Drei Wochen nach Abschluss der Ratsberatungen präsentierte das Bundesamt für Landwirtschaft (BLW) das zur neuen Agrarpolitik gehörende Verordnungspaket, welches 350 Seiten umfasste. Nach Ablauf der Vernehmlassungsfrist waren über 300 Stellungnahmen eingegangen. Generell gelobt wurden die Zusammenfassung verschiedener Verordnungen in einer totalrevidierten Direktzahlungsverordnung sowie die klare Zielausrichtung des neuen Direktzahlungssystems. Die Kritikpunkte unterschieden sich je nach politischer Gesinnung, respektive je nach Prioritätensetzung bei den verschiedenen Zielen der Landwirtschaftspolitik: Die SVP, der SBV und andere bäuerliche Gruppierungen bemängelten etwa die ihrer Ansicht nach zu schwache Gewichtung der Versorgungssicherheit und verlangten mehr Beiträge für Futter- und Brotgetreide. SP, Grüne und Umweltverbände hingegen wünschten mehr Leistungen für Umwelt- und Tierschutzziele. Von Seiten direktbetroffener Verbände und Branchenorganisationen sowie von SBV, SGV und den Kantonen wurde zudem der mit der neuen Regelung einhergehende administrative Aufwand kritisiert. Dem widersprach jedoch die Economiesuisse: Laut ihrer Einschätzung sei der Aufwand vertretbar angesichts der Zielgenauigkeit des neuen Direktzahlungssystems. Nachdem das BLW nochmals einige Änderungen vorgenommen hatte, verabschiedete der Bundesrat im Oktober die Verordnungen: Die neue Agrarpolitik wird damit ab dem 1. Januar 2014 in Kraft treten.

Le Conseil fédéral a modifié l’ordonnance sur les paiements directs en début d’année. Cela constitue un premier pas sur la voie du transfert des fonds servant actuellement au soutien du marché laitier. Cette modification permet l’octroi d’une contribution pour tous les animaux consommant des fourrages grossiers, vaches laitières comprises. Le montant de cette contribution s’élèvera à 200 francs par vache laitière en 2007 et 2008. Le gouvernement a également pris des mesures complémentaires : le supplément pour le lait transformé en fromage sera notamment réduit dès le 1er janvier 2007 (de 18 à 15 centimes).

A la fin du mois de juillet, la Confédération s’est déclarée disposée à accorder des prêts sans intérêt afin d’atténuer les conséquences de la sécheresse. Ces demandes devaient toutefois être adressées aux cantons qui avaient, le cas échéant, la possibilité d’obtenir une participation fédérale. Une suspension du remboursement de l’aide déjà consentie était également possible. Il ne s’agissait donc pas d’aide directe ou forfaitaire. Cette aide aux exploitations en difficulté est possible en vertu de la loi sur l’agriculture. Peu de demandes de ce type avaient été adressée à l’OFAG à la fin du mois de juillet. L’autorité fédérale a également souhaité que les cantons, en tant que responsables de l’acheminement de l’argent vers les agriculteurs, versent les paiements directs de manière anticipée. Les cantons de Berne, Fribourg et Soleure ont annoncé de tels versements anticipés. L’OFAG a précisé ses intentions le dernier jour du mois de juillet en annonçant des mesures concrètes. Outre la baisse des prélèvements douaniers frappant le foin, des dérogations en matière de paiements directs et d’exigences pour l’agriculture biologique ont été accordées. Une mesure supplémentaire pour faire face aux difficultés d’approvisionnement en fourrage grossier a été prise en août par l’OFAG. Il a mis en place les conditions juridiques nécessaires à une taxation réduite des importations de balles d’ensilage d’herbes et de maïs d’ensilage, dès la mi-août. Ce prélèvement a même été supprimé, quelques jours plus tard, dans le cadre de nouvelles mesures d’aide aux agriculteurs. Elles comprenaient également des dérogations complémentaires concernant les paiements directs, les prestations écologiques requises et le contingentement laitier. Estimant les dommages subis par l’agriculture, suite à la sécheresse, à environ 350 millions de francs, le Conseil fédéral a adopté des mesures supplémentaires à la fin du mois de septembre. D’une part, il a admis que la réduction des paiements directs, conditionnée par la diminution des effectifs de bétail, serait en partie compensée en 2004. D’autre part, il a décidé d’accorder, selon une procédure simplifiée, des prêts remboursables aux nombreuses exploitations affrontant des difficultés de trésorerie. Ces deux mesures n’étaient toutefois réalisables que dans les limites des crédits agricoles actuels. Le gouvernement a adopté l’ordonnance sur la sécheresse au début du mois de novembre et rappelé qu’elle n’occasionnerait pas de dépenses supplémentaires. Il s’agissait de la base légale pour la compensation de la réduction des paiements directs et celle des prêts « sécheresse » au titre de l’aide aux exploitations.

Les contributions aux frais de détenteurs de bétail de la région de montagne et de la zone préalpine 1991-92, que le Conseil fédéral avait proposé de faire passer de 480 millions de CHF à 515 afin de revaloriser le revenu paysan avaient, en 1990, été estimées encore insuffisantes par le Conseil des Etats. Celui-ci s'était prononcé pour une somme de 550 millions. En 1991, le Conseil national a accepté facilement cette proposition.

Principaux paiements directs au profit de l'agriculture de montagne, les contributions aux frais des détenteurs de bétail de la région de montagne et de la zone préalpine ont vu leur montant relevé par le Conseil fédéral. Pour la période 1991-1992, ce dernier a prévu de les faire passer de 480 millions de CHF (chiffre pour 1989-1990) à 515 millions de CHF. Les deux raisons invoquées pour l'augmentation de ces contributions sont, d'une part, la revalorisation du revenu paysan de montagne qui est inférieur à celui de plaine dans une proportion de 74 à 100 et, d'autre part, la compensation des contributions aux exploitations dont la suppression est prévue pour le ler janvier 1992. La commission du Conseil des Etats a cependant décidé d'aller encore plus loin; 550 millions selon les désirs de la majorité et 535 millions selon ceux de sa minorité. Cette augmentation a été motivée par la prise en compte d'un renchérissement d'environ 10 pourcents depuis 1988. La petite Chambre a finalement opté pour la somme de 550 millions. La commission du Conseil national s'est ralliée à cette décision.