Die fünfte Änderung des Covid-19-Gesetzes ging folglich mit zwei Differenzen in das Differenzbereinigungsverfahren, wobei der Nationalrat die Frage nach den Vereinbarungen zwischen den Kantonen zur Finanzierung der ausserkantonalen Covid-19-Patientinnen und -Patienten bereits in der nächsten Behandlungsrunde bereinigte. Nachdem der Ständerat die von der grossen Kammer vorgeschlagene Regelung abgelehnt hatte, verzichtete der Nationalrat darauf, an ihr festzuhalten.

Deutlich länger dauerte die Bereinigung der Frage der Testkosten. Der Ständerat hatte die Übernahme der Testkosten zuvor an die besondere Lage gemäss Epidemiengesetz knüpfen wollen, der Nationalrat konnte sich dafür aber nicht erwärmen und lehnte einen entsprechenden Minderheitsantrag Dobler (fdp, SG) genauso ab wie den Antrag der Minderheit Weichelt (al, ZG), dass der Bund die Kosten bis Ende 2024 übernehmen soll. Stattdessen entschied er sich, das Testregime des Bundes noch bis Ende März 2023 fortzusetzen. Ab dann sollten bei Symptomen wieder die Krankenkassen für die Tests aufkommen, bei Tests ohne Symptome die Testenden. Von einem Ende des Testregimes per Ende Juni 2024 war der Nationalrat also zu einem Ende per März 2023 übergegangen. Der Ständerat zeigte sich damit aber nicht zufrieden, er entschied sich stattdessen, die Tests bereits Ende 2022 – also rund zwei Wochen nach der aktuellen Session – auslaufen zu lassen. Eine Minderheit Stöckli (sp, BE) hatte sich gegen diese «Hauruckpolitik», wie es der Minderheitssprecher formulierte, gewehrt. Obwohl eine nationalrätliche Kommissionsmehrheit in der Folge auf dem Ende des Testregimes per Ende März 2023 beharren wollte, pflichtete der Nationalrat seinem Schwesterrat in der folgenden Behandlungsrunde bei. Mit 93 zu 91 Stimmen (bei 1 Enthaltung) nahm er einen Minderheitsantrag de Courten (svp, BL) an und bereinigte damit die letzte Differenz der Vorlage.

Sowohl die Abstimmungen über die Dringlichkeitsklausel (NR: 129 zu 45 Stimmen bei 6 Enthaltungen; SR: 36 zu 0 Stimmen bei 2 Enthaltungen) als auch die Schlussabstimmungen (NR: 140 zu 50 Stimmen bei 6 Enthaltungen; SR: 39 zu 1 Stimmen bei 4 Enthaltungen) passierte die Änderung des Covid-19-Gesetzes deutlich. Die SVP-Fraktion lehnte jedoch insbesondere die erneute Dringlichkeitserklärung der Änderung ab – (fast) alle ablehnenden Stimmen oder Enthaltungen stammten folglich von ihren Mitgliedern.

Verschiedene Corona-Massnahmengegnerinnen und -gegner, etwa die «Freunde der Verfassung» oder «Mass-voll», zeigten sich mit dieser Verlängerung nicht einverstanden und kündigten im Anschluss an die Entscheide des Parlaments an, das Referendum ergreifen zu wollen.

In der Herbstsession 2022 setzte sich der Nationalrat als Erstrat mit der fünften Änderung des Covid-19-Gesetzes auseinander. Dabei wurden zwar auch einzelne neue Bestimmungen diskutiert, hauptsächlich stand aber die Gültigkeitsdauer des Covid-19-Gesetzes insgesamt sowie einzelner Regelungen im Mittelpunkt des Interesses.
Eine Minderheit Glarner (svp, AG) wehrte sich gegen Eintreten. Der Minderheitensprecher kritisierte ausführlich die bisherigen Corona-Massnahmen, insbesondere die Zertifikatspflicht, und beschuldigte Bundesrat und Parlament unter anderem, «Tausende Existenzen vernichtet» zu haben. Neben dieser «Drangsalierung der Bevölkerung und der Wirtschaft» kritisierte er etwa auch den Einfluss, den die WHO auf die Gesetzgebung des Bundes nehme. Da man inzwischen «nicht einmal mehr ganz so sicher [sei], ob es sich im Sinne der WHO wirklich um eine echte Pandemie gehandelt» habe, solle der Nationalrat nicht auf die Gesetzesänderung eintreten. Dieser Antrag fand jedoch nur bei einer Mehrheit der SVP-Fraktion Zustimmung und wurde mit 130 zu 43 (bei 3 Enthaltungen) abgelehnt. Die Sprechenden der übrigen Fraktionen wiesen darauf hin, dass man nicht wisse, wie sich die Covid-19-Pandemie in Zukunft entwickeln werde, und man daher mit einer Verlängerung des Gesetzes sicherstellen wolle, dass man auch in den nächsten zwei Wintern noch über die nötigen Instrumente zur Bekämpfung der Pandemie verfüge. Bundesrat Berset verwies darauf, dass man sich zur Zeit in einer Übergangsphase befinde, die Wachsamkeit und Reaktionsfähigkeit erfordere – wofür verschiedene Regelungen des Covid-19-Gesetzes wichtig seien. Dabei schlug die Regierung vor, nur einen Teil der bisherigen Massnahmen zu verlängern, nicht aber die meisten Unterstützungsmassnahmen. Abschliessend liess es sich der Gesundheitsminister ob der Vorwürfe des Minderheitensprechers nicht nehmen, ausdrücklich darauf hinzuweisen, dass keine dieser Regelungen etwas mit der WHO zu tun hätten.

