Avec 2'114 bulletins (54.9% des voix) sur lesquels était inscrit un «oui», contre 1740 «non», le corps électoral de Moutier s'est prononcé en faveur d'un rattachement de sa commune au canton du Jura, confirmant ainsi le résultat du scrutin invalidé de 2017. Alors qu'un résultat serré était attendu – comme en 2017 avec 137 voix de différence – l'écart de 374 voix fut une surprise. Ce résultat devrait empêcher toute contestation à l'encontre de ce vote, considéré comme le plus contrôlé de l'histoire suisse. La participation s'est élevée à 88.4%.

Le scrutin s'est déroulé dans une atmosphère particulière. Un dispositif de sécurité avait été mis en place, d'une part en raison de la situation sanitaire, d'autre part afin d'éviter d'éventuels débordements liés au résultat du vote. La municipalité de Moutier interdisait les manifestations et recommandait de renoncer aux regroupements.
Ces mesures s'ajoutaient à celles prises auparavant pour garantir la régularité du vote. Grâce à l'implication de la Confédération, mais aussi au contrôle systématique du registre électoral par la chancellerie bernoise et la commune de Moutier, toute irrégularité devait être évitée. Cela n'a pas empêché un début de polémique la veille du scrutin, lorsque le Blick a révélé l'existence d'une lettre adressée à la Confédération dans laquelle le gouvernement bernois mettait en doute la légitimité à voter d'une centaine de personnes inscrites au registre électoral. Le 5 mars, le canton de Berne avait pourtant communiqué conjointement avec la municipalité de Moutier que seuls 25 cas restaient à clarifier. Cette polémique naissante a été finalement tuée dans l'œuf par le résultat clair et net sorti des urnes.
Suite au vote, l'Office fédéral de la justice (OFJ) a par ailleurs souligné via un communiqué de presse l'excellente collaboration avec les autorités cantonales et communales, avant et pendant le vote. Six observateurs fédéraux ont surveillé le dépouillement et validé chacune des décisions du bureau de vote. Une dizaine d'autres collaborateurs et collaboratrices de l'OFJ ont procédé au contrôle systématique des cartes de légitimation.

Annoncé en fin de journée, le résultat a déclenché des scènes de liesse du côté de la place de la gare, où s'étaient massés au cours de l'après-midi plusieurs milliers de sympathisantes et sympathisants pro-jurassien. Le camp autonomiste s'est réjoui de l'écart de voix important ainsi que de l'engagement de la Confédération et des cantons concernés pour que ce vote soit au-dessus de tout soupçon. Ainsi, la décision du corps électoral prévôtois ne pouvait être remise en cause. Pour le comité de «Moutier, ville jurassienne», cette victoire portait le sceau d'une campagne très bien menée, grâce au soutien et à la solidarité de milliers de «patriotes jurassiens». Les membres du comité tendaient la main aux vaincu.e.s, appelant à la réconciliation après des décennies de tension. Leurs adversaires de «MoutierPlus» regrettaient ce résultat mais reconnaissaient la défaite, espérant que cela marque pour de bon la fin de la Question jurassienne.

Du côté des instances officielles, les réactions ont été relativement contrastées. Le gouvernement bernois a fait part de sa déception et espérait que le résultat soit respecté par toutes les parties, attendant de chacune et chacun «une attitude respectueuse et solidaire». Le conseiller d'Etat et président de la délégation du gouvernement bernois aux affaires jurassiennes Pierre-Alain Schnegg (BE, udc) a appelé ses «voisins jurassiens» à faire preuve d'écoute et de bienveillance envers les citoyennes et citoyens de Moutier qui avaient une autre vision de leur avenir. Le gouvernement jurassien a déclaré qu'il mettrait tout en œuvre pour que «chacune et chacun soit bien accueilli et puisse trouver sa place au sein du canton du Jura». Sa présidente Nathalie Barthoulot (JU, ps) se réjouit de la décision prévôtoise, marquant «le commencement d'une nouvelle page de l'histoire jurassienne». Le ton était similaire du côté du conseil municipal de Moutier. Restés sur la réserve au long de la campagne, les six élus autonomistes à l'exécutif ont pu communiquer leur joie. Ils ont eux aussi souligné l'importance de rallier la minorité non séparatiste au choix de la majorité, pour bâtir ensemble l'avenir de la ville.
La Confédération a salué le déroulement de la votation. La réussite de ce scrutin est également à mettre au crédit de Karin Keller-Sutter, qui s'est engagée fortement en tant que cheffe du département fédéral de la justice et la police (DFJP) et présidente de la conférence tripartite Jura. Selon la conseillère fédérale, «la résolution de la Question jurassienne entre dans l’histoire de l’État fédéral comme un exemple de démocratie vivante. La décision prise librement aujourd’hui par les citoyennes et les citoyens est la dernière étape d’une résolution pacifique de la Question jurassienne».
Karin Keller-Sutter a confirmé que, pour la conférence tripartite, «il était clair que la question serait close après un vote valable sur l'avenir de Moutier». S'il n'est bien sûr pas possible d'empêcher des mouvements de lutte de poursuivre leurs objectifs, elle exclut toute entrée en matière des autorités bernoises et jurassiennes. Le gouvernement bernois a rappelé que les communes du Jura bernois ont pu voter en novembre 2013. Lors de ce scrutin, toutes les communes à l'exception de Moutier et Belprahon se sont exprimées contre le lancement d'un processus de création d'un nouveau canton avec le canton du Jura. Le conseiller-exécutif Pierre-Alain Schnegg a précisé que les bases légales pour un nouveau vote n'existaient plus. La question de Belprahon reste néanmoins sensible, de nombreux habitants dénonçant le fait que la commune ait voté en 2017 sans connaître l'appartenance cantonale de Moutier. On semble cependant se diriger vers une période d'apaisement, les parties ayant montrées leur volonté de tourner la page.

