Im Rahmen der Debatte zum Voranschlag 2020 verabschiedete das Parlament auch die Nachträge II und IIa zum Voranschlag 2019. Ersteren hatte der Bundesrat im September 2019 vorgestellt: Der Nachtrag II umfasste 13 Kredite in der Höhe von CHF 93 Mio., was abzüglich interner Kompensationen (CHF 2.6 Mio.) und Wertberichtigungen (CHF 2 Mio.) effektive Mehrausgaben von CHF 88.4 Mio. mit sich brachte. Dies entsprach 0.12 Prozent der Ausgaben des Voranschlags 2019, was im langjährigen Durchschnitt lag (2012-2018: 0.15%). Der grösste Beitrag sei die Einlage für den Nationalstrassen- und Agglomerationsfonds (NAF; CHF 57 Mio.), welche durch eine Änderung der Verbuchungsmethode begründet sei: Die Erträge der Bewirtschaftung der Nationalstrassen sowie Drittmittel von Kantonen und Gemeinden würden neu via ASTRA in den NAF eingelegt; diese Einlage müsse entsprechend erhöht werden. Um verzögerte Projekte fertigzustellen, sollte auch der Kredit für den Betrieb, Ausbau und Unterhalt der Nationalstrassen im Rahmen des NAF um CHF 15 Mio. erhöht werden. Auch in der Sonderrechnung für die Bahninfrastruktur (BIF) sollte der Kredit für den Substanzerhalt der Bahninfrastruktur für die aktualisierte Planung der Infrastrukturbetreiber und Seilbahnen um CHF 232 Mio. erhöht werden, wobei ein Teil dieser Kosten im Voranschlagskredit 2020 für den Betrieb kompensiert würde (-CHF 88 Mio.). Für die termingerechte Fertigstellung der Arbeiten am Ceneri-Basistunnel im Rahmen der NEAT forderte der Bundesrat einen zusätzlichen Kredit in der Höhe von CHF 39 Mio. Schliesslich musste der Bund CHF 25 Mio. zusätzlich an die EL zur IV bezahlen, deren Kosten im Jahr 2019 um denselben Betrag höher ausgefallen waren als im Voranschlag budgetiert.
Im Oktober 2019 legte der Bundesrat zudem den Nachtrag IIa vor, der zur «Honorierung der gezogenen Solidarbürgschaften für die schweizerische Hochseeschifffahrt» nötig geworden sei, wie die Regierung erklärte. Darin fasste sie das neuste Problem bezüglich der Hochseeschifffahrtsbürgschaften, die Einstellung des Schiffsbetriebs der acht Hochseeschiffe umfassenden Massmariner SA, zusammen. Der Bund verbürge Massmariner-Schiffe noch mit CHF 129 Mio., diese Bürgschaften seien nun nach dem Entscheid zum Verkauf dieser Schiffe gezogen worden. Der Bund sei nun gegenüber der betroffenen Bank zur Zahlung der ausstehenden verbürgten Darlehenssumme bis Februar 2020 verpflichtet.