Bei der Detailberatung standen nicht nur die Fragen zur Verlängerung von Massnahmen an, der Bundesrat beabsichtigte auch, die Kantone stärker in die Verantwortung zu nehmen. So sollten diese zukünftig ab 2023 für die Organisation der Covid-19-Tests verantwortlich sein: Sie sollten das Angebot gewährleisten und die Kosten übernehmen. Nach der Rückkehr in die normale Lage gemäss Epidemiengesetz könne der Bund die entsprechenden Kosten nicht mehr ewig übernehmen, stattdessen müssten die Kantone ihre Verantwortung wieder wahrnehmen, forderte der Gesundheitsminister und mit ihm eine Minderheit Aeschi (svp, ZG). Die Kommissionsmehrheit wollte die Organisation der Tests jedoch weiterhin beim Bund belassen, um einen «Flickenteppich von verschiedenen Massnahmen» zu verhindern, wie es Kommissionssprecher Hess (mitte, BE) formulierte. Mit 136 zu 55 Stimmen folgte der Nationalrat der Kommissionsmehrheit, die SVP-Fraktion und eine Minderheit der FDP.Liberalen-Fraktion stimmten dem Bundesrat zu.
Stattdessen schlug die Kommissionsmehrheit eine andere Neuregelung hinsichtlich kantonaler Belange vor. So habe man im Dezember 2021 bereits die Finanzierung der Vorhalteleistungen durch die Kantone – also die Bereitstellung der Spitalkapazitäten – geregelt, nun müsse der Bund auch bezüglich der Finanzierung der Vorhalteleistungen bei ausserkantonalen Patientinnen und Patienten Regeln schaffen. Eine Minderheit Hess, vertreten durch Ruth Humbel (mitte, AG), befürchtete jedoch, dass solche Bundesregelungen Forderungen nach Abgeltung durch den Bund nach sich ziehen würden, und empfahl diese zur Ablehnung. Mit 112 zu 78 Stimmen folgte der Nationalrat der Kommissionsmehrheit, einzig die SVP- und eine Mehrheit der Mitte-Fraktion sprachen sich für den Minderheitsantrag aus.

Abändern wollte der Bundesrat auch die Massnahmen zum Schutz besonders gefährdeter Arbeitnehmender. Hier wollte die Regierung die Pflicht zur Lohnfortzahlung, falls behördliche Massnahmen keine Weiterarbeit erlaubten, durch eine Pflicht, den Betroffenen Homeoffice oder gleichwertige Ersatzarbeit anzubieten, ersetzen. Eine Minderheit Flavia Wasserfallen (sp, BE) beantragte die Beibehaltung der bisherigen Formulierung. «Wenn der Bund Massnahmen anordnet, muss auch Erwerbsersatz an die Arbeitgebenden ausbezahlt werden», betonte die Minderheitensprecherin. Mit 109 zu 81 Stimmen folgte der Nationalrat der Regierung, die Minderheitsposition unterstützten die Fraktionen der SP, GLP und Grünen.
Zudem wollte der Bundesrat die Regelungen zum Proximity Tracing im Epidemiengesetz durch Regelungen zu einem sogenannten Presence-Tracing ergänzen. Damit sollten Teilnehmende von Veranstaltungen freiwillig «ihre Anwesenheit ohne Angabe von Personendaten» erfassen können. Eine Minderheit Glarner wollte die Regelungen zum Proximity und Presence Tracing streichen, da Ersteres «ein Riesenflop» gewesen sei. Besonders energisch kritisierte der Minderheitensprecher überdies eine bereits bestehende Regelung, wonach der Bundesrat völkerrechtliche Vereinbarungen unter anderem zur «Harmonisierung der Massnahmen zur Erkennung, Überwachung, Verhütung und Bekämpfung übertragbarer Krankheiten» eingehen könne. Dadurch würde die Schweiz «gezwungen sein, Massnahmen des Auslands zu übernehmen». Mit 141 zu 50 Stimmen folgte der Nationalrat der Kommissionsmehrheit. Eine Mehrheit der SVP-Fraktion sprach sich für den Minderheitenantrag aus.

