Die KVF-SR stellte sich grundsätzlich hinter die bundesrätlichen Anträge in der Botschaft zum Stand und zu Änderungen der Ausbauprogramme für die Bahninfrastruktur sowie zur Perspektive Bahn 2050. Um eine «über alle Regionen ausgewogene Weiterentwicklung des öffentlichen Verkehrs» sicherzustellen, beantragte die Kommission ihrem Rat aber, in den Ausbauschritten 2025 und 2035 verschiedene Projekte anzupassen oder neu aufzunehmen.
Die Strategie Bahn 2050 nahm die Kommission zur Kenntnis. Kommissionssprecher Wicki (fdp, NW) erläuterte, dass die Kommission den Fokus der Strategie auf kurze und mittlere Strecken grundsätzlich begrüsse, die Strecken zwischen Städten und Agglomerationen sowie der langstreckenfokussierte Güterverkehr dabei aber nicht in den Hintergrund rücken dürften. Die Kantone hätten in der Anhörung der Kommission zudem verlauten lassen, dass sie den Ausbau internationaler Verbindungen zu den grossen Städten und Tourismuszentren begrüssen würden.
Die mitberichtende FK-SR stellte keine von der bundesrätlichen Botschaft abweichenden Anträge, merkte aber an, «dass die Finanzierung der Bahninfrastruktur angesichts des Bedarfs aller Regionen eine Herausforderung bleibt».

In der Wintersession 2023 stand die Beratung des Geschäfts auf der Traktandenliste des Ständerats. In der Eintretensdebatte wurden Fragen bezüglich der langfristigen Planung der Bahnentwicklung sowie der Auswahl der Projekte laut. Stefan Engler (mitte, GR) beispielsweise bemängelte die seines Erachtens geringe parlamentarische und demokratische Legitimation der Projektauswahl, die Stossrichtung der räumlichen Entwicklung der Bahn und die Ausgestaltung der Angebotskonzepte. Er stellte zudem die Frage, warum der Marktanteil der Bahn trotz grosser Investitionen in die Infrastruktur stagniere. Auch müsse in der Planung auf das nationale Zusammenspiel der verschiedenen Planungsregionen geachtet werden, wie Benedikt Würth (mitte, SG) ergänzte. Bundesrat Rösti erläuterte in Anbetracht dieser Fragen, dass die vorliegende Strategie Bahn 2050 eine erste Stossrichtung vorgebe. Eine Konkretisierung des angestrebten Bahnausbaus und des Angebotskonzepts sowie die Möglichkeit, diese im Parlament zu beraten, stellte er für die Botschaft 2026 in Aussicht.
Eintreten wurde in der Folge ohne Gegenantrag beschlossen.
In der Detailberatung gab der erste Teil der Vorlage bezüglich Anpassungen an den Ausbauschritten 2025 und 2035 Anlass zur Debatte. Die KVF-SR beantragte ihrem Rat beim Ausbauschritt 2025, am bisherigen Beschlusstext festzuhalten und die Entflechtung in Pratteln weiterzuführen, da deren Notwendigkeit unbestritten sei. Dafür beantragte sie eine Krediterhöhung um CHF 25 Mio. Laut Kommissionssprecher Wicki sei die Verwaltung der Meinung, dass im Projekt bereits genügend Mittel zur Verfügung stehen, um die Entflechtung weiterzuführen. Die Kommission habe sich jedoch einstimmig für die Krediterhöhung ausgesprochen, «damit das Projekt ernst genommen wird». Die kleine Kammer stellte sich stillschweigend hinter den Antrag der Kommission.
Beim Ausbauschritt 2035 empfahl die KVF-SR, der vom Bundesrat beantragten Aufnahme des Vollausbaus des Lötschberg-Basistunnels, der Projektierung des multifunktionalen Grimseltunnels und dem Bau des Tunnels Morges-Perroy zuzustimmen, was der Ständerat diskussionslos genehmigte.
