In der Wintersession 2021 stand die Behandlung einer parlamentarischen Initiative Heer (svp, ZH) bezüglich einer Änderung des Epidemiengesetzes (EpG) auf der Traktandenliste des Nationalrates. Der Initiant störte sich insbesondere an Artikel 6 des Gesetzes, in welchem die besondere Lage definiert ist und welcher dem Bundesrat in diesen Ausnahmesituationen Vollmachten verleiht. Das «Hüst und Hott» der Landesregierung im Rahmen der Covid-19-Pandemie sei nicht länger hinnehmbar, vielmehr erfordere eine solche Einschränkung von Grundrechten, wie sie durch das Epidemiengesetz möglich seien, eine breitere Abstützung durch die Bundesversammlung. Kommissionssprecherin Flavia Wasserfallen (sp, BE) erklärte, dass die SGK-NR zwar die Meinung vertrete, dass es einer Revision des EpG bedürfe – deshalb sei auch die Kommissionsmotion 21.3963 eingereicht worden –, allerdings sei eine umfassende Überarbeitung des Gesetzes und eine Überprüfung aller darin enthaltener Aspekte nötig. Dies erfordere Zeit, da dafür die im Rahmen der Pandemie ergriffenen Massnahmen analysiert und die verschiedenen Zuständigkeiten überprüft werden müssten. Mit 17 zu 5 Stimmen beantragte die Kommission daher, auf Folgegeben zu verzichten, wobei sich eine Kommissionsminderheit für Folgegeben aussprach. Der Nationalrat folgte mit 135 zu 51 Stimmen deutlich seiner Kommissionsmehrheit.

Vor dem Hintergrund der Covid-19-Pandemie beschäftigte sich die SGK-NR im Juni 2021 mit einer parlamentarischen Initiative Heer (svp, ZH) zu einer dringlich erklärten, auf fünf Jahre befristeten Änderung des Epidemiengesetzes (EpG). Der Initiant beabsichtigte mit seinem Vorstoss einerseits, die besonderen Lage nicht länger durch die WHO – «einer fremden Institution» –, sondern durch Schweizer Behörden feststellen zu lassen. Andererseits wollte er die Anordnungskompetenz von Grundrechtseingriffen mittels genereller Massnahmen an die Bundesversammlung und damit an die Gesetzgeberin delegieren. Er begründete diese Zuständigkeitsübertragung mit der «Schwere, Häufigkeit und Dauer» der bisherigen auf dem EpG basierenden Interventionen des Bundesrates. Das Gleiche sah er für Massnahmen im Kontext der ausserordentlichen Lage vor. Insgesamt strebe er damit die Beseitigung eines Zustandes an, in dem sich die Bevölkerung «fast täglich» vor möglichen Freiheitseinschränkungen durch die Landesregierung fürchten müsse, erklärte Heer. Mit 17 zu 5 Stimmen beantragte die Kommission, dem Geschäft keine Folge zu geben, da das EpG ihres Erachtens nicht nur im Zusammenhang mit der Funktion des Parlaments, sondern in seiner Gesamtheit überarbeitet werden sollte.

In der Herbstsession 2020 genehmigten die Räte den von der Regierung Ende Februar 2020 vorgelegten Geschäftsbericht des Bundesrates 2019.
Erich von Siebenthal (svp, BE) berichtete im Nationalrat für die GPK und dankte den Subkommissionen und den verschiedenen Departementsverantwortlichen, dass die Anhörungen zu den einzelnen Bereichen im Bericht trotz Corona-Krise durchgeführt werden konnten. Die Bewältigung der Pandemie sei dabei ein «zentrales Querschnittthema» gewesen und die Erfahrungen der verschiedenen Verantwortlichen in der Krise hätten nicht zuletzt zum Beschluss der GPK geführt, den Umgang der Bundesbehörden mit der Covid-19-Pandemie näher zu beleuchten. Für die Subkommission, die sich hinsichtlich Geschäftsbericht mit den Departementen EDI und UVEK befasst hatte, ergriff Thomas de Courten (svp, BL) das Wort. Im EDI sei das Erreichen der wichtigsten Legislatur-Ziele im Bereich der Altersvorsorge (Stabilisierung der AHV, Definition der Eckwerte für die BVG-Reform, Modernisierung der Aufsicht über die erste Säule) auf gutem Weg. Die Förderung des öffentlichen Verkehrs zwecks qualitativ hochwertigen Mobilitätslösungen sei hingegen noch nicht optimal umgesetzt, weil vor allem die Qualität im Personenverkehr nicht genüge. Alfred Heer (svp, ZH) sprach für die Subkommission, die sich bei der Evaluation des Geschäftsberichts mit dem EJPD und der BK beschäftigt hatte. Die Subkommission habe sich mit der Umsetzung des neuen Asylgesetzes und den entsprechenden Auswirkungen für das Bundesverwaltungsgericht auseinandergesetzt. Die Untersuchungen seien noch nicht abgeschlossen, aber es zeigten sich «systemimmanente» Probleme, da 16.8 Prozent der Fälle vom Gericht zurückgewiesen würden. Zudem habe die GPK bei einem Besuch des Asylzentrums in Boudry Verbesserungen in Asylunterkünften verlangt, damit die Privatsphäre von Asylsuchenden besser gewährleistet werde. Zudem habe sich die Subkommission mit dem EJPD zur Rechtmässigkeit des Epidemiengesetzes unterhalten. Mit der Bundeskanzlei habe sich die Subkommission zum Thema E-Voting ausgetauscht. Die GPK schaue, dass das «Debakel» rund um das System der Post «nicht im Chaos endet», so Heer. Auch Bundespräsidentin Simonetta Sommaruga fasste den Bericht kurz zusammen. Sie verstehe, dass der Rat wohl lieber Informationen zum aktuellen Pandemie-Jahr 2020 hätte, der Bericht beziehe sich aber auf das Jahr 2019, «das [den Parlamentsmitgliedern] vielleicht auch schon weit weg erscheint». Der Bundesrat habe aber 2019 sehr viele wichtige Botschaften verabschiedet. Die grosse Kammer nahm in der Folge diskussionslos Kenntnis vom Bericht und stimmte dem entsprechenden Bundesbeschluss zu.
