Du fait de l'ouverture des marchés dans le monde des lignes privées qu'a engendré la nouvelle loi sur les chemin de fer et de l'attractivité que créera la libéralisation de l'accès au réseau ferroviaire et la construction de deux nouveaux tunnels de base au Gothard et au Lötschberg, les CFF ont fait une offre de reprise à la compagnie Berne-Lötschberg-Simplon (BLS) et à son actionnaire principal, le canton de Berne, propriétaire de 65,1% des actions. Leur but était d'étendre leur marché et d'éviter que l'accord de coopération qu'avait la Deutsche Bahn avec les BLS n'ouvre la porte du réseau suisse à la compagnie allemande. Le conseil d'administration de la BLS a rejeté l'idée de fusion, mais il a entamé des discussions avec les CFF en vue déboucher sur des modèles de collaboration. En juin, le Conseil d'Etat bernois et le canton de Berne ont approuvé un accord, qui a été soumis à la Confédération. Le Conseil fédéral l'a aussi plébiscité. Résultat de la réforme des chemins de fer, l'accord postulait un désenchevêtrement des tâches, l’idée consistant à ne conserver qu'un acteur là où c'était possible. Il revêtait la forme d'une lettre d'intention qui fixait les grands principes de la collaboration, mais ne réglait pas les détails de la restructuration, comme par exemple les modalités du transfert et les répercussions pour les divers acteurs touchés. De ce fait un groupe de travail commun composé de l'OFT, l'AFF, le canton de Berne, les CFF et les BLS, a été constitué.
La lettre d'intention excluait pour des raisons plus politiques qu'économiques la fusion des deux entreprises: ayant accordé un crédit de près d'un milliard de francs pour le développement des doubles voies du Lötschberg au début des années 80 et participant au financement du nouveau tunnel de base dont le propriétaire serait au final les BLS, la Confédération, unique actionnaire des CFF, payerait en cas de fusion deux fois l'infrastructure du BLS. En termes concrets, pour permettre aux CFF d'acquérir 34% d'actions, le canton de Berne était prêt à en céder au maximum 15%; pas d'avantage, car il voulait rester l'actionnaire majoritaire. De son côté, la Confédération, détentrice de 17,56% du capital, proposait de se dessaisir d'une partie de ses actions. Le Conseil fédéral soutenait la création d'une filiale spécifique pour l'infrastructure du réseau BLS et souhaitait se concentrer sur celle-ci, car cela permettrait de résoudre la question du prêt de CHF 1 milliard qu'elle avait accordé pour l'axe du Lötschberg. Si l'achat des actions sub-mentionnées additionnées à celle des petits actionnaires était une des solutions, l'autre consistait à augmenter le capital. Au niveau de la desserte des passagers, l'accord prévoyait que les BLS reprennent la totalité du réseau express régional bernois. Cela impliquait que les CFF leur cèdent les lignes de Thoune-Berne-Fribourg et de Bienne-Berne-Belp-Thoune. Quant aux CFF, le trafic national et international sera leur affaire exclusive. Tous les trains Intercity et Eurocity circulant sur l'axe Bâle-Berne-Brigue-Milan par le Lötschberg ainsi que ceux qui desservent Interlaken seront gérés par l'ex-régie. Dans le domaine des marchandises, le secteur demeurera en régime de concurrence. Les BLS créeront une filiale BLS Cargo dont la DB sera leur partenaire. La concurrence ne concernera que le transport des marchandises par trains complets. En effet, le transport de voitures restera l'apanage des BLS et le ferroutage prévu pour le 8.1.2001 sur l'axe Fribourg-en-Brisgau-Novare par le Lötschberg continuera d'être exploité en partenariat par les BLS, les CFF et la société de transport HUPAC. Au final, chaque compagnie restera concessionnaire de son réseau.
BLS betreibt mehrere Strecken der SBB