In der Frühjahrssession 2023 begann der Ständerat die Beratung der Mehrwertsteuerrevision. Die WAK-SR beantragte dabei zahlreiche Differenzen gegenüber der nationalrätlichen Version. Zu Beginn der Debatte stellte Kommissionssprecher Ettlin (mitte, OW) klar, dass sich die WAK-SR gegen die diskutierte Ausweitung der Plattformbesteuerung auf elektronische Dienstleistungen ausgesprochen habe. Stattdessen habe man eine Motion eingereicht, um die Auswirkungen einer solchen ausführlich klären zu können.

Die meisten Aspekte der Vorlage hiess der Ständerat als Zweitrat stillschweigend gut, etwa die Unterstellung der Produkte der Monatshygiene (z.B. Tampons und Binden) unter den reduzierten Mehrwertsteuersatz von 2.5 Prozent statt wie bisher 7.7 Prozent (gemäss der Motion Maire: sp, NE; Mo. 18.4205), die Schaffung der neuen Plattformbesteuerung (gemäss der Motion Vonlanthen: damals cvp, FR; Mo. 18.3540) oder die Gleichstellung von Sport- und Kulturvereinen bei der Mehrwertsteuer (gemäss der Motion Page: svp, FR; Mo. 17.3657).

Abweichungen gegenüber dem Nationalrat schuf die kleine Kammer jeweils auf Antrag ihrer Kommission – der sie in allen Anträgen folgte –, beispielsweise bei der Behandlung von gewinnorientierten Anbietenden im Gesundheitsbereich. In mehreren Punkten war der Nationalrat zuvor von der bisherigen Regelung, wonach lediglich nicht gewinnorientierte Unternehmen von der Mehrwertsteuer ausgenommen werden können, abgewichen. So hatte er etwa auch den Belegärzten in Ambulatorien oder Tageskliniken erlaubt, ihre Leistungen ohne Mehrwertsteuer abzurechnen, obwohl diese Gewinne erzielen können. Die Kommissionsmehrheit befürwortete es diesbezüglich hingegen, bei dem Prinzip zu bleiben, wonach alles, «was Gewinn abwirft, [...] auch der Mehrwertsteuerpflicht unterliegen» soll, wie es Kommissionssprecher Ettlin formulierte. Hingegen wich die Kommissionsmehrheit selbst von dieser Regelung ab, als sie beantragte, dass nicht mehr nur wie bisher die gemeinnützigen Organisationen der Krankenpflege (konkret die öffentliche Spitex) Betreuungs- und Begleitungsleistungen mehrwertsteuerbefreit anbieten können sollten, sondern auch die gewinnorientierten. Sie begründete diesen Entscheid damit, dass es keinen Sinn mache, dieselben Leistungen je nach Anbietenden unterschiedlich zu besteuern. Eine Minderheit Sommaruga (sp, GE) lehnte den Bruch mit dem bisherigen Konzept ab und beantragte die Streichung dieser Neuerung. Finanzministerin Keller-Sutter ergänzte, dass damit nur eine neue Ungleichbehandlung geschaffen werde, zum Beispiel gegenüber allen anderen Unternehmen, die Reinigungsleistungen anbieten, aber keine Spitex-Organisation darstellten. Mit 20 zu 18 Stimmen folgte der Ständerat jedoch seiner Kommissionsmehrheit.
Hingegen sträubten sich die Kommissionsmehrheit sowie die kleine Kammer gegen weitere, vom Nationalrat vorgesehene Ausweitungen der Ausnahmen von der Mehrwertsteuer im Gesundheitsbereich. So lehnte der Ständerat etwa eine allgemeine Ausnahme des Zurverfügungstellens von Personal zur Krankenbehandlung oder Sozialhilfe von der Mehrwertsteuer ab – bisher war eine solche Ausnahme nur religiösen oder weltanschaulichen, nicht-gewinnorientierten Einrichtungen möglich gewesen. Auch eine Ausdehnung der Ausnahmen auf alle Leistungen der koordinierten Vorsorge – auch auf die vom Bundesrat ausgenommenen administrativen Leistungen – hiess die Mehrheit der WAK-SR nicht gut.

