Après avoir été analysée par la CSEC-CE, la motion Häberli-Koller (pdc, TG) a finalement été rejetée à l'unanimité par la chambre haute. En effet, le rapporteur de la commission, Hannes Germann (udc, SH), a rappelé que le Fibl avait, entre temps, bénéficié d'une augmentation de l'aide financière pour son budget 2020 ainsi que pour les années suivantes, répondant donc à la demande formulée par la sénatrice thurgovienne Brigitte Häberli-Koller. A terme (2023), les aides allouées à l'institut de recherche biologique devraient atteindre CHF 15 millions par année, comme précisé par Guy Parmelin en plénière. D'autres textes traitant du futur de la recherche agricole suisse ont été discutés simultanément (Mo. 18.3382, Mo. 18.3390, Mo. 18.3404, Mo. 20.3014).

Das Differenzbereinigungsverfahren zum Voranschlag 2020 dauerte deutlich kürzer als in den Vorjahren: In nur zwei Sitzungen bereinigte das Parlament das Budget für das Jahr 2020. Dies war gemäss Hannes Germann (svp, SH) auch die Absicht der FK-SR, die möglichst viele Differenzen bereinigt habe, um «mit dem neu zusammengesetzten Rat [...] nicht, wie sonst üblich, bis in die Einigungskonferenz gehen [zu] müssen». Am 10. Dezember 2019 beriet der Ständerat die vom Nationalrat geschaffenen 24 Differenzen und folgte dabei stillschweigend den Anträgen seiner Kommission. Er stimmte der Erhöhung des Globalbudgets der Berufungskammer des Bundesstrafgerichts im Voranschlagsjahr und den Finanzplanjahren, des Fedpol und des BWL sowie der Reduktion der Betriebsausgaben der Bundesasylzentren und der Sozialhilfe für Asylbewerbende und Flüchtlinge diskussionslos zu. Die Erhöhung des Budgets des Fedpol knüpfte er an eine Verstärkung der Bekämpfung der Pädokriminalität, die zwei zusätzlichen Kredite für das Bundesamt für Landwirtschaft machte er von der Bekämpfung der drohenden Unterfinanzierung des Aufbaus des Kompetenzzentrums Boden sowie als Finanzhilfen für das Forschungsinstitut für biologischen Landbau (FiBL) fest. Auch im Bereich der Bildung sprachen sich Kommission und Ständerat für den nationalrätlichen Vorschlag aus, der eine geringere Erhöhung vorsah als ihr eigener Vorschlag. Die Medien betonten in der Folge jedoch vor allem den Anstieg der Bildungsausgaben um CHF 101 Mio. gegenüber der Version des Bundesrates. Auch bei den Sollwerten und Planungsgrössen willigte der Ständerat grösstenteils ein, «wenn auch da und dort mit etwas Befremden oder Staunen», wie der Kommissionssprecher betonte. Man wolle deswegen nicht eine Einigungskonferenz riskieren und pflichte hier «aus verfahrensökonomischer Vernunft» bei, betonte der Kommissionssprecher.
Damit blieben zwei Differenzen zum Nationalrat übrig: Einerseits bestand die kleine Kammer auf der Erhöhung der finanziellen Unterstützung von Selbsthilfeprojekten für das Jahr 2020 und für die Finanzplanjahre, andererseits reduzierte sie die Finanzierung für die Institutionen der Forschungsförderung um CHF 1.1 Mio., da diese im Konzept des Nationalrats aufgrund der zwei angenommenen Minderheiten doppelt enthalten seien. Der Ständerat beharrte zudem auf der Forderung, die Aufstockung des entsprechenden Budgets um CHF 15 Mio. dem SNF zukommen zu lassen. Als Kompromiss schlug er aber vor, die vom Nationalrat beschlossene Förderung der Akademien der Wissenschaften Schweiz in der Höhe von CHF 1.1 Mio. ebenfalls in den Rahmenbedingungen der Kreditvergabe festzuschreiben.
Stillschweigend stimmte der Nationalrat der Version des Ständerates in diesen Fragen zwei Tage später zu und bereinigte damit den Voranschlag 2020. Dieser budgetiert nun bei Einnahmen von CHF 75.666 Mrd. und Ausgaben von CHF 75.323 Mrd. einen Überschuss von CHF 344 Mio. anstelle des vom Bundesrat geplanten Überschusses von CHF 435 Mio.