hatte. Eine solche Verlängerung würde eine Ausnahme im Covid-19-Gesetz darstellen, dessen Massnahmen grösstenteils bis Ende 2021 begrenzt seien, und dem «Sinn und Geist einer Notfallgesetzgebung» widersprechen, argumentierte Germann für die Kommission. Zudem würde man dadurch ein Präjudiz für andere Branchen schaffen. Beide Argumente hob auch Finanzminister Maurer hervor, der überdies darauf hinwies, dass der Bundesrat die Sondergesetzgebung wenn möglich auf Ende 2021 aufheben möchte. In der Folge zeigten sich beide Räte unnachgiebig, der Nationalrat hielt etwa trotz den jeweiligen Minderheitsanträgen Gutjahr (svp, TG) mehrmals an der Verlängerung fest. In der grossen Kammer gewann jeweils das Argument, dass kulturelle Veranstaltungen auch in absehbarer Zukunft noch «unter erschwerten Bedingungen» durchgeführt werden müssten und die Verlängerungsdauer entsprechend mit der Geltungsdauer der Covid-19-Verordnung für Publikumsanlässe übereinstimme. Die Verlängerung sei folglich nötig, um Planungssicherheit zu schaffen. Dieses Argument überzeugte jedoch den Ständerat nicht, dieser lehnte die Regelung mehrmals ab. In der letzten Runde vor der Einigungskonferenz rang sich der Nationalrat durch und verzichtete mit 96 zu 88 Stimmen auf die Verlängerung der Kulturhilfen. Er folgte damit schlussendlich der Minderheit Gutjahr und stellte sich gegen seine Kommissionsmehrheit, die erneut Festhalten beantragt hatte.

Damit war die dritte Revision des Covid-19-Gesetzes aber noch nicht fertig beraten. In der Zwischenzeit hatte die WBK-NR einen Rückkommensantrag auf die ursprünglich von ihrer Schwesterkommission ergänzte und von beiden Kammern angenommene Ausnahme von den Zugangsbeschränkungen für Inhaberinnen und Inhaber mit einem Covid-19-Zertifikat bei öffentlich zugänglichen Einrichtungen, Veranstaltungen und Messen angenommen. Entsprechend durften die beiden Kammern diese Regelung erneut beraten. Nun zeigten sich beide Kommissionen nicht gänzlich zufrieden mit dieser Regelung, zumal unsicher sei, ob diese «überhaupt durchsetzbar sei» (Germann). Folglich beschäftigte sich der Nationalrat im Differenzbereinigungsverfahren zuerst noch einmal damit. Die Kommissionssprechenden Roth Pasquier (mitte, FR) und Aebischer (sp, BE) führten dieselben Argumente gegen die Regelung an wie bei der ersten Behandlung: Sie stelle eine unnötige Hürde für den Bundesrat dar und führe zu einer Zweiklassengesellschaft für Personen mit und ohne Zertifikat. Neu sorgte man sich aber auch davor, dass sich die Regelung aufgrund ihrer weiten Formulierung nicht nur auf Grossveranstaltungen, sondern auch auf den Restaurantbesuch beziehen könnte. Dadurch könnten zukünftig Personen mit Zertifikat im Restaurant «stehen und an Zehnertischen feiern», während Personen ohne Zertifikat «mit Maske und Registrierung nur an Sechsertischen platziert werden dürften». Daher beantragte die Kommissionsmehrheit einmal mehr die Streichung der Regelung, während eine Minderheit Kutter (mitte, ZH) dieses Problem durch eine ausdrückliche Beschränkung der Regelung auf Veranstaltungen und Messen lösen wollte. Damit könne man den Personen mit Zertifikat «einen Teil ihrer individuellen Freiheiten» zurückgeben und gleichzeitig die Kapazitäten von Veranstaltungen und Messen erhöhen. Der Nationalrat folgte jedoch seiner Kommissionsmehrheit und strich die Bestimmung. Dies kam bei der ständerätlichen Kommission nicht gut an: Kommissionssprecher Germann betonte, man habe den Rückkommensantrag gutgeheissen, um die Regelung zu verbessern, nicht um sie zu streichen. Der Ständerat setzte in der Folge auf den Vorschlag von Philipp Kutter im Nationalrat und lehnte einen Minderheitsantrag Graf (gp, BL) auf Streichung ab. Da sich die beiden Kammern in dieser Frage bis zum Schluss des Differenzbereinigungsverfahrens nicht einig wurden, musste dafür eine Einigungskonferenz einberufen werden. Diese schlug diskussionslos, wie Hannes Germann betonte, vor, in dieser Frage dem Nationalrat zu folgen und die Bestimmung zu streichen. Der Ständerat hiess den Antrag der Einigungskonferenz mit 37 zu 0 Stimmen (bei 1 Enthaltung) gut, der Nationalrat stimmte ihm mit 148 zu 9 Stimmen (bei 6 Enthaltungen) zu.