Differenzen schuf der Ständerat auf Antrag seiner Kommission auch in anderen Themenbereichen. Bei der Umsetzung der Motionen Stöckli (sp, BE; Mo. 18.4194) und von Siebenthal (svp, BE; Mo. 18.4363) für eine Ausnahme von ausländischen Touranbietern von der Schweizer Mehrwertsteuer etwa hatte der Bundesrat vorgeschlagen, dass Dienstleistungen von Reisebüros am Ort der wirtschaftlichen Tätigkeit der Reisebüros besteuert werden sollen. Dies sollte sicherstellen, dass ausländische Reisebüros auch weiterhin Reisen in die Schweiz anbieten, der Nationalrat hatte die neue Regelung jedoch gestrichen, da sie die Schweizer Reiseanbietenden benachteiligen würde. Die WAK-SR schlug stattdessen erfolgreich vor, die Ungleichbehandlung zu beheben, indem auch die Schweizer Anbietenden von der Mehrwertsteuer befreit werden.
Einen Änderungsantrag stellte die Kommission auch zur Umsetzung der Motion Riklin (damals cvp, ZH; Mo. 19.3783). So werden heute «sämtliche Hilfsmittel der Landwirtschaft zum tieferen Satz besteuert», wie der Kommissionssprecher ausführte – somit also auch Pestizide, die auch in Privatgärten eingesetzt werden. Neu sollen gemäss Kommission und Ständerat jedoch nur noch umweltfreundliche Pflanzenschutzmittel dem tieferen Satz unterstehen, womit die Motion erfüllt würde.
Schliesslich ist es möglich, dass bei der ESTV registrierte und nach der effektiven Methode abrechnende steuerpflichtige Importeurinnen und Importeure ihre Mehrwertsteuer nicht am Zoll entrichten und diese später als Vorsteuer zurückfordern müssen, sondern direkt in der Mehrwertsteuerabrechnung verrechnen können. Dieses sogenannte Verlagerungsverfahren sollte gemäss Bundesrat neu auch für die Plattformen gelten. Der Nationalrat wollte es zudem auf alle Importeurinnen und Importeure ausdehnen, was gemäss WAK-SR jedoch eine Verschiebung von CHF 2.9 Mrd. an Einnahmen auf einen späteren Zeitpunkt, Mehraufwand für die Verwaltung und die Unternehmen sowie eine Benachteiligung der Binnenwirtschaft bedeuten würde. Folglich beantragte die Kommission erfolgreich die Streichung der entsprechenden Ausdehnung durch den Nationalrat.

In der Gesamtabstimmung nahm der Ständerat den Entwurf – mit insgesamt 14 Differenzen zum Nationalrat – einstimmig (mit 35 zu 0 Stimmen) an und schrieb verschiedene ihm zugrunde liegende Vorstösse ab. Jedoch entschied er sich auf Antrag seiner Kommission, bei der Motion 16.3431 der WAK-SR auf eine Abschreibung zu verzichten, da man die Grundsatzfrage des Vorstosses, nämlich ob subventionierte Aufgaben der Mehrwertsteuer unterliegen sollen, noch nicht geklärt habe.

In der Sondersession im Mai 2022 behandelte der Nationalrat die neuste Mehrwertsteuerrevision, ein «Sammelsurium von Massnahmen» (Schneeberger), die grösstenteils auf eine Vereinfachung der Mehrwertsteuer abzielten. Daniela Schneeberger (fdp, BL) und Céline Amaudruz (svp, GE) stellten dem Rat die Vorlage im Namen der WAK-NR vor. Die Hauptpunkte der Revision waren in der Eintretensdebatte kaum umstritten, die Fraktionen zeigten sich aber dennoch wenig begeistert von der Revision: «Zu dieser Mehrwertsteuergesetzrevision haben Sie sich nicht mit grosser Begeisterung geäussert», merkte denn auch Finanzminister Maurer an. Er wies jedoch allfällige Kritik an der Vorlage gleich zu Beginn ans Parlament zurück: Der Bundesrat habe neben minimalen, unumstrittenen Vereinfachungen lediglich vom Parlament überwiesene Vorstösse umgesetzt.
