Im Ständerat, welcher sich in der Sommersession 2015 als Zweitrat mit dem Nachrichtendienstgesetz auseinanderzusetzen hatte, zeigten sich bereits in der Eintretensdebatte die gleichen Konflikt- und Argumentationslinien, welche schon die Debatte im Nationalrat geprägt hatten. Mit 37 gegen 3 Stimmen bei 2 Enthaltungen sprach sich die kleine Kammer klar für Eintreten aus. Inhaltlich war analog zum Nationalrat auch im Ständerat die Kabelaufklärung besonders umstritten. Paul Rechsteiner (sp, SG) beantragte, «diese überschiessenden neuen Kompetenzen» des NDB aus dem Gesetz zu streichen. Mit 29 zu 6 Stimmen bei 3 Enthaltungen schloss sich der Ständerat jedoch seiner vorberatenden Kommission und dem Bundesrat an und unterstützte das Argument, dass die Massnahmen der Kabelaufklärung entscheidend zur Erhöhung der Sicherheit in der Schweiz beitragen würden. Eine weitere Debatte entzündete sich an Art. 66 NDG und damit an der Frage, ob der NDB grundsätzlich dem Öffentlichkeitsprinzip unterstellt sein soll oder nicht. Während die Kommissionsmehrheit dem Nationalrat und dem Bundesrat folgen und nur die Informationsbeschaffung durch den NDB vom Öffentlichkeitsprinzip ausnehmen wollte, forderte eine Kommissionsminderheit, die Unterstellung des NDB unter das Öffentlichkeitsgesetz vollumfänglich aufzuheben. Dazu soll im Bundesgesetz über das Öffentlichkeitsprinzip der Verwaltung ausdrücklich verankert werden, dass der NDB – wie bisher schon die Nationalbank und die Finma – von dessen Geltungsbereich ausgenommen ist. Bundesrat Maurer pries den Bundesratsvorschlag als Kompromiss zwischen Information und damit Vertrauen von der Bevölkerung einerseits und Vertraulichkeit und dadurch besserer Zusammenarbeit mit ausländischen Partnerdiensten andererseits an. Die Kantonskammer liess sich davon jedoch nicht überzeugen und entschied mit 22 zu 19 Stimmen ohne Enthaltungen zugunsten der Kommissionsminderheit.

Als verbleibende grosse Baustelle im neuen Gesetz hatte die vorberatende SiK-SR die Aufsicht und Kontrolle über den NDB identifiziert. Von keinem der vorhandenen Lösungsvorschläge überzeugt, hatte sie zu diesem Thema eine Kommissionsmotion eingereicht, damit der Bundesrat hierzu ein neues, ganzheitliches, ausgereiftes Konzept erarbeite. Der Ständerat schuf hier folglich eine Differenz zum Nationalrat, welche in erster Linie bewirken soll, dass dieser Abschnitt der Gesetzesvorlage in der Differenzbereinigung im Nationalrat mit einigen neuen Inputs erneut beraten wird. Das zentrale Anliegen des Ständerates war hier die Schaffung eines unabhängigen, ausserdepartementalen Kontrollorgans.

Die restlichen Bestimmungen der Vorlage waren in der kleinen Kammer kaum umstritten und wurden grösstenteils stillschweigend angenommen, auch wenn der Ständerat damit seiner Kommission folgend einige weitere Differenzen schuf. So darf der NDB selbst keine Personen anhalten und Streitigkeiten betreffend den Quellenschutz sollen vom Bundesstrafgericht und nicht vom Bundesverwaltungsgericht entschieden werden. Darüber hinaus darf der Bundesrat Entscheide über das Eindringen in Computernetzwerke nicht delegieren und muss das Bundesverwaltungsgericht auch das Eindringen in Computer, welche sich im Ausland befinden, genehmigen. Die maximale Aufbewahrungsdauer für Restdaten wurde auf 10 Jahre verkürzt und Beschwerden gegen das Organisationsverbot sollen entgegen der Absicht des Nationalrates vor dem Bundesverwaltungsgericht angefochten werden können. In der Gesamtabstimmung nahm der Ständerat den Entwurf mit grosser Mehrheit (32 zu 5 Stimmen bei 2 Enthaltungen) an.

Wenn es bei über das Internet organisierten Demonstrationen – wie «Tanz dich frei» 2013 – zu Sachbeschädigungen und Ausschreitungen kommt, steht die Polizei vor dem Problem, dass die Urheber nur schwer zu fassen sind. Um diesem Problem abzuhelfen, forderte eine Standesinitiative des Kantons Bern, dass die Anonymität von Organisatoren, die über das Internet zu unbewilligten Demonstrationen und Grossanlässen aufrufen, aufgehoben würde. Durch eine gerichtliche Anordnung soll den Polizeibehörden die IT-Adresse der Organisatoren bekannt gegeben werden. Die dadurch ermöglichte Zusammenarbeit zwischen Behörden und Organisatoren dient der präventiven Gefahrenminimierung. Der Ständerat gab der Initiative zwar keine Folge, unterstützte jedoch mit 31 zu 8 Stimmen ein ähnliches Postulat seiner Sicherheitskommission (Po. 14.3672). Dieses beauftragt den Bundesrat bis Mitte 2015 mit der Ausarbeitung eines Berichts zu allfälligen Umsetzungsmöglichkeiten der Standesinitiative. Ein Ordnungsantrag Rechsteiner (sp, SG) für die Rückweisung des Geschäfts an die Kommission fand keine Mehrheit. Der Bundesrat selbst hatte das Postulat abgelehnt. Da der Aufruf zu solchen Events an sich noch keinen Straftatbestand darstelle, würde bei der Bekanntgabe der Adressen das Verhältnismässigkeitsprinzip nicht gewahrt. Zudem wollte der Bundesrat zuerst die Beratungen des BÜPF und des Nachrichtendienstgesetzes abwarten.

Im Zusammenhang mit einer Standesinitiative des Kantons Bern (Kt.Iv. 14.305) über die präventive Bekanntgabe der Internetadressen von Organisatoren von Demonstrationen und Grossanlässen hatte die SiK-SR ein Postulat eingereicht, welches den Bundesrat beauftragen sollte, bis Mitte 2015 in einem Bericht darzulegen, wie der Inhalt der Standesinitiative allenfalls umgesetzt werden könnte. Der Bundesrat empfahl dem Ständerat, das Postulat abzulehnen. Er begründete seine Ablehnung unter anderem damit, dass der Aufruf zu unbewilligten Versammlungen keine Straftat und die von der Standesinitiative geforderte präventive Bekanntgabe der Identitäten der Organisatoren deshalb nicht verhältnismässig sei. Weiter zeigte sich der Bundesrat überzeugt, dass die abschreckende Wirkung einer solchen Regelung einen erheblichen Eingriff in die verfassungsrechtlich garantierte Versammlungsfreiheit darstellen würde. Schliesslich bat Bundesrätin Simonetta Sommaruga den Ständerat, zumindest mit der Annahme des Postulates zuzuwarten, bis die Beratungen des BÜPF und des Nachrichtendienstgesetzes abgeschlossen sind. Sonst sei zu befürchten, dass die Geschäfte in der Bevölkerung vermischt und Referenden gegen die beiden Vorlagen wahrscheinlicher würden. Der Ständerat setzte sich in der Wintersession 2014 jedoch über die Vorbehalte des Bundesrates hinweg, indem er zuerst einen Antrag von Paul Rechsteiner (sp, SG) zur Rückweisung des Postulates an die Kommission ablehnte und das Postulat anschliessend mit 31 zu 8 Stimmen annahm.