Die Detailberatungen von Erst- und Zweitrat erstreckten sich im Rest des Berichtsjahres über sechs bzw. vier Sitzungen und zeichneten sich durch zeitweise hitzige Diskussionen aus. Auffällig war, dass sich die Nationalräte Aebi (svp, BE) und Ritter (cvp, SG) besonders oft mit Wortmeldungen und Minderheitsanträgen exponierten; die Medienberichterstattung führte dies auf deren Kandidaturen für das zu dieser Zeit ausgeschriebene Präsidium des Bauernverbandes zurück. Im Besonderen bestimmten die gesetzlichen Grundlagen für Milchmarkt, der Import von Fleisch und lebenden Pferden sowie Bestimmungen zu den Direktzahlungen die inhaltliche Erörterung. Betreffend Milchmarkt setzte sich im Nationalrat eine Minderheit Rösti (svp, BE) durch, die das Obligatorium für Milchkaufverträge aufrechterhalten wollte. Demnach dürften ProduzentInnen ihre Milch jeweils nur an einen Vertragspartner verkaufen, die Verträge würden zudem auf die Mindestdauer von einem Jahr ausgelegt und sollten Regelungen zu Mengen, der Preisfestsetzung und den Zahlungsmodalitäten enthalten. Die Verträge müssten einem staatlichen Verwaltungsorgan gemeldet werden, und Verstösse würden vom Bundesrat mit Sanktionen geahndet. Der Ständerat widersetzte sich dieser Entscheidung, weil die Milchwirtschaft dadurch wesentliche marktwirtschaftliche Attribute wieder verlieren würde, die sie mit der Aufhebung der Milchkontingentierung 2009 erst kürzlich erhalten hatte. Er kehrte deswegen zum Vorschlag des Bundesrates zurück: Die Branche solle selbst einen Standardvertrag organisieren, der auf Begehren der Branchenorganisation vom Bundesrat für verbindlich erklärt werden könne. Wenn im Sektor keine Einigung über einen Vertrag erzielt werde, habe der Bundesrat die Kompetenz, vorübergehende Vorschriften über Kauf und Verkauf von Rohmilch zu erlassen. Als Nächstes sprachen sich beide Räte für eine Kontingentierung des Pferdeimports aus. Nach einem Vorschlag der ständerätlichen Minderheit Seydoux (cvp, JU) sollen die Kontingente zu 50% aufgrund der Käufe von in der Schweiz gezüchteten Pferde verteilt werden: Damit sollen die einheimische Pferdezucht und insbesondere die Freiberger Pferde aus dem Jura, welche zu dem Zeitpunkt die noch einzige ursprüngliche Schweizer Rasse waren, geschützt werden. Auch der Import von Fleisch wurde restringiert: Nachdem eine Minderheit Hassler (bdp, GR) im Nationalrat mit 87 zu 90 Stimmen äusserst knapp gescheitert war, nahm die ständerätliche Kommission den Vorschlag wieder auf und verlangte, dass 40% der Zollkontingentsanteile von Rinder-, Schaf-, Ziegen- und Pferdefleisch nach der Zahl von in der Schweiz geschlachteten Tieren zugeteilt werden soll. Die ständerätliche Ratslinke und Bundesrat Schneider-Ammann argumentierten vergeblich dagegen, dass eine solche Einschränkung des freien Marktes nicht wie beabsichtigt die kleinen und mittleren Metzgereien fördern, sondern den fünf grössten Schlachtbetrieben der Schweiz, welche damals bereits 70% der Rindergattung schlachteten, eine noch grössere Macht verschaffen würde. In der Abstimmung setzte sich die Kommission schliesslich mit 21 zu 15 Stimmen durch. Im Kernbereich der Beratungen, der Umgestaltung des Direktzahlungssystems, befassten sich die Räte zuerst mit den Bedingungen, welche zum Bezug von staatlicher Unterstützung berechtigen. Der Ständerat beschloss dabei, dass Direktzahlungen nicht mehr für bewirtschaftete Flächen ausgezahlt werden sollen, welche nach Inkrafttreten dieser Gesetzgebung in eine Bauzone umgewandelt werden. Es handelte sich dabei um einen Kompromissvorschlag zwischen den Anliegen des Bundes- und des Nationalrats, welche Beiträge für sich in Bauzonen befindende Flächen vollständig bzw. überhaupt nicht streichen wollten. Mit der Fassung des Ständerats sollten einerseits Kulturlandflächen gegen zu grosszügige Neueinzonungen geschützt, andererseits aber solche Bäuerinnen und Bauern nicht bestraft werden, die zurzeit noch nicht bebaute Flächen bewirtschaften und pflegen. Bei der Neuausrichtung der Direktzahlungen selbst wurde im Nationalrat die Einführung des Instruments „Landschaftsqualitätsbeiträge“ intensiv diskutiert: Die Gegner kritisierten, dass die Landwirte damit für Leistungen abgegolten werden sollten, welche erstens von diesen seit Jahrzehnten freiwillig erbracht und zweitens nicht objektiv beurteilt werden könnten: So seien die Ausschmückung des Hofs mit Geranien, eine mit Kopfstein gepflasterte Strasse oder die Einrichtung einer Feuerstelle keine unterstützenswerten Massnahmen. Der Bundesrat und die Befürworter erklärten daraufhin, dass diese Beiträge auf spezifische, traditionelle Bewirtschaftungsarten wie etwa Wytweiden im Jura oder Wässermatten im Oberaargau abzielten, deren Fortbestand nicht zuletzt auch für die Schweiz als Tourismusmagnet von grosser Wichtigkeit seien. Die SVP, jeweils eine knappe Mehrheit der FDP und der BDP sowie ein Drittel der CVP sprachen sich in der Abstimmung der grossen Kammer gegen diese Art von Beiträgen aus, unterlagen jedoch mit 85 zu 98 Stimmen. Im Ständerat fiel die Annahme der Beiträge mit 30 zu 9 Stimmen deutlicher aus. Die radikalste Änderung nahmen die beiden Kammern mit der Streichung der Tierbeiträge vor: Die Auszahlung pro Tier bzw. Grossvieheinheit habe falsche Anreize gesetzt und zu Überproduktion, tiefen Preisen im Milchsektor, steigenden Kraftfutterimporten und zu erhöhter Umweltbelastung geführt. Stattdessen werden deshalb sogenannte „Versorgungssicherheitsbeiträge“ eingeführt: Dabei handelt es sich um flächenbezogene Zahlungen, die eine sichere Versorgung der Bevölkerung mit Nahrungsmitteln garantieren sollen. Sie setzen sich zusammen aus einem Basisbeitrag je Hektare und einem zusätzlichen abgestuften Beitrag in Bezug auf geografische und klimatische Erschwernisse. Bei Grünflächen muss ausserdem ein Mindesttierbesatz erreicht werden. Die SVP und Teile der CVP, FDP und BDP stellten sich dagegen und brachten im Nationalrat einen Minderheitsantrag Aebi (svp, BE) ein, der mit einer Erhöhung des Basisbeitrags je nach Tierbesatz die Tierbeiträge zumindest teilweise beibehalten wollte. Dieser Vorschlag wurde auch ausserhalb der Ratsdiskussion stark propagiert, war aber in der Abstimmung mit 100 zu 80 Stimmen chancenlos. Auch im Ständerat waren die neuen Beiträge umstritten und wurden mit Minderheitsanträgen sowie einem Alternativvorschlag der Kommissionsmehrheit bekämpft. Die Version des Bundesrats setzte sich schliesslich dennoch durch, was hauptsächlich den Ständeräten Freitag (fdp, GL) und Baumann (cvp, UR) zu verdanken war: Als in der ständerätlichen Kommission klar geworden war, dass die Versorgungssicherheitsbeiträge so nicht akzeptiert würden, arbeiteten die beiden bürgerlichen Ständeräte zwei Einzelanträge zur Anpassung der Übergangsbeiträge aus. Diese befristeten Zahlungen sollen einen für die Landwirte sozialverträglichen Systemwechsel ermöglichen. Nachdem Ständerat Freitag seinen Antrag zugunsten des anderen zurückgezogen hatte, akzeptierten die Ratsmitglieder den Antrag Baumann, laut welchem die Übergangsbeiträge acht Jahre lang ausgerichtet werden und bis 2017 um nicht mehr als 10% pro Jahr zurückgestuft werden dürfen. Damit wurde diejenige Neuerung, gegen welche sich der Schweizerische Bauernverband (SBV) am heftigsten gestemmt hatte, bereits im Berichtsjahr von den Räten definitiv in das revidierte Gesetz aufgenommen. Auch die Verlängerung des Moratoriums für gentechnisch veränderte Organismen wurde von den Räten im Rahmen der Agrarpolitik beschlossen. Sie nahmen damit das Anliegen einer Motion Ritter (cvp, SG) auf, die sich auf die Ergebnisse des nationalen Forschungsprojekts (NFP 59) gestützt hatte: Der Einsatz von dem zurzeit verfügbaren gentechnisch veränderten Saatgut erbringe keine wirtschaftlichen Vorteile für die Schweizer Landwirte, deswegen sei eine Fortführung des Moratoriums gerechtfertigt. Die Frist soll neu bis Dezember 2017 gelten. Trotz ausgedehnten Diskussionen im Nationalrat konnte die FDP, welche die Aufhebung bzw. eine Verkürzung der Frist zusammen mit Minderheiten der CVP, BDP und SVP unterstützt hatte, die übrigen Ratskolleginnen und -kollegen nicht überzeugen.

Argrarpolitik 2014 bis 2017