Au Conseil national, malgré une proposition de non-entrée en matière de la députée socialiste Hildegard Fässler (SG) sur la loi sur le droit foncier rural (projet 2), et sur la loi sur le bail à ferme agricole (projet 3), le plénum a décidé, respectivement par 96 voix contre 66 et par 108 voix contre 65, d’entrer en matière sur les deux projets, les projets 4, 5 et 6 n’ayant pas fait débat. Lors de la discussion par article de la loi sur le droit foncier rural, le Conseil national s’est rallié de manière tacite à la position du Conseil des Etats en ce qui concerne la taille minimale fixée pour les entreprises agricoles et le contrôle des prix.

Par 110 voix contre 74, les députés ont suivi une minorité emmenée par Ruth Genner (pe, ZH) et rejeté la proposition visant à exclure du champ d’application de la loi les effectifs maximaux d´animaux par exploitation. Les radicaux, soutenus par le groupe UDC, ont plaidé à ce titre en faveur d’une suppression de ce qui constituait à leurs yeux un excès bureaucratique, alors que les Verts ont fait valoir que le caractère non industriel de l’agriculture suisse était précisément l’un des ses atouts. Pour ce qui est de la mise en valeur de la laine de mouton, le Conseil national a suivi, par 90 voix contre 77, une minorité Hildegard Fässler (ps, SG), qui proposait, contrairement à ce qu’avait fait le Conseil des Etats, de supprimer les contributions.

Concernant les importations de viande, le Conseil fédéral souhaitait l’introduction d’un système de mise aux enchères des contingents et l’abandon du système d’attribution en fonction du nombre d’animaux indigènes abattus, très favorable aux importateurs. Alors que le Conseil des Etats s’était opposé à un tel changement, la chambre du peuple l’a accepté pour 90% des importations de viande. La résistance est avant tout venue des paysans issus des rangs de l’UDC. Ce mécanisme devrait rapporter environ 150 millions de francs par année à la Confédération, montant intégralement réinjecté dans l’agriculture grâce au soutien apporté à la proposition du démocrate du centre Caspar Baader (BL). Une correction à cette décision a été apportée en mai avec un nouveau vote, suite à l’intervention de la socialiste Hildegard Fässler (SG). Elle a brandi la menace d’un refus du projet par le groupe socialiste si on ne revotait pas. Pour Joseph Deiss, qui a également désapprouvé la décision de mars, les 150 millions devaient être répartis à hauteur de 100 millions pour le financement agricole et à hauteur de 50 millions pour l’élimination des déchets carnés. Cette solution a été retenue par le plénum. Une exception a toutefois été prévue pour les 10% restants avec le maintien d’un lien entre importation et marché indigène. Cette mesure d’exception était avant tout destinée à ne pas défavoriser les régions de montagne. Concernant la viticulture, la tentative du vaudois André Bugnon (udc) de permettre au Conseil fédéral de prendre des mesures ponctuelles, en cas de surplus causés par les importations, a échoué. Le soutien à la reconversion (jusqu’en 2011) a été plébiscité, sans toutefois que cette dépense ne passe l’écueil du frein aux dépenses. L’examen intégral de la réforme n’a pas pu être terminé lors de la session de printemps.