Der Ständerat als Erstrat hielt sich – gegen einen Antrag Inderkum (cvp, UR) – an die Empfehlungen seiner Kommission und strich nach kurzer Diskussion den Artikel mit 20 zu 17 Stimmen. Haupttenor war, die Manifestationen religiösen Lebens seien Teil der Gewissensfreiheit, eine Bedrohung des konfessionellen Friedens sei in weite Ferne gerückt und der «Bistumsartikel» lediglich ein Überbleibsel aus dem «Kulturkampf» im 19. Jahrhundert. Bundesrat Koller anerkannte zwar, dass der Artikel unter grund- und völkerrechtlichen Aspekten problematisch sei, plädierte aber vergebens dafür, die Angelegenheit erst in einer nachfolgenden Partialrevision zu lösen, da es politisch nicht klug wäre, eine bestehende und emotional nicht zu unterschätzende Verfassungsbestimmung im Rahmen der Nachführung einfach zu streichen. Im Nationalrat fand Koller dann mehr Gehör. Mit dem relativ deutlichen Mehr von 88 zu 68 Stimmen wurde der «Bistumsartikel» beibehalten, obgleich auch hier mehrfach betont wurde, diese Diskriminierung einer einzelnen Konfession sei wahrlich kein Ruhmesblatt für die neue Verfassung. Die von Koller ins Feld geführten staatspolitischen Bedenken führten schliesslich auch im Ständerat zum Umdenken. Die Entscheidung fiel allerdings nur mit Stichentscheid des Präsidenten. Bei diesen Diskussionen war allerdings klar geworden, dass niemand mehr ernsthaft an diesen einschränkenden Bestimmungen festhalten will, weshalb die Frage baldmöglichst mit einer Teilrevision gelöst werden soll. In Ausführung der von ihr 1995 angenommenen parlamentarische Initiative beauftragte die staatspolitische Kommission des Ständerates den Bundesrat mit einer Vernehmlassung zu dieser Problematik.

Während die Anrufung Gottes in der Präambel der revidierten Bundesverfassung im Ständerat oppositionslos genehmigt wurde, führte dies im Nationalrat zu einem ersten Schlagabtausch zwischen den politischen Lagern. Im Namen einer Kommissionsminderheit stellte Gross (sp, ZH) den Antrag, die Gottesanrufung sei zu streichen. Er machte geltend, diese sei zu einer Floskel geworden und vermöge einer modernen Verfassung nicht mehr zu genügen. Gross schlug vor, im ersten Satz lediglich die von der Verfassungskommission zusätzlich vorgeschlagene (und vom Rat auch eingefügte) «Verantwortung gegenüber der Schöpfung» zu erwähnen. Seine Argumentation stiess auf massiven Widerspruch. Fritschi (ZH) warnte namens der FDP-Fraktion davor, ausgerechnet das traditionellste aller traditionellen Elemente aus der Verfassung zu kippen. Er meinte, das wäre ein kontraproduktives Vorgehen, welches in der Volksabstimmung zur sicheren Ablehnung der ganzen Verfassungsreform führen würde. Föhn (SZ) verwies für die SVP darauf, dass die Schweiz ein Teil des christlichen Abendlandes sei und eine Anrufung Gottes deshalb nie eine Floskel sein könne. Als Vertreter der CVP warnte Durrer (OW) davor, mit der christlichen Tradition zu brechen und eine neue Wertordnung zu schaffen. Unterstützung fanden die Gegner des Antrags bei Bundesrat Koller. Mit der Anrufung Gottes werde eine alte Tradition fortgesetzt, die in der Vernehmlassung auf ein überaus positives Echo gestossen sei. Die Verankerung von «Gott dem Allmächtigen» sollte laut Koller klarmachen, dass eine höhere Macht über Mensch und Staat steht. Nachdem mehrere Eventualanträge, die zumindest eine Lockerung der Formulierung verlangten, keine Mehrheit gefunden hatten, wurde der Antrag Gross mit 105 zu 53 Stimmen klar abgelehnt.

Einen weiteren «alten Zopf» aus dem Kulturkampf wollte der Bundesrat im Sinn der Nachführung auch in Artikel 143 beibehalten, der die Wählbarkeitsvoraussetzungen für den Nationalrat, den Bundesrat und das Bundesgericht definiert. Nach Auffassung des Bundesrates sollten dafür nur Stimmberechtigte «weltlichen Standes» in Frage kommen, also weiterhin keine amtierenden Priester und Pfarrer sowie keine Angehörigen klösterlicher Gemeinschaften. In beiden Kammern beantragten die Kommissionen einstimmig, dass alle Stimmberechtigten in diese Gremien gewählt werden können; ihrer Ansicht nach handelte es sich hier um eine unbestrittene Änderung, da damit die Diskriminierung der Geistlichen aller grösserer Religionen aufgehoben wird. Im Nationalrat wies Bundesrat Koller darauf hin, dass diese Streichung über die eigentliche Nachführung hinausgeht, widersetzte sich ihr aber nicht, zumal damit ein Rechtszustand hergestellt wird, der auch in Übereinstimmung mit Art. 25 des Internationalen Paktes über bürgerliche und politische Rechte ist, der ganz klar einen diskriminierungsfreien Zugang zu öffentlichen Ämtern gewährleistet. Beide Kammern stimmten der Streichung stillschweigend zu.

