Einen Tag nach Ablauf der Referendumsfrist am 8. Oktober 2020 erklärte Bundesrat Alain Berset Medienberichten zufolge das Referendum gegen die SwissCovid-App für gescheitert. Auf der Kurznachrichten-Plattform Twitter habe sich der Gesundheitsminister erfreut gezeigt und die Wichtigkeit der App für die Unterbrechung der Infektionsketten unterstrichen. Gegenüber der Aargauer Zeitung bestätigte François de Siebenthal als Sprecher des Referendumskomitees, dass die benötigten Unterschriften nicht beisammen seien. Wie der «Corriere del Ticino» ergänzte, sei die App bis zu diesem Zeitpunkt 2.5 Millionen Mal heruntergeladen worden.

Im Frühjahr 2020 befassten sich auch die Staatspolitischen Kommissionen der eidgenössischen Räte mit den Massnahmen zur Bekämpfung der Corona-Pandemie. Nach Anhörungen des EDÖB und des BAG sprachen sich beide Kommissionen grundsätzlich für die Einführung einer Corona-Warn-App durch den Bund aus, forderten aber gleichzeitig, dass dies in einem transparenten politischen Verfahren, d.h. basierend auf einer soliden Rechtsgrundlage geschehen müsse. Sie reichten deshalb Ende April zwei gleichlautende Kommissionsmotionen ein (SPK-NR: Mo. 20.3144; SPK-SR: Mo. 20.3168), mit denen sie den Bundesrat aufforderten, die gesetzlichen Grundlagen zur Einführung einer solchen App zu schaffen. Gleichzeitig hielten sie fest, dass nur technische Lösungen ohne zentrale Speicherung von personenbezogenen Daten zulässig sein sollen und dass das Verwenden der App freiwillig sein müsse. Weil das sogenannte Proximity Tracing – je nach konkreter Ausgestaltung – grundsätzlich die Gefahr schwerer Grundrechtseingriffe berge, dürfe die gesetzliche Grundlage dafür nicht bloss in einer Notverordnung des Bundesrates angesiedelt, sondern müsse dem Parlament vorgelegt werden, begründeten die Kommissionen ihre Vorstösse.
Der Bundesrat beantragte die Motionen zur Ablehnung, da einerseits die Anforderungen an die Anonymität und die Dezentralität in der Systemarchitektur der Schweizer App angelegt und damit sichergestellt seien. Andererseits falle die Einführung der freiwilligen App in die epidemienrechtlichen Befugnisse des Bundesrats, sodass dazu weder ein Gesetz noch eine Notverordnung vonnöten sei. Nachdem sich in den Plenardebatten beider Kammern in der ausserordentlichen Maisession herausgestellt hatte, dass der Bundesrat und die Kommissionen im Grunde genommen dieselben Ziele verfolgten, ging es im Wesentlichen darum, ob die App durch einen Parlamentsentscheid zusätzlich legitimiert werden sollte. Bundesrat Alain Berset erläuterte vor beiden Räten, dass die App zunächst ab Mitte Mai in eine mehrwöchige Pilotphase gehe, bevor sie der breiten Bevölkerung zur Verfügung gestellt werde. Im Falle der Annahme der Motionen würde der Bundesrat dem Parlament bis zur Sommersession ein dringliches Bundesgesetz als Grundlage für die Einführung der App vorlegen. Die Pilotphase würde aber in jedem Fall wie geplant durchgeführt, um das Projekt nicht auszubremsen. Im Anschluss an die Annahme des dringlichen Gesetzes durch das Parlament würde die App dann der Öffentlichkeit zugänglich gemacht werden. Dieses Vorgehen wurde schliesslich vom Ständerat mit 32 zu 10 Stimmen und vom Nationalrat mit 127 zu 55 Stimmen bei 11 Enthaltungen gutgeheissen, indem die Räte jeweils die von ihrer SPK eingereichte Motion annahmen.