Auch im Ständerat berichtete tags darauf zuerst die Kommissionssprecherin für die GPK. Auch Maya Graf (gp, BL) betonte, wie schwierig es gewesen sei, die Oberaufsicht in Krisenzeiten wahrzunehmen. Auch sie verwies auf die notwendige Aufarbeitung der Krise und bedankte sich bei der Bundeskanzlei, die daran sei, den entsprechenden Auftrag umzusetzen. Für die Subkommission EDA/VBS hob Charles Juillard (mitte, JU) die Pläne des Bundesrats hervor, den UNO-Sitz Genf mit Hilfe von «Science Diplomacy» zu stärken. Betont werden müsse zudem, wie gut es dem EDA während der Pandemie bisher gelungen sei, Auslandschweizerinnen und Auslandschweizer zu betreuen. Im VBS habe das Problem «Mitholz» zu reden gegeben, welches von der GPK weiter beobachtet werde. Auch über den Stand der Diskussionen zu «Cyberdefense» habe man sich informiert. Hier sei insbesondere die Zusammenarbeit mit der Forschung begrüssenswert. Matthias Michel (fdp, ZG) hob für die Subkommission EFD/WBF die Punkte E-Government und Regulierungskosten hervor. Bei ersterem habe man noch «Luft nach oben». Die Pandemie habe unter anderem gezeigt, wie wichtig die Digitalisierung und eine bessere Koordination zwischen den Departementen aber auch zwischen Verwaltung und Bevölkerung sei. Hinsichtlich Regulierung habe sich die GPK unter anderem für die Resultate eines Monitorings interessiert, das gezeigt habe, dass zwei Drittel der befragten Unternehmen finden, dass die bürokratische Belastung gestiegen sei. Hier sei der Bundesrat daran, Gegensteuer zu geben, was die GPK begrüsse. Marco Chiesa (svp, TI) fasste die Erkenntnisse der Subkommission EDI/UVEK zusammen. Wie sein Nationalratskollege berichtete auch Chiesa über den Stand der Reformen in den Sozialwerken. Die Auswirkungen von Covid auf die AHV seien allerdings noch schwer abschätzbar. Im UVEK habe sich die GPK versichert, dass die Umsetzung des «Aktionsplans Biodiversität Schweiz» zwar verspätet, aber auf gutem Weg sei. Die Ziele für mehr Biodiversität seien freilich «de loin pas encore suffisants», so Chiesa. Daniel Fässler (mitte, AI) ergriff schliesslich das Wort für die Subkommission EJPD/BK. Im EJPD habe sich die GPK insbesondere zum Thema Kriminalitätsbekämpfung informiert. Das Fedpol ermittle unter der Leitung der Bundesanwaltschaft in nicht weniger als 70 Terrorstrafverfahren. Innerhalb der BK begrüsse die GPK die Bestrebungen einer stärkeren Koordination und departementsübergreifenden Lenkung digitaler Entwicklungen. Auch in der kleinen Kammer fasste die Bundespräsidentin am Schluss den Bericht noch einmal zusammen und dankte der GPK für die Zusammenarbeit und die «Wertschätzung», die die Kommissionen der Regierungsarbeit entgegenbrächten. Auch in der kleinen Kammer wurde vom Bericht Kenntnis genommen und der entsprechende Bundesbeschluss über den Geschäftsbericht des Bundesrats für das Jahr 2019 diskussionslos gutgeheissen.