Gegen den Vorschlag des Bundesrates hatten die Verfassungskommissionen beider Räte im Vorjahr beschlossen, den gesamten Art. 72, der das Verhältnis von Kirche und Staat regelt, aus der nachgeführten Bundesverfassung zu kippen. Stein des Anstosses war vor allem Abs. 3 des Artikels, der sogenannte «Bistumsartikel», der die Errichtung neuer oder die Gebietsveränderung bestehender Bistümer der Genehmigung des Bundes unterstellt. Die Kommissionen nahmen damit das Anliegen einer parlamentarischen Initiative von alt Ständerat Huber (cvp, AG) auf, welcher die kleine Kammer 1995 Folge gegeben hatte. Die Gegner einer Streichung – darunter der Evangelische Kirchenbund und die Römisch-katholische Zentralkonferenz der Schweiz machten geltend, gerade die jüngste Vergangenheit mit den Ereignissen im Bistum Chur habe die Bedeutung dieses Artikels gezeigt. Entfalle die Kontrolle durch den Bund, sei der Vatikan frei in der Errichtung der Bistümer, womit möglicherweise auch die Konkordate der Diözesen Basel und St. Gallen gefährdet seien, welche das ortskirchliche Bischofswahlrecht garantieren.

Im Rahmen der Totalrevision der Bundesverfassung entbrannte die Kontroverse um den sogenannten Bistumsartikel (Art. 50 Abs. 4 BV) erneut, welcher die Errichtung von katholischen Bistümern auf schweizerischem Gebiet der Genehmigung des Bundes unterstellt. Der Entwurf des EJPD sah vor, diese explizite Schranke der Glaubens- und Gewissensfreiheit im Interesse des konfessionellen Friedens weiterhin aufrecht zu erhalten. Gegen diese als Diskriminierung empfundene Bestimmung wehrten sich, angeführt von der Schweizerischen Bischofskonferenz, viele Katholiken, aber auch namhafte Staatsrechtler sowie der Ständerat, der im Vorjahr knapp einer parlamentarischen Initiative auf Abschaffung von Art. 50 Abs. 4 BV zugestimmt hatte. Die Forderung nach völliger Organisationsfreiheit rief aber auch wieder Opposition auf den Plan, nicht nur in protestantischen Kreisen, sondern auch bei katholischen Organisationen (so etwa bei der Römisch-Katholischen Zentralkonferenz), die befürchteten, mit der Streichung des Bistumsartikels in der Bundesverfassung gebe man ein Stück demokratischer Mitsprachemöglichkeit bei der Besetzung der Bistümer aus der Hand, weil damit die implizierte Garantie der religionsrechtlichen Kompetenz der Kantone und indirekt auch der Konkordate einzelner Kantone mit dem Apostolischen Stuhl dahinfallen würden.

Le parlement a délibéré de la suppression des articles confessionnels d'exception proposée fin 1971 par le Conseil fédéral. Le Conseil des. Etats a approuvé sans opposition et sans contre-proposition la radiation pure et simple des deux articles 51 et 52 et a consenti à ce que, pour la votation populaire, l'on ramène la révision à une seule et unique question. Le débat fut plus mouvementé au Conseil national, mais le résultat fut identique. Seuls quatre représentants des nouveaux groupements de droite s'opposèrent à l'entrée en matière. D'autres propositions furent justifiées par le désir de faciliter l'assentiment populaire: les représentants de l'UDC notamment essayèrent de calmer l'appréhension à l'égard de l'activité future des jésuites en proposant des dispositions aptes à protéger la paix confessionnelle ; de leur côté, grâce à la suppression des limitations qui d'ailleurs touchent aussi d'autres confessions (obligation d'une autorisation pour l'érection de nouveaux évêchés, non-éligibilité des ecclésiastiques au Conseil national), les députés socialistes ont voulu donner un aspect plus neutre au projet. Pour finir, une votation séparée sur l'un et l'autre article parut propre à dissiper l'idée d'une manipulation. Toutefois, lorsque les groupes démo-chrétien, radical et indépendant eurent décidé de se borner à la radiation des articles 51 et 52, toutes les adjonctions au projet furent écartées. Et l'on ne trouva pas non plus de majorité pour le double vote. Mais le Conseil national adopta trois motions proposées par sa commission; elles chargeaient le Conseil fédéral de faire des propositions sur la suppression des dispositions d'exception qui ne tombaient pas sous le coup de la révision (clause concernant les évêchés, éligibilité des ecclésiastiques) ainsi que sur la promulgation d'un article relatif à la protection des animaux, qui modifierait l'interdiction de l'abattage rituel. Le Conseil des Etats approuva ces propositions en décembre, dans la mesure od elles n'avaient pas déjà trouvé de solution dans le message publié en novembre au sujet d'un nouvel article 25 bis. Celui-ci devait faire de la protection des animaux une affaire de la Confédération; jusqu'à l'entrée en vigueur de la législation d'exécution, une disposition transitoire de la Constitution fédérale maintiendrait l'interdiction de l'abattage rituel.