Als Reaktion auf die eher kritisch ausgefallenen Voten im Vernehmlassungsverfahren hatte der Bundesrat das Vorhaben, bei der Verrechnungssteuer vom Schuldner- auf das Zahlstellenprinzip überzugehen, aus der Vorlage gekippt. Nun ging es beim Bundesgesetz über die Verrechnungssteuer lediglich noch darum, die Ende 2016 auslaufende Befreiung gewisser Finanzierungsinstrumente (Coco-Bonds, Write-Off-Bonds) von der Verrechnungssteuer bis Ende 2021 zu verlängern und überdies einem weiteren Instrument, sogenannten Bail-In-Bonds, die entsprechende Ausnahmebehandlung zukommen zu lassen. All diese Finanzierungsinstrumente stellen Fremdkapitalposten dar, die bei drohender Insolvenz einer Unternehmung automatisch in Eigenkapital umgewandelt werden und damit ihren Untergang verhindern sollen. Die Befreiung der Instrumente von der Verrechnungssteuer sollte dafür sorgen, dass die Ausgabe solcher Papiere in der Schweiz steuertechnisch gegenüber der Ausgabe im Ausland nicht benachteiligt wird und es sollten damit Anreize zu einer vermehrten Ausgabe im Inland geschaffen werden – denn nur im Inland und nach hiesigem Recht ausgegebene Anleihen können ihre Funktion als zusätzliches Sicherheitspolster in einer Krise voll wahrnehmen.
Die Vorlage gelangte im Winter 2015 in den Nationalrat und wurde dort einstimmig gutgeheissen. Der Ständerat hingegen, der das Bundesgesetz über die Verrechnungssteuer in der darauffolgenden Frühlingssession behandelte, schuf auf Antrag einer Mehrheit der WAK-SR eine geringfügige Differenz zu Bundesrat und grosser Kammer, indem er die Ausgabe solcher Anleihen nicht nur auf „Konzernobergesellschaften" beschränken, sondern auch „Konzerngesellschaften" ermöglichen wollte. Bundesrat Maurer hielt in der ständerätlichen Debatte fest, dass die von der Kommission vorgeschlagene Differenz praktisch irrelevant sei, da die Ausgabe solcher Anleihen in jedem Falle eine Genehmigung durch die Finma erfordere und diese ihre Praxis, die Ausgabe nur Konzernobergesellschaften (Holding-Strukturen) zu bewilligen, bis zum Ablauf der zur Debatte stehenden Frist mit grosser Wahrscheinlichkeit nicht ändern werde. Die kleine Kammer stimmte dem Vorschlag ihrer Kommissionsmehrheit trotzdem, gegen den Willen von SP und Grünen, mit 31 zu 13 Stimmen zu.
Damit gelangte die Vorlage noch einmal zurück in den Nationalrat, wo sich eine Minderheit Birrer-Heimo (sp, LU) dafür stark machte, an der ursprünglichen Fassung von National- und Bundesrat festzuhalten. Dafür spreche zum einen, dass nur die Ausgabe auf Holding-Stufe die gewünschte Sicherungsfunktion gewährleisten könne; zum anderen entspreche ebendiese Praxis dem international gängigen Standard. Eine satte Mehrheit der Nationalrätinnen und Nationalräte hatten für diese Argumente jedoch kein Gehör und sprach sich mit 124 zu 49 Stimmen für die Variante des Ständerats aus.
In der Schlussabstimmung votierten schliesslich beide Kammern einstimmig für die Vorlage.

Indem die EU ihren Mitgliedstaaten ein Jahr mehr Zeit einräumte, die Vorgaben bezüglich Anlegerschutz zu erreichen, verringerte sie den Druck auf die Schweiz, ihrerseits den Anlegerschutz rasch zu verbessern. Einige Mitglieder der WAK-SR, die die bundesrätlichen Vorschläge im Finanzdienstleistungsgesetz (FIDLEG) als schädlich für die Branche ansahen, liebäugelten gar damit, das Geschäft an die Regierung zurückzuweisen. Schliesslich entschied sich die Kommission dafür, auf die Vorlage einzutreten, diese aber aufgrund zahlreicher Änderungsanträge ans Finanzdepartement (EFD) "zurückzuweisen". Dieses Vorgehen sorgte für Kritik von linker Seite, da nur die Möglichkeit einer Rückweisung an den Gesamtbundesrat, jedoch nicht an ein einzelnes Departement vorgesehen ist. Aus der Rückweisung ans Finanzdepartement resultierte schliesslich ein Dokument mit von Banken formulierten 55 Änderungsvorschlägen, das Bundesrat Maurer der WAK-SR unterbreitete. Weil darin nur Forderungen aufgenommen waren, die die Streichung oder Abschwächung diverser Massnahmen enthielten und damit für einen schwächeren Anlegerschutz lobbyiert wurde, wurde auch dieses Prozedere scharf kritisiert. Am deutlichsten gegen das Vorgehen sprach sich dabei die Präsidentin der Stiftung für Konsumentenschutz, Priska Birrer-Heimo (sp, LU), aus.