Letzterer Nachtrag führte in der Nationalratsdebatte in der Wintersession 2020 zu einigen Diskussionen. Zuvor hatte der Ständerat alle Nachträge diskussionslos und stillschweigend angenommen. Bereits in der Kommission sei diese Frage intensiv diskutiert worden, erklärte Alois Gmür (cvp, SZ) im Nationalrat; die Mehrheit sei jedoch zum Schluss gekommen, «dass das Parlament wohl keine Alternative hat, als diesen Nachtragskredit zu bewilligen». Ähnlich formulierten es seine Ratskolleginnen und -kollegen, Ursula Schneider Schüttel (sp, FR) sprach beispielsweise von einer «zähneknirschenden» Zustimmung. Pirmin Schwander (svp, SZ) hingegen stellte den Antrag, im Nachtrag II zum Voranschlag 2019 auf die Genehmigung der Zahlung zu verzichten. Der Bund und die betroffene Bank hätten die Begleichung der ausstehenden Darlehenssummen auf Februar 2020 festgelegt, der Bundesrat solle diese Frist nun neu aushandeln und dadurch der Oberaufsicht und dem Parlament die Möglichkeit geben, die Einsetzung einer PUK zu prüfen. Auch der SVP-Fraktion sei klar, dass man zahlen müsse, erklärte Schwander, man müsse nun aber Halt sagen und der weltweiten Hochseeschifffahrtsbranche ein Zeichen schicken, dass diese künftig die Preise nicht mehr so stark drücken könne. Bundesrat Maurer goutierte dieses Vorgehen keineswegs: «Sie können hier schon die starke Person spielen und sagen: «Wir bezahlen noch nicht!» Aber wir bezahlen ohnehin», betonte er und bat den Nationalrat, den Nachtrag zu bewilligen. Mit 103 zu 52 Stimmen (bei 40 Enthaltungen) folgte die grosse Kammer dieser Bitte. Die SVP sprach sich geschlossen gegen den Nachtrag aus, die SP und vereinzelte Nationalrätinnen und Nationalräte anderer Fraktionen enthielten sich ihrer Stimme.
Genauso wie diesen Nachtrag genehmigte der Nationalrat auch die übrigen, kleineren Ausgaben: unter anderem CHF 3.4 Mio. aufgrund der Erhöhung des Beitragssatzes der Schweiz für das UNO-Budget; CHF 1.7 Mio. für die Arbeitslosenversicherung, da der Bund 2018 einen zu tiefen Beitrag geleistet hatte; CHF 1 Mio. für das IT-Programm Genova, die durch eine Verzögerung von sechs Monaten aufgrund von Stabilitätsmängeln der Software nötig geworden waren; CHF 430'000 aufgrund von Änderungen am Beitragsschlüssel der OECD; CHF 350'000 für die Bundesanwaltschaft, die durch die Untersuchungen im Disziplinarverfahren betreffend Bundesanwalt Michael Lauber nötig geworden waren; sowie CHF 300’000 für die Zollverwaltung aufgrund der Erhöhung des Frontex-Budgets.

Im August 2018 legte der Bundesrat dem Parlament das am 7. Juni 2017 unterzeichnete multilaterale Übereinkommen zur Umsetzung steuerabkommensbezogener Massnahmen zur Verhinderung der Gewinnverkürzung und Gewinnverlagerung zur Genehmigung vor. Hintergrund des Übereinkommens ist der Wunsch nach Bekämpfung der ungerechtfertigten Steuervermeidungen multinationaler Unternehmen. Im Rahmen dieser Arbeiten durch die OECD – dem sogenannten BEPS-Projekt («Base Erosion and Profit Shifting») – wurden Vorschläge für Anpassungen der Doppelbesteuerungsabkommen (DBA) ausgearbeitet, was wiederum Arbeiten an einem multilateralen Instrument zur effizienteren Änderung bilateraler Doppelbesteuerungsabkommen nach sich zog. Im November 2016 legte eine Ad-Hoc-Gruppe bestehend aus über 100 Staaten, darunter auch die Schweiz, das entsprechende multilaterale Abkommen vor. Damit sollen insbesondere Mindeststandards gegen Abkommensmissbrauch und für die Streitbeilegung eingeführt werden. Diese entsprächen gemäss der Botschaft des Bundesrates bereits der Praxis der Schweiz. Zukünftig würde deren Einhaltung zusätzlich durch vom «Forum on Harmful Tax Practices» (FHTP) durchgeführte Peer-Reviews überprüft. Bezüglich der übrigen Bestimmungen des Übereinkommens können Vorbehalte vorgebracht werden, wovon die Schweiz auch Gebrauch machte.

