Der Ständerat erwies sich als bedeutend frauenfreundlicher und machte die Entschärfungsversuche des Nationalrates in weiten Teilen rückgängig. In der Eintretensdebatte wandte sich niemand gegen die Vorlage. Die Standesvertreter warnten allerdings vor übertriebenen Hoffnungen. Den Tenor der Diskussionen fasste der Basler SP-Ständerat Plattner zusammen, als er sagte, das Gesetz werde in jedem Fall weit hinter den Hoffnungen der Befürworter zurückbleiben - aber auch weit hinter den Befürchtungen der Gegner.
In der Detailberatung beschloss der Ständerat, wieder zu der vom Bundesrat vorgeschlagenen generellen und nicht abschliessenden Definition des Diskriminierungsverbotes zurückzukehren, um den Richtern die Möglichkeit zu geben, neu auftauchende Diskriminierungen in Zukunft ebenfalls zu erfassen. Als Mittelweg zwischen Bundes- und Nationalrat entschied er, dass die Frauen inskünftig von der Anstellung bis zur Auflösung des Arbeitsverhältnisses vor geschlechtsbedingter Benachteiligung geschützt werden sollen. Ein Antrag Coutau (lp, GE), gleich wie der Nationalrat die Anstellung vom Tatbestand der Diskriminierung auszunehmen, wurde mit der Begründung abgelehnt, dass damit das Gesetz zum Papiertiger verkomme, da es im Extremfall dadurch umgangen werden könnte, dass man einfach keine Frauen einstellt. Die Stellenausschreibung wurde hingegen vom Katalog ausgenommen, da es erwiesenermassen Aufgaben gebe, die geschlechtsspezifisch seien.
Eine Differenz zum Nationalrat schuf der Zweitrat auch bei der erleichterten Beweisführung in Zusammenhang mit Diskriminierungsklagen (Beweislastumkehr). Er dehnte den Grundsatz, wonach die Arbeitnehmerin die Diskriminierung nur glaubhaft zu machen hat, worauf es dann am Arbeitgeber ist, das Gegenteil zu beweisen, wieder auf alle Sachverhalte zwischen Anstellung und Auflösung des Arbeitsverhältnisses aus. Vorbehalten blieb nur die sexuelle Belästigung. In dieser Frage vertrat der Ständerat einhellig die Meinung, Klägerin und Angeklagter hätten hier einen ebenbürtigen Wissensstand, da anders als in den anderen Bereichen die Beweismittel nicht allein in der Hand des Arbeitgebers konzentriert seien. Um die Stellung der Frauen dennoch zu verbessern, verstärkte die kleine Kammer den Schutz vor sexueller Belästigung im Obligationenrecht (Art. 328 OR).
Unbestritten war, wie schon im Nationalrat, der Schutz vor Rachekündigungen sechs Monate über das gerichtliche Verfahren hinaus. Beim Verbandsklagerecht wurde ein Antrag Coutau (lp, GE), dieses nur unter der Bedingung der expliziten Zustimmung der betroffenen Personen zuzulassen, gleich wie im Erstrat deutlich abgelehnt. In der Gesamtabstimmung wurde die Vorlage schliesslich einstimmig angenommen.
Bundesgesetz über die Gleichstellung von Frau und Mann "Gleichstellungsgesetz"