Das Parlament hiess die Massnahmen in der Herbstsession nach einer langen Auseinandersetzung gut. Der Ständerat lehnte zuerst einen Nichteintretensantrag von Germann (svp, SH) und Schweiger (fdp, ZG) mit 25 zu 6 Stimmen ab. Diese begrüssten zwar grundsätzlich die primär arbeitsmarktbezogenen Vorschläge des Bundesrates, lehnten das Paket aber aus finanzpolitischen Überlegungen ab. In der Detailberatung schwächte der Rat den bundesrätlichen Vorschlag ab, die Löhne für einige tausend ausgesteuerte Langzeitarbeitslose für eine Beschäftigung in nicht profitorientierten gemeinnützigen Unternehmen für eine Dauer von sechs Monaten vom Bund zu bezahlen. Die Lohnkosten sollen gemäss dem Entscheid der kleinen Kammer diesen Organisationen nur teilweise, d.h. mit maximal 3000 Fr. pro Monat vergütet werden. Ein Antrag Hess (fdp, OW), darauf ganz zu verzichten, lehnte der Ständerat mit 24 zu 12 Stimmen ab. Keine Gnade fand hingegen die vom Bundesrat beantragte Anschubfinanzierung von rund 25 Mio Fr. zugunsten der Akzeptanz und Verwendung einer Ausweiskarte mit der elektronischen Signatur. Mehrere Votanten kritisierten, dass dieses Konzept noch unausgegoren sei und nicht klar sei, wofür die finanziellen Mittel verwendet werden sollen. Mit 22 zu 15 Stimmen wurde auf Antrag Gutzwiller (fdp, ZH) dieser Beitrag gestrichen.

Auch im Nationalrat beantragte eine aus Mitgliedern der SVP und der FDP gebildete Kommissionsminderheit Nichteintreten. Die FDP, die SVP und die BDP waren zwar nicht gegen alle Komponenten des Stabilisierungsprogramms, sie erachteten aber die Mehrzahl der im Bereich Arbeitsmarkt vorgesehenen Massnahmen (insbesondere das Beschäftigungsprogramm für Ausgesteuerte) als wenig sinnvoll. Zudem waren sie gegen ein drittes Paket zum aktuellen Zeitpunkt, weil sie in den Statistiken bereits erste Anzeichen einer Wirtschaftserholung zu erkennen glaubten. Ihr Nichteintretensantrag unterlag mit 93 zu 91 Stimmen äusserst knapp; den Ausschlag gegeben hatte die fast geschlossene Unterstützung des Programms durch die CVP, welche ihre Bundesrätin Leuthard nicht im Regen stehen lassen wollte. In der Detailberatung wurden die zusätzlichen Ausgaben für die Aus- und Weiterbildung von Personen mit frisch abgeschlossener Lehre zwar gutgeheissen, scheiterten aber an der Ausgabenbremse, welche eine Zustimmung durch die Mehrheit aller Ratsmitglieder fordert. Die Idee, dass der Bund für einige Zeit die Löhne für einige tausend ausgesteuerte Langzeitarbeitslose für eine Beschäftigung bei gemeinnützigen Unternehmen bezahlt, lehnte der Rat auf Antrag von Spuhler (svp, TG) mit 94 zu 90 Stimmen ab. Für die finanzielle Unterstützung von Betrieben, die stellenlose Lehrabsolventen weiter beschäftigen, ergab sich im Nationalrat eine hauchdünne Mehrheit. Grosszügiger als der Ständerat zeigte er sich hingegen bei der Förderung der digitalen Unterschrift; er nahm diese wieder in das Programm auf. Nachdem der Rat eine ganze Reihe von Anträgen der SP und der GP für zusätzliche Massnahmen abgelehnt hatte, hiess er das dritte Konjunkturförderungsprogramm mit 94 zu 87 Stimmen gut.