In der Folge diskutierte der Nationalrat über die Verlängerungen des Gesetzes und einzelner Massnahmen. Der Bundesrat hatte vorgeschlagen, die Geltungsdauer des Gesetzes vom 31. Dezember 2022 auf den 30. Juni 2024 zu verlängern, um die Instrumente gegen die Pandemie für die nächsten zwei Winter zu sichern. Diesbezüglich lagen zwei Minderheitsanträge vor, wobei eine Minderheit I Glarner das Gesetz bis Ende März 2023, eine Minderheit II Dobler (fdp, SG) bis Ende Juni 2023 in Kraft belassen wollte. Eine allfällige Ausbreitung der Krankheit sei spätestens im Frühling vorbei, weshalb das Gesetz maximal bis Ende März 2023 verlängert werden solle – wenn überhaupt –, forderte Andreas Glarner. Auch Marcel Dobler wollte das Gesetz «nur so lange wie nötig verlängern und nicht auf Vorrat», bei einem Ende im März 2023 müsste über eine allfällige Verlängerung aber genau während der Grippesaison beraten werden, gab er zu Bedenken. Kommissionssprecher Lorenz Hess warnte vor weiteren «Hauruckübungen» bei einem frühzeitigen Auslaufen des Gesetzes. Mit einer Verlängerung bis 2024 sei man «für den Fall eines Falles bereit». Die Mehrheit setzte sich gegen die Minderheit Glarner durch (mit 109 zu 75 Stimmen bei 3 Enthaltungen), die zuvor der Minderheit Dobler vorgezogen worden war. Der Minderheitsposition von Andreas Glarner folgten Mehrheiten der SVP- und der FDP.Liberalen-Fraktion und ein Mitglied der Mitte-Fraktion.

Eine Mehrheit der SPK-NR hatte zudem einen Antrag zur fünften Änderung des Covid-19-Gesetzes eingereicht. Sie wollte die Regelung zur Stimmabgabe in Abwesenheit bei Quarantäne oder Isolation ebenfalls bis Ende Juni 2024 verlängern, was der Bundesrat nicht vorgesehen hatte. Falls erneut eine Pflicht zur Quarantäne und Isolation ausgerufen würde, sollten die Nationalratsmitglieder in der Lage sein, wenn nötig digital abzustimmen. Eine Minderheit Buffat (svp, VD) der SPK-NR sprach sich jedoch gegen diese Verlängerung aus. Mit 142 zu 49 Stimmen folgte der Nationalrat gegen den Willen der SVP-Fraktion der Kommissionsmehrheit. Darüber hinaus verlängerte der Nationalrat mit 141 zu 48 Stimmen (bei 2 Enthaltungen) entgegen einer Minderheit Aeschi die Regelung zum Covid-19-Zertifikat, lehnte aber mit 125 zu 66 Stimmen einen Minderheitsantrag von Flavia Wasserfallen ab, wonach zusätzlich auch die Massnahmen bezüglich EO, ALV, KAE sowie Kultur- und Härtefallhilfen bis Ende Juni 2024 gültig bleiben sollten.

Schliesslich entschied sich der Nationalrat mit 140 zu 48 Stimmen, das Gesetz erneut dringlich zu erklären, und sprach sich damit gegen einen Minderheitsantrag Aeschi aus. Nach drei Jahren «im ausserordentlichen Modus» und einen Tag nach einer weiteren Dringlicherklärung eines Gesetzes solle man zu einer «durchdachten Gesetzgebung» zurückkehren, hatte Thomas Aeschi vergeblich argumentiert. Gesundheitsminister Berset plädierte jedoch dafür, die Regelungen ohne Unterbruch ab dem 1. Januar 2023 zu verlängern. Mit 140 zu 47 Stimmen (bei 1 Enthaltung) nahm der Nationalrat den Entwurf der fünften Änderung des Covid-19-Gesetzes in der Gesamtabstimmung an. Eine Mehrheit der SVP-Fraktion sprach sich für Ablehnung aus.

Wie viel kostet ein Bericht, der aufgrund eines angenommenen Postulats geschrieben werden muss? Diese Frage trieb Marcel Dobler (fdp, SG) bei der Einreichung seiner Motion für Kostentransparenz bei Erfüllung von Postulaten um. Postulate würden angenommen, obwohl häufig nicht klar sei, ob ein Bericht dann auch tatsächlich Mehrwert schaffe. Deshalb sei es wichtig, dass der Bundesrat künftig bei seiner Stellungnahme zu einem Postulat eine Schätzung abgebe, wie teuer ein Bericht werde und dann bei der Veröffentlichung des Berichts aufgrund eines angenommenen Postulats auch die tatsächlichen Kosten ausweise. Der Bundesrat lehnte zwar den ersten Punkt der Motion ab, weil eine Schätzung schwierig sei und Kosten auch für abgelehnte Postulate entstehen würden. Zudem sollten sich Parlamentsmitglieder nicht an den Kosten, sondern am Inhalt einer Forderung orientieren, wenn sie einen Vorstoss überwiesen. Im Sinne einer besseren Kostentransparenz beantragte er aber die Annahme des zweiten Punkts. Entsprechend leitete der Nationalrat in der Wintersession 2021 die verkürzte Motion diskussionslos an den Ständerat weiter.