Zusätzlich beantragte die Kommissionsmehrheit die Aufnahme von weiteren (Teil-)Projekten. Im Projekt zur Kapazitätserweiterung auf der Strecke Luzern-Zug-Zürich schlug die Kommission vor, vier Gleise des Bahnhofs Ebikon zu verlängern. Dies werde mit dem Bau des Durchgangsbahnhofs Luzern früher oder später ohnehin notwendig und mit der frühen Aufnahme des Ausbaus könnten längere Bautätigkeiten vermieden werden. Der Kreditrahmen sollte entsprechend um CHF 100 Mio. erhöht werden. Weiter sollte im Raum Basel die S-Bahn-Haltestelle Morgartenring realisiert werden. Bei der Strecke Zürich-Chur empfahl die KVF-SR, den bisher einspurigen Streckenabschnitt Tiefenwinkel auf zwei Spuren auszubauen. Der Ständerat sprach sich diskussionslos für diese drei Projektierungen aus.
Zudem beantragte die KVF-SR ihrem Rat zwei Änderungen im Raum Westschweiz. Erstens sollten Vorstudien bzw. Projektierungen für die Projekte Arc-Express und Bypass Bussigny erstellt werden, was die kleine Kammer stillschweigend guthiess. Zweitens sollten CHF 100 Mio. bereitgestellt werden, um «Verschlechterungen in der Westschweiz im Kontext des Fahrplanwechsels aufzufangen». Kommissionssprecher Wicki sprach von einer grossen Notwendigkeit und erklärte, dass sich die Kommission mit 6 zu 5 Stimmen bei einer Enthaltung für diesen Antrag ausgesprochen habe. Bundesrat Rösti stellte sich gegen die Bereitstellung dieser Mittel, da keine konkreten Projekte vorliegen würden. Rösti führte zudem aus, dass – sollten konkrete Massnahmen nötig sein – entsprechende Gelder auf dem ordentlichen Weg beantragt werden könnten. Der Ständerat stellte sich jedoch hinter die Meinung seiner Kommission und sprach sich mit 40 zu 2 Stimmen bei einer Enthaltung für die Sprechung der Mittel aus.
Auch ein Minderheitsantrag lag zum Ausbauschritt 2035 vor. Minderheitssprecher Mathias Zopfi forderte, dass im Rahmen des Ausbaus des Zimmerberg-Basistunnels II eine Abzweigung für den angedachten Meilibachtunnel gebaut wird. Der Ausbau des Meilibachtunnels sei einerseits von zentraler Bedeutung für die Kantone Zürich, St. Gallen, Graubünden, Glarus und Schwyz sowie auch für die internationalen Zugverbindungen. Andererseits könnte die Sperrung des Zimmerberg-Basistunnels, welche ohne die Vorinvestition in die Abzweigung nötig wäre, massive Engpässe im Bahnverkehr verursachen. Kommissionssprecher Wicki ergänzte dazu, dass sich der Bau des Zimmerberg-Basistunnels leicht verzögern und Mehrkosten von CHF 100 Mio. anfallen würden, wenn die Abzweigung in den Ausbauschritt aufgenommen würde. Die Kommissionsmehrheit sei aber der Ansicht, dass die Vorinvestition mit finanziellen Risiken behaftet sei. Da bisher keine konkrete Projektierung für den Meilibachtunnel vorliege, bestehe die Gefahr, dass die investierten Mittel bei einer Projektänderung verloren gingen. Dies sei bereits beim Lötschberg-Basistunnel der Fall gewesen, als eine Abzweigung an der falschen Stelle und im falschen Winkel realisiert wurde. Die kleine Kammer sprach sich – nachdem Bundesrat Rösti versichert hatte, dass der Ausbau der Abzweigung keine «epische» zeitliche Verzögerung mit sich bringen würde – mit 40 zu 3 Stimmen bei 2 Enthaltungen für den Minderheitsantrag aus und nahm die Vorinvestition in den Ausbauschritt 2035 auf.
In der Gesamtabstimmung stellte sich die kleine Kammer einstimmig hinter diesen ersten Teil der Vorlage.
Die drei weiteren Teile der bundesrätlichen Vorlage waren unumstritten. Der Ständerat genehmigte stillschweigend die Anpassung der ZEB sowie die Verpflichtungskredite für die Ausbauschritte 2025 und 2035, welche entsprechend den vorher genehmigten Projekten erhöht wurden. In den Gesamtabstimmungen herrschte Einstimmigkeit über die Annahme der drei Beschlüsse. Somit ging die Vorlage mit den Ergänzungen in beiden Ausbauschritten zur Beratung an den Nationalrat.

