Wenige Tage nach der zweiten Sitzung des Ständerats zur Vorlage befasste sich der Nationalrat mit dessen Kompromiss zu den Kapitalerhöhungen der Weltbankgruppe und der Afrikanischen Entwicklungsbank. Die vier Verpflichtungskredite waren in beiden Räten unumstritten, jedoch hatte der Nationalrat fünf Artikel mit Handlungsrichtlinien ergänzt, die vom Ständerat zwar abgelehnt, im Sinne einer Kompromisslösung aber grösstenteils in einem neu geschaffenen Artikel 3a aufgenommen worden waren. Während dieser Artikel 3a auf Antrag der APK-NR angenommen wurde, setzte sich eine Minderheit Schneider-Schneiter (cvp, BL) dafür ein, dem Ständerat auch hinsichtlich der Streichung der Offenlegungspflicht zu folgen und Artikel 3c zu streichen. Die Minderheit aus Vertreterinnen und Vertretern der Mitte-, der FDP- und der GLP-Fraktion argumentierte, dass die Publikation im Internet nicht umsetzbar und die Unterrichtungspflicht des Parlaments bereits anderweitig geregelt sei. Roland Fischer (glp, LU) zeigte Verständnis für den Wunsch nach mehr Transparenz und stellte in Aussicht, dass die Aussenpolitischen Kommissionen in der Differenzbereinigung einen Kompromiss ausarbeiten könnten. Die Mehrheit des Nationalrates wollte jedoch an der Offenlegungspflicht festhalten. Franz Grüter (svp, LU), dessen Fraktion sich von Anfang an gegen die Verfügungskredite eingesetzt hatte, bezeichnete die Institutionen als «Dunkelkammern» und verlangte eine «Aufsicht über die Aufsicht». Auch die SP setze sich für die Einhaltung von Transparenz und Rechenschaft und daher für Artikel 3c ein, wie Claudia Friedl (sp, SG) verlauten liess. Bundesrat Parmelin freute sich zwar über den konstruktiven Kompromiss zu Artikel 3a, der keine grösseren Umsetzungsprobleme mit sich brachte. Er verwies jedoch in Bezug auf den umstrittenen Artikel 3c ebenfalls darauf, dass die Publikation der Schweizer Positionen im Internet «äusserst problematisch und sehr oft kontraproduktiv» sein könne. Um auf internationaler Ebene Kompromisse finden zu können, sei es manchmal unumgänglich, Positionen vertraulich zu behandeln. Auf Nachfrage von Fabian Molina (sp, ZH) stimmte er aber im Namen des Bundesrats zu, den zuständigen Kommissionen gegenüber Rechenschaft abzulegen. Der Nationalrat nahm den Antrag der Mehrheit in Bezug auf Artikel 3c trotz der bundesrätlichen Bedenken mit 118 zu 68 Stimmen (bei 3 Enthaltungen) an, womit er erneut eine Differenz zum Ständerat schuf.

In der Herbstsession 2020 stand die Strategie der IZA 2021-2024 im Nationalrat zum zweiten Mal zur Debatte. Zuvor hatte der Ständerat eine vom Nationalrat vorgeschlagene Änderung abgelehnt und damit eine Differenz geschaffen. Die grosse Kammer hätte mit einem Artikel 2a die Höhe der Rahmenbeträge an die wirtschaftliche Entwicklung der Schweiz und den Abbau der Covid-19-bedingten Schulden koppeln wollen, was der Ständerat aber für unpassend befand. Eine Mehrheit der APK-NR schlug vor, sich dem Ständerat anzuschliessen. Eine Minderheit Büchel (svp, SG) wollte jedoch am betroffenen Artikel 2a festhalten. Roland Büchel sah im umstrittenen Artikel eine Möglichkeit, im Bereich der Entwicklungshilfe Einsparungen vornehmen zu können. Die Minderheit verlangte, die Schweiz «von innen her» zu stärken und kritisierte die hohen Beträge, die in den kommenden Jahren in die IZA investiert werden sollten. Claudia Friedl (sp, SG) unterstützte in ihrem Votum den Mehrheitsantrag, da das Parlament im jährlichen Budget sowieso den effektiven Betrag eines Rahmenkredits festlegen könne und man mit Artikel 2a den eigenen Handlungsspielraum nur noch verkleinern würde. Hans-Peter Portmann, welcher den Artikel ursprünglich mittels Minderheitsantrag eingebracht hatte, verwies auch auf die Zusicherung des Bundesrats, dass dieser in den Zahlungskrediten die wirtschaftliche Entwicklung und den Covid-19-Schuldenabbau berücksichtigen werde.
