Nur in wenigen Ländern Europas wird bei Volkszählungen die Frage nach der Religionszugehörigkeit gestellt. Das Bundesamt für Statistik hält aber weiter daran fest, weil sie ein wichtiger Indikator für Einstellungen, Werte und das Verständnis des sozialen Wandels sei. Die definitiven Zahlen der Volkszählung 2000 zeichneten denn auch das Bild einer rasch sich verändernden Gesellschaft. Zwischen 1990 und 2000 verloren die beiden grossen Landeskirchen 363'000 Mitglieder. Noch knapp 42 Prozent der Schweizer Wohnbevölkerung bezeichneten sich als römisch-katholisch (1990: 46.2%), 33 Prozent (38.5%) als evangelisch-reformiert. Die Freikirchen und übrigen protestantischen Gemeinschaften blieben mit einem Anteil von 2.2 Prozent stabil, ebenso die Angehörigen der jüdischen Glaubensgemeinschaft und der Christkatholiken (je 0.2%). 11 Prozent gaben an, zu keiner Konfession zu gehören. 1990 waren es erst 7.4 Prozent und 1970 lediglich 1.1 Prozent gewesen. Der Anteil der Konfessionslosen ist besonders hoch bei den 30- bis 50-Jährigen, und er ist bei Männern höher als bei Frauen. In städtischen Gebieten gibt es doppelt so viele Konfessionslose wie auf dem Land, und in der Westschweiz ist deren Anteil wesentlich höher als in der Deutschschweiz und im Tessin (GE: 23%; NE: 22%). Gemäss BFS zieht sich ein Bogen der starken Säkularisierung von Genf hinauf über die Waadt, Neuenburg, die Region Solothurn-Basel, den Aargau, die Stadt Zürich nach Schaffhausen.
Seit der Volkszählung von 1990 hat sich in Folge der Zuwanderung vor allem aus den Gebieten des ehemaligen Jugoslawiens der Anteil neuer Religionsgruppen auf 7 Prozent verdoppelt. Besonders zugelegt hat der Anteil von Angehörigen islamischer Glaubengemeinschaften (rund 4.3%). Ebenfalls steigend, wenn auch auf niedrigerem Niveau, ist der Anteil von Mitgliedern christlich-orthodoxer Kirchen (1.8%), von Hindus (0.4%), Buddhisten (0.3%) und Anhängern synkretistischer Glaubengemeinschaften. Die neuen Religionsgruppen konzentrieren sich in der Nordwestschweiz, im Grossraum Zürich und in der Ostschweiz. Im Kanton St. Gallen beträgt ihr Anteil 9.8 Prozent, im Thurgau 8.5 Prozent. Aufgrund dieser Entwicklung sowie der geographischen Mobilität und der Zunahme von Mischehen hätten sich die religiösen Grenzen in der Schweiz aufgelöst, stellte das BFS fest. In einem breiten, mehrheitlich städtischen Gürtel, der vom Genfersee entlang der Jurakette bis zum Bodensee und ins St. Galler Rheintal reicht, gebe es keine deutlich dominierenden Kirchen mehr.
Religiöse und konfessionelle Auswertung der Volkszählung 2000