Im Ständerat, der die Genehmigung des Übereinkommens in der Wintersession 2018 behandelte, stiess die Vorlage auf deutlich weniger Widerstand als die erste multilaterale Vereinbarung im Rahmen des BEPS. Kommissionssprecher Bischof (cvp, SO) verwies nochmals auf die Vorbehalte, welche die Schweiz angebracht hatte. Als Kern der Vorlage machte er die zukünftige Berechtigung des Bundesrates aus, genehmigte Abkommen auf zusätzliche Staaten auszudehnen. Eine Änderung der Vorbehalte bedürfte jedoch eines ordentlichen Staatsvertragsverfahrens, betonte er. Auch Finanzminister Maurer lobte den Nutzen der Vorlage: Das Übereinkommen betreffe 14 Doppelbesteuerungsabkommen der Schweiz, die dadurch auf den neusten Stand gebracht würden – ohne dass jedoch neue Standards geschaffen würden. Mit 33 zu 1 Stimmen bei 3 Enthaltungen genehmigte der Ständerat das Übereinkommen.

Lors de la session de printemps 2017, la chambre des cantons a étudié l’Accord multilatéral entre autorités compétentes portant sur l’échange des déclarations pays par pays («Country-by-Country-Reporting»). Le Conseil des Etats s’est donc penché sur l’approbation et la mise en œuvre de la loi fédérale sur l’échange international automatique des déclarations pays par pays des groupes d’entreprises multinationales (LEDPP). Cette nouvelle législation, fruit du projet BEPS de l’OCDE et de discussions au sein du G20, concerne environ 200 multinationales basées en Suisse. En filigrane de cet accord, un objectif régit les mesures du projet: une hausse de la transparence. Ainsi, les entreprises multinationales concernées devront, dorénavant, remplir une déclaration «pays par pays» qui fournira les informations nécessaires afin d’éviter une imposition uniquement dans des pays fiscalement concurrentiels.
Dans l’ensemble, le Conseil des Etats a accepté le projet par 40 voix contre une. Ueli Maurer, ministre des finances, a défendu le projet face aux doutes émis au sein de la droite de l’hémicycle. En effet, certains sénateurs de droite ont parlé de dérive bureaucratique dictée par la pression internationale. Du côté de la gauche, deux revendications supplémentaires ont été rejetées. Tout d’abord, il s’agissait de la volonté d’imposer la transmission d’un fichier principal et d’un fichier local, repoussée par 28 voix contre huit, et ensuite, le souhait d’imposer au gouvernement une coopération avec tous les Etats engagés, rejeté par 30 voix contre 13. Finalement, la chambre des cantons a revu à la baisse le régime des sanctions induit par des indications inexactes ou incomplètes. Il a supprimé l’amende de 100'000 francs.
Lors de la session d’été, au sein de la chambre du peuple, seul l’UDC s’est opposé à l’accord. La Commission de l’économie et des redevances du Conseil national (CER-CN) a insisté sur le manque de marge de manœuvre et les répercussions négatives d’un rejet du projet avec notamment l’épée de Damoclès de la liste noire pour les entreprises helvétiques. Au final, les parlementaires du Conseil national ont assoupli certaines mesures comme la définition d’un groupe et d’une société mère, ont prolongé le délai pour s’annoncer à 90 jours et réduit les sanctions prévues. Ainsi, la chambre du peuple a non seulement suivi sa consœur en supprimant l’amende de 100'000 pour indications inexactes ou incomplètes, mais a aussi réduit l’amende a 100'000 francs au lieu de 250'000 francs en cas de comportement intentionnel et a fixé un plafond maximal de 50'000 francs en cas de dépôt tardif.
Lors du vote final le 16 juin 2017, le Conseil national a validé le projet d'arrêté fédéral par 129 voix contre 64 et trois abstentions, et la LEDPP à l'unanimité par 196 voix, alors que le Conseil des Etats a donné son approbation à l'arrêté fédéral par 37 voix contre cinq et une abstention, et à la LEDPP à l'unanimité par 43 voix et une abstention.