Der Nationalrat nahm schliesslich den Antrag der Mehrheit mit 112 zu 56 Stimmen (bei 25 Enthaltungen) an und strich damit Artikel 2a wieder aus dem Entwurf, womit er die Differenz zum Ständerat bereinigte. Somit wurden die vier Bundesbeschlüsse zur IZA angenommen. Für die Gegenstimmen bei der Gesamtabstimmung zeichnete fast ausschliesslich die SVP-Fraktion verantwortlich, die Enthaltungen stammten mehrheitlich von Mitgliedern der FDP-Fraktion.

Die Kapitalerhöhungen der Weltbankgruppe und der Afrikanischen Entwicklungsbank wurden im der Herbstsession 2020 im Nationalrat ähnlich hitzig diskutiert, wie einige Monate zuvor bereits im Ständerat. Konkret handelte es sich bei vorliegendem Geschäft um drei Bundesbeschlüsse: zwei Verpflichtungskredite über CHF 217.5 Mio. respektive CHF 713.9 Mio. für die Kapitalerhöhungen und die Erhöhung des Garantiekapitals der WBG; zwei Verpflichtungskredite über CHF 109.7 Mio. respektive CHF 1.718 Mrd. für die Kapitalerhöhung und die Erhöhung des Garantiekapitals der AfDB; und schliesslich eine Änderung des Quorums für Kapitalerhöhungen im Rahmen der IFC.
Die APK-NR empfahl dem Nationalrat auf alle drei Bundesbeschlüsse einzutreten, während zwei Kommissionsminderheiten – die Minderheit Guggisberg (svp, BE) der FK-NR und die Minderheit Grüter (svp, LU) der APK-NR – einen Antrag auf Nichteintreten stellten. Claudia Friedl (sp, SG), Komissionssprecherin der FK-NR, betonte die Bedeutung der beiden Banken, die für ihre Arbeit auf Unterstützung von aussen angewiesen seien, wobei die Schweiz sich über das reine Geldgeben hinaus auch gegen Korruption und Fehlinvestitionen einsetze. Für Minderheitsführer Guggisberg waren derartige Ausgaben in der Corona-Krise schlicht nicht zu verkraften. Zudem würden die Banken immer wieder menschenrechtsverletzende Projekte finanzieren und hätten mit Korruption zu kämpfen. Schliesslich wies Guggisberg darauf hin, dass sich auch die USA nicht an der Kapitalerhöhung beteiligten. Franz Grüter argumentierte im Namen seiner APK-NR-Minderheit ebenfalls gegen das Eintreten und nahm dabei vor allem auf die Argumente seines Vorredners und Parteikollegen Bezug. Er kritisierte darüber hinaus aber auch, dass CHF 300 Mio., welche den Banken im Austausch für Aktien überwiesen werden sollten, als Investitionen und nicht als ordentliche Ausgaben klassifiziert werden sollen. Die beiden Minderheiten Guggisberg und Grüter wurden gemeinsam mit 133 zu 54 Stimmen abgelehnt, womit der Nationalrat auf das Geschäft eintrat. Darüber hinaus machte die APK-NR mehrere Änderungsvorschläge in den Bundesbeschlüssen, welche dem Bundesrat konkrete Handlungsanweisungen auferlegen würden. Unter anderem stimmte der Nationalrat dafür, dass die Schweiz ihr Abstimmungsverhalten zu den einzelnen Projekten der Banken im Internet publizieren und der Bundesrat dem Parlament alle zwei Jahre Auskunft darüber geben muss, wie sich die Schweiz für den Schutz der Menschenrechte, gute Regierungsführung und den Klimaschutz einsetzt. Ausserdem muss sich die Schweiz in der Weltbankgruppe für die Stärkung der staatlichen Bildung und der Gesundheitsversorgung einsetzen, eine Nulltoleranzpolitik gegenüber Korruption und Repression verfolgen und die Schaffung von dauerhaften Arbeitsplätzen in den Zielländern unterstützen. In der Gesamtabstimmung nahm der Nationalrat die Kredite für die Weltbankgruppe mit den vorgenommenen Ergänzungen mit 139 zu 54 Stimmen und jene für die Afrikanische Entwicklungsbank mit 140 zu 55 Stimmen an. Damit schuf er eine Differenz zum Ständerat, welcher das Geschäft erneut zur Behandlung überwiesen erhielt.

