Au printemps de l’année sous revue, le Conseil national a traité de la modification de la loi sur l’agriculture modifiée par le Conseil des Etats l’année précédente. Cette dernière met en place une réserve au bilan destinée au financement des mesures d’accompagnements dans le cas d’un accord de libre-échange agricole. La commission de l’économie et des redevances (CER-CN) a estimé que le rapport sur les mesures d’accompagnement répond aux questions soulevées lors de la précédente discussion. Après son refus d’entrer en matière l’année précédente, la chambre du peuple a accepté de discuter du message par 110 voix contre 68. Seuls l’UDC et un tiers du groupe socialiste se sont opposés à l’entrée en matière. Au terme d’une discussion très animée, la chambre basse a adopté par 96 voix contre 79 une proposition Schelbert (pe, LU) de renvoyer le projet au Conseil fédéral avec le mandat de garantir le financement d’une stratégie de création de valeur ajoutée. La gauche et l’UDC ont soutenu cette proposition. Le Conseil des Etats a rejeté cette proposition de renvoi considérant que le Conseil fédéral est déjà en charge d’élaborer une stratégie de qualité. Il a également estimé que le financement de cette stratégie doit être discutée dans le cadre de la réforme agricole et non pas seulement dans le cas d’un accord de libre-échange.
Lors du retour au Conseil national, la CER-CN a souligné que le projet ne traite pas du principe même d’un accord de libre-échange agricole aux contours inconnus. Elle a estimé toutefois que les négociations en cours exigent de prévoir un financement dans le cas de leur aboutissement. Par ailleurs, elle a rappelé que cette réserve deviendrait caduque en cas d’absence d’accord de libre-échange. Une forte minorité de la commission a cependant souhaité maintenir la proposition de renvoi pour diverses raisons : opposition au libre-échange, préférence pour la concentration des moyens sur une stratégie de qualité et volonté de connaître les détails des mesures d’accompagnement avant la finalisation d’un accord. Au vu des controverses, la commission a recommandé par 13 voix contre 12 de rejeter le projet lors du vote d’ensemble afin de permettre au gouvernement d’entamer les négociations sur le plan international en position de force. Finalement, le Conseil national a rejeté par 153 voix contre 27 le renvoi au gouvernement. Ce dernier n’a été soutenu que par les écologistes et une partie des socialistes. Lors de la discussion par article, la chambre basse a adopté par 123 voix contre 51 une disposition visant à cibler prioritairement la réserve sur la mise en œuvre de ces mesures d’accompagnement. La gauche a proposé de permettre la libération de cette réserve dans un délai donné ou si les négociations n’aboutissent pas. Au vote d’ensemble, la chambre a adopté le projet modifié par 90 voix contre 87 et 8 abstentions. La grande majorité des écologistes et de l’UDC, ainsi qu’un tiers du groupe socialiste ont rejeté le texte sans succès. Par la suite, la chambre des cantons a adhéré à la proposition de celle du peuple. Au vote final, le Conseil national a adopté le projet modifié par 94 voix contre 73, et le Conseil des Etats par 39 voix contre 3.