Die Hauptkritik des GPK-Berichts betraf die Krisenorganisation. Zum einen wurde moniert, dass die SNB, EBK und der EFD-Vorsteher die Krisenvorbereitung zwischen Januar und April 2008 ohne Einbezug des restlichen Bundesrats vorangetrieben hatten. Zum anderen wurde kritisiert, dass der Bundesrat die Führung des Krisendossiers bis im Herbst 2008 allein – dem im Bericht hart kritisierten – Bundesrat Merz überlassen hatte und zu den Beratungen im Fall UBS bewusst kein Protokoll geführt worden war. Neben 18 Empfehlungen an die verschiedenen beteiligten Behörden formulierten die GPK zwei Postulate und fünf Motionen. Das eine Postulat fordert vom Bundesrat die Überprüfung der gesetzlich festgelegten Aufgaben, die den Revisionsfirmen bei den Grossbanken übertragen sind. Das andere verlangt eine Abklärung zu Art. 271 StGB (verbotene Handlung für einen fremden Staat) sowie zur Kompatibilität des schweizerischen Bankgeheimnisses mit den Vorgaben (Melde- und Steuerrückbehaltspflichten), welche die amerikanische Steuerbehörde IRS in den USA tätigen Finanzinstituten im Rahmen von sogenannten Qualified Intermediary Agreements (QIA) auferlegt. Beide Postulate wurden im September vom Ständerat überwiesen. Im Dezember folgte der Nationalrat mit zwei gleichlautenden Eingaben.

En fin d’année, la France a refusé de livrer à la Confédération une liste comprenant des données volées. La liste a été volée à une filiale genevoise de la banque HSBC et contient plus de 130 000 noms. Hans-Rudolf Merz a envisagé de bloquer la ratification de la CDI révisée avec la France. Il estimait que la France n’avait pas le droit d’utiliser ces données pour faire une demande d’entraide administrative à la Suisse.

En mars, suite au conflit fiscal qui opposait l’UE et la Suisse, le ministre allemand des finances, Peer Steinbrück, a tenu des propos agressifs envers la Suisse. L’ambassadeur allemand à Berne, Axel Berg, a été convoqué au palais fédéral. Le parlement a critiqué les paroles du ministre allemand mais également le comportement du Conseil fédéral. Le conflit s’est envenimé notamment lors de la comparaison faite par le député Thomas Müller (pdc, SG) avec la gestapo. La polémique s’est ainsi également propagée en Allemagne. Hans-Rudolf Merz a alors rappelé l’importance de l’entretien de bonnes relations avec l’Allemagne et la chancelière allemande, Angela Merkel, s’est distanciée des propos ayant déclenché la polémique. Par la suite, Micheline Calmy-Rey s’est rendue à Berlin afin de discuter du secret bancaire avec le ministre allemand des affaires étrangères, Frank-Walter Steinmeier. Ce dernier a félicité la Suisse pour sa volonté d’intégrer les standards de l’OCDE dans l’échange d’informations fiscales et a montré la volonté d’enterrer l’escalade qui a suivit les propos de son collègue ministre des finances. Au mois de mai, une délégation parlementaire est allée à Berlin rencontrer Peer Steinbrück. Suite à cette rencontre, la délégation a affirmé que le ministre allemand n’exigerait plus d’échange automatique d’informations en matière fiscale. Finalement, Hans-Rudolf Merz s’est rendu à Berlin afin de rencontrer le ministre allemand des finances et de confirmer la volonté d’assouplir le secret bancaire. Cette rencontre a mis fin aux tensions qui ont opposé l’Allemagne et la Suisse.