In der Differenzbereinigung des BÜPF lag der Ball zu Beginn der Frühjahrssession 2016 beim Nationalrat. Unter den verbleibenden Streitpunkten waren die Frage, ob ein bestimmtes Vorgehen bei der Feststellung von Sicherheitslücken in Überwachungssystemen im Gesetz geregelt werden soll, und jene, ob GovWare durch eine zentrale Bundesstelle beschafft und zertifiziert werden soll, am wenigsten kontrovers. Beide Regelungen waren ursprünglich vom Nationalrat in die Vorlage aufgenommen worden. Nachdem sie im Ständerat allerdings nicht auf Gegenliebe gestossen waren, liess der Nationalrat die Bestimmungen fallen und schloss sich in diesen Punkten auf Antrag seiner Kommission diskussionslos dem Beschluss des Ständerates an. Dagegen sorgten die Aufbewahrungsfrist für Randdaten des Post- und Fernmeldeverkehrs sowie die Frage, ob solche Daten zwingend in der Schweiz gelagert werden müssen, für weit mehr Zündstoff. Während die Mehrheit der RK-NR in der Fristfrage einlenken und die Aufbewahrungsfrist für Randdaten bei sechs Monaten belassen wollte, setzte sich eine Kommissionsminderheit um Andrea Geissbühler (svp, BE) für das Festhalten am letzten nationalrätlichen Beschluss ein. Die hier vorgesehene zwölfmonatige Frist, wie sie auch im ursprünglichen Entwurf des Bundesrates vorgesehen war, sei für die erfolgreiche Arbeit der Strafverfolgungsbehörden wichtig, so das Hauptargument für die Fristverlängerung. Die Gegner führten dagegen vor allem den Persönlichkeitsschutz ins Feld. Seit der Verabschiedung der bundesrätlichen Botschaft sei in dieser Frage etwas Entscheidendes passiert, führte Bundesrätin Sommaruga im Nationalrat aus, nämlich die Ungültigkeitserklärung der europäischen Richtlinie über die Vorratsdatenspeicherung durch den EuGH, worauf viele europäische Staaten die Vorratsdatenspeicherung ganz ausgesetzt oder die entsprechenden Fristen verkürzt hätten. Obwohl das Urteil für die Schweiz nicht bindend ist, sei der Bundesrat zum Schluss gekommen, die Vorteile einer Fristerhöhung könnten die dadurch ausgelöste politische Unruhe nicht aufwiegen, weshalb der Bundesrat nun beantrage, die Frist vorerst bei sechs Monaten zu belassen. Eine Ratsmehrheit von rund zehn Stimmen stimmte schliesslich bei allen Anträgen betreffend die Aufbewahrungsfrist von Randdaten des Post- und Fernmeldeverkehrs gemäss der Kommissionsmehrheit und dem Bundesrat, womit die Frist auf sechs Monate festgesetzt wurde. Zum Schluss der Beratung wurde in der grossen Kammer darüber gestritten, ob Anbietern von Fernmeldediensten im Gesetz explizit vorgeschrieben werden soll, die Randdaten des Fernmeldeverkehrs in der Schweiz aufzubewahren. Auch diese Bestimmung war vom Nationalrat in den Entwurf eingefügt und anschliessend vom Ständerat wieder gestrichen worden. Die Kommissionsmehrheit beantragte dem Rat Festhalten, während eine Minderheit dafür plädierte, dem Beschluss des Ständerates zu folgen und den Aufbewahrungsort der Daten nicht im Gesetz festzuschreiben. Der Minderheitssprecher Karl Vogler (csp, OW) bezeichnete diese Vorschrift als unnötig, da jedes Unternehmen, das in der Schweiz seine Dienste anbiete, das schweizerische Recht und damit auch das schweizerische Datenschutzrecht beachten müsse und eine solche Regelung daher nichts an der Verantwortlichkeit der Anbieter ändere. Aus Gründen der Wettbewerbsfähigkeit gehe es auch darum, keine „obligatorisch-protektionistische Swissness-Vorschrift“ für die Schweizer Telekombranche zu schaffen. Pointierte Schützenhilfe bot u.a. der Sprecher der Grünliberalen Fraktion, Thomas Weibel (glp, ZH), indem er der Mehrheit „die realitätsfremde Erwartung, dass Bits und Bytes die Schweiz nicht verlassen können“ attestierte. Weitere Bedenken bestanden überdies darin, dass die zuständigen Behörden den tatsächlichen Speicherort der Daten gar nicht kontrollieren könnten sowie in der Verhältnismässigkeit; es gebe noch weitere, je nach Ansicht sogar noch sensiblere Daten – zum Beispiel Sozialversicherungs- oder Krankenversicherungsdaten –, die auch nicht in der Schweiz gespeichert sein müssten. Während sich die Ratsmitte mit Ausnahme von drei Abweichlern aus den CVP- und FDP-Fraktionen von diesen Argumenten überzeugt zeigte, stimmten sowohl der linke als auch der rechte Pol dem Mehrheitsantrag zu. Mit 114 zu 72 Stimmen bei drei Enthaltungen hielt die grosse Kammer somit an der Pflicht, Fernmeldedaten in der Schweiz aufzubewahren, fest.

Mit dieser verbleibenden Differenz und einigen unumstrittenen redaktionellen Anpassungen ging die Vorlage zurück an den Ständerat. Dort sprach sich nur eine Minderheit von 17 Stimmen für die vom Nationalrat beschlossene Verpflichtung aus. Die deutliche Ratsmehrheit von 25 Stimmen folgte dem Antrag ihrer Kommissionsmehrheit und lehnte die – in den Worten von Kommissionssprecher Stefan Engler (cvp, GR) „Scheinsicherheit“ schaffende – Bestimmung ab.