In der Sommersession behandelte der Nationalrat als Erstrat den Nachtrag IIa zum Voranschlag 2020. Fast mehr zu reden als die eigentlichen Nachtragskredite gab jedoch die Frage des Schuldenabbaus. Roland Fischer (gpl, LU) und Daniel Brélaz (gp, VD) erklärten, die Kommission habe lange über dieses Thema diskutiert, zumal gemäss der aktuellen Regelung der Schuldenbremse in den nächsten sechs Jahren CHF 30 Mrd. abgebaut werden müssten. In einer Motion (Mo. 20.3470) habe die Kommission deshalb beantragt, die Corona-bedingten ausserordentlichen Ausgaben nicht auf das Amortisationskonto der Schuldenbremse zu buchen und somit der Verpflichtung des Abbaus innert sechs Jahren zu entgehen.
Inhaltlich bestanden kaum Differenzen zwischen der Kommissionsmehrheit und dem Bundesrat; die Mehrheit der FK-NR hatte sich zuvor bis auf einen Punkt bei allen Nachtragskrediten dem Bundesrat angeschlossen. Hingegen lagen dem Rat zu verschiedenen Kreditposten Minderheitsanträge für Kürzungen vor, nur vereinzelt verlangten Kommissionsminderheiten zudem eine Erhöhung der zu sprechenden Kredite.
Bei den Anträgen des EDA für die Darlehen für das IKRK (CHF 200 Mio.), für die humanitäre Hilfe (CHF 50.5 Mio.) sowie für die multilaterale Zusammenarbeit (CHF 57 Mio.) und des EFD für den Katastrophenfonds des IWF verlangten Minderheiten Guggisberg (svp, BE) und Nicolet (svp, VD) die Streichung der Kredite respektive bei der humanitären Hilfe ihre Reduktion auf CHF 20 Mio. Minderheitensprecher Guggisberg betonte, dass man Prioritäten setzen müsse und sich «auf die Menschen in der Schweiz konzentrieren» solle, zumal während vier Jahren für die Entwicklungshilfe und die humanitäre Hilfe bereits CHF 11 Mrd. «ins Ausland geschickt» würden. Die nachfolgenden Generationen müssten das jetzt gesprochene Geld überdies «erst wieder verdienen». Folglich schlug Guggisberg als Rahmenbedingung für die Kreditverwendung in weiteren Minderheitsanträgen vor, die entsprechenden Beiträge dem Budget der internationalen Entwicklungshilfe anzurechnen. Eine Minderheit II Friedl (sp, SG) verlangte im Gegenzug die Aufstockung des Kredits für humanitäre Hilfe auf CHF 100 Mio. Claudia Friedl betonte, dass es aufgrund der globalisierten Wirtschaftsbeziehungen im Eigeninteresse der Schweiz sei, dass es auch dem Rest der Welt gutgehe. Mit Verweis auf die humanitäre Tradition der Schweiz sei 1 Prozent der Schweizer Ausgaben zur Bewältigung der Corona-Krise als humanitäre Hilfe zu wenig. Vielmehr sollen in Übereinstimmung mit der vom Nationalrat in der ausserordentlichen Session zur Bekämpfung der Corona-Krise angenommenen Motion der APK-NR (Mo. 20.3131) CHF 100 Mio. für die humanitäre Hilfe gesprochen werden. Sämtliche Minderheiten lehnte der Nationalrat deutlich ab.