Der Nationalrat schuf nur wenige vom bundesrätlichen Entwurf abweichende Regelungen: Unter anderem verlangte die Regierung aufgrund der Motionen Stöckli (sp, BE; Mo. 18.4194) und von Siebenthal (svp, BE; Mo. 18.4363), im Ausland bewirkte Leistungen der Reisebüros von der Mehrwertsteuer auszunehmen. Damit solle «die administrative Hürde für ausländische Reisebüros» gesenkt und der Schweizer Tourismus gefördert werden, erklärte Schneeberger. Die Kommissionsmehrheit beantragte jedoch erfolgreich die Ablehnung der neuen Regelung, um eine Benachteiligung der Schweizer Reisebüros zu verhindern. Eine Minderheit Aeschi (svp, ZG) hatte hier überdies die Leistungen von Wiederverkäufern im Tourismusbereich von der Mehrwertsteuer ausnehmen wollen, fand damit aber keine Mehrheit.
Auch bei den Bereichen, die von der Mehrwertsteuer ausgenommen werden sollen, setzte sich die Kommissionsmehrheit gegen den Bundesrat durch. Sie wollte neben den bereits betroffenen Gesundheitseinrichtungen und neu auszunehmenden Leistungen der koordinierten Versorgung (Motion Humbel: mitte, AG; Mo. 19.3892) auch Leistungen von Tageskliniken und Ambulatorien von der Mehrwertsteuer befreien. Zudem sollte auch das Anbieten von Anlagegruppen von Anlagestiftungen gemäss BVG zukünftig nicht mehr der Mehrwertsteuer unterliegen. Stillschweigend wurden beide Änderungen angenommen, erstere gegen einen Minderheitsantrag Birrer-Heimo (sp, LU).
Des Weiteren schlug die Kommissionsmehrheit vor, dass Steuerpflichtige mit steuerbaren Leistungen unter CHF 250'000 und ohne Wohn- und Geschäftssitz in der Schweiz ihre Leistungen zukünftig direkt mit der ESTV abrechnen können und nicht wie bisher eine Vertreterin oder einen Vertreter bestimmen müssen. Eine Minderheit Marti (sp, BL) sowie Bundesrat Maurer wollten den diesbezüglichen Status quo verteidigen: Diese Vertretenden dienten der Kommunikation mit den Steuerpflichtigen und seien nötig, weil amtliche Dokumente nur im Inland zugestellt werden dürfen. Allerdings folgte der Nationalrat seiner Kommissionsmehrheit.
Ansonsten wurden zwar zahlreiche Minderheitsanträge diskutiert, von denen blieb jedoch der Grossteil erfolglos. So schuf der Nationalrat zum Beispiel wie vom Bundesrat vorgeschlagen die Plattformbesteuerung der Versandhandelsplattformen, wie sie in der Motion Vonlanthen (damals noch cvp, FR; 18.3540) gefordert worden war. Da deren Zahl geringer sei als diejenige der Verkäuferinnen und Verkäufer, könnten die Lieferungen besser zugeordnet und identifiziert werden, erklärte Daniela Schneeberger für die Kommission. Diese Änderung stiess denn auch nicht auf Widerstand. Vier Minderheitsanträge Aeschi verlangten jedoch eine Präzisierung der Regelungen, um eine Ungleichbehandlung der verschiedenen Plattformen sowie der schweizerischen gegenüber den ausländischen Plattformen zu verhindern. Finanzminister Maurer empfahl diese Anträge zur Ablehnung, zumal die vom Bundesrat vorgeschlagene Regelung «sehr komplex» sei und bei Änderungen «vieles aus dem Lot» geraten könne. Die Minderheitsanträge wurden in der Folge verworfen. Ergänzend definierte der Nationalrat auf Antrag seiner Kommission den Begriff «elektronische Plattform».
Ein weiterer umstrittener Aspekt betraf die Besteuerung der Emissionsrechte. Gemäss Kommissionssprecherin Schneeberger hatte das Bundesgericht in einem Urteil entschieden, dass der Emissionshandel zu besteuern sei, um Missbrauch zu verhindern. Daher habe der Bundesrat eine «generelle Bezugsteuerpflicht [unter anderem] bei der Übertragung von Emissionsrechten» geschaffen. Diesem Vorschlag wollte die Kommissionsmehrheit folgen, während eine Minderheit Aeschi den Handel mit CO2-Emissionsrechten von der Mehrwertsteuer ausnehmen wollte: Die CO2-Zertifikate seien Lenkungsabgaben. Da mit diesen kein Mehrwert geschaffen werde, müssten sie auch nicht der Mehrwertsteuer unterstellt werden, argumentierte Thomas Burgherr (svp, AG), der zudem einen weiteren Minderheitsantrag zu dieser Frage stellte. Finanzminister Maurer wehrte sich gegen diese Einschätzung und erachtete den Kauf von Emissionszertifikaten als «klar definierte Leistung». Auch diese Minderheitsanträge fanden im Nationalrat keine Mehrheit.
