Le débat sur les OGM s'est une nouvelle fois ravivé avec l'arrivée sur le marché européen de champignons américains modifié par mutagenèse. Ce procédé consiste à modifier le génome d'une plante, mais sans y introduire de gènes étrangers, comme c'est le cas des méthodes classiques d'OGM. Ces nouvelles techniques ont notamment été rendues possible par l'invention des ciseaux génétiques appelés Crispr/Cas9, également utilisé dans d'autres domaines (médical, etc.). Dans le cas des champignons cités ci-dessus, les chercheurs ont simplement supprimé les gènes responsables du brunissement de ceux-ci. Soumise à ce cas, la Cour de Justice de l'Union européenne (CJUE) a estimé que les aliments ayant été modifiés par ces techniques de mutagenèse s'apparentent à des organismes génétiquement modifiés et tombent donc sous la loi gérant ces méthodes de production. Elle a considéré, en effet, que les mêmes effets que ceux générés par les OGM sont recherchés au travers de cette méthode et que le principe de précaution doit donc primer.
Cette décision a un impact considérable sur de nombreux aspects. En effet, ces nouvelles techniques sont vues, par certains, comme une solution pour l'agriculture du futur, avançant que l'utilisation de pesticides peut être drastiquement réduite par l'amélioration de certaines caractéristiques des végétaux. De plus, ils avancent que les techniques de mutagenèse constituent une simple accélération de la sélection végétale classique qui peut, elle, durer des dizaines d'années. La décision de la CJUE est donc un coup de frein à la recherche dans ce domaine. Les opposant.e.s à cette technique se sont, eux, réjouis de cette décision. Ils considèrent, en effet, que les techniques de mutagenèses sont un moyen d'introduire les OGM par la petite porte, comme le redoutent l'Alliance suisse pour une agriculture sans génie génétique et l'Association des petits paysans qui ont déposé à Berne une pétition (18.2018) munie de 30'000 signatures à ce sujet.

On pensait la Suisse directement touchée par cette décision. Markus Hardegger, spécialiste à l'OFAG, précisait dans les médias que la Confédération adopte, en principe, la même base légale que l'Union européenne. Mais, contre toute attente, le Conseil fédéral a annoncé, fin 2018, vouloir se montrer plus libéral en la matière que la CJUE. Il ne souhaite pas mettre toutes ces méthodes dans le même panier et veut ainsi différencier les produits issus de ces nouvelles méthodes des OGM classiques. Dans son communiqué de presse, il a déclaré que: «Si, d’un point de vue scientifique et juridique, cette nouvelle technologie est considérée comme une technique de modification génétique, il n’est en revanche pas encore clair si les produits issus de cette technologie doivent être considérés comme des organismes génétiquement modifiés au sens de la législation actuelle.» Dans ce contexte, il faut rappeler que la production d'OGM en Suisse est soumise à un moratoire jusqu'en 2021. Le Conseil fédéral a donc chargé l'Administration fédérale d'élaborer un projet de modification de la LGG afin de prendre en compte ces nouvelles technologies. Ce projet sera ensuite soumis à une procédure de consultation.

Avant même que l'UE ne décide de prolonger l'autorisation de vente du glyphosate pour 5 ans, le Conseil fédéral a fait savoir, dans sa réponse à la motion des Verts demandant un moratoire sur cette substance jusqu'en 2022, qu'il s'oppose pour l'heure à prendre une décision qu'il estime être trop radicale. Les premiers résultats de l'étude demandée par la CSEC-CN semblent, en effet, indiquer que l'exposition de la population suisse à cette substance est trop faible pour avoir un impact délétère sur la santé. Bien que 40% des produits alimentaires testés contiennent des résidus de l'herbicide, il faudrait manger, par exemple, 70 kilogrammes par jour de l'aliment le plus contaminé (des pâtes) pour souffrir d'effets secondaires. Cet argument est attaqué par les organisations de protection des consommateurs qui font remarquer que les effets dits "cocktails" (accumulation de plusieurs pesticides dans l'alimentation) pourraient eux être particulièrement nocifs pour la santé. Le Conseil fédéral indique également qu'un plan d'action pour réduire de 50 pourcents les risques liés aux pesticides a été mis sur pied. De plus, les autorités tiennent à rappeler que plusieurs organes européens, dont l'ECHA et l'EFSA ont conclu, à l'appui de méta-études, à la non-dangerosité du glyphosate. Le Conseil fédéral souligne finalement la difficulté, à l'heure actuelle, de se passer de ce produit.
Concernant cette dernière affirmation, les avis sont partagés, comme le révèlent les nombreux articles dédiés à cette question dans les médias. Ainsi en est-il du témoignage de deux paysans vaudois souhaitant se passer de glyphosate et qui doivent, pour cela, se tourner vers l'arrachage mécanique des plantes vues comme nuisibles ou la mise en place de techniques culturales risquées (telles que les cultures compagnes, consistant à concurrencer les mauvaises herbes ou la technique du faux semis qui impliquera, dans une première phase, de laisser pousser les mauvaises herbes après la première culture).
En parallèle à ces débats, le responsable du groupe de recherche «politique et économie agricole» de l'ETHZ, Robert Finger, estime que les effets négatifs qu'engendreraient une interdiction du glyphosate sont surestimés. Celui qui a simulé – à l'aide d'un modèle bio-économique – un tel scénario considère que les pertes salariales seraient de l'ordre de 0.5 à 1% pour les paysan.e.s utilisant cet herbicide. Le modèle semble également indiquer que les agricultrices et agriculteurs ne se tournent, pour la majorité, pas vers d'autres pesticides afin de remplacer le glyphosate. Le chercheur précise toutefois que des recherches plus complètes doivent être menées pour avoir une image plus globale des impacts (environnementaux, selon les cultures, les régions, etc.), comme le rapporte le Tages-Anzeiger.