Der Ständerat genehmigte zudem die Abschreibung eines Postulats und einer Motion der KVF-SR. Den Antrag auf Abschreibung für ein drittes Postulat zog Bundesrat Rösti zurück, nach dem Johanna Gapany (fdp, FR) einen entsprechenden Antrag gestellt hatte. Gapany hatte argumentiert, dass in der vorliegenden Fassung der Strategie Bahn 2050 zwar ein Fokus auf einigen lokalen Projekten bestehe, ein umfassender Masterplan bezüglich der schweizweiten Vision des Eisenbahnnetzes aber noch nicht vorliege.

Nach dem Nationalrat befasste sich in der Frühjahrssession 2023 der Ständerat mit der Motion der KVF-NR zur Realisierung und Vollendung des «Verkehrskreuzes Schweiz». Die Motion verlangt, dass sich der Bundesrat im Rahmen der «Perspektive Bahn 2050» verstärkt auf den Fernverkehr von Grenze zu Grenze zwischen Nord und Süd sowie zwischen West und Ost konzentrieren soll.
Während sich mit 7 zu 2 Stimmen bei 3 Enthaltungen eine Mehrheit der KVF-SR für die Motion aussprach, kritisierte eine Minderheit diesen Fokus auf den Fernverkehr. Mathias Zopfi (gp, GL) monierte, dass dadurch der Regional- und Agglomerationsverkehr – also der Verkehr auf kurzen und mittleren Distanzen – vernachlässigt werde und zu viele Mittel in den Fernverkehr fliessen würden. Er verwies dabei auf das benachbarte Frankreich, in dem die Fernverkehrsverbindungen sehr gut seien, der «ÖV in der Provinz [jedoch] ziemlich dürftig» ausfalle. Vor allem der Ausbau im Regional- und Agglomerationsverkehr könne den ÖV-Anteil am Gesamtverkehr steigern, während der Fernverkehrsausbau nur zu Mehrverkehr führe.
Kommissionssprecher Hans Wicki (fdp, NW) vertrat im Rat hingegen die Meinung, dass der Fokus nicht zu stark auf den Agglomerationsverkehr gesetzt werden, sondern auch die «Attraktivität des gesamten Netzes nicht aus den Augen verloren gehen» dürfe. Projekte müssten zwischen den Regionen aufeinander abgestimmt werden und die Verlagerung des Personenverkehrs auf die Schiene auf internationaler Ebene durch die Steigerung der Attraktivität des Fernverkehrsnetzes sei anzustreben. Die Kommission unterstütze deshalb diese «Gesamtvision» durch eine Weiterentwicklung des Fernverkehrsnetzes.
Der neu im Amt stehende Verkehrsminister Albert Rösti versicherte, dass der Bundesrat mit seiner Strategie den Fernverkehr nicht vernachlässigen und auch die 37 Agglomerationsprogramme nicht gegeneinander ausspielen möchte. Geplant sei vielmehr, den Fernverkehr auf jenen Strecken auszubauen, in welchen die Bahn gegenüber dem Individualverkehr noch zu wenig konkurrenzfähig sei – etwa auf den Strecken Bern-Lausanne oder Winterthur-St.Gallen. In der Vernehmlassung zur Perspektive Bahn 2050 habe sich gezeigt, dass der Fokus primär auf die kurzen und mittleren Strecken gelegt werden sollte. Der Bundesrat beantrage deshalb eine Ablehnung der Motion, er werde aber sowieso den «Fernverkehr nicht einfach ausser Acht lassen», wie er abschliessend erklärte. Die Differenzen seien deshalb nicht sehr gross.
Mit 28 zu 10 Stimmen stimmte der Ständerat der Motion schliesslich deutlich zu und überwies diese damit an den Bundesrat, welcher den Auftrag im Zuge der Botschaft zu den Bahnperspektiven 2050 umzusetzen plant.