Ein Minderheitsantrag lag auch bezüglich der indirekten Presseförderung vor. Eine Minderheit Strupler (svp, TG) verlangte die Streichung der CHF 17.5 Mio. für die Zustellungshilfe für die Presse, um eine unzulässige Abhängigkeit der Presse vom Staat zu verhindern. Die Mehrheit des Nationalrats stimmte dem Kredit jedoch in Übereinstimmung mit der Forderung aus zwei zuvor von beiden Räten angenommenen Motionen (Mo. 20.3145, Mo. 20.3154) zu.
Diskussionen gab es wie schon beim ersten Nachtrag auch bei den Sport- und Kulturkrediten. Bei den Darlehen für die Fussball- und Eishockeyligen verlangte die Kommissionsmehrheit, dass die Senkung des durchschnittlichen Einkommens aller am Ligabetrieb teilnehmenden Spieler, welche gemäss der auf den 1. Juni 2020 geänderten Sportförderungsverordnung nötig wird, wenn die Darlehen nicht innert drei Jahren zurückbezahlt werden, durch eine progressive Senkung der einzelnen Einkommen erreicht wird, dass also höhere Einkommen stärker gesenkt würden. Während eine Minderheit Feller (fdp, VD) diese Bedingung ablehnte, wollte eine weitere Minderheit Strupler den Betrag des Darlehens um CHF 50 Mio. reduzieren. Die Kommissionsmehrheit setzte sich jedoch gegen beide Minderheiten durch.
Auch bei den Ausfallentschädigungen für Kulturunternehmen und Kulturschaffende verlangte eine Minderheit Guggisberg die Streichung, zumal ab dem 6. Juni Kulturanlässe mit 300 Personen wieder möglich seien und die Betroffenen andere Möglichkeiten hätten. Auch hier setzte sich die Kommission durch, genauso wie bei ihrem Antrag auf zusätzliche CHF 10 Mio. für Kulturvereine im Laienbereich. Sämtliche Kulturbeträge sollten durch eine Umlagerung des Kredits «Soforthilfe für Kulturunternehmen» finanziert werden.
Eine Minderheit Widmer setzte sich schliesslich erfolglos für einen Kredit über CHF 10 Mio. als Nothilfe für Armutsbetroffene ein; verschiedene Sprechende verwiesen diesbezüglich auf die Bilder von auf Essenshilfe wartenden Menschen in Genf. Kommissionssprecher Fischer erläuterte jedoch für die Kommission, dass die entsprechende Hilfe von den Kantonen und Gemeinden geleistet werden solle, zumal diese mit der jeweiligen Situation besser vertraut seien als der Bund.
Der grösste Kreditposten schliesslich, die CHF 14.2 Mrd. für die ALV, wurde gar ohne Minderheitsantrag stillschweigend verabschiedet. Der Rat war sich einig, dass man nun nicht durch eine Erhöhung der Arbeitnehmer- und Arbeitgeberbeiträge die konjunkturelle Erholung ausbremsen dürfe. Zuvor hatte Lars Guggisberg als Bedingungen für die Zustimmung der SVP-Fraktion eine gesetzliche Grundlage für die Ausgabe gefordert. Finanzminister Maurer versprach dem Rat auf Anfang Juli eine entsprechende Botschaft, die das Parlament in der Herbstsession beschliessen könne, und betonte, ohne die entsprechende Botschaft könne der Kredit nicht verwendet werden. Des Weiteren versprach er eine Gesamtschau zur Kurzarbeit, die gemeinsam mit dem Budget 2021 und den Finanzplänen behandelt werden sollte, und liess durchblicken, dass die CHF 40 Mrd. kaum vollständig aufgebraucht werden würden.
In der Gesamtabstimmung nahm der Nationalrat den Nachtrag IIa zum Voranschlag 2020 mit 150 zu 23 Stimmen (bei 22 Enthaltungen) an. Sämtliche ablehnenden Stimmen und Enthaltungen stammten von Mitgliedern der SVP-Fraktion.