Die Ergebnisse der Schlussabstimmungen wiederspiegelten diejenigen der vorangegangenen Revisionen des Covid-19-Gesetzes: Während der Ständerat die Revision mit 44 zu 0 Stimmen einstimmig annahm, zeigte sich der Nationalrat nicht gänzlich geschlossen: Er nahm die Änderung mit 174 zu 18 Stimmen (bei 3 Enthaltungen) an, wobei die ablehnenden und enthaltenden Stimmen von Mitgliedern der SVP-Fraktion stammten.

Eine offizielle Gedenkfeier für die Covid-19-Opfer und ihre Angehörigen durch das Schweizer Parlament forderten Greta Gysin (gp, TI; Po. 21.3069) im Nationalrat und Maya Graf (gp, BL; Po. 21.3079) im Ständerat mittels zweier Postulate. Die Gedenkfeier solle zusammen mit der Landesregierung stattfinden und eine Möglichkeit bieten, den annähernd 10'000 Opfer der Pandemie in der Schweiz, aber auch den Trauernden und den Kranken «mit einem kollektiven Gedenken Respekt und unser Mitempfinden» auszudrücken. Während das Büro-SR den Vorstoss von Maya Graf befürwortete, aber auf die dafür notwendige Zusammenarbeit mit dem Bundesrat hinwies, lehnte die Mehrheit des Büro-NR das Postulat Gysin ab. Entsprechend zog Greta Gysin ihren Vorstoss im Nationalrat zurück, nachdem der Ständerat das Postulat Graf in der Sommersession 2021 stillschweigend angenommen hatte.

Das Parlament habe die Forderung der Motionärin, die Kurzarbeitsentschädigungen für Einkommen bis CHF 4'000 während der Corona-Pandemie auf 100 Prozent des Monatslohns zu erhöhen, im Rahmen der ersten Änderung des Covid-19-Gesetzes in der Wintersession 2020 erfüllt, begründete die Mehrheit der SGK-SR im Januar 2021 ihren Antrag auf Ablehnung der Motion. Eine Kommissionsminderheit um Motionärin Maya Graf (gp, BL) beantragte aber dennoch, den Vorstoss anzunehmen, weil die Regelung im Covid-19-Gesetz bis Ende März 2021 begrenzt sei, das Problem aber voraussichtlich auch noch länger bestehen werde. Nachdem das Parlament die entsprechende Regelung in der Frühjahrssession 2021 in der zweiten Änderung des Covid-19-Gesetzes jedoch bis Ende Juni 2021 verlängert hatte, zog die Motionärin ihren Vorstoss Anfang März 2021 zurück.

Eineinhalb Monate nach Anpassung der Regeln zur Kurzarbeitsentschädigung an die Corona-Krise reichte Maya Graf (gp, BL) eine Motion ein, gemäss der die Kurzarbeitsentschädigung für Einkommen bis CHF 4'000 während der Corona-Pandemie 100 Prozent des Monatslohns, statt wie bis anhin 80 Prozent, betragen soll. Haushalte mit tiefen, nicht existenzsichernden Einkommen seien besonders stark von der Krise betroffen und man müsse verhindern, dass diese Personen unter das Existenzminimum gerieten und «in die Sozialhilfe gedrängt» würden. Ähnliche Motionen hatten zuvor auch Katharina Prelicz-Huber (gp, ZH; Mo. 20.3364) und Cédric Wermuth (sp, AG; Mo. 20.3192) eingereicht.