Diskussionen gab es auch um die zukünftige Möglichkeit für ein Gemeinwesen, «von ihm ausgerichtete Mittel gegenüber dem Empfänger oder der Empfängerin ausdrücklich als Subvention oder anderen öffentlich-rechtlichen Beitrag» zu definieren – sofern die entsprechenden Rahmenbedingungen erfüllt sind. Dies hatte eine Motion der WAK-SR (Mo. 16.3431) gefordert. So stelle sich «immer die Frage, was eine Subvention» sei, betonte der Finanzminister. Dadurch, dass die Gemeinwesen dies zukünftig festlegen könnten, schaffe man in dieser Frage Klarheit. Dies bestritt jedoch eine Minderheit Aeschi, die bezweifelte, dass die ESTV später entsprechende Klassifizierungen akzeptieren werde. Wiederum folgte der Nationalrat der Kommissionsmehrheit.
Diskutiert wurde auch über die Frage, welche Güter zum reduzierten Satz besteuert werden sollen. Der Bundesrat hatte diesbezüglich eine Änderung bei den Artikeln der Monatshygiene beantragt, wie sie in der angenommenen Motion Maire (sp, NE; Mo. 18.4205) verlangt worden war. Eine Minderheit I Schneeberger wollte auf die Schaffung dieser zusätzlichen Ausnahme verzichten, während eine Minderheit II Gigon (gp, VD) sie um Windeln und Einlagen gegen Inkontinenz ergänzen wollte. Beide Anträge blieben erfolglos, der Nationalrat blieb beim bundesrätlichen Vorschlag. Erfolglos blieb überdies auch eine Minderheit Friedli (svp, SG) zur Unterstellung der Beherbergungsleistungen unter den reduzierten Satz anstelle des Sondersatzes.
Insgesamt war in der Beratung lediglich ein Minderheitsantrag erfolgreich, nämlich derjenige von Markus Ritter (mitte, SG) zur Beschränkung des Vorsteuerabzugs auf die vom Vorsteuerabzug berechtigten Tätigkeiten. Heute gebe es beim Erwerb von qualifizierten Beteiligungen einen Vorsteueranspruch «im Rahmen der zum Vorsteuerabzug berechtigten unternehmerischen Tätigkeiten». Auf zusätzlichen anderen Tätigkeiten sei jedoch kein solcher Abzug möglich. Durch einen Änderungsvorschlag der Kommissionsmehrheit entstünde jedoch neu auch auf Letzteren ein Vorsteueranspruch, was nicht gerechtfertigt sei. Mit 105 zu 77 Stimmen (bei 1 Enthaltung) folgte der Nationalrat Ritter in dieser sehr technischen Frage. Die SVP- und die FDP.Liberale-Fraktion hatten die Version der Kommissionsmehrheit bevorzugt.
Stillschweigend hiess die grosse Kammer unter anderem in Übereinstimmung mit einer weiteren Motion Page (Mo. 17.3657) die Ausnahme der für eine Teilnahme an kulturelle Anlässe verlangten Entgelte von der Mehrwertsteuer gut. Unbestritten war auch die Schaffung einer Mithaftung für Mitglieder der geschäftsführenden Organe bei Serien-Konkursen. Auch die jährliche Abrechnungsmöglichkeit für die Mehrwertsteuer stiess im Nationalrat nicht auf Widerstand.
In der Gesamtabstimmung hiess der Nationalrat diese thematisch breite Mehrwertsteuerrevision mit 129 zu 53 Stimmen (bei 1 Enthaltung) gut. Sowohl die ablehnenden Stimmen als auch die Enthaltung stammten von Mitgliedern der SVP-Fraktion. Zudem nahm der Nationalrat auch die Petitionen von Campax mit dem Titel «Bloody unfair - runter mit der Tampon-Steuer!» (Pet. 19.2017) und von der Jugendsession 2017 zur «Überarbeitung der Mehrwertsteuer zu Gunsten der AHV» (Pet. 18.2006) zur Kenntnis.