In der Differenzbereinigung hielt der Ständerat mit deutlicher Mehrheit am Lohnzahlungsprogramm für Langzeitarbeitslose fest. Mit knappem Mehr war er nun auch mit dem Beitrag zur Förderung der Verbreitung der digitalen Unterschrift einverstanden. Im Nationalrat wurden die zusätzlichen Ausgaben für die Aus- und Weiterbildung von Personen mit neu abgeschlossener Lehre nochmals gutgeheissen, scheiterten aber erneut an der Ausgabenbremse. Die Lohnübernahme für die befristete Beschäftigung von Ausgesteuerten fand diesmal eine knappe Mehrheit, vermochte aber das qualifizierte Mehr für die Überwindung der Ausgabenbremse ebenfalls nicht zu schaffen. An dieser Hürde scheiterte auch die Finanzierung von Weiterbildungskosten für Personen, die in Betrieben mit Kurzarbeit beschäftigt sind. Nachdem die kleine Kammer ihre Beschlüsse nochmals bestätigt hatte, wiederholte sich die Prozedur im Nationalrat: Er hiess sämtliche Projekte ebenfalls gut, da die befürwortende, aus SP, CVP und GP gebildete Mehrheit aber weniger als 101 Stimmen zählte, scheiterten sie aber alle an der Ausgabenbremse. Die Einigungskonferenz beschloss, an der Finanzierung der Aus- und Weiterbildung von Lehrabsolventen sowie von Kurzarbeitenden festzuhalten. Bei den Beschäftigungsprogrammen für Ausgesteuerte bei gemeinnützigen Organisationen fand sie eine Kompromissformel, welche dem Bundesrat die Kompetenz erteilt, diese einzuführen, wenn die nationale Arbeitslosenrate 5% erreicht. Diese Lösung veranlasste drei Abgeordnete der BDP und zwei der FDP zu Umschwenken, wodurch das qualifizierte Mehr für die Überwindung der Ausgabenbremse im Nationalrat mit 103 Stimmen erreicht wurde. Die kleine Kammer schloss sich diesem Entscheid an und beide Ratskammern stimmten auch der dringlichen Inkraftsetzung zu.

Im Nationalrat stellte Gutzwiller (fdp, ZH) den Ordnungsantrag, das Zusatzprotokoll und die flankierenden Massnahmen in einem Genehmigungsbeschluss zusammenzufassen. Der Stimmbürger könne doch nicht über die Erweiterung der Personenfreizügigkeit auf die neuen EU-Staaten entscheiden, ohne zu wissen, mit welchen Massnahmen Lohndumping bekämpft werde. Mit 120 zu 46 Stimmen stimmte der Rat diesem Antrag zu. In der Detailberatung übernahm der Rat mehrheitlich die Beschlüsse des Ständerates. Mit 75 zu 57 Stimmen folgte der Nationalrat insbesondere einem Antrag Bührer (fdp, SH) und damit Bundes- und Ständerat und beschränkte die Meldepflichten für die Arbeitgeber gegenüber den zuständigen Kontrollbehörden auf die Identität, die Tätigkeit und den Arbeitsort der in die Schweiz entsandten Arbeitnehmer. Die Kommission hatte auch die Löhne und die Arbeitszeiten in die Meldepflicht einbeziehen wollen. Eine Minderheit Kaufmann (svp, ZH) beantragte, auf die Anstellung von Inspektoren zu verzichten, die rund CHF 20 Mio. pro Jahr kosten; es sei an den in den tripartiten Kommissionen vertretenen Sozialpartnern, diese Kontrollen zu übernehmen. Bundespräsident Deiss konterte, wenn man Kontrollen wolle, so müsse man auch die notwendigen Mittel zur Verfügung stellen. Der Antrag Kaufmann wurde mit 124 zu 47 Stimmen abgelehnt. Gegen einen Antrag Germann (svp, SH), der Festhalten an den getrennten Vorlagen beantragte, da sonst die Möglichkeit entfalle, frei entscheiden zu können zwischen Ausdehnung der Personenfreizügigkeit mit oder ohne flankierende Massnahmen, stimmte der Ständerat in der Differenzbereinigung der Zusammenfügung mit 27 zu 7 Stimmen zu, worauf die Vorlage von beiden Kammern definitiv verabschiedet werden konnte.