Der Bundesrat erwiderte in seiner Stellungnahme, dass das Ziel der KAE eben nicht in der Existenzsicherung der Arbeitnehmenden, sondern in der Verhinderung einer Ganzarbeitslosigkeit liege. Die vorgeschlagene Ausdehnung der KAE würde die entsprechenden Ausgaben um schätzungsweise 3 Prozent erhöhen. Der Bundesrat habe der ausserordentlichen Situation aber Rechnung getragen, indem im Moment die Einkünfte aus Zwischenbeschäftigungen während dem KAE-Bezug bei der Kurzarbeitsentschädigung nicht mehr abgezogen würden, wodurch Betroffene ihr Einkommen über ihren bisherigen Lohn hinaus aufbessern könnten.
In der Herbstsession 2020 wies der Ständerat die Motion der SGK-SR zur Vorbehandlung zu. Dabei könne man überprüfen, ob die Zuweisung der Personen an die Sozialhilfe gleich teuer komme wie die Erhöhung der KAE für tiefere Einkommen, argumentierte Charles Juillard (cvp, JU), der die Überweisung an die Kommission beantragt hatte.

In der Herbstsession 2020 genehmigten die Räte den von der Regierung Ende Februar 2020 vorgelegten Geschäftsbericht des Bundesrates 2019.
Erich von Siebenthal (svp, BE) berichtete im Nationalrat für die GPK und dankte den Subkommissionen und den verschiedenen Departementsverantwortlichen, dass die Anhörungen zu den einzelnen Bereichen im Bericht trotz Corona-Krise durchgeführt werden konnten. Die Bewältigung der Pandemie sei dabei ein «zentrales Querschnittthema» gewesen und die Erfahrungen der verschiedenen Verantwortlichen in der Krise hätten nicht zuletzt zum Beschluss der GPK geführt, den Umgang der Bundesbehörden mit der Covid-19-Pandemie näher zu beleuchten. Für die Subkommission, die sich hinsichtlich Geschäftsbericht mit den Departementen EDI und UVEK befasst hatte, ergriff Thomas de Courten (svp, BL) das Wort. Im EDI sei das Erreichen der wichtigsten Legislatur-Ziele im Bereich der Altersvorsorge (Stabilisierung der AHV, Definition der Eckwerte für die BVG-Reform, Modernisierung der Aufsicht über die erste Säule) auf gutem Weg. Die Förderung des öffentlichen Verkehrs zwecks qualitativ hochwertigen Mobilitätslösungen sei hingegen noch nicht optimal umgesetzt, weil vor allem die Qualität im Personenverkehr nicht genüge. Alfred Heer (svp, ZH) sprach für die Subkommission, die sich bei der Evaluation des Geschäftsberichts mit dem EJPD und der BK beschäftigt hatte. Die Subkommission habe sich mit der Umsetzung des neuen Asylgesetzes und den entsprechenden Auswirkungen für das Bundesverwaltungsgericht auseinandergesetzt. Die Untersuchungen seien noch nicht abgeschlossen, aber es zeigten sich «systemimmanente» Probleme, da 16.8 Prozent der Fälle vom Gericht zurückgewiesen würden. Zudem habe die GPK bei einem Besuch des Asylzentrums in Boudry Verbesserungen in Asylunterkünften verlangt, damit die Privatsphäre von Asylsuchenden besser gewährleistet werde. Zudem habe sich die Subkommission mit dem EJPD zur Rechtmässigkeit des Epidemiengesetzes unterhalten. Mit der Bundeskanzlei habe sich die Subkommission zum Thema E-Voting ausgetauscht. Die GPK schaue, dass das «Debakel» rund um das System der Post «nicht im Chaos endet», so Heer. Auch Bundespräsidentin Simonetta Sommaruga fasste den Bericht kurz zusammen. Sie verstehe, dass der Rat wohl lieber Informationen zum aktuellen Pandemie-Jahr 2020 hätte, der Bericht beziehe sich aber auf das Jahr 2019, «das [den Parlamentsmitgliedern] vielleicht auch schon weit weg erscheint». Der Bundesrat habe aber 2019 sehr viele wichtige Botschaften verabschiedet. Die grosse Kammer nahm in der Folge diskussionslos Kenntnis vom Bericht und stimmte dem entsprechenden Bundesbeschluss zu.