In der Wintersession 2021 beschäftigte sich der Ständerat mit vier gleichlautenden Motionen, welche einen Massnahmenplan forderten, um den Anteil des öffentlichen Verkehrs am Gesamtverkehr zu steigern. Stefan Engler (mitte, GR) erläuterte für die KVF-SR, dass die Motionen dazu beitragen könnten, die Treibhausgase im Verkehrsbereich weiter zu senken. Daher beantrage die Kommissionsmehrheit ihre Annahme. Die Minderheitssprecher Hans Wicki (fdp, NW) und Thierry Burkart (fdp, AG) plädierten hingegen für die Ablehnung der Motionen. Wicki argumentierte, dass es wenig sinnvoll sei, die Verwaltung Massnahmen ausarbeiten zu lassen, für deren Realisierung keine ausreichenden Mittel zur Verfügung stünden. Burkart wiederum vertrat die Ansicht, dass diese Motionen einem veralteten Schiene-gegen-Strasse-Denken folgten. Dabei sei doch mittlerweile klar, dass es beide Verkehrsträger brauche, zumal die Dekarbonisierung auch bei den Autos und den Lastwagen auf dem Vormarsch sei. Mit diesen Vorstössen würde zudem zwischen öffentlichem und privatem Verkehr unterschieden, «obwohl beide teilweise mit genau denselben Fahrzeugen verkehren», so Burkart. Bundesrätin Sommaruga sprach sich für Annahme der Motionen aus, räumte aber an die Minderheit gerichtet ein, dass eine Annahme nicht bedeute, dass nur noch für den öffentlichen Verkehr gearbeitet würde. So werde es beispielsweise beim geplanten Nachfolgegesetz für das an der Urne abgelehnte CO2-Gesetz auch massgeblich um den Ausbau der Infrastruktur für die Elektromobilität gehen. Nach diesen Voten nahm der Ständerat die Motionen mit 24 zu 15 Stimmen an.

Der Ständerat beugte sich in der Wintersession 2021 über die Revision des CO2-Gesetzes in Umsetzung der parlamentarischen Initiative für eine «Verlängerung des Reduktionsziels im geltenden CO2-Gesetz». Wie bereits der Nationalrat war sich auch die vorberatende UREK-SR einig, dass das Gesetz nicht mit Verschärfungen oder Erleichterungen modifiziert werden sollte, sondern lediglich die wichtigsten Massnahmen des geltenden CO2-Gesetzes bis 2024 verlängert werden sollten, wie Kommissionssprecher Schmid (fdp, GR) erläuterte. Die UREK-SR wollte denn auch nur eine einzige Differenz zum Nationalrat schaffen: Der durch einen Einzelantrag Regazzi (mitte, TI) eingebrachte Zusatz in Artikel 49b sollte gestrichen werden. Mit diesem Zusatz hatte der Nationalrat festgelegt, dass die Vereinbarungen zur CO2-Reduktion durch die Wirtschaft (so genannte Zielvereinbarungen) bis mindestens 2024 mit Hilfe derselben Organisationen, die diese Aufgabe auch bislang wahrgenommen haben, zu erarbeiten und umzusetzen seien. Schmid erläuterte, dass dieser Zusatz in Konflikt mit den WTO-Regeln geraten könnte, woraufhin die kleine Kammer dem Vorschlag der Kommission auf Streichung folgte. Der Ständerat schuf indes noch eine zweite Differenz zum Nationalrat, indem er einem Einzelantrag Wicki (fdp, NW) zustimmte. Wicki hatte vorgeschlagen, die in Erfüllung der parlamentarischen Initiative Burkart (fdp, AG; Pa.Iv. 17.405) gewährten Steuererleichterungen für Erdgas, Flüssiggas und biogene Treibstoffe ebenfalls bis Ende 2024 fortzuführen.
Vier Tage später schloss sich der Nationalrat in beiden Punkten dem Ständerat an, wodurch das Geschäft noch in der Wintersession bereinigt werden konnte. In den Schlussabstimmungen stimmte der Nationalrat der Vorlage mit 142 zu 46 Stimmen bei 5 Enthaltungen zu; die ablehnenden Stimmen stammten allesamt aus der SVP-Fraktion. Der Ständerat nahm das Geschäft einstimmig mit 41 zu 0 Stimmen bei 3 Enthaltungen an.