Vor dem nächsten Zug des Nationalrates kehrten sich die Mehrheitsverhältnisse in der vorberatenden RK-NR um. Es war nun die Mehrheit, welche sich gegen die zwingende Datenspeicherung in der Schweiz aussprach, und die Minderheit, die nach wie vor das Festhalten an der Bestimmung beantragte. Minderheitssprecher Franz Grüter (svp, LU) liess verlauten, sein Referendumskomitee stehe bereits in den Startlöchern und erhalte sicherlich Schub, wenn die Vorratsdatenspeicherung im Ausland erlaubt werde. Bundesrätin Sommaruga zeigte sich erstaunt über die Bedeutung, die dieser Frage plötzlich beigemessen werde; man habe „das Gefühl, es würde hier fast um Leben und Tod gehen.“ Auf beiden Seiten wurden dieselben Argumente wie in der letzten Diskussion wieder aufgewärmt und dieselbe Allianz aus Grünen, SP und SVP setzte sich mit 84 zu 73 Stimmen durch, wobei sich 35 Ratsmitglieder der Stimme enthielten, 31 davon allein aus der SP-Fraktion. Damit ging die Vorlage an die Einigungskonferenz.

Mit denkbar knapper Mehrheit, mit 13 zu 12 Stimmen, entschied die Einigungskonferenz, der Variante des Ständerates zu folgen und die umstrittene Bestimmung zu streichen. Der Ständerat, dem auch kein anderslautender Antrag vorlag, stimmte dem Antrag der Einigungskonferenz stillschweigend zu. Im Nationalrat hingegen lag ein Antrag Grüter auf Ablehnung des Antrages der Einigungskonferenz vor und die Debatte entwickelte sich zu einer Grundsatzdiskussion über die Gesetzesvorlage als Ganzes. Mit 151 zu 28 Stimmen bei 13 Enthaltungen sprach sich schliesslich auch die grosse Kammer deutlich für den Antrag der Einigungskonferenz aus und rettete das Projekt vor dem Scheitern. Von den vormals vehementen Verfechtern der nun fallen gelassenen Verpflichtung, Randdaten des Fernmeldeverkehrs zwingend und ausschliesslich in der Schweiz zu speichern, stimmte nun die grosse Mehrheit in den Reihen der SP- und SVP-Fraktionen dem Gesetz zu. Allein die Grüne Fraktion stellte sich bis zuletzt geschlossen dagegen. In der Schlussabstimmung am 18. März 2016 wurde das BÜPF im Nationalrat mit 160 zu 23 Stimmen bei 12 Enthaltungen und im Ständerat mit 41 zu 4 Stimmen angenommen.

Um die Strafverfolgung zu verbessern, sollen DNA-Profile von rechtskräftig verurteilten Tätern nicht nach 5 bzw. 10 Jahren gelöscht werden. Diese Änderung des DNA-Profil-Gesetzes beantragte eine parlamentarische Initiative Geissbühler (svp, BE), welcher durch den Nationalrat mit 88 zu 84 Stimmen bei 2 Enthaltungen knapp Folge gegeben wurde. Bei Verstorbenen soll die Löschung nicht mehr unmittelbar nach dem Tod, sondern erst nach dreissig Jahren erfolgen. Während die bürgerlich-rechten Befürworter mit einer präventiven Wirkung argumentierten, lehnten die linken Parteien und eine Mehrheit der FDP die Initiative aufgrund unverhältnismässiger Eingriffe in die Privatsphäre ab. Im Ständerat konnten sich dann die Gegner mit 25 zu 12 Stimmen bei 2 Enthaltungen klar durchsetzen. Da die DNA-Profile in Zusammenhang mit einem Strafverfahren stünden, müssten sie auch nach dessen Beendigung wieder gelöscht werden. Die Frage könne aber durchaus im Rahmen der Gesamtprüfung des Strafprozessrechts erneut erörtert werden.

In der E-Government-Strategie des Bundes nahm der Bundesrat eine Anpassung der Verordnung über die Ausweise für Schweizer Staatsangehörige (Ausweisverordnung, VAwG) vor, wonach beim Verfahren für die Identitätskartenbeantragung bei der Wohnsitzgemeinde bis Ende 2014 von den Papierformularen auf ein elektronisches Verfahren umzustellen ist. Eine weitere Anpassung betraf das Recht der Polizei, bei einer Verlustmeldung eines Ausweisdokuments die Gesichtsbilder in der Datenbank einzusehen. Damit beinhaltet die Verordnungsanpassung zugleich auch die Umsetzung einer 2013 überwiesenen Motion Geissbühler (svp, BE).

Der Zugriff auf das 2010 eingeführte Informationssystem Ausweisschriften (ISA) soll gelockert werden. Im Ständerat konnte sich ein Kommissionsminderheitsantrag mit 21 zu 15 Stimmen für die Überweisung einer Motion Geissbühler (svp, BE) durchsetzen. Die Motion forderte, dass die Polizeibehörden einen leichteren Zugang zu den im Informationssystem gespeicherten Fotos haben. Der Bundesrat hatte 2009 aufgrund der im Rahmen der Referendumsabstimmung zum neuen Ausweisgesetz (AwG) in der Bevölkerung geäusserten Bedenken explizit den Zugriff auf die Datenbank für Fahndungszwecke ausgeschlossen. In der kleinen Kammer setzte sich jedoch die Meinung durch, dass die Praxis einen Abbau der Zugangshürden zum ISA notwendig mache.