Mittels Postulat forderte Giovanni Merlini (fdp, TI) den Bundesrat auf, einen Bericht zu erarbeiten, der die gegenwärtigen Beziehungen zwischen EU und OECD auf der einen Seite und der Schweiz auf der anderen Seite hinsichtlich der Besteuerung natürlicher und juristischer Personen darlegt. Besonders zu beachten sei die «aggressive Steuerpolitik» einzelner EU- und OECD-Länder sowie die von der Europäischen Kommission beabsichtigte Erstellung einer schwarzen Liste mit Steueroasen. Der Postulant kritisierte die in der Vergangenheit von EU und OECD eingenommene «feindselige Haltung» gegenüber der schweizerischen Steuerpolitik, welche vor allem durch die inkohärente Anwendung der Beurteilungskriterien bei der Erstellung von Länderlisten spürbar geworden sei. Er bemängelte unter anderem die Bevorzugung von EU-Mitgliedsstaaten respektive die strengere Behandlung von Drittstaaten sowie die fehlende Berücksichtigung sogenannter Tax Rulings.
In seiner Antwort vom Mai 2017 verwies der Bundesrat darauf, dass die Schweiz die Kriterien des Steuerscreenings für verantwortungsvolles Handeln im Steuerbereich bereits mehrheitlich erfülle und sie daher nicht auf der schwarzen Liste der EU geführt werden würde. EU-Mitgliedstaaten seien von diesem Screening ausgenommen, da sie zur Einhaltung EU-interner Regelungen verpflichtet seien und auch von mit der OECD verbundenen Gremien überprüft werden würden.

Bei der Behandlung im Nationalrat im März 2018 hob der zuständige Bundesrat Ueli Maurer zudem hervor, dass mit der Steuervorlage 17 das Schweizer Steuerregime für den internationalen Steuerwettbewerb angepasst werde und viele Bedenken des Postulanten bereits aufgenommen worden seien. Der durch das Postulat geforderte Bericht enthielte zudem Informationen, die öffentlich verfügbar seien und sich monatlich verändern könnten, und wäre also bei seiner Publikation bereits veraltet. Somit sei das Postulat nicht zielführend. Dementsprechend empfahl der Bundesrat die Ablehnung des Postulats. Der Nationalrat folgte diesem Antrag jedoch nicht und überwies das Postulat mit 168 zu 21 Stimmen (bei 0 Enthaltungen).

Als Reaktion auf die eher kritisch ausgefallenen Voten im Vernehmlassungsverfahren hatte der Bundesrat das Vorhaben, bei der Verrechnungssteuer vom Schuldner- auf das Zahlstellenprinzip überzugehen, aus der Vorlage gekippt. Nun ging es beim Bundesgesetz über die Verrechnungssteuer lediglich noch darum, die Ende 2016 auslaufende Befreiung gewisser Finanzierungsinstrumente (Coco-Bonds, Write-Off-Bonds) von der Verrechnungssteuer bis Ende 2021 zu verlängern und überdies einem weiteren Instrument, sogenannten Bail-In-Bonds, die entsprechende Ausnahmebehandlung zukommen zu lassen. All diese Finanzierungsinstrumente stellen Fremdkapitalposten dar, die bei drohender Insolvenz einer Unternehmung automatisch in Eigenkapital umgewandelt werden und damit ihren Untergang verhindern sollen. Die Befreiung der Instrumente von der Verrechnungssteuer sollte dafür sorgen, dass die Ausgabe solcher Papiere in der Schweiz steuertechnisch gegenüber der Ausgabe im Ausland nicht benachteiligt wird und es sollten damit Anreize zu einer vermehrten Ausgabe im Inland geschaffen werden – denn nur im Inland und nach hiesigem Recht ausgegebene Anleihen können ihre Funktion als zusätzliches Sicherheitspolster in einer Krise voll wahrnehmen.
