L'initiative déposée par le canton de Vaud n'a trouvé aucun relai au Conseil national, les débats entourant l'avenir des OGM s'étant concentrés sur la modification de la Loi sur le génie génétique (LGG) discutée simultanément. La décision du Conseil national, en phase avec l'avis de sa commission, met donc un terme au parcours de l'initiative du canton de Vaud.

La chambre haute a rejeté l'initiative déposée au Parlement par le canton de Vaud pour une Suisse sans OGM, suivant ainsi l'avis de sa commission (6 voix contre 0 et 5 absentions). Celle-ci créerait, selon la CER-CE, une redondance avec le projet de modification de la LGG proposé par le Conseil fédéral. Durant le même débat, le Conseil des Etats a pris la décision de prolonger le moratoire sur les OGM, tout en y incluant une exception pour les nouvelles techniques génétiques.

Sans discussion, la chambre du peuple rejette l'initiative cantonale thurgovienne «Pour une agriculture suisse sans génie génétique», suivant ainsi la position de la CSEC-CN et de la chambre haute. La commission de la science, de l'éducation et de la culture du Conseil national estime, en effet, que les objectifs de l'initiative sont partiellement caducs, le parlement ayant prolongé, en 2017, le moratoire sur les OGM de quatre ans. De plus, elle estime que fermer complètement la porte à ces organismes serait une entrave à la recherche scientifique.

Le canton de Thurgovie a déposé une initiative cantonale intitulée "Pour une agriculture suisse sans génie génétique". Celle-ci exige que les autorités prolongent le moratoire sur les organismes génétiquement modifiés (OGM) – expirant fin 2017 – de dix ans ou interdisent complètement leur utilisation dans le domaine de la culture de plantes comme dans celui de l'élevage d'animaux, tout en conservant l'interdiction déjà en cours en ce qui concerne l'importation et la mise en circulation de plantes et de semences OGM ainsi que d'animaux génétiquement modifiés destinés à la production d'aliments. Les représentants du canton de Thurgovie s'appuient sur une étude menée par Univox en 2015 qui constatait que près de 2/3 des personnes interrogées considèrent les OGM dans l'alimentation comme un danger. Egalement publiée en 2015, une autre étude menée par la Haute école de Lucerne fait le constat qu'une grande majorité de la population est attachée à une agriculture proche de la nature ainsi qu'à une production biologique, des avis allant à l'encontre, selon les initiants, d'une agriculture travaillant avec des OGM.
La CSEC-CE a pris position contre cette initiative, le moratoire sur les OGM ayant été, entre temps, prolongé de 4 ans. Cette période de temps est jugée plus raisonnable par la commission compétente qui estime que d'interdire complètement ou avoir un moratoire de dix ans sur les OGM ne permettrait pas de prendre compte de possibles progrès ou évolutions dans le domaine.
Le Conseil des Etats décide de suivre sa commission et ne donne pas suite à cette initiative cantonale. Elle passe donc en mains de la CSEC-CN qui, à son tour, va prendre position.