Für die SP würde die Ausdehnung des Patentrechts auf menschliches, tierisches und pflanzliches Leben grundlegende ethische Prinzipien verletzen. Die Grünen vertraten die Ansicht, die belebte Natur erlaube keine Patente. Die Ärzteschaft (FMH und SAMW) sah in der Patentierung von Genen einen Verstoss gegen die Unverfügbarkeit des menschlichen Lebens. Gemeinsam wiesen über 30 Bauern-, Konsumentinnen- und Entwicklungsorganisationen darauf hin, erst vier EU-Mitglieder hätten die europäische Bio-Richtlinie angenommen; der Vorentwurf des EJPD komme einem Akt des vorauseilenden Gehorsams gegenüber Brüssel gleich. Für die Stiftung für Konsumentenschutz sprechen auch wirtschaftliche Gründe gegen die Revision. Die Patentierung diene in erster Linie dazu, Monopole zu errichten; statt gefördert, werde die Forschung dadurch behindert. FDP und SVP begrüssten die vorgeschlagene Revision. Die Änderungen würden einen angemessenen Erfinderschutz im Bereich der Biotechnologie gewähren. Die FDP erachtete vor allem die Europakompatibilität des Schweizer Patentschutzes als dringlich. Diese Auffassung vertrat auch die SVP. Sie betonte zudem, die Revision gebe der forschenden Industrie, allen voran den KMU, die nötige rechtliche Sicherheit. Ähnlich argumentierte auch der Wirtschaftsverband Economiesuisse: für viele Start-up-Firmen sei die Erfindung das einzige Kapital; Die Revision bringe keine Ausweitung der Patentierbarkeit, sondern lege lediglich deren rechtliche und ethische Schranken im Bereich biotechnologischer Erfindungen fest. Volle Zustimmung fand der Revisionsentwurf bei der Interessenorganisation der Gentechnologie Gen Suisse.

Un important débat a vu le jour, principalement en Suisse alémanique, autour des expériences pratiquées à la Station fédérale de recherches agronomiques de Changins (VD) sur la modification de facteurs héréditaires de certains types de pommes de terre (bintje). La recherche incriminée consiste à modifier génétiquement des patates afin de les rendre résistantes à certaines maladies. La polémique, engagée par certaines organisations écologiques, a éclaté lorsque des tests en plein air ont été envisagés, au vu des bons résultats obtenus "in vitro". Les opposants ont prétendu qu'il pouvait exister des risques de dissémination du gène dans la nature, que cela pourrait créer un précédent fâcheux et ont dénoncé l'absence de dispositions juridiques en la matière. Les chercheurs de Changins ont contesté cette argumentation et ont affirmé qu'il n'y avait aucun risque de transmission de gène. La polémique a connu son intensité maximum lorsque des membres de l'organisation Greenpeace occupèrent la serre de Changins dans le but d'empêcher l'expérience et furent délogés ensuite par la gendarmerie.

Le Conseil Fédéral autorisa finalement l'expérience "in vivo" en se basant sur les recommandations de deux commissions consultatives qui l'assurèrent que les risques étaient inexistants. Les organisations de protection de l'environnement protestèrent vivement contre cette décision prise, selon eux, en l'absence de base légale. En automne, la récolte des pommes de terre contestées a permis de constater que la modification génétique avait protégé les tubercules du virus qui les menaçait, malgré certaines transformations de leur forme. Les scientifiques espèrent que ce type de manipulations pourra être étendu à diverses sortes de cultures (vigne, betteraves, fruits, etc.), ce qui permettrait d'abandonner les traitements par produits chimiques. Les organisations de protection de l'environnement ont malgré tout protesté à nouveau, arguant que les conséquences, à terme, de ces expériences étaient inconnues et trop dangereuses (apparition de nouveaux virus, épidémies, dissémination de gènes modifiés).