Die Vorlage gelangte im Winter 2015 in den Nationalrat und wurde dort einstimmig gutgeheissen. Der Ständerat hingegen, der das Bundesgesetz über die Verrechnungssteuer in der darauffolgenden Frühlingssession behandelte, schuf auf Antrag einer Mehrheit der WAK-SR eine geringfügige Differenz zu Bundesrat und grosser Kammer, indem er die Ausgabe solcher Anleihen nicht nur auf „Konzernobergesellschaften" beschränken, sondern auch „Konzerngesellschaften" ermöglichen wollte. Bundesrat Maurer hielt in der ständerätlichen Debatte fest, dass die von der Kommission vorgeschlagene Differenz praktisch irrelevant sei, da die Ausgabe solcher Anleihen in jedem Falle eine Genehmigung durch die Finma erfordere und diese ihre Praxis, die Ausgabe nur Konzernobergesellschaften (Holding-Strukturen) zu bewilligen, bis zum Ablauf der zur Debatte stehenden Frist mit grosser Wahrscheinlichkeit nicht ändern werde. Die kleine Kammer stimmte dem Vorschlag ihrer Kommissionsmehrheit trotzdem, gegen den Willen von SP und Grünen, mit 31 zu 13 Stimmen zu.
Damit gelangte die Vorlage noch einmal zurück in den Nationalrat, wo sich eine Minderheit Birrer-Heimo (sp, LU) dafür stark machte, an der ursprünglichen Fassung von National- und Bundesrat festzuhalten. Dafür spreche zum einen, dass nur die Ausgabe auf Holding-Stufe die gewünschte Sicherungsfunktion gewährleisten könne; zum anderen entspreche ebendiese Praxis dem international gängigen Standard. Eine satte Mehrheit der Nationalrätinnen und Nationalräte hatten für diese Argumente jedoch kein Gehör und sprach sich mit 124 zu 49 Stimmen für die Variante des Ständerats aus.
In der Schlussabstimmung votierten schliesslich beide Kammern einstimmig für die Vorlage.

Noch im April 2016 hatte sich die WAK-NR dafür ausgesprochen, sämtliche Arten der Stempelsteuern abzuschaffen. Neben der Emissionsabgabe auf Eigenkapital, deren Abschaffung im Rahmen der Unternehmenssteuerreform III behandelt wird, hätten nach dem Willen der WAK auch die Umsatz- und die Versicherungsabgabe hinfällig werden sollen. Zu diesem Zweck hatte die Kommission einem entsprechenden Vorentwurf mit 14 zu 5 Stimmen deutlich zugestimmt. Die Mehrheit der Kommissionsmitglieder hatte sich überzeugt gezeigt, dass die Abschaffung dieser Steuern notwendig sei, um die Wettbewerbsfähigkeit des schweizerischen Finanzplatzes aufrechterhalten zu können, und war dafür auch bereit gewesen, Steuerausfälle zu Lasten des Bundes in der Höhe von gut CHF 2 Mrd. hinzunehmen. An diesem Votum hatten auch finanzpolitische Bedenken des Bundesrates Maurer, der die geplante Abschaffung dieser Steuern als „nicht finanzierbar" bezeichnet hatte, nicht rütteln können. Die Kommission war auf die bundesrätlichen Einwände nur insofern eingegangen, als dass sie keinen festen Zeitpunkt für die Abschaffung der betreffenden Steuern festlegen wollte, sondern diese Aufgabe der Landesregierung überlassen hatte.
Angesichts einer erwarteten Volksabstimmung zur Unternehmenssteuerreform III, erwirkt durch ein Referendum von linker Seite, revidierte die WAK-NR ihren Entschluss bezüglich Stempelsteuern gut zwei Monate später bereits wieder. Zwar hielt die Kommission an ihrer grundsätzlichen Stossrichtung, sämtliche Stempelsteuern abschaffen zu wollen, fest. Allerdings beschloss sie, die Vorlage zu sistieren und damit vorerst in die Schublade zu stecken. Das Motiv für diesen Gesinnungswandel dürfte in der Absicht zu finden sein, der Linken mit einer für den Bund soviel teureren Vorlage keinerlei Munition für den bevorstehenden Abstimmungswahlkampf zur Unternehmenssteuerreform III zu liefern – obwohl die beiden Vorlagen an sich nicht miteinander verknüpft waren. DIe WAK-NR dürfte die Diskussion rund um das Thema Stempelsteuern frühestens im Frühjahr 2017 wieder aufnehmen.