Si la Question jurassienne devrait donc prendre fin avec cette votation, le processus de rattachement de Moutier au canton du Jura n'en est lui qu'à ses débuts. Tout d'abord, le scrutin n'est pas encore entré en force, puisqu'il peut faire l'objet d'un recours auprès de la préfecture du Jura bernois durant les 30 jours qui suivent le vote. Les chances de succès d'un recours semblent limitées cette fois-ci, au vu de la différence de voix importante et des mesures de sécurité strictes. Le scénario de 2017 ne devrait donc pas se répéter. Les gouvernements bernois et jurassien mèneront des discussions visant à établir un concordat cantonal fixant les modalités du transfert. Une fois ce concordat signé, il devra être accepté par les législatifs cantonaux puis en votation populaire dans les deux cantons. Il reviendra finalement à l'Assemblée fédérale de valider la modification du territoire. Ce processus s'accompagnera de nombreux travaux entre la commune de Moutier et le canton du Jura pour régler les moindres détails de l'arrivée de la ville. Le peuple jurassien devra notamment se rendre une deuxième fois aux urnes pour se prononcer sur les modifications de la constitution jurassienne découlant du transfert. Moutier devrait rejoindre de manière effective le Jura au 1er janvier 2026. Cela coïnciderait avec le début de la nouvelle législature et signifierait que le corps électoral prévôtois élirait les nouvelles autorités cantonales en octobre ou novembre 2025, en même temps que les autres jurassiennes et jurassiens.

Votation du 28 mars 2021

Participation: 88.5%
Oui: 2'114 (54.9%)
Non: 1'740 (45.1%)
Bulletins blancs: 44
Bulletins nuls: 17

La conseillère fédérale Karin Keller-Sutter s'est rendue à Moutier le 4 mars 2021 en vue du scrutin sur l'appartenance cantonale du 28 mars. Elle y a rencontré le président du conseil-exécutif bernois Pierre-Alain Schnegg (BE, udc), la présidente du gouvernement jurassien Nathalie Barthoulot (JU, ps), et une délégation du conseil municipal de Moutier. Quelques jours avant l'envoi du matériel de vote, cette rencontre a permis de faire un dernier point de la situation sur le dispositif mis en place pour l'organisation et la surveillance du vote, mais aussi de manifester la cohésion des autorités communales, cantonales et fédérales concernées.
Pour garantir le bon déroulement de ce qui devrait être l'ultime consultation populaire de la Question jurassienne, des mesures exceptionnelles ont été mises en place. Le registre électoral a été contrôlé par la Chancellerie d'Etat bernoise et la Chancellerie de Moutier, ceci afin d'éviter tout soupçon de fraude électorale. Le matériel de vote est envoyé et sécurisé par l'OFJ. Comme en 2017, des observateurs fédéraux seront présents. Ceux-ci distribueront également eux-mêmes le matériel de vote à certaines personnes, notamment dans les EMS. De plus, les cartes de légitimation seront contrôlées de manière systématique lors du dépouillement par l'OFJ.
Tout est donc mis en œuvre pour ne pas revivre le scénario de 2017 avec l'annulation du vote. Ces mesures ont toutes été discutées dans le cadre des conférences tripartites Jura, qui regroupent les délégations aux affaires jurassiennes des gouvernements bernois et jurassien sous la présidence de la conseillère fédérale Karin Keller-Sutter. Elles avaient également été approuvées par le conseil municipal de Moutier. Les autorités communales et cantonales se sont en outre engagées à faire preuve de retenue durant la campagne précédant le scrutin.

Depuis les premières discussions relatives à l’organisation d’un nouveau scrutin pour le vote d’appartenance de la commune de Moutier, la Chancellerie d'État bernoise peut vérifier la composition du registre électoral de la commune. A la suite du contrôle du registre portant sur les cinq derniers mois, la Chancellerie exige d’ici fin août, la clarification d’une douzaine d'inscriptions au registre électoral. Les autorités communales doivent déterminer le lieu de résidence politique des personnes épinglées. Il s’agit principalement de personnes âgées de plus de 30 ans, ayant une adresse de résidence en dehors de Moutier. D’après les indications du vice-chancelier bernois, toutes n’ont pas le statut de résident à la semaine.

Le 20 mai, une rencontre présidée par la conseillère fédérale Karin Keller-Sutter a permis de clarifier les dispositions relatives au nouveau vote. Ce dernier n’aura pas lieu en 2020. Les observateurs fédéraux seront à nouveau présent. Les messages de vote du conseil municipal et des conseils cantonaux de Berne et du Jura à partir de 2017 seront regroupés dans un seul addendum commun approuvé par les trois autorités. L'Office fédéral de la justice (OFJ) se chargera aussi de l’envoi du matériel du vote et vérifiera également les cartes de vote. La date du scrutin sera fixée lors de la prochaine conférence tripartite de septembre.