Le Conseil fédéral a présenté le Rapport Europe 2006 durant l’année sous revue. Il s’agissait, sept ans après, du premier rapport à faire suite à celui sur l’intégration de 1999. Les deux chambres ont pris acte du Rapport Europe 2006 en fin d’année, les députés soulignant d’ailleurs la grande qualité de celui-ci. Les débats ont toutefois clairement révélé les positions respectives des partis relativement aux enjeux liés à la politique européenne de la Suisse.
Au Conseil des Etats, le rapporteur de la commission Philipp Stähelin (pdc, TG) a indiqué que celle-ci souhaitait donner un cadre institutionnel aux accords bilatéraux avec l’UE sous la forme d’un accord-cadre. Les représentants des partis bourgeois se sont félicités de la nouvelle orientation adoptée par le Conseil fédéral, qui préconise que l’adhésion à l’UE n’est plus son objectif stratégique, mais désormais seulement une option stratégique parmi d’autres. Il ont salué là un retour à la réalité et au pragmatisme helvétique. En effet, selon eux, la Suisse n’a pas voix au chapitre dans l’élaboration de la législation européenne et il deviendra de plus en plus difficile de conclure des accords bilatéraux, étant donné que ceux-ci devront désormais être ratifiés par un nombre bien plus important d’Etats. Afin d’en tirer les conséquences sur le système fédéral et la démocratie, et d’éviter que la Suisse soit dépassée par l’évolution rapide du droit communautaire, ils ont demandé au Conseil fédéral de présenter un rapport sur le fédéralisme. Le Rapport Europe 2006 a également soulevé quelques critiques, de la gauche notamment. Il a en effet été reproché que le message politique du rapport était très vague et peu pertinent, et que l’appréciation politique faisait défaut, alors même qu’il appartenait au Conseil fédéral de formuler aussi des objectifs pour la politique européenne. Prenant position dans le cadre de ces réactions, la conseillère fédérale Micheline Calmy-Rey a estimé que la Suisse pouvait aujourd’hui atteindre largement ses objectifs par l’application et le développement de l’ensemble des accords bilatéraux, tout en admettant que la situation pouvait évoluer à tout moment si les conditions venaient à changer.
Au Conseil national, le démocrate du centre Christoph Mörgeli (ZH) a salué le fait que le Conseil fédéral ait décidé de reléguer l’adhésion à l’UE au rang d’option à long terme. Il a toutefois précisé que le groupe UDC aurait préféré voir le gouvernement retirer la demande d’adhésion déposée en 1992. Le socialiste Mario Fehr (ZH) a, pour sa part, remis en cause la pertinence de la voie bilatérale à moyen terme, arguant que la Suisse ne pouvait pas se soustraire aux règles élaborées et adoptées au sein de l’UE, et que l’adaptation autonome à la législation européenne sapait à la fois la démocratie directe et la souveraineté helvétique. Il a ajouté qu’avec maintenant 25 pays et bientôt 27, la voie bilatérale se compliquerait de plus en plus. Le PDC, par la voix de la conseillère nationale Kathy Riklin (ZH), a lui aussi insisté sur les limites du bilatéralisme, soulignant que les accords bilatéraux, statiques par nature, étaient remis en question à chaque votation populaire. Les radicaux ont salué de leur côté la relégation de l’objectif stratégique de l’adhésion au rang de simple option, estimant que cette mesure s’imposait depuis longtemps. Les Verts, par la voix de Francine John-Calame (NE), ont déploré l’absence d’objectifs pour l’avenir, surtout en ce qui concerne la faisabilité et l’efficacité de futures négociations bilatérales avec 27 Etats. Ils ont ensuite appelé de leurs vœux une adhésion à l’UE « dans un délai raisonnable ». Face à ces critiques, les conseillères fédérales Micheline Calmy-Rey et Doris Leuthard ont mis en exergue la nouvelle approche adoptée par le gouvernement en matière de politique européenne. Elles ont précisé que la question idéologique de l’adhésion à l’UE avait volontairement été laissée de côté au profit de la défense optimale des intérêts de la Suisse, et notamment de la souveraineté fiscale des cantons. Les deux conseillères fédérales ont précisé que la Suisse poursuivrait sur la voie bilatérale aussi longtemps que les conditions-cadre économiques lui seraient favorables et que l’UE serait disposée à conclure avec elle des accords sectoriels.