In der Sommersession 2021 beugte sich der Ständerat als Erstrat über das Bundesgesetz über den unterirdischen Gütertransport. Er stimmte dabei im Grossen und Ganzen der Vorlage des Bundesrates zu, wich aber in einigen wenigen Punkten von der bundesrätlichen Version ab.
Die Eintretensdebatte war geprägt von lobenden Worten seitens der Bürgerlichen für das geplante Projekt «Cargo sous terrain» (CST), wobei der Ständerat ja nur über die dafür nötigen gesetzlichen Rahmenbedingungen zu befinden hatte. Das Projekt wurde als «innovativ» (Wicki (fdp, NW), Engler (mitte, GR), Knecht (svp, AG)), «exzellent» (Français (fdp, VD)) und «historisch» (Bischof (mitte, SO)) bezeichnet – die übrigen Fraktionen blieben in der Eintretensdebatte ohne Wortmeldungen. Verkehrsministerin Sommaruga würdigte das Projekt ebenfalls und unterstrich, dass es beim vorliegenden Gesetzesvorhaben nicht darum gehe, dieses Infrastrukturprojekt selber zu erschaffen. Es sei vielmehr ein Ermächtigungsgesetz, damit von privater Seite her gebaut werden könne. Zudem müsse diese neue Infrastruktur mit der bestehenden Strassen- und Schieneninfrastruktur optimal abgestimmt werden. Das Gesetz regle folglich die Rahmenbedingungen für die Errichtung und den Betrieb der unterirdischen Gütertransportanlage sowie für den Betrieb von Transportfahrzeugen. Gemäss dem Gesetzesentwurf sollen unterirdische Gütertransportanlagen in den Sachplan Verkehr des Bundes Eingang finden, und zwar als eigenständiger Teil. Damit werde unter anderem die Koordination unter den beteiligten Kantonen gewährleistet. Sommaruga betonte auch, dass das vorliegende Gesetz nicht extra für CST gemacht worden sei. Das Gesetz gelte vielmehr für jeden Projektträger, der einen unterirdischen Gütertransport bereitstellen wolle. Auch müssten die angebotenen Transportdienstleistungen diskriminierungsfrei zugänglich sein. Bei Streitigkeiten rund um diese Diskriminierungsfreiheit solle die Railcom – die Regulierungsbehörde für den Eisenbahnverkehr in der Schweiz – zuständig sein. Schliesslich solle über eine Spezialgesetzgebung sichergestellt werden, «dass über die gesamte Lebensdauer der Anlage hinweg eine Schweizer Mehrheit an deren Eigentum besteht».
Im Rahmen der Detailberatung wich die kleine Kammer in vier Punkten von der Vorlage des Bundesrates ab. Diese Punkte betrafen die Themen Diskriminierungsverbot, öffentliche Auflage des Baugesuchs, die Stellungnahme der Kantone zum Baugesuch und den Rückbau der Infrastruktur.
In der Gesamtabstimmung wurde die Vorlage einstimmig mit 39 Stimmen und einer Enthaltung angenommen.

Der Ständerat befasste sich in der Frühlingssession 2021 ein zweites Mal mit den Rahmenbedingungen für fossilfrei angetriebene Nutzfahrzeuge. Dies war notwendig geworden, nachdem der Nationalrat den Vorstoss in leicht geänderter Form angenommen hatte. Kommissionssprecher Wicki (fdp, NW) erläuterte, dass die vorberatende KVF-SR keine Einwände gegen den geänderten Motionstext vorzubringen habe. Verkehrsministerin Sommaruga stimmte dem Vorstoss in dieser Form ebenfalls zu. Sie rief in Erinnerung, dass im Bereich der Nutzfahrzeuge ein gewisser Zielkonflikt zwischen der Förderung der Entwicklung von wichtigen Innovationen (beispielsweise Elektromobilität und Wasserstoffantrieb) und der Weiterentwicklung der LSVA bestehe. Man wolle hier weder diese Innovationen abwürgen, noch wolle man die Finanzierung der LSVA gefährden. Letztere müsse daher in Zusammenarbeit mit der Branche geschehen. Der Ständerat stimmte der Motion schliesslich stillschweigend zu.