Auch im Ständerat berichtete tags darauf zuerst die Kommissionssprecherin für die GPK. Auch Maya Graf (gp, BL) betonte, wie schwierig es gewesen sei, die Oberaufsicht in Krisenzeiten wahrzunehmen. Auch sie verwies auf die notwendige Aufarbeitung der Krise und bedankte sich bei der Bundeskanzlei, die daran sei, den entsprechenden Auftrag umzusetzen. Für die Subkommission EDA/VBS hob Charles Juillard (mitte, JU) die Pläne des Bundesrats hervor, den UNO-Sitz Genf mit Hilfe von «Science Diplomacy» zu stärken. Betont werden müsse zudem, wie gut es dem EDA während der Pandemie bisher gelungen sei, Auslandschweizerinnen und Auslandschweizer zu betreuen. Im VBS habe das Problem «Mitholz» zu reden gegeben, welches von der GPK weiter beobachtet werde. Auch über den Stand der Diskussionen zu «Cyberdefense» habe man sich informiert. Hier sei insbesondere die Zusammenarbeit mit der Forschung begrüssenswert. Matthias Michel (fdp, ZG) hob für die Subkommission EFD/WBF die Punkte E-Government und Regulierungskosten hervor. Bei ersterem habe man noch «Luft nach oben». Die Pandemie habe unter anderem gezeigt, wie wichtig die Digitalisierung und eine bessere Koordination zwischen den Departementen aber auch zwischen Verwaltung und Bevölkerung sei. Hinsichtlich Regulierung habe sich die GPK unter anderem für die Resultate eines Monitorings interessiert, das gezeigt habe, dass zwei Drittel der befragten Unternehmen finden, dass die bürokratische Belastung gestiegen sei. Hier sei der Bundesrat daran, Gegensteuer zu geben, was die GPK begrüsse. Marco Chiesa (svp, TI) fasste die Erkenntnisse der Subkommission EDI/UVEK zusammen. Wie sein Nationalratskollege berichtete auch Chiesa über den Stand der Reformen in den Sozialwerken. Die Auswirkungen von Covid auf die AHV seien allerdings noch schwer abschätzbar. Im UVEK habe sich die GPK versichert, dass die Umsetzung des «Aktionsplans Biodiversität Schweiz» zwar verspätet, aber auf gutem Weg sei. Die Ziele für mehr Biodiversität seien freilich «de loin pas encore suffisants», so Chiesa. Daniel Fässler (mitte, AI) ergriff schliesslich das Wort für die Subkommission EJPD/BK. Im EJPD habe sich die GPK insbesondere zum Thema Kriminalitätsbekämpfung informiert. Das Fedpol ermittle unter der Leitung der Bundesanwaltschaft in nicht weniger als 70 Terrorstrafverfahren. Innerhalb der BK begrüsse die GPK die Bestrebungen einer stärkeren Koordination und departementsübergreifenden Lenkung digitaler Entwicklungen. Auch in der kleinen Kammer fasste die Bundespräsidentin am Schluss den Bericht noch einmal zusammen und dankte der GPK für die Zusammenarbeit und die «Wertschätzung», die die Kommissionen der Regierungsarbeit entgegenbrächten. Auch in der kleinen Kammer wurde vom Bericht Kenntnis genommen und der entsprechende Bundesbeschluss über den Geschäftsbericht des Bundesrats für das Jahr 2019 diskussionslos gutgeheissen.