Wenige Tage nach der zweiten Sitzung des Ständerats zur Vorlage befasste sich der Nationalrat mit dessen Kompromiss zu den Kapitalerhöhungen der Weltbankgruppe und der Afrikanischen Entwicklungsbank. Die vier Verpflichtungskredite waren in beiden Räten unumstritten, jedoch hatte der Nationalrat fünf Artikel mit Handlungsrichtlinien ergänzt, die vom Ständerat zwar abgelehnt, im Sinne einer Kompromisslösung aber grösstenteils in einem neu geschaffenen Artikel 3a aufgenommen worden waren. Während dieser Artikel 3a auf Antrag der APK-NR angenommen wurde, setzte sich eine Minderheit Schneider-Schneiter (cvp, BL) dafür ein, dem Ständerat auch hinsichtlich der Streichung der Offenlegungspflicht zu folgen und Artikel 3c zu streichen. Die Minderheit aus Vertreterinnen und Vertretern der Mitte-, der FDP- und der GLP-Fraktion argumentierte, dass die Publikation im Internet nicht umsetzbar und die Unterrichtungspflicht des Parlaments bereits anderweitig geregelt sei. Roland Fischer (glp, LU) zeigte Verständnis für den Wunsch nach mehr Transparenz und stellte in Aussicht, dass die Aussenpolitischen Kommissionen in der Differenzbereinigung einen Kompromiss ausarbeiten könnten. Die Mehrheit des Nationalrates wollte jedoch an der Offenlegungspflicht festhalten. Franz Grüter (svp, LU), dessen Fraktion sich von Anfang an gegen die Verfügungskredite eingesetzt hatte, bezeichnete die Institutionen als «Dunkelkammern» und verlangte eine «Aufsicht über die Aufsicht». Auch die SP setze sich für die Einhaltung von Transparenz und Rechenschaft und daher für Artikel 3c ein, wie Claudia Friedl (sp, SG) verlauten liess. Bundesrat Parmelin freute sich zwar über den konstruktiven Kompromiss zu Artikel 3a, der keine grösseren Umsetzungsprobleme mit sich brachte. Er verwies jedoch in Bezug auf den umstrittenen Artikel 3c ebenfalls darauf, dass die Publikation der Schweizer Positionen im Internet «äusserst problematisch und sehr oft kontraproduktiv» sein könne. Um auf internationaler Ebene Kompromisse finden zu können, sei es manchmal unumgänglich, Positionen vertraulich zu behandeln. Auf Nachfrage von Fabian Molina (sp, ZH) stimmte er aber im Namen des Bundesrats zu, den zuständigen Kommissionen gegenüber Rechenschaft abzulegen. Der Nationalrat nahm den Antrag der Mehrheit in Bezug auf Artikel 3c trotz der bundesrätlichen Bedenken mit 118 zu 68 Stimmen (bei 3 Enthaltungen) an, womit er erneut eine Differenz zum Ständerat schuf.

Die Kapitalerhöhungen der Weltbankgruppe und der Afrikanischen Entwicklungsbank wurden im der Herbstsession 2020 im Nationalrat ähnlich hitzig diskutiert, wie einige Monate zuvor bereits im Ständerat. Konkret handelte es sich bei vorliegendem Geschäft um drei Bundesbeschlüsse: zwei Verpflichtungskredite über CHF 217.5 Mio. respektive CHF 713.9 Mio. für die Kapitalerhöhungen und die Erhöhung des Garantiekapitals der WBG; zwei Verpflichtungskredite über CHF 109.7 Mio. respektive CHF 1.718 Mrd. für die Kapitalerhöhung und die Erhöhung des Garantiekapitals der AfDB; und schliesslich eine Änderung des Quorums für Kapitalerhöhungen im Rahmen der IFC.
Die APK-NR empfahl dem Nationalrat auf alle drei Bundesbeschlüsse einzutreten, während zwei Kommissionsminderheiten – die Minderheit Guggisberg (svp, BE) der FK-NR und die Minderheit Grüter (svp, LU) der APK-NR – einen Antrag auf Nichteintreten stellten. Claudia Friedl (sp, SG), Komissionssprecherin der FK-NR, betonte die Bedeutung der beiden Banken, die für ihre Arbeit auf Unterstützung von aussen angewiesen seien, wobei die Schweiz sich über das reine Geldgeben hinaus auch gegen Korruption und Fehlinvestitionen einsetze. Für Minderheitsführer Guggisberg waren derartige Ausgaben in der Corona-Krise schlicht nicht zu verkraften. Zudem würden die Banken immer wieder menschenrechtsverletzende Projekte finanzieren und hätten mit Korruption zu kämpfen. Schliesslich wies Guggisberg darauf hin, dass sich auch die USA nicht an der Kapitalerhöhung beteiligten. Franz Grüter argumentierte im Namen seiner APK-NR-Minderheit ebenfalls gegen das Eintreten und nahm dabei vor allem auf die Argumente seines Vorredners und Parteikollegen Bezug. Er kritisierte darüber hinaus aber auch, dass CHF 300 Mio., welche den Banken im Austausch für Aktien überwiesen werden sollten, als Investitionen und nicht als ordentliche Ausgaben klassifiziert werden sollen. Die beiden Minderheiten Guggisberg und Grüter wurden gemeinsam mit 133 zu 54 Stimmen abgelehnt, womit der Nationalrat auf das Geschäft eintrat. Darüber hinaus machte die APK-NR mehrere Änderungsvorschläge in den Bundesbeschlüssen, welche dem Bundesrat konkrete Handlungsanweisungen auferlegen würden. Unter anderem stimmte der Nationalrat dafür, dass die Schweiz ihr Abstimmungsverhalten zu den einzelnen Projekten der Banken im Internet publizieren und der Bundesrat dem Parlament alle zwei Jahre Auskunft darüber geben muss, wie sich die Schweiz für den Schutz der Menschenrechte, gute Regierungsführung und den Klimaschutz einsetzt. Ausserdem muss sich die Schweiz in der Weltbankgruppe für die Stärkung der staatlichen Bildung und der Gesundheitsversorgung einsetzen, eine Nulltoleranzpolitik gegenüber Korruption und Repression verfolgen und die Schaffung von dauerhaften Arbeitsplätzen in den Zielländern unterstützen. In der Gesamtabstimmung nahm der Nationalrat die Kredite für die Weltbankgruppe mit den vorgenommenen Ergänzungen mit 139 zu 54 Stimmen und jene für die Afrikanische Entwicklungsbank mit 140 zu 55 Stimmen an. Damit schuf er eine Differenz zum Ständerat, welcher das Geschäft erneut zur Behandlung überwiesen erhielt.

Im März 2019 reichte Franz Grüter (svp, LU) eine parlamentarische Initiative gegen die MWST-Belastung auf Steuern und Abgaben bei Treibstoffen ein. Dass die Mehrwertsteuer bei Treibstoffen nicht nur auf den Mehrwert, sondern auch auf Steuern und Abgaben erhoben werde, sei missbräuchlich, widerspreche der Logik der Mehrwertsteuer und koste 7 Rappen pro Liter Treibstoff. Entsprechend sollen Mineralölsteuersatz, Mineralölsteuerzuschlag und Importabgaben auf Treibstoffe zukünftig nicht mehr in die Bemessungsgrundlage einbezogen werden. Im August 2020 gab die WAK-NR dem Anliegen knapp mit 12 zu 12 Stimmen bei 1 Enthaltung und Stichentscheid von Präsident Lüscher (fdp, GE) Folge. Den Argumenten, der Staat solle keine Steuern auf Steuern erheben und tiefere Steuern wirkten sich positiv auf das Wirtschaftswachstum aus, standen Argumente entgegen, wonach die Änderung Mindereinnahmen von CHF 230 Mio. und weitere Forderungen nach Ausnahmen mit sich bringen würde sowie die klimapolitischen Ziele unterlaufe.

Im Vorfeld der Sommersession 2020 befassten sich sowohl die FK-NR wie auch die APK-NR ausführlich mit der Botschaft zur Strategie der IZA 2021-2024. Wie bereits in der Vernehmlassung führte die APD-Quote zu inhaltlichen Differenzen. Die FK-NR lehnte sowohl eine progressive Erhöhung der APD-Quote auf 0.7 Prozent, wie auch eine Senkung der Quote auf 0.45 Prozent ab. Auch ein weiterer Kürzungsantrag, welcher die Rahmenkredite – ausser denjenigen zur humanitären Hilfe – halbieren wollte, wurde abgelehnt. Eine Kommissionsmehrheit beantragte dem Nationalrat, den Vorschlag des Bundesrats anzunehmen. Die APK-NR kam in ihrer Beratung hingegen zum Schluss, dass in Krisenzeiten eine starke internationale Zusammenarbeit und eine effektive humanitäre Hilfe unabdingbar sei. Aus diesem Grund beschloss die Kommission von der bundesrätlichen Vorlage abzuweichen, und die Rahmenkredite um CHF 241 Mio. zu erhöhen. Diese Erhöhung entspräche einer progressiven Erhöhung der APD-Quote auf die vom Parlament 2011 festgesetzten 0.5 Prozent. Zudem reichte die APK-NR zwei Vorstösse ein, eine Motion zur Fortführung der Tätigkeiten in ausgewählten Ländern in Zentralamerika und der Karibik und ein Postulat (20.3469), welches einen Bericht zu Zoonosen und deren Eindämmung forderte.
Der Sprecher der APK-NR, Hans-Peter Portmann (fdp, ZH) empfahl dem grossen Rat in der Sommersession 2020, auf alle vier Bundesbeschlüsse einzutreten und den Gesamtbetrag des Rahmenkredits um den bereits erwähnten Betrag zu erhöhen. Daraufhin entspann sich eine langwierige Debatte entlang der Parteigrenzen für oder gegen eine Erhöhung der Rahmenkredite. Elisabeth Schneider-Schneiter (cvp, BL) brachte die Debatte mit der Feststellung: «Die Linke möchte immer mehr finanzielle Mittel und die Rechte immer weniger» konzise auf den Punkt. CVP und FDP unterstützten die bestehende Vorlage des Bundesrates während die Parteien links und rechts davon abwichen. SP, Grüne und GLP auf der einen und die SVP auf der anderen Seite argumentierten allesamt mit den Konsequenzen der Corona-Krise für ihr jeweiliges Anliegen. Die davon abgeleiteten Folgerungen standen sich aber diametral gegenüber. Sibel Arslan (gp, BS) verwies auf die «verheerende» Wirkung der Corona-Massnahmen für die Wirtschaft in den Entwicklungsländern und forderte, dass sich die Schweiz als – auch nach Corona – stabiles und reiches Land ihrer Verantwortung bewusst werden müsse. Auch Nationalrätin Tiana Angelina Moser (glp, ZH) befand es für notwendig, die Kredite bzw. die ADP-Quote zu erhöhen, da sich die Schweiz als Globalisierungsgewinnerin für die Bewältigung globaler Krisen einsetzen sollte. Die SVP-Fraktion interpretierte die Folgen der Corona-Pandemie gänzlich anders. So verlangte Nationalrat Roland Büchel (svp, SG) im Namen seiner Fraktion die Kürzung des IZA-Budgets und die Aufhebung der ADP-Quote, da qualitative Messgrössen wichtiger seien als quantitative. Auch sein Parteikollege Franz Grüter (svp, LU) stellte die Höhe des Entwicklungshilfe-Budgets angesichts der «grössten Krise seit dem Zweiten Weltkrieg» in Frage. Ein Rückweisungsantrag von Rino Büchel wurde mit 140 zu 53 Stimmen abgelehnt. Ebenfalls abgelehnt wurden die zahlreichen Minderheitsanträge, darunter auch jene von Roland Büchel und Sibel Arslan, welche die Höhe der Rahmenkredite anpassen wollten und inhaltlich teilweise identisch waren. Der Nationalrat nahm hingegen einen Minderheitsantrag Portmann (fdp, ZH) an. Dieser legte fest, dass die Beträge der Rahmenkredite mit der wirtschaftlichen Entwicklung und dem Abbaupfad der Corona-bedingten Schulden fluktuieren werden. Mit Ausnahme der SVP stimmten alle Fraktionen für die vom Bundesrat vorgebrachten Bundesbeschlüsse.

In der Frühlingssession 2016 nahm der Nationalrat die Differenzbereinigung zur Energiestrategie 2050 auf. In der ersten Differenz, der Höhe des Richtwertes für den Zubau an erneuerbaren Energien, beantragte die Kommissionsmehrheit das Festhalten an den 14 500 Gigawattstunden, während eine Minderheit Schilliger (fdp, LU) das vom Ständerat gesetzte Ziel von 11 400 Gigawattstunden übernehmen wollte. Mit dem knappen Resultat von 98 zu 95 Stimmen (keine Enthaltungen) blieb die grosse Kammer bei ihrem Richtwert und liess die Differenz bestehen. In der Frage der Abwägung von nationalen Interessen wollte die Mehrheit der UREK-NR auf die bundesrätliche Fassung zurückgreifen, welche dem Bau oder Ausbau einer Anlage zur Gewinnung von erneuerbarer Energie ein nationales Interesse zuschreibt und dieses als grundsätzlich gleichwertig zu anderen nationalen Interessen sieht. Eine Minderheit I Wasserfallen (fdp, BE) wollte an der nationalrätlichen Version festhalten, welche das Wort "grundsätzlich" und auch den ständerätlichen Zusatz, das Bauvorhaben dürfe ein Objekt nicht im Kern seines Schutzwertes verletzen, nicht enthält. Eine Minderheit II Grunder (bdp, BE) schliesslich wollte den Absatz 3 des Artikels 14 ohne das Wort "grundsätzlich", aber mit der ständerätlichen Formulierung zum "Kern des Schutzwertes". Nachdem die Minderheit II der Minderheit I deutlich unterlag, obsiegte mit der Minderheit I die Ratsrechte mit 101 zu 93 Stimmen (keine Enthaltungen) zugunsten einer Formulierung, die namentlich auch Pumpspeicherkraftwerken das gleiche nationale Interesse bescheinigt, wie beispielsweise dem Landschaftsschutz. In den Differenzen bezüglich der Abnahme- und Vergütungspflicht bei der Einspeisung netzgebundener Energie schlug die Kommissionsmehrheit nur minime Änderungen in den Formulierungen vor, stimmte aber inhaltlich grösstenteils dem Ständerat zu. Eine Minderheit Schilliger (fdp, LU) wollte die bundesrätliche Fassung der ständerätlichen vorziehen, unterlag der Mehrheit aber mit 95 zu 98 Stimmen bei einer Enthaltung. Eine Minderheit Semadeni (sp, GR) verlangte erfolgreich, die Untergrenze von 1 Megawatt Leistung für Wasserkraftanlagen zur Beteiligung am Einspeisevergütungssystem wieder aufzunehmen, die in der ersten Lesung vom Nationalrat eingeführt, vom Ständerat aber gestrichen worden war. In den übrigen Differenzen bezüglich Einspeisevergütungssystem stimmte die Minderheit Semadeni aber dem Ständerat zu. Bei Artikel 21 zur Direktvermarktung der Energie schuf der Nationalrat weitere Differenzen zum Ständerat, indem er Detailregelungen vornahm, die es erlauben, kleinere Produzenten von der Pflicht zur Direktvermarktung zu befreien. Der Nationalrat hielt ausserdem an der Streichung der Regelungen von Auktionen und Auktionsverfahren (Artikel 25-27) fest. Da der Ständerat in diesen Punkten dem Bundesrat zugestimmt hatte, blieb eine Differenz bestehen. Die vom Ständerat aufgenommene Finanzhilfe für die Grosswasserkraft wurde im Nationalrat kontrovers diskutiert. Die Kommissionsmehrheit wollte die Marktprämie für Grosswasserkraftanlagen übernehmen, änderte aber einige Formulierungen und strich die Absätze zu den Detailregelungen. Eine Minderheit Wasserfallen (fdp, BE) wollte hingegen das ganze Konzept streichen. Schliesslich zog der Rat einen Einzelantrag Grüter (svp, LU), welcher dem Mehrheitsvorschlag entsprach, aber zudem eine Zweckbindung der Marktprämie zur Sicherung des langfristigen Weiterbetriebs enthielt, dem Mehrheitsvorschlag vor. Für das Streichen der Marktprämie trat nur eine Minderheit der grossen Kammer ein: Mit 112 zu 77 Stimmen (bei 6 Enthaltungen) stimmte der Rat der Finanzhilfe für Grosswasserkraftanlagen zu. Er tat dies zwar in Abweichung vom Ständerat, baute mit der gewählten Formulierung aber eine Brücke zur kleinen Kammer. Artikel 39 zum Netzzuschlagsfonds - vom Ständerat gestrichen - bestätigte der Nationalrat gemäss Bundesrat. Beim "Sunset-Klausel" genannten Artikel 39a betreffend dem Auslaufen der Unterstützungsbeiträge setzte sich die Kommissionsmehrheit gegen zwei Minderheiten durch: Der Rat stimmte der Fassung des Ständerates zu und verwarf sowohl den Vorschlag der Minderheit I Wasserfallen (fdp, BE), welche das Auslaufen der Unterstützungsbeiträge auf 2025 statt auf 2031 festlegen wollte, als auch jenen der Minderheit II Nussbaumer (sp, BL), welche ein vorzeitiges Auslaufen der Unterstützungsbeiträge bei Erreichen des Richtwertes im Zubau erneuerbarer Energien vorsah. Mit der Annahme eines Einzelantrags Knecht (svp, AG) schuf der Nationalrat eine neue Differenz: Forschungsanlagen im internationalen Wettbewerb sollen vom Netzzuschlag ausgenommen sein. Als Erstrat hatte der Nationalrat Regelungen für Grossfeuerungen und Heizungen aufgenommen, die vom Ständerat aber gestrichen wurden. Der Nationalrat hielt in der Differenzbereinigung jedoch daran fest, wenn auch in allgemeiner gehaltenen Formulierungen und gegen eine Minderheit Knecht (svp, AG), die dem Ständerat zustimmen wollte. Bei der Differenz bezüglich der rationellen Energienutzung im Gebäudebereich übernahm der Nationalrat im Wesentlichen die ständerätliche Fassung. Eine Minderheit Jans (sp, BS) wollte die Zielvorgaben bezüglich Energieeffizienz für die Elektrizitätslieferanten beibehalten, der Rat folgte aber seiner Kommission und stimmte dem Ständerat zu, welcher die Artikel 48 bis 50 gestrichen hatte. Einige Differenzen schuf der Nationalrat bei den Gesetzesartikeln zum Monitoring von Energiespar- und Effizienzmassnahmen, dies vor allem bezüglich Personendaten und Vollzugsstelle. Die Differenz bezüglich der Koppelung von Energiestrategie und Atomausstiegsinitiative blieb bestehen, der Nationalrat hielt an seiner Streichung des entsprechenden Artikels fest, obschon der Ständerat in dieser Sache dem Bundesrat gefolgt war. Auch bezüglich der Steuerabzüge für Gebäudesanierungen und Ersatzneubauten blieb der Nationalrat auf seiner Linie und prononcierte diese gar, indem etwa Bedingungen für den Abzug gestrichen wurden. Eine Minderheit Badran (sp, ZH), die den gesamten Steuerabzug-Artikel gemäss dem Ständerat streichen wollte, unterlag in der Abstimmung mit 68 zu 123 Stimmen bei 3 Enthaltungen. Eine Differenz beilegen konnte der Nationalrat mit der Streichung der Langzeitbetriebskonzepte für Atomkraftwerke. Eine Minderheit I Bäumle (glp, ZH), welche dieses Konzept beibehalten wollte, fand Zustimmung bei Grünen, SP, GLP und Teilen von CVP und BDP, unterlag aber mit 77 gegen 118 Stimmen (keine Enthaltungen). Eine Minderheit II Jans (sp, BS) wollte eine Laufzeitbeschränkung auf 50 Jahre ins Kernenergiegesetz aufnehmen, fand aber über die Grünen, SP und GLP hinaus kaum Unterstützung und wurde mit 64 zu 131 Stimmen abgelehnt. Eine Differenz blieb im Stromversorgungsgesetz erhalten, wo sich eine Minderheit Grunder (bdp, BE) durchsetzte und die allgemeiner gehaltene Formulierung des Bundesrates jener des Ständerates vorzog. In allen übrigen Differenzen übernahm der Nationalrat die ständerätliche Fassung.