Im November 2016 richtete der Bundesrat seine Botschaft zum Regionalen Personenverkehr 2018-2021 und den zugehörigen Verpflichtungskredit an das Parlament. Zum Einen sollte mit einer Änderung des Personenbeförderungsgesetzes (PBG) der Zahlungsrahmen als Instrument der Abgeltung von Leistungen des regionalen Personenverkehrs durch den Verpflichtungskredit ersetzt werden. Zum Anderen sollte mit einem Bundesbeschluss ein Verpflichtungskredit von CHF 3'959,6 Mio. für die Abgeltung von Leistungen des regionalen Personenverkehrs in den Jahren 2018 bis 2021 bewilligt werden.
Als Erstrat nahm der Ständerat die Beratung des Geschäfts am 8. März 2017 auf. Die Kommissionsmehrheit der KVF-SR empfahl dem Rat, auf das Geschäft einzutreten, die Änderung des PBG anzunehmen und den Verpflichtungskredit um CHF 144 Mio. zu erhöhen. Bundesrätin Leuthard rief mit ungewohnt starken Worten zur finanzpolitischen Vernunft auf und kritisierte, dass diverse Unterstützerinnen und Unterstützer der Kommissionsmehrheit im Rat ihre Interessenbindungen nicht offengelegt hatten. Eine Minderheit Wicki (fdp, NW) wollte dem Verpflichtungskredit gemäss Bundesrat zustimmen. Die kleine Kammer trat ohne Gegenantrag auf die Vorlage ein und stimmte der Änderung des PBG einstimmig zu. Mit 26 zu 17 Stimmen (keine Enthaltungen) folgte der Rat der Kommissionsmehrheit, erhöhte den Verpflichtungskredit und strich einen Artikel, der eine gestaffelte Freigabe der Mittel des Kredits vorsah.
Der Nationalrat nahm die Debatte am 3. Mai 2017 auf. Die Mehrheit der KVF-NR empfahl, auf die Vorlage einzutreten, der Änderung des Personenbeförderungsgesetzes zuzustimmen und beim Verpflichtungskredit dem Beschluss des Ständerates zu folgen. Eine Minderheit Giezendanner (svp, AG) verlangte Nichteintreten und eine Minderheit Bühler wollte bezüglich der Höhe des Verpflichtungskredits dem Bundesrat folgen. Die Finanzkommission äusserte sich ebenfalls zu diesem Geschäft: Eine Kommissionsmehrheit empfahl, bezüglich des Verpflichtungskredits dem Bundesrat zu folgen, eine Minderheit Hadorn (sp, SO) wollte hingegen dem Ständerat folgen. Mit 133 zu 44 Stimmen bei 7 Enthaltungen trat der Nationalrat auf die Vorlage ein. Die Gesetzesänderung wurde mit 141 zu 40 Stimmen bei 9 Enthaltungen angenommen, wobei sämtliche Gegenstimmen und Enthaltungen aus der SVP-Fraktion stammten, die in dieser Sache ungewöhnlich gespalten auftrat. Der vom Ständerat aufgenommenen Erhöhung des Verpflichtungskredits stimmte der Nationalrat mit 98 zu 92 Stimmen bei einer Enthaltung zu, ebenso bestätigte die grosse Kammer die Streichung des Artikels zur gestaffelten Auszahlung der Gelder mit 116 zu 76 Stimmen (keine Enthaltungen). In der Gesamtabstimmung stimmte der Nationalrat mit 136 zu 51 Stimmen bei 5 Enthaltungen der ständerätlichen Fassung zu. Am 16. Juni 2017 nahm der Nationalrat die Vorlage in der Schlussabstimmung mit 149 zu 45 Stimmen bei 2 Enthaltungen an, wobei erneut alle Gegenstimmen und Enthaltungen aus den Reihen der SVP stammten. Der Ständerat stimmte in der Schlussabstimmung am selben Tag mit 43 zu 1 Stimme